克烈、乃蛮等部相继被灭，除了偏远地区的一些小部落以及少数残余敌对势力之外，铁木真已经基本上统一了蒙古草原。1206年春，他回到蒙古族的发源地——斡难河源头，竖立起九白旗（最威严和圣洁的旗帜），举行忽里台大会。铁木真被推举为蒙古可汗，上尊号“成吉思”。他建立的这个新政权，国号为“也客-忙豁勒-兀鲁思”，汉语意为“大蒙古国”。在此之前，草原上有十几个部落，每个部落都有自己的名字，蒙古部只不过是其中的一个，而今，随着蒙古国的建立，“蒙古”也成为了草原各部的总称。
建立蒙古汗国后，成吉思汗兑现了班朱尼河边的诺言。他打破氏族部落的界限，将辖内人口分为95个千户，下设百户、十户，接着论功行赏，将这95个千户逐一分给功臣，先后任命了一批千户官、万户官。
此外，成吉思汗还对亲族及其子弟进行了分封。对诸子的分封，按照蒙古族“幼子守产”的传统，拖雷得到了蒙古帝国中心地带，即大汗斡耳朵（宫帐或宫殿）周围地区。其他三个儿子的封地则在阿勒台山之西，称“西道诸王”。长子术赤在最西边，包括花剌子模至不里阿耳地区以西；次子察合台封地在术赤的东南部，包括畏兀儿以西、伊犁河、楚河、塔剌恩河流域；三子窝阔台的封地为阿勒台山原乃蛮之地及叶迷立、霍博等处。与西道诸王相对应，成吉思汗将诸弟分在了草原东部，称为“东道诸王”。其中，合撒儿封地在东北部，主要是也里古纳河流域；合赤温应得封地则由其子按赤台受封，主要在金边墙附近；斡赤斤的封地在最东部，包括捕鱼儿海（即贝尔湖）哈剌哈河流域至海剌儿河一带；别里古台封地在温赤台之西。除子弟之外，成吉思汗还给予后妃、外戚等一定的封地。
分封完毕后，成吉思汗开始着手扩建怯薛军（即禁卫军）。当时的蒙古高原上各部首领的斡耳朵都有相应的亲兵护卫队，这就是怯薛的前身。成吉思汗对原来的护卫军加以扩充，形成了1万人的怯薛军，包括1 000名宿卫，1 000名箭筒士和8 000名散班。怯薛军的主要职责是护卫大汗金帐并分管汗廷的各种事务，此外还负责大汗斡耳朵的各种劳役，包括文书、门卫、服饰、饮食等。这支军队的每个成员都由成吉思汗亲自挑选，主要是各百户长、千户长及其他官员子弟，这也起到以人质控制部下的功能。怯薛长由成吉思汗最亲信的那可儿（亲兵、战友之意）博尔忽、博尔术、木华黎、赤老温四家子弟世袭担任。这支军队由成吉思汗直接统领，又称“大中军”，是蒙古军的精锐，也是控制地方的主要武装力量。
蒙古族本无文字，在与乃蛮部一战中，成吉思汗收降了畏兀儿人（即回鹘，今维吾尔族的祖先）塔塔统阿。塔塔统阿是太阳汗的掌印官，《元史》中说他“性聪慧，善言论，深通本国文字”。塔塔统阿用畏兀儿字母拼写蒙古语，创造了蒙古文字，即“畏兀字书”。有了文字之后，成吉思汗命人将习惯法刊刻成书，后形成了一部缜密的成文法——大扎撒（扎撒意为“法令”）。此外，他还确立了司法审判制度，逐步建立了比较完备的国家制度。
九白旗
九白旗，也称九足白旗、九脚白旄旗等，蒙古人俗称“查干苏力德”，是代表成吉思汗乃至整个蒙古的旗帜。意为足、脚。蒙古人崇尚白色，以九为吉祥数字，他们认为军旗里面存在着守护神（苏力德，具像为金三叉长矛），因此出征之前、庆祝胜利时都要祭祀军旗。元朝灭亡之后，祭祀九白旗的活动仍然在蒙古人中进行。至于这面旗帜的形状，目前有两种解释，一种是系着九条飘带的大旗，另一种是由九条白马尾做成的旌旗，旗上绘有狮子、天马等形象，每种图案都有各自的独特含义。
蒙古汗国在草原上崛起，迅猛不可挡，不久，成吉思汗降服了草原北部森林的部落，彻底统一蒙古草原。邻近的小国畏兀儿、哈剌鲁也分别于1207年、1209年归附成吉思汗。
