尽管萨迦政教合一的地方政权，未能从根本上结束西藏以各教派势力为基础的社会局面，但是，当时萨迦政权在各教派势力中居于长达百年的领导地位，却充分说明了西藏社会的相对稳定，并标志着西藏地区由原来的分裂割据开始向统一方面迈出了重要的一步。这种相对稳定和小统一，对西藏的经济和文化发展，都是有直接关系。当然，西藏社会“政教合一”的制度是建立在封建农奴制基础上，愈到后来它的消极作用愈大，长期阻碍着西藏社会的发展。
三、藏族文化的持续发展
元代藏族文化发展出现了繁荣局面，而且突出表现为与宗教密切相联系在一起的特色。
元朝初年，各教派学者，特别是夏鲁巴派的创始人、著名学者布敦·仁钦珠（1290—1364）整理大藏经，注解要典，编纂目录，大大推进了藏传佛教的发展。著名学者软语隐福（觉丹日贝热智）从内地搜集各种藏本经籍，存放于后藏纳塘寺院，并汇编整理成一部大藏本，称为《纳塘目录》（亦称《日光目录》），后来前藏蔡巴地方的恭塘寺院建立藏经殿，搜集较完备，称为《蔡巴目录》。布敦对《蔡巴目录》曾亲自参与校订，称为善本，他个人又以校正的目录，详加注释，最后完成《语宝目录》（或称《大目录》），由于刊订正确，所以又称为《布敦目录》。《布敦目录》分为：《教说（一称〈教藏〉翻译》，此即《甘珠尔》（“甘”意谓“教”，“珠”意谓“翻译”）；《论著》（一称〈论藏〉）翻译，此即《丹珠尔》，（“丹”意谓“论”）。《教说》即佛讲说的记录，《论著》是菩萨发挥经义，教诫学徒的议论。布敦对于《论著》的解释、分析特别详细。此外还有属于“声明”（即包括文字学、音韵学、修辞学等等的《波腻尼经》）的内容；属于“医方明”（即解释医方四部医典的《八分心要论》）的内容；属于“工巧明”（解释炼金等事的《炼金论》）的内容。这些对于西藏的文学、医药、卫生和工艺等方面的发展，都起到了一定的推进作用。
由于这一时期藏族学者对藏文正字法、藏文文法的研究发展，著作不断问世，如八思巴弟子扎巴僧格的《正字学恒河》，萨迦派大学者贡噶坚赞的《松达意释》等数种，以及仁钦道的《松达注释宝箧》等，这些对藏文拼写形式、词汇统一、书面语统一等都起到了重要作用。西藏印刷术也从元代初期就开始使用了，从而使藏族文学创作、历史著作、艺术作品等都随之繁荣起来。西藏诗学在元初正式建立，萨迦班智达就是精通诗歌音韵的一位大学者，他的《萨迦格言》开格言诗之宗，对当时和后世诗歌创作、诗歌研究影响重大。藏族学者雄敦·多吉坚赞把印度的《诗镜》译传入藏，其弟子邦译师洛追丹巴又加以重校，并以此书讲学教徒，藏族依次建立西藏诗学的形式。早于此时期的藏族大学者米拉日巴师徒三代人的道歌诗也影响重大，后来也自成流派。藏族的历史著作这时主要有布敦·仁钦珠1322年写成的《布敦佛教史》，这是他参考罗本喜饶郭卡的藏史《博吉却郡》而写成的，其内容以佛教为中心兼及藏族与其他民族的政治、军事关系。索南坚赞于1388年所著的《西藏王统记》，其叙述的年代是从西藏古代至元末，其内容主要为西藏帝王将相大喇嘛的活动事迹。上述几部历史著作尽管是佛教及帝王将相为内容的历史，但不失为与经济基础相应的上层建筑之反映，从这个角度可以看出西藏社会经济的演变，而且它本身就保存了藏族的历史文化遗产，丰富了祖国的文化宝库。藏族雕塑、书画艺术，伴随佛教发展，到元、明时期，都达到了高度艺术水平。元代铸造的铜塔铜佛像等，西藏各大寺院至今尚有保存，又如阔端为萨班铸造的铜像，至今保存在武威市博物馆。佛塑艺术，从元至明，更有显著的发展，如元初萨迦寺“造塑金身佛像，装置大殿宝顶”。西藏用金粉缮写佛经，大抵起于元代，如萨迦寺以金粉书写三藏（即经藏、律藏、论藏）。绘画艺术，当时在各大小寺院里得到了很大发展，壁画和卷轴画在各大寺院里共相媲美，达到很高艺术造诣，如后藏夏鲁寺的“舞伎”壁画和“群神供养”壁画，拉当寺的“滚噶吉祥”卷轴画和白度母卷轴画，都是宋、元时期藏传佛教绘画艺术的精品。
藏族医学、历法，到元代也都得到了进一步发展。这时的藏族《四部医典》修订本，成为藏医和蒙古医所奉行使用的最主要医典。还有大译师仁钦桑布前往克什米尔，向名医朵那巴奉献黄金百两，学得《医学八友精义摄要一百二十章》，又详解《月亮》经，并译成藏文，讲学授徒，培养了一批弟子，其中有如娘德·僧格扎、夏噶赤·耶西迥乃、翁门阿乃、芒布门尊等四名著名医生。当时西藏很多学者、高僧，都是兼通医理的，如萨班就曾给阔端治好了病，在他的全集里就收有医学论著。西藏历法，起于唐代，定于宋代，到元、明两代，适应农、牧业生产需要，又得以继续发展。元代噶玛噶举派红帽系的自然金刚著的《历数论》，流行于世，噶玛巴·仁钦珠于1323年著有《登协》，于1326年又著有《智者生悦》，都是关于历算方面的重要论著。
元代，藏族文化发展的成就与贡献，还表现在对蒙古文化发生了重大影响。据《水晶数珠》一书记载：“可汗（指阔端）请班弟达（指萨班）创制蒙古字，班第达为创制蒙古字，曾经一夜瞑想。翌晨黎明时分，有一女子持揉革搔木跪地。因此征兆，即依搔木形制蒙古字母，分阳、阴、中、强、虚、弱性母音三种。”蒙文文法《竹路恳桃》一书中也记有萨班创制蒙古字的事，“萨斯嘉·班第达……到达凉州……住其地七年。……当时，萨斯嘉·班第达曾于夜间瞑想，应以何种文字裨益于蒙古。翌晨兆现，一女子兼揉皮搔木前来跪拜。因依此兆，仿搔木形制作蒙古文字，分男性、女性、中性三类，编成强、虚、弱性三种”。例如 a e I na ne ni babebi 等等。萨班创制的蒙古字，因未推广使用，史载不详，所以研究蒙古文字史的人，将其称为一种传说。忽必烈即汗位后，命八思巴创制蒙古新字，《元史》记载：“中统元年，世祖即位，尊为国师，授以玉印。命制蒙古新字，字成上之。
其字仅千余，其母凡四十有一。其相关纽而成字者，则有韵关之法；其以二合三合四合而成字者，则有语韵之法；而大要则以谐声为宗也。至元六年，诏颁行于天下。诏曰：‘朕惟字以书言，言以纪事，此古今之通制。我国家肇基朔方，俗尚简古，未遑制作，凡施用文字，因用汉楷及畏吾字，以达本朝之言。考诸辽、金以及遐方诸国，例各有字，今文治寝兴，而字书有阙，于一代制度，实为未备。故特命国师八思巴创为蒙古新字，译写一切文字，期于顺言达事而已。自今以往，凡有玺书颁降者，并用蒙古新字，仍各以其国字副之。’遂升号八思巴大宝法王，更赐玉印。”
八思巴参考藏文字母创制的这种蒙古新字，后人称为“八思巴字”或“方体字”，它在蒙古文化史上占有重要地位。蒙古族原无文字，“处理万事，徒资唇舌，使命往返，必以口授”。后来曾借用畏兀儿字母来书写蒙古语言，但不能完全满足蒙古语表达的需要。八思巴创制的蒙古新字，当时被定为国字，主要应用于元代官方文书及官方造发的印章、碑刻、牌符、钱钞等，也翻译了不少汉文书籍，如《资治通鉴》、《贞观政要》、《大学衍义》等，还是以翻译藏文或梵文佛经为多。这种八思巴字由于字母过多，使用混乱，书写不便，最终被蒙古学者搠思吉斡节创制的蒙古文所取代。
萨班的《萨迦格言》和八思巴的《彰所知论》，对蒙古文化所产生的影响，也是重大而深远的。《萨迦格言》刊行后，在蒙古也颇受欢迎，以书面形式和口头形式广泛流传，长期传诵，出现了大量的蒙古文译本及各种版本和手抄本。
早在13世纪末14世纪初，《萨迦格言》就被译成蒙古文，并用八思巴字刊刻，可惜现在仅有一些片断保存下来，前苏联学者考证，这些八思巴字译本的片断，是最早蒙古文译本的唯一证据，也是世俗内容的蒙古文出版物的第一部著名文献。现在最流行的蒙古文译本，是内蒙古乌拉特旗莫尔根·格根的译本和察哈尔著名学者察哈尔著名学者察哈尔格布西罗布桑楚勒特木的译本。前者是18世纪中期翻译的，在北京以木刻本出版，后者是18世纪后半期翻译的，译文为诗歌体，语言优美生动，它不止一次地在查干·阿古拉寺院木刻刊印。察哈尔格布西罗布桑楚勒特木又是《萨迦格言》的蒙古注释本《开启宝库的钥匙》的作者，这本书在1779年为庆祝五世班禅到京，木刻出版，书中收入萨班在《格言》中引用过的47篇故事和神话。在西部蒙古人中有咱雅班第达（1599—1622）以自己创制的托忒蒙古文，于17世纪中期译成的《萨迦格言》，广为流行，在前苏联布里亚特自治共和国的布里亚特蒙古人中，也出版过三种《萨迦格言》蒙古文译本，流传甚广。正因为《萨迦格言》在蒙古人中如此受欢迎，如此深入人心，所以一系列的蒙古文模仿作品也纷纷产生，甚至形成蒙古文学中《萨迦格言》派。
八思巴有著述39余种，其中以曾为皇太子真金写的《说器世界等彰所知论》最著称。著名学者陈寅恪在《彰所知与蒙古源流》中指出：“《彰所知论》者，帝师为忽必烈太子真金所造。其书依仿阿毗昙之体，捃摭吐蕃旧译佛藏而成，于佛教之教义固无所发明，然于蒙古民族以历史之新观念及方法，其影响至深且久。故《蒙古源流》之作，在元亡之后将300年，而其书之基本观念及编制体裁，实取之于《彰所知论》。今日和林故址，至元国字难逢通习之人，而《蒙古源流》自乾隆以来，屡经东西文字之移译（满文、汉文及德文），至今犹为东洋史学之要籍。然则蒙古民族其文化精神之所受于八思巴者，或转在此而不在彼，殆亦当日所不及着欤！”
