来自民间的朱元璋曾亲眼目睹元末政治腐败、官吏横行的情形，十分痛恨那些贪官污吏祸国殃民，因而在建国之后便开始大力整顿吏治。朱元璋不仅设立章程禁止官吏玩忽职守、假公济私，同时还制定了极其严酷的刑法用以制裁贪官污吏，纠正贪腐之风。当时法令规定：凡是发现有贪赃害民的官吏，百姓可以直接擒拿送到京师，如果有敢阻拦者，立刻满门抄斩。凡是监守国家钱物而自盗者，数额超过了60两银子，就要处以剥皮之刑并枭首示众。
历史上著名的“空印案”就是朱元璋在位时发生的。各布政司及府、州、县每年都要派计吏到户部报告地方钱粮、军需等事。报册上所载钱粮的数目，必须与户部所定数额完全吻合，如果有分毫的差异，整个报册便要被驳回重新造册，而重新造册又需要盖印。计吏在京师与地方往返奔走往往要耗时数月。因此，计吏们去户部时都会预先带上空印文书（即盖上官印的空白文册），一旦有误可随时改填，这种做法在当时十分普遍。洪武九年（1376），朱元璋听闻此事后，认为官吏一定会用空印文书舞弊，于是下令将各地方衙门的主印长官一律处死，并将佐贰官罚杖一百，发配到边塞充军。其实计吏所携带的空印文书盖的是骑缝印，不能作别的用途，没有什么危害，这个道理尽人皆知。有人曾冒死上书说明事情真相，朱元璋却全然不顾，仍旧武断杀人。
明初的鼓励垦荒政策
明朝建立之初，由于经过几十年的战乱，社会经济衰落，人口减少，土地荒芜。即使是在号称富庶的江南地区，也是一片凄凉景象。因此朱元璋即位后，便采取了一系列安定社会、组织生产、恢复经济的措施，其中很重要的一项措施就是奖励垦荒。为了开垦中原地区的荒地，明朝政府专门设立司农司，掌管垦荒，并在洪武三年（1370）下令，凡是农民自行开垦荒地的，可以免除三年的租税。面对垦荒中出现的一些土地所有权纠纷，明朝政府还专门发布了发令，理顺土地所有权关系，并承认农民垦荒、占有土地的事实。这些政策的出台，大大减少了农民在垦荒时的一些顾虑，加速了荒地的开垦，促进了经济的恢复和发展。这种奖励垦荒的政策收到了很好的效果，如在洪武七年（1374），户部统计各地垦荒田旧有921 124顷。并且，终洪武之世，这种垦荒政策一直加以贯彻始终，所以，明朝的经济有了较大的恢复和发展。
朱元璋在位31年间，先后惩办了不少贪污的官员。在其所处理的一系列案件中，最为突出的是郭桓案。郭桓时任户部侍郎，曾在征收浙西秋粮时贪赃枉法，洪武十八年（1385）被告发，追缴赃粮700万石，六部左、右侍郎以下的官员都被朱元璋处死。此案牵连到各布政司官吏，又有数万人被杀。
像朱元璋这样大规模地重惩贪官、诛杀污吏，在中国历史上也是不多见的。在严刑重典的震慑下，官吏贪欲有所收敛，洪武时期乃至明初百余年间的吏治较为清明。这对缓和阶级矛盾，贯彻执行休养生息的政策，是起了很大作用的。与此同时还应指出，朱元璋用法过严、酷刑肆杀、株连众多，甚至妄兴大狱、任意杀人，又表现了封建专制主义的极端残酷。
