清初，在西北方过着游牧生活的蒙古族分为漠南、漠北和漠西三大部。漠南蒙古称为内蒙古；漠北喀尔喀蒙古称为外蒙古，有土谢图汗部、车臣汗部、札萨克图汗部和赛因诺颜部四大部；居住在天山以南的漠西厄鲁特（即卫拉特）蒙古分为准噶尔部、和硕特部、杜尔伯特部和土尔扈特部四大部。
清朝历代帝王都十分重视同蒙古族的亲善和睦关系。蒙古各部接受清朝的封号，双方通过联姻保持世代的政治友好关系。然而，到康熙朝，漠西蒙古准噶尔部首领噶尔丹拼命扩张自己的势力范围，成为破坏和谐的变数。噶尔丹肆意掠夺漠西蒙古各部，迫使各部或臣服，或远离故土。土尔扈特部西迁至伏尔加河流域游牧，和硕特部先是进驻青海，后又迁入河套以西的阿拉善地区。这样，广阔的阿尔泰山、伊犁河一带成为准噶尔部的天下。未迁走的杜尔伯特部及和硕特、土尔扈特残余的部众，全部置于准噶尔部的控制之下。康熙四年（1665），准噶尔内部发生权力更迭，噶尔丹取得了统治权，并进一步扩充准噶尔的势力。他自封为“博硕克图汗”，确立了对漠西蒙古四部的统治，全面控制了回疆地区，其企图分而自治的野心昭然若揭。面对噶尔丹的步步进逼，康熙帝曾试图通过一贯的民族亲善和睦政策稳定边疆局势，因此默认了噶尔丹“博硕克图汗”的名号和地位。平定三藩之乱后，康熙帝还派大臣至噶尔丹处大加赏赐。
噶尔丹表面上对清政府表示臣服，多次派使者向清廷进贡马匹、骆驼、貂皮、银鼠等物品。但是动辄数千人的庞大贡使队伍给清政府带来了沉重负担，而且贡使队伍沿途抢掠牲畜和财物，践踏田禾，捆缚平民……使沿途百姓怨声载道。康熙帝对噶尔丹的宽容是以不损害清朝的根本利益为前提的，因此对贡使队伍为所欲为的妄行非为，采取了严格的限制措施。
随着野心的不断膨胀，噶尔丹又将目标对准了漠北喀尔喀蒙古。康熙二十七年（1688），噶尔丹率三万部众击败漠北蒙古土谢图汗之子噶尔旦台吉。噶尔旦台吉几乎全军覆灭，只有自己得以逃生。随后，噶尔丹向东挺进，攻掠车臣汗的牧地。漠北蒙古各部的兵力悉数出动，在土谢图汗的率领下同噶尔丹展开了一场大决战。但是，鏖战三昼夜后，漠北蒙古的军队全面溃败。
在这种动荡的局势下，漠北蒙古上层出现了投奔俄罗斯的杂音。所幸，漠北蒙古共同信奉的大喇嘛哲卜尊丹巴呼图克图及时阻止了叛国的行为，带领漠北蒙古向南内徙，投奔清朝。康熙帝立即派人前去抚慰，发放粮食，赠送白银、茶布，帮助其采买牲畜，并把他们妥善安置在科尔沁水草地游牧。
噶尔丹仍然一意孤行，借口追寻漠北蒙古势力不断南侵。同时，噶尔丹乘清廷与沙俄发生冲突之际，同沙俄取得了联系，得到了沙俄的武器支持，冀图借外国的力量同清廷抗衡。康熙二十九年（1690）七月，噶尔丹率军深入到离北京仅700里的乌兰布通（今内蒙古克什克腾旗境内），严重威胁到了京师的安全和领土的完整。这样，一场分裂与反分裂的战争再也不可避免了。
两军对阵，展开了激烈的战斗。清军以火炮对阵准噶尔部的驼阵，惊天动地的大战一直持续至掌灯时分。战斗最终以准噶尔部的溃败结束。噶尔丹乘夜逃遁，出逃部众在沿途饥踣死亡，仅剩下几千人。战后，噶尔丹为生计所困，向清廷乞赐白银，以解燃眉之急。康熙帝多次派大臣前往噶尔丹处劝谕归降，以示羁縻。但是，此后噶尔丹仍然不断地挑起事端。康熙帝终于认识到噶尔丹势力“一日不灭，则边陲一日不宁”。于是，康熙帝力排众议，决定亲征。康熙三十五年（1696）春，康熙帝下诏亲征，并调集10万大军，分东、西、中三路，出师剿灭噶尔丹。
噶尔丹惊闻康熙帝亲率大军而来，自知不敌，仓皇出逃。噶尔丹逃窜至昭莫多（今宗莫德）时，与费扬古所率的清西路军狭路相逢，双方展开了一场恶战。噶尔丹大败，仅率数十骑仓皇逃遁，其部众2 000余人阵亡，3 000余人被俘。昭莫多之战，全歼噶尔丹的精锐骑兵，成为清廷平定噶尔丹的决定性战役。此后，康熙帝多次派人劝说处于穷途末路的噶尔丹归降。但是噶尔丹执迷不悟，仍妄图东山再起。
为了根绝噶尔丹势力，谨防其死灰复燃，康熙三十五年（1696）九月，康熙帝再次亲征，前往归化城（今呼和浩特），驻跸鄂尔多斯，十一月至宁夏。噶尔丹不战而请降，康熙帝班师回京。但是，到了第二年，噶尔丹仍然找出种种借口拖延归降日期。
康熙三十六年（1697），康熙帝第三次亲征，再至宁夏。众叛亲离的噶尔丹再也无处逃遁，在阿察阿穆塔台患病身亡（也有传说为服毒自尽）。
康熙帝三次亲征，风餐露宿，深入沙漠，终于平定了噶尔丹的分裂势力。
此后，康熙帝又以和睦亲善的民族政策，妥善地处理了清廷同蒙古各部族之间的关系。康熙帝继续坚持满蒙贵族联姻的传统，把宗室女下嫁给准噶尔部的王公贵族。噶尔丹之子被俘时尚未成年，康熙帝先是下令予以“恩养”，后又将宗室觉罗长泰之女嫁给他，并封其为“镇国公婿”。康熙四十一年（1702）噶尔丹的侄孙丹津阿拉布坦来降，康熙帝不但以礼相待，还封他为多罗郡王。这些亲善措施，对准噶尔部起到了有效的安抚和稳定作用。
