其后，蒋经国根据其父意见又草拟了《重整革命之初步组织的意见书》，蒋介石阅后认为可以采用。后来，蒋介石又问蒋经国：“组织如何策进?”蒋经国当时答不出，“内心非常惶恐”。鉴于失败的教训，蒋介石当时最关注干部选拔与训练问题。他认为干部选拔应采取并力行唐代取士办法，即先以身、言、书、判为选拔标准，后以德、才、业三者为任用依据。体格魁伟为身，语言清晰为言，笔法秀美为书，文理密察为判。蒋氏父子皆认为：以此取士，自可达到“天下为公”的境界。
4月15日，是蒋经国40岁生日。他早早起床拜祖，6时赴慈庵侍父作祷告、礼拜报恩。蒋介石为蒋经国题“寓理帅气”4字匾额，附跋，文日：
“每日晚课，默诵孟子‘养气’章。15年来，未尝或间，自觉于此略有领悟。又常玩索存心养性之性’字，自得四旬日：‘无声无息，惟虚微，至善至中，寓理帅气’为之自箴；而以寓理之‘寓’气，体认深切，引为自快；但未取示人。今以经儿四十生辰，特书此‘寓理帅气’以代私祝，并期其能切己体察，卓然自强，而不负所望耳。”
查“帅气”，语出《孟子·公孙丑(上)》：“失志，气之帅也。”意思是：应当立志做一个有作为的人。那么“寓里”又是什么意思呢?寓者，寄托也；里者，内也。就是说，要将志气寄藏于内不露于外。
对于父亲教诲，蒋经国谨记在心，并在日记中写道：
“凡此所言，希望于我愈深，亦鞭策于我愈力，此后修养治事，定以此为准绳。孔子日：‘四十而不惑。’我已至不惑之年，一事无成，且常感情用事，不能‘持志养气’，细想起来，真是惭愧万分。”
正当父子二人密议统治权术之际，中国人民解放军在国共谈判破裂后挥师南下，4月23日占领国民政府首都南京。国民党军兵败如山倒，浙东地区已有人民解放军在活动。蒋氏父子害怕家人成为共产党的俘虏，遂将妻儿送至台湾暂住，以免后顾之忧。
蒋家妻儿飞离溪口后，父子二人甚感凄凉。蒋经国奉父命令部下准备好船只，随时准备撤离溪口。蒋经国当时问其父去什么地方，蒋介石未予回答。奉命报到的是“太康”号军舰，舰长黎玉玺问蒋经国此行目的地点何在?蒋答：“我也不知道，不过以这次取道水路看来，目的不外两个地方：一是基隆，一是厦门。”
4月25日，是蒋氏父子在故里的最后一天。上午，蒋经国陪父亲辞别先祖母墓，再走上飞凤山顶，极目四望，溪山无语，“虽未流泪，但悲痛之情，难以言宣”。蒋经国在当日日记中写道：
“本想再到丰镐房探视一次，而心又有所不忍；又想向乡间父 老辞行，心更有所不忍，盖看了他们，又无法携其同走，徒增依依之 恋耳。终于不告而别。天气阴沉，益增伤痛。大好河山，几至无立 锥之地!且溪口为祖宗庐墓所在，今一旦抛别，其沉痛之心情，更 非笔墨所能形容于万一，谁为为之，孰令至之?一息尚存，誓必重 回故土。”
下午3时，蒋氏父子拜别祖堂，离开故里，乘车至方门附近海 边，再步行至象山口岸登舰。几分钟后，军舰鸣长笛驶向了波涛汹 涌的大海。
普陀云水堂
当军舰启锚后，蒋介石才说到上海去，蒋经国听后立即劝阻其 父不能去上海，因为人民解放军已经渡过长江，正对上海形成包围 之势，“此时到上海去，简直是重大冒险”。蒋经国的劝说未能奏 效，蒋介石执意去上海目的有二：一是不甘心自己的失败，到反共 前线去继续鼓吹保卫大上海，争取英美支持；二是督促盗运各种物 资，包括最后一批储备黄金。
26日下午1时，军舰抵达上海黄浦江的复兴岛。当天，蒋介 石先后面见了国防部长徐永昌、参谋总长顾祝同、空军总司令周至 柔、海军总司令桂永清、保密局长毛人凤、参谋次长郭寄峤、上海市 政务主任谷正纲、上海市长陈良、京沪杭警备总司令汤恩伯、上海 防卫总司令石觉、上海警备司令陈大庆等人，部署防卫。经蒋介石 审查批准：以3800个主碉堡、10000多座掩体碉堡为主体，由电 网、战壕相连组成上海防卫体系。蒋经国称上海防御为“东方的斯 大林格勒”、“东方的马其诺防线”。为给反共战争打气，蒋介石乃以国民党总裁身份发表了《和平绝望奋斗到底》的讲话，宣称：
“当此国家民族存亡生死之交，中正愿以在野之身，追随我爱国军民同胞之后，拥护李代总统暨何院长领导作战，奋斗到底。”
为了进一步鼓动反共士气，蒋介石将住所搬到市区。蒋经国再次表示反对意见说：“时局已经这样严重和紧张，市区内危险万分，怎么还可以搬进市区去住呢?”蒋介石生气地说：“危险!你知道，难道我还不知道?”
4月30日，蒋介石对军队将领发表训话时，一再要求部下坚守上海6个月，等待第三次世界大战的爆发，届时必将得到美国的全力保护。他还宣称他要留在上海不走，“要和官兵共艰苦”，“要和上海共存亡”。然而当蒋介石言犹在耳之际，随着人民解放军进军上海步伐的加快，蒋氏父子在上海再也呆不下去了，遂于5月7日撤离上海，前往舟山群岛。
撤离上海之前，蒋经国奉父命将上海剩余物资运抵台湾。同时他还安排上海守军的撤退问题。蒋介石前脚刚走，人民解放军便发起了解放大上海的战役，仅仅用了13天，被蒋经国称为“马其诺防线”的上海已在人民解放军的控制之下。
上海失守，“江南半壁业已风声鹤唳，草木皆兵”。蒋经国在日记中描绘道：“国事不堪设想，只有向天祷告，保护我父的安全和健康。”
5月中旬，蒋氏父子乘坐的军舰抵普陀。普陀是舟山群岛中的一个小岛。岛呈狭长形，南北纵长8．6公里，东西横宽3．5公里，面积12．76平方公里。最高峰为佛顶山，海拔291．3米，为我国佛教四大名山之一。历朝在此山兴建寺院，其中普济、法雨、慧济三大寺，规模宏大，建筑考究。父子二人弃船上岸后，直登佛顶山慧济寺，纵情山水，苦思退计。
父子二人游山时，遇一老和尚，他对蒋氏父子二人说：“寺中有一处名‘云水堂’者，专供来此朝拜的和尚食宿之用，因为‘云’飘来飘去，总是不断地流向他方而不知去处的，和尚行踪与此相类，故以云水名堂。”蒋经国听后感慨万千，他在日记中写道：
“窃念岂独和尚如云水，世人熙来攘往，亦莫不如云水也。韶光若白驹过隙，踪迹若水上浮萍，今日父子相依，海上飘泊，何去何从，得毋贻‘云水’之诮乎?”
在另两天的日记中，蒋氏父子的愁苦情绪更明显地表现出来：
“霪雨初晴，精神为之一振，但很快地又感觉到愁苦。连夜多梦，睡眠不安。”
“昨晚月色澄朗，在住宅前静坐观赏。海天无际，白云苍狗，变幻无常，遥念故乡，深感流亡之苦。”
思之良久，蒋氏父子“打消遁迹远隐之意”，决计去台湾重振“复兴大业”。5月末，蒋氏父子飞抵台湾，先后就住于阳明山(原名草山，因蒋介石推崇明朝哲学家王阳明，乃将草山改名为阳明山)和高雄寿山。初到台湾期间，蒋氏父子的心情受大陆败局的影响，一直很颓丧。烦闷之余，蒋氏父子开始拟定防台计划，以舟山、马祖、金门澎湖一线为前哨，并确定今后以台湾防务为第一。此间，蒋介石两次接到李宗仁和新任行政院长阎锡山来电，要其到广州“主持大局”。蒋经国觉得“尚非其时，亦非其地”。但蒋介石则不然，他认为复出的时机将要来临，迫不及待于6月18日复电李宗仁、阎锡山称：
“时局艰难，兄等持颠扶倾，辛劳备尝，感佩之余，时用系念，辱承约晤，能不遵行?兹拟于短期内处理琐事完毕，决定行期。”
其后，蒋介石在对部下的一次训话中，解释他将赴广州主持大政的理由称：
“我是一个下野的总统，论理不应再问国事，一切由李代总统来处理……但想起总理生前的咐托，勉以‘安危他日终须仗，甘苦来时要共尝’的遗言，现在是我党危难关头，所以我以党的总裁地位来领导大家同共产党作殊死战。”
金门岛血战
蒋介石父子一到广州，立即向当政的李宗仁发起挑战。蒋介石以国民党总裁名义频频召开会议，并于7月16日成立了国民党中央非常委员会。这一机构为非常时期的最高权力机关，政府一切措施必须先经过非常委员会决议通过方可有效。会议推举蒋介石为该机构主席，李宗仁为副主席，阎锡山、朱家骅、居正、吴铁城、吴忠信、何应钦、张群、孙科、陈立夫为非常委员会委员，程思远、洪兰友为秘书长、副秘书长。
蒋介石本为下野总统，此番又从李宗仁手中夺回了失去的权力，以国民党总裁身份兼任非常委员会主席，再次集党政军大权于一身，真正实现了从幕后走向前台。
与非常委员会机构相适应，蒋介石还决定在台北设立总裁办公室。黄少谷奉蒋令解释设立总裁办公室的原因称：
“总裁因不能常住中央党部所在地，事实上须有少数必需人员随同办事，故成立一小规模办事机构，称‘总裁办公室’。内分数组，或从事党务、政治、经济及国防等问题之研究，或办理事务性工作。”其性质属于“总裁私人秘书机构”。
该机构于8月1日在台北正式办公。这是继非常委员会成立之后的又一太上机构，它的成立表明蒋介石的独裁统治又有所加强。为了彻底搞垮李宗仁与抵抗人民解放军的进攻，蒋氏父子又接连抛出两个杀手锏：
一是蒋氏父子越过代总统李宗仁直接指挥反共战争。
7月16日，蒋介石主持国民党中常会与中政会联席会议，会议决定全力保卫华南重镇——广州。
7月19日，蒋介石在黄埔召集国民党高级将领会议，继续商讨保卫广州计划。蒋经国对其父提出：保卫广州最主要的条件应在人和。
7月22日，蒋氏父子乘船抵厦门，翌日召见汤恩伯及福建省主席朱一民，并主持军事会议，决定建立以台湾为中心的东南长官公署，以陈诚为长官。该机构于8月15日成立。同时决定守住福州，巩固台湾，支持到明年春天。但是，部署归部署，行动归行动，不堪一击的福州守军朱绍良部6万余人，在中国人民解放军的凌厉攻势下溃不成军。8月17日，人民解放军占领福州。随后，毛泽东挥兵进军闽南，9月16日攻占福建沿海的最大岛屿——平潭岛。9月下旬，毛泽东又发起了漳(州)厦(门)战役，10月中旬夺取了漳厦地区。
当人民解放军夺取厦门后，对金门岛形成包围之势。
按照毛泽东的构想，要彻底歼灭国民党蒋介石集团的残余势力，特别是攻占蒋介石集团所依托的最后据点——台湾，须分三步进行。
第一步：建立一支近期可用的海、空军，争取到海上制海、制空权。
第二步：扫清台湾的外围屏障，占领攻取台湾的滩头阵地。
第三步：准备在1950年夏“夺取台湾”。
中国共产党在实施解放台湾第一步的同时，也开始实施第二步骤——扫清台湾的外围屏障。攻打金门之战就是在这种情形下发生的。
金门岛位于厦门岛以东10公里，主岛大金门约124平方公里，小金门约15平方公里，周围还有大担、二担等几个小岛。对于金门岛，蒋介石后来多次宣称：
“今日东南亚的金门，可比之如今日欧洲的西柏林及第二次世界大战期间的马尔达岛，这是一座反共的堡垒”，“如果金门失守，马祖亦势难保，而台湾的堤防亦将崩溃”。
国民党军控制金门，既可以封锁福建、厦门的出海口，又可以屏障台湾岛。而人民解放军若夺取台湾，首先攻击的目标当然是金门、马祖。由于金门地理位置极端重要，当人民解放军对金门形成合围后，蒋介石电令守军总指挥官汤恩伯固守。攻打金门战役前夕，汤恩伯接到了蒋介石的电令：
“金门不能再失，必须就地督战，负责尽职，不得请辞易将。”
汤恩伯不敢怠慢，急令守军赶修工事，同时调胡琏第十二兵团所属2个师增援金门，使守军总兵力达3万多人。此时，国共两党军队隔海剑拔弩张，一场血战迫在眉睫。
