不管当时关系密切或疏远及后来发生什么变化，西藏各教派积极主动、争先恐后向蒙古统治集团表示姿态，寻找各自的支持者，应是毋容置疑的。即便是蒙古大汗位转移到托雷系以后，这种联系仍然坚持不断。例如1253年忽必烈召见萨迦派新任法主八思巴时，也召见了噶举派首领噶玛拔希，噶玛拔希不愿留在忽必烈身边，1256年投奔了蒙哥汗廷，受到蒙哥汗宠信。蒙哥汗除授他金印，封为“国师”外，还赐他一顶金边黒帽，遂从此开始了噶玛噶举派黒帽系活佛的转世。蒙哥汗死后，噶玛拔希受到了冷遇和惩罚，但后来忽必烈还是放他回藏修持佛法，以示宽大，此派势力到元末才得到了发展，受到元顺帝的宠信。
元朝政府始终将西藏教派势力特别是萨迦派势力，作为其在西藏的代理人，通过对他们的有效操纵和利用，来实施对西藏的统治和管理。西藏各教派势力与元朝统治上层的紧密联系，更是受益匪浅，在政治、经济、宗教各方面都得到了巨大利益。
由于元朝皇室及诸王贵族的崇尚和皈依藏传佛教，西藏教派势力从而受到元朝统治集团的特殊优待，大批西藏僧人长期滞留在都城，享有很大的政治特权，成为元朝整体中一个特殊阶层，这个阶层的总代表就是帝师。忽必烈封八思巴为帝师，遂成为元朝定制，每代皇帝都封有帝师。
帝师者，顾名思义，皇帝之师也。其地位之崇高，可想而知。
“帝师之命，与诏敕并行于西土。百年之间，朝廷所以敬礼而尊信之者，无所不用其至。虽帝后妃主，皆因受戒而为之膜拜。正衙朝会，百官班列，而帝师亦或专席于坐隅。且每帝位即位之始，降诏褒护，必敕章佩监络珠为字以赐，盖其重之如此。”
每位帝师嗣立，皇帝也必赐玉印，并诏谕天下，尤其是八思巴1280年去世，忽必烈再一次加赐封号：
“皇天之下，一人之上，开教，宣文辅治，大圣至德，普觉真智，佑国如意，大宝法王，西天佛子，大元帝师，板的达八思巴八合失。”
这个“皇天之下，一人之上”的“封顶”殊荣，是特加给八思巴的，并非元代每位帝师死后，都能享用得上。
除帝师外，还有大批的西藏僧人也受到元朝统治上层的尊崇。这些人并非全为萨迦派，也有其他教派的人，他们有的受封为王，有的与皇室联姻，有的被皇子、宗王们奉为上师，有的在朝廷做官。如八思巴的异母弟意希迥乃，就被忽必烈第五子云南王忽哥赤奉为上师，噶玛噶举派三世活佛攘迥多吉，曾为宁宗举行灌顶仪式，被尊为上师，宁玛派高僧释迦沃因献经有功，被忽必烈封为上师。他们不仅取得各种封号和荣誉，而且实际利益也受到保护。如1264年颁发的《珍珠诏书》规定：“对依律而行的僧人，无论军官、军人、守城官、达鲁花赤、金字使者皆不准欺凌，不准摊派兵差、赋税和劳役……僧人之佛殿及僧舍，金字使者不可住宿，不可索取饮食及乌拉差役。寺庙所以之土地、河流和水磨等，无论如何不可夺占、收取，不可强迫售卖。”
还有一点特殊情况，是西藏宗教上层人物加入元朝政权统治，享有政治特权，往往是作为教派势力代表或寺院集团代表的身份而介入的，显而易见，他们代表着教派利益。
西藏教派势力获得的经济利益也是很大的。元朝每位皇帝每次接受灌顶，都必须赐予帝师大量财物，作为“供养奉献”，尤其是皇帝的各种赏赐，其数量之大和次数之多达到了惊人地步。如《元史·仁宗纪》记载，1321年“遣使赐西僧金五千两、银二万五千两，币帛三万九千九百匹”。《元史·英宗纪》记载，1321年“遣使赐西番撒思加地僧金二百五十两、银二千二百两、袈裟二万，币帛、幡、茶各有差”。同年十二月又“命帝师公哥罗思监藏班藏卜诣西番受具足戒，赐金千三百五十两、银四千五十两、币帛万匹、钞五十五贯”。此外，他们还以大做佛事、兴建寺庙等各种手段，索得的财物也是难以数计的。
西藏教派势力通过与元朝的政治关系和宗教关系，更获得了自身发展。元代在都城及全国各地兴建大批佛教寺庙，这些寺庙又多属藏传佛教寺庙，往往都由西藏僧人主持或直接参与兴建，主要也由以帝师为首的西藏僧人进行管理。这就使藏传佛教不仅在西藏地区，而且还在中原及江南地区都得以传播和发展。西藏僧人在兴建寺庙和从事佛事活动中，除获得政治、经济利益外，还获取了“统领天下僧尼，主管佛教事务”的地位和权利。
综上可见，有元一代，西藏各教派势力对元朝统治集团强烈的政治依附，为自身带来了极大的政治、经济、宗教利益。这不仅使元朝政府统治和治理西藏更加顺利有效，而且也使西藏各教派势力都获得利益，并得到发展。各教派都有所受益，都得以自由发展，对西藏社会局势稳定，生产发展都是有益的，特别还值得一提的是，作为帝师的八思巴，除致力于本教派发展外，对其他各教派基本上采取了平等、自由的态度。一次忽必烈对八思巴说，在西藏除萨迦派外，不宜有其他教派流行，打算取缔其他教派而独尊萨迦教派。八思巴劝阻说：“西藏各教派虽然教法有所不同，但是除本教以外都属于佛教，并无差别。若不许各派自愿奉行其教法，不仅有损陛下的国政与声威，对我们萨迦派亦无助益。因此请允许各教派有依其自愿奉信教法之权。”
忽必烈最终接受了八思巴的意见。这件事不仅反映出八思巴是一位很有道德修养的人，更说明他是一位头脑清醒、顾全大局的人，他既了解西藏的历史情况，又能正视西藏的现实社会矛盾。在当时西藏教派并立、各有优势的情况下，不可能有一个教派兼并或统一其他诸教派，对有广泛群众基础的宗教信仰问题，更不能采取禁止或取缔的办法，只能让其自奉教法，各依法流，自由信仰，自由发展。
另外也充分说明当时西藏各教派势力之间，基本上保持着互不侵犯、相安无事、并立共存、自由发展的稳定局面。
二、萨迦政教合一制度初步确立
萨迦派势力在元朝政府的大力支持下，不仅在宗教上居于领导地位，更在政治上享有高于其他教派势力的特权，随之萨迦派政、教权力的发展和巩固，萨迦派遂由教派势力逐步向政教合一的西藏地方政权转变。
教派系统是以“统领天下僧尼”的帝师八思巴为代表，政权系统则始自八思巴之弟白兰王恰那多吉。1265年，他们兄弟二人奉忽必烈之命返回西藏，筹建各级行政机构，包括划分十三万户，八思巴回朝廷后，恰那多吉作为忽必烈任命的“藏地三区法官”（“法官”意同“断事官”，是蒙古汗国时期治理一方的首席行政官员）留在西藏，代表元朝政府行使对西藏的行政统治和管理。1267年，恰那多吉去世后，经八思巴举荐，忽必烈任命曾代摄萨迦法位的释迦桑布为萨迦本钦，以接替恰那多吉的位置和权力。自此以后萨迦本钦一职由帝师举荐提名，由皇帝任命的方式遂成为定制。除释迦桑布任本钦的同时还得到“乌师藏三路军民万户”印信外，有的萨迦本钦还兼任元朝政府宣慰使官职。可见，以萨迦本钦为首的西藏行政权力系统，是由元朝政府直接控制的。此外，因本钦是出自帝师举荐，所以他们与萨迦昆氏家族关系密切，并代表萨迦派利益，元代帝师基本出自萨迦昆氏家族或是与昆氏家族关系密切的人，于是，西藏政、教两个权力系统，实际上都主要由萨迦派势力所把持。
帝师与萨迦本钦之间的教权、政权系统划分，并不是绝对的，从帝师“领宣政院事”和“帝师之命，与诏敕并行于西土”看出，帝师则是元廷在西藏的最高长官。正因为帝师拥有对西藏行政事务的干预权，所以萨迦历任本钦除代表元朝政府行使职权外，还必须同时秉承帝师及萨迦座主的意志行事，尽心竭力地为萨迦派的宗教利益服务。如很多本钦在任职期间，都是躬亲杂役，组织大批民夫为萨迦兴建寺院殿堂及围墙等，第一任本钦释迦桑布修建萨迦康赛大殿，并修建了萨迦大殿的内外墙壁，第二任本钦贡噶桑布修建了仁钦岗、拉康喇章，完成了佛殿的围墙，后来的本钦强多、阿迦仑，修建了萨迦外围墙、奔波日山的围墙、康赛寺院等。他们这样做是为了对帝师及萨迦座主负责并博得其欢心，以达到巩固自己地位的目的，这种以帝师和萨迦本钦分别代表的宗教和行政两大权力系统，互相联系和结合，遂成为西藏政教合一制度的基本雏形。与行政权力系统发展相辅相成，宗教权力系统也得到了较大的发展。
帝师八思巴在西藏还为自己设立一个喇让（即喇嘛私邸）组织，并设置了索本（司膳）、森本（管理卧室和服装）、却本（管理宗教活动）、嘉本（管理接待）、仲译（管理文书档案）、卓本（管理财务）、塔本（管理厨房灶具）、赞本（管理接引和仪仗）、丹本（管理营帐住房）、甲本（管理鞍具车辆）、达本（管理马匹）、佐本（管理牛）、其本（管理狗）13种私人侍从官员，管理个人和宗教事务。到第八任帝师公哥罗古罗思监藏班藏卜时，因兄弟众多，又进一步在萨迦寺内部分设了四个喇让，各兄弟分别担任每个喇让的座主，父子相承，并从中选出萨迦寺主。萨迦派势力以教派势力为基础而形成的政教合一制度，标志着西藏社会政治制度的重要变革。
