御史中丞吕诲说王安石有十大过错，神宗为此派吕诲去做地方官，王安石推荐吕公著代替吕诲任御史中丞。韩琦规劝神宗停止实行王安石新法的奏章送到朝廷，神宗顿时醒悟，想同意韩琦的意见，王安石立即请求辞去官职。司马光为神宗起草批答诏书，其中有“士大夫沸腾，百姓骚动”的言辞。王安石大怒，上章为自己辩护，神宗用恭敬的言语表示歉意，派吕惠卿传达旨意，韩绛又劝神宗留下王安石。王安石这才谢恩，对神宗说了朝廷内外大臣互相依附勾结的情况，并且说：“陛下想用先王的正道战胜天下流于颓靡风俗的人，是与天下流俗相互较量。流俗的这个秤锤重了，那天下的人们就会归向流俗；陛下的这个秤锤重了，那么天下的人们就都归向陛下。秤锤与物体较量轻重的时候，即使是重达千钧的物体，增加或减少秤锤铢两的重量就会使平衡发生改变。今天奸邪之人想败坏先王的正道，以此阻止陛下所做的改革。现在正是陛下与流俗的秤锤较量轻重的时候，流俗增加铢两的重量，虽极其微小，但是天下这一秤锤便归于流俗了，这就是天下议论纷纷的缘故。”神宗皇帝认为王安石的说法很有道理，于是王安石重新管理政事，韩琦的意见没有得到重视和采纳。
王安石与司马光一直交往密切，司马光根据朋友之间互相促进行善的道义，三次写信给王安石反复劝说他，王安石十分不快。神宗欲起用司马光任枢密副使，司马光还没有任职时，王安石执政，于是这项任命就没有生效。
虽然吕公著是王安石推荐的，也因请求停止实行新法而被派出任颍州知州。御史刘述、刘琦、钱颉、孙昌龄、王子韶、程颢、张戬、陈襄、陈荐、谢景温、杨绘、刘挚，谏官范纯仁、李常、孙觉、胡宗愈都因为与王安石意见不一致，相继离开朝廷。王安石立即提升秀州推官李定任御史，知制诰宋敏求、李大临、苏颂封任命诏令。御史林旦、薛昌期、范育弹劾李定不守孝道，都被罢免并逐出朝廷。翰林学士范镇三次上书议论青苗法，被罢免职务。吕惠卿因父亲去世离开朝廷，王安石不知把这一空缺留给何人，于是想到曾布，王安石很信任他，其程度仅次于吕惠卿。
熙宁三年（公元1070年）十二月，王安石任同中书门下平章事。第二年春天，京东路、河北路刮起暴风，民众很惊恐。神宗批示中书省、令省安静以应付天变，放还了这两路应募的农夫，惩罚不如实反映汇报情况的监司、郡守。王安石扣住不下达这道命令。
开封百姓为逃避保甲，有的人切掉自己手指，或砍断自己手腕。知府韩维报告朝廷，神宗便问王安石，王安石说：“这事我固然还不知道，即使有，也不足为怪。如今士大夫对于新政，尚且吵吵嚷嚷感到惊异不适应；何况二十万户百姓，必然会有因愚蠢而受到别人蛊惑煽动的人，怎么能因为这种人而不敢有所作为呢？”神宗说：“听取百姓的意见方能取得成功，百姓的意见也不能不艮惧。”东明县有人拦住宰相的马头控诉助役钱的弊端，王安石对神宗说：“知县贾蕃是范仲淹的女婿，喜好附和流俗，致使百姓做了这种事。”又说；“治理百姓应当知道他们的真假利弊，不可以对他们无原则地姑息宽容。如果放纵他们使之妄经中书省、御史等机构，击鼓拦驾，凭借人多以图不被治罪，这不是治理百姓的办法。”王安石强词夺理、违背常理已到了这种情况。
皇帝起用韩维为中丞，王安石反对韩维的言论，指责韩维善于附和流俗以否定神宗所建立的新法，此次任用韩维以其辞谢而结束。
欧阳修请求退休，冯京请求朝廷挽留他，王安石说：“欧阳修依附韩琦，认为韩琦是关系国家安危的重臣。这样的人，在一郡就败坏一郡，在朝廷就败坏朝廷，留下他有何用处呢？”于是仁宗同意欧阳修退休。富弼因为阻挠施行青苗法而被解除了宰相职务，王安石说这不足以阻止奸邪小人，甚至把富弼比作为共工、鲧。
灵台郎尤瑛说天气阴了太长的时间，星辰失去了正常的运行，应该废退王安石，朝廷立即把尤瑛刺面发配到英州。唐垌本是因为王安石的推荐而担任了谏官，因他借奏对的机会极力论说王安石的不是，结果被贬谪而死。文彦博说市易法是与百姓争利，导致华山崩塌。王安石说：“华山变故，仅是天意为小人而发作。市易法的实施，是因为平民长期穷困，用它来抑制兼并，对官府并没有什么利益。”便压下了文彦博的奏章，把他派出去任魏地的留守。吕公著、韩维是王安石凭借他们树立自己威望的人；欧阳修、文彦博是推荐王安石的人；富弼、韩琦是曾追随王安石的人；司马光、范镇是与他友情深厚的人。壬安石对他们都不遗余力地加以反对排斥。
礼官讨论确立太庙中太祖牌位东向的位置，王安石擅自决定把僖祖的牌位奉入祧庙，参加讨论的官员联合起来与王安石争论，也没有令其改变决定。上元节的晚上，王安石跟随圣驾骑马进入宣德门，守门卫士阻止呵叱，鞭打王安石的马匹。王安石大怒，上章要求逮捕惩治这些卫士。御史蔡确说：“晚上保卫皇宫的卫士，是在保卫皇帝而已，宰相不在他该下马的地方下马，卫士理应呵叱制止。”皇帝最终还是杖打了卫士，斥责内侍，王安石还是愤愤不平。王韶开凿熙河向朝廷报功，神宗认为这是王安石的建议，解下自己佩戴的玉带赐给了王安石。
熙宁七年（公元1074年）春天，天下干旱，饥民流离失所，皇帝满面忧色，在朝廷上感叹不已，想要废除所有不好的法度。王安石说：“水旱灾害是常会发生的，尧、汤时代也不能幸免，此事不足以使陛下忧虑，现在只不过要治理好人事以应付天灾。”皇帝说：“这怎么会是小事？我之所以感到恐惧，正是因为没能做好人事。如今收取免行钱太重，人们怨恨，甚至有人说出不恭顺的话来。从近臣到皇后家族，没有不说免行钱有害的。两宫太后声汨俱下，担忧京城会发生****，认为天旱是失去了人心所致。”王安石说：“近臣不知是谁，如果两宫太后也这样的话，那定是向经、曹佾所干的。”冯京说：“我也听说了这回事。”王安石说：“大臣中不得志的人都归附冯京，所以只有冯京听到了这些话，我没有听说。”胨安上门郑侠上疏，把所见流民扶老携幼的困苦状况画成图献给神宗，并说：“旱灾是王安石招来的。罢免王安石，上天一定会下雨。”郑侠因为这件事被放逐到岭南。慈圣、宣仁两位太后痛哭流涕地对神宗说：“是王安石扰乱了天下。”神宗终于怀疑王安石了，于是罢免了，也的宰相职务，而任命他为观文殿大学士、知江宁府，从礼部侍郎转为吏部尚书。
吕惠卿服丧期满后，王安石早晚不停地推荐他。这时他又奏请皇帝让吕惠卿任参知政事，又要求召韩绛代替自己。这二人坚持王安石制订的成法，态度坚决。当时韩绛的绰号是“传法沙门”，吕惠卿的绰号是“护法善神”。然而吕惠卿实际上是想自己掌握大权，担心王安石会重新回来当政，就借办理郑侠案件的机会陷害王安石的弟弟王安国，又兴起李士宁案件来倾覆王安石。韩绛觉察到吕惠卿的用意，密奏皇帝请求召王安石回来执政。熙宁八年二月，壬安石再次出任宰相，他接到诏令立即日夜兼程赴京。《三经义》写成后，王安石被加官为尚书左仆射兼门下侍郎。任命他儿子王雾为龙图阁直学士，王雱却推辞不就。吕惠卿劝说皇帝接受他的请求，由此王安石、吕惠卿之间的隔阂更加深了。吕惠卿被蔡承禧弹劾，在家等待皇帝的命令。王雱则暗示御史中丞邓绾再次弹劾吕惠卿和华亭县知县张若济共同违法谋利，应立案审查。吕惠卿便被派出任陈卅l知州。
十月，有一颗彗星出现在东方，神宗下诏征求直言得失，以及询问政事中不符合民众利益的地方。王安石带领同朝大臣们上疏说“晋武帝五年，彗星出现在天富轸宿；十年，又有一颗明亮的孛星出现。然而晋武帝在位却二十八年，与《乙巳占》所预言的日期不符合。这是因为天道遥远不可知，先王虽有官方占卜的预言，但他所相信的仍是人为之事。天文的变化总是无穷无尽，上下牵强附会，难道就没有偶然的巧合？周公、召公怎么会欺骗成王。他们说到中宗在位时间很长，就说‘中宗谦虚谨慎，兢兢业业，用天命约束自己，勤于治民不敢荒废政事’。他们说夏、商两朝维持很长时间时，也说是由于施行德政等等。裨灶预言要发生火灾，想祭祀免灾，国侨不听他的预言，裨灶就说：‘不采纳我的意见，郑国又将发生火灾。’国侨最终也没听他的意见，郑国也没发生火灾。有像裨灶这样的人，未免荒唐，何况今天占卜星象的术士呢？现在流传的占书，又是历代所禁止的，誊写错误尤其不知道有多少。陛下的品行至善至美，不仅比商代中宗更加贤能，而且周公、召公所说的话早就都看过了，哪还需要蠢盲之人再说什么陈词滥调。我听说两宫太后因为这件事而担忧，希望陛下用我等所说的这些道理，尽力开导劝慰她们。”神宗说：“听说民间极苦于新法。”王安石回答：“冬日严寒，夏天暴雨，百姓尚且怨恨，这属于正常。”神宗说：“不能使冬天严寒夏天暴雨这种怨恨也消失吗？”王安石听后很不高兴，回家后称病卧床，皇帝安慰劝勉后，王安石才上朝理事。他的同党出计谋说：“现在不要迅速提拔重用皇上不喜欢的人，那会对自己不利，这时就会有窥伺君臣间隙的人出现。”王安石同意这个策略。皇帝高兴王安石出来处理政事，听从他的一切意见和做法。当时军队出征安南，密探得到安南的露布，说：“宋朝推行青苗法、助役法，使平民百姓十分困苦。我国今天出兵，是要帮助拯救那里的百姓。”王安石听后大怒，自己起草敕膀诋毁安南。
华亭案长久没有结果，王雱把它交给门客吕嘉问、练亨甫共同商议，他们拿出邓绾所列举吕惠卿的事项，夹杂在皇帝下达的其他文书中，王安石不知道这件事。省吏到陈州把这件事告诉了吕惠卿，吕惠卿报告给皇帝，并控告王安石说：“王安石完全抛弃了自己所学的先懦教诲，而崇尚纵横家的末流方法，违背君命假传号令，欺骗圣上，要挟君主。一年之间干了许多恶事，即使是古代丧失德行倒行逆施的人，恐怕也不过如此。”又揭发王安石在私人书信中说“不要让皇上知道”这样的话。神宗把这些材料给王安石看，王安石反驳说没有这等事。回家后他问王雱，王勇说出了情况，王安石责备了他。王雱怒恨交加，背上的痈疽发作而死。王安石公开宣布邓绾的罪过，说：“邓绾为我的子弟求官并举荐我的女婿蔡卞。”于是邓绾和练亨甫都被治罪。邓绾最初是靠依附王安石而做谏官的，到王安石和吕惠卿相互倾轧时，邓绾极力帮助王安石攻击吕惠卿。神宗皇帝这时很厌恶王安石的所作所为。邓绾害怕失势，多次留在皇上身边，攻击王安石，以求自保；练亨甫阴险薄情，巴结奉承王劣而得到提升。这时他俩都被一道贬斥了。
王安石再次出任宰相后，多次托病请求离职，到了儿子王劣死去，他更是悲伤不堪，极力请求辞去一些重要职务。神宗更加厌恶他，罢免了他的宰相职务，任命他为镇南军节度使、同平章事、判江宁府。第二年，改任集禧观使，封为“舒国公”。王安石多次请求交还自己的将相大印。元丰二年，他再次被任命为左仆射、观文殿大学士。换官特进，改封为“荆国公”。哲宗即位后，他又被加封为“司空”。
元祜元年，王安石去世，终年六十六岁，他被追赠为“太傅”。绍圣年间，赐谥号为“文”，配享神宗的庙庭。徽宗崇宁三年，又配享文宣王庙，位次排在颜回、孟子之后，追封为“舒王”。钦宗时，杨时质疑，皇帝下诏停止了王安石在文宣王庙的配享。高宗采纳赵鼎、吕聪问的意见，停止了壬安石在宗庙的配享，并削去了他王位的封号。
早先，王安石训释《诗》、《书》、《周礼》。
写成后，颁布到学馆，天下称为《新义》。晚年他居住在金陵，又撰写了《字说》，书中有许多穿凿附会的地方。他的学说混合了佛经、老庄的思想。当时学习的人，没有敢于不传授学习他的学说的，主考官只用他的标准来录取考生，士者不得自立新说，先儒解释古典经书的著作，一律废除不用。王安石废黜《春秋》这部书，不把它列在学舍里，甚至戏弄地把它称为“片断残缺的朝廷公报”。
王安石还没有显贵时就已名震京师。他不好奢华，自称最为节俭，有时衣服脏了也不换洗，睑脏了也不洗，世人都说他贤德。蜀人苏洵却说：“这是不近人情的做法。像这种人大多是奸佞的。”并作了《辩奸论》一文讥讽他，说他和王衍、卢杞是同一种人。
王安石性格倔犟，遇事无论对错，非常自信，认定的事执意不改。以至于讨论变法之事，王安石与朝中大臣争辩得面红耳赤不可开交。
他引经据典，大发议论，动辄数百言，群臣都驳不倒他。他甚至说：“天变不足畏，祖宗不可学，人言不可怕。”他执政期间，几乎把内外老臣罢免殆尽，而多提拔一些轻浮而有点小聪明的年轻人。很长时间之后，因为全国发生大旱他才被罢免，自第二次复出为相后一年多又被罢免。此后，在神宗的时代再没有召用他，他执政长达八年之久。
苏轼传
