这时，众大臣都聚集在慈庆宫门外，等待朱由校下令。
而朱由校呆坐在慈庆宫里，一言不发，思想斗争非常激烈。在这个东宫，他得到过李选侍的照管，也吃过她的苦头，现在又担心她垂帘听政，会捆住自己的手脚。但对现在遇到的一方不移宫，一方非要移宫不可的对峙情况，他又觉得无能为力，看到杨涟等人的奏疏，他的情绪才开始慢慢安定下来，认为他们说的话非常公正、真诚，是一心要辅佐自己早日完成登基大典。
上完奏书，杨涟又劝方从哲一定要按原定的时间于明天举行登基大典。
方从哲见杨涟前来求自己，不由得又强硬了些。他再次变卦，老调重弹：“移宫之事何必这么着急？初九和十二日都是黄道吉日，等到这两天移宫也不晚，迟延几天有什么害处？”
杨涟怒视着他，斩钉截铁地说：“昨天，皇长子居住在东宫还可以，明天就要继位为天子了，怎么可以仍然偏居东宫，以避宫人？当今天子决不能像先帝一样，再回东宫举行继位大礼。即使是两宫皇太后活着，夫死也应当从子。李选侍是什么人？敢这样欺负藐视圣上？今日非移宫不可！”
这时，魏进忠和一帮太监都尾随而来，他们围着杨涟，气氛异常紧张。
魏进忠斥责杨涟道：“先帝尸骨未寒，你们就不念先帝的旧宠，是何道理？”
杨涟针锋相对地辩驳道：“我们是先帝册选的顾命大臣，先帝当然先顾他的儿子，怎么可能先顾他的妾？你们是不是吃了李家的俸禄，才如此为她叫冤？今天，你们要有胆量，就在这里先杀了我！否则，今天李选侍不移宫，我就决不离开这里！”
“对，我们就不离开这里。”刘一燝、周嘉谟等大臣也坚决支持杨涟，言辞激烈、态度严厉。
见众大臣纷纷怒气冲冲地责问李选侍，太监们吓得直往后躲。李选侍也吓得不轻，她经受不住强大的舆论压力，决定从乾清宫搬出来。
朱由校高兴起来，他立刻派人传旨：“先帝选侍李氏等，着于哕鸾宫居住，即日搬移。”
无可奈何花落去，李选侍在一片责骂声中，咬牙切齿地离开了乾清宫，移居哕鸾宫。因为时间仓促，她来不及等待侍从，自己抱着女儿（即八公主）徒步从乾清宫走到专供妃嫔养老的哕鸾宫。
同时，皇长子朱由校带着王安等内侍和群臣由慈庆宫搬到乾清宫。
这时，有人发现了魏进忠等人盗宝时掉在地上的珠宝，就报告了司礼监，于是，一传十，十传百，搞得满城风雨，沸沸扬扬。
“报告殿下，有人偷窃乾清宫宝物！”杨涟第一个上疏弹劾魏进忠。
“好大胆，竟敢趁着移宫之际，行盗窃之事。立即着司礼监和刑部查明，必须严惩！”朱由校大怒。
魏进忠见势头不妙，赶紧逃到自己的上司魏朝处躲藏，其余几个人都落入了法网。他们供认，盗宝的罪魁是李进忠（魏忠贤刚进宫时叫李进忠，现在，他改回原姓，叫魏进忠）。
魏进忠得信后，感到大难将临，急忙找到他的上司魏朝，“爹爹，救救孩儿。”
“怎么回事？”
“杨涟上奏，皇上要司礼监治我罪。”
“你也真是，当初跟小爷玩得好好的，去沾李选侍干什么？”
“孩儿有眼无珠，下次再也不干这种蠢事了。还望爹爹求求王公公开恩。”
“好吧。”魏朝答应了。
魏朝在王安面前全力营救，编造了一套谎言，说盗宝的是李选侍手下的李进忠，而不是魏进忠。
“不行，他和李选侍一起狼狈为奸，企图长期占据乾清宫。”
“我的爷，他魏进忠还不是为主子吗？李选侍是他的主子，他能不帮？关键时刻还能替主子着想，这不就说明他还有些忠心吗？”王安是心地善良的人，觉得也对，就不打算再拿魏进忠问罪。
此时，朱由校也传过话来，让王安算了。因为客印月找到了他，说魏进忠是上了李选侍的当，其实他是无限忠于小爷的。朱由校见客巴巴求情，又想到以前魏进忠常常陪着自己玩，心就软下来，反过来又去叫人找王安，替魏进忠求情了。
这样，参与盗宝案的其他人都受到了应有的惩罚，只有魏进忠由于朱由校的乳母客印月出面求情，最后不了了之，成了漏网之鱼。
这次与大臣们交锋，李选侍和魏进忠等被打得惨败。
九月初六，朱由校登基典礼正式举行，定万历四十八年（1620年）八月初一日以前为万历四十八年，八月初一日以后为泰昌元年，第二年为天启元年（1621年）。
从光宗朱常洛驾崩，到熹宗朱由校登基，前后共有六天。杨涟与刘一燝、周嘉谟平定国家的危险和混乱。言官左光斗协助他，其余的人都听从杨涟的指挥。
六天来，杨涟日夜忧思，头发、胡子全都白了。朱由校多次称他为忠臣。不久，提升兵科都给事中。
李选侍移宫的时候，杨涟就对各大臣说：“李选侍不移宫，不能表示尊敬天子。移宫之后，又应当采取措施安抚李选侍。这事在于各位的调停处理，不要让宦官利用这事发泄私愤。”不久果然流言飞语四起。
朱由校登基后，在审讯盗窃案时，李选侍的宫奴刘逊、刘朝、田诏等人因盗窃宝物被捕，供词牵连到李选侍的父亲。太监们想不出别的阴谋为李选侍开脱，于是就造谣说李选侍被投掷绞索，有人将皇帝的八妹打入井中。甚至有流言称，新天子对待李选侍过于严苛，肆意欺凌先帝妃嫔，没有仁主之风等等。
朱由校很是生气，让人追查流言来源。一查，这种说法多来自李选侍宫中的宫女、太监口中。李选侍移宫，他们也就此失势，口无遮拦，抱怨牢骚，肆意宣扬。一些大臣也逐渐接受了这一观点，加入传播队伍。
方从哲的党羽从这种流言中嗅出了反戈一击的良机。当初，方从哲等浙派、齐派和楚派大臣主张稍缓移宫，遭到杨涟、左光斗等东林党人的抨击。现在流言四起，他们认为全是急切移宫造成的。
于是御史贾继春给内阁上疏弹劾杨涟等人“不应当在新皇帝刚登位的时候，就诱导皇帝违背先帝旨意，逼走庶母，内外勾结，不停地罗织罪名，使先帝圣体未寒，就不能保护一个他所爱的女子”。
此疏一上，自然得到方从哲的首肯。
东林党人给事中周朝瑞奋起还击，将贾继春斥为奸党。在时人看来，凡敢为李选侍说情者均被视为奸邪人物。
贾继春又上疏反驳，疏中称：“皇八妹孤苦伶仃，被推入井中，谁来可怜？先帝的遗孀李选侍的委屈又向谁诉说？”此观点一时流传甚广。
一些大臣信以为真，开始站在方从哲一边批评东林党人，不少人请求“安选侍”，给她正名分，并提高待遇。
这时，刚即位的朱由校亲自降下谕旨，为自己辩解，并表明了自己的态度。他说：“李选侍太坏，她曾经无故殴打我的母亲，致使皇太后含恨而死。又要挟皇帝传旨封她为皇后，还妄想垂帘听政。虽然这样，我仍然赡养她很优厚，现在哕鸾宫中奉养李氏，尊敬她，并不敢有丝毫的懈怠。这事一定要使朝臣们知道。”
朱由校还褒扬了杨涟、左光斗等人。最后对李选侍的处理结果是：“停选侍封号，以慰圣母在天之灵，厚养选侍及皇八妹，以示遵先帝的旨意。”
恰在此时，哕鸾宫发生火灾，又有大臣认为此是天意示警，甚至有人认为是人为纵火，意图灭口。
皇帝的态度让贾继春等大臣很是难堪。
杨涟也专门写了《敬述移宫始末疏》，对移宫案的前因后果作了分析，并称：“李选侍自杀，皇八妹落井，流言飞语来自何方，我不可不说，我宁可今天得罪李选侍，也不愿让移宫不快点进行，不这样的话，就会使得女后独揽大权，造成垂帘听政的事实。”
朱由校又下诏褒奖杨涟对安定国家所作的贡献，降旨详细陈述了宫中的事情。
于是，贾继春又上疏攻击杨涟勾结内监王安，企图入阁。
杨涟非常愤怒，十二月上疏乞求离职，立即到城外等候命令。皇帝又一次褒奖他的忠诚耿直，却同意他回家。
最后，贾继春也被“除名永锢”，革除官职，终身不得入仕。
此后，围绕移宫案、梃击案和红丸案的争论仍在继续，成为党争的重要内容。争斗从唾沫飞溅的唇枪舌剑，发展到鲜血淋漓的杀戮--因为一代权奸魏忠贤已经粉墨登场了。
5 天启朝三朝要典颠黑白崇祯帝重定三案荡余波
朱由校即位后，信任左光斗等人，在他们的建言下，又起用了一大批正直官员，出现了天启初年“东林士盛、众正盈朝”的局面。只是这个局面太过短暂，很快就被迅速飙升的魏忠贤搅了个天翻地覆。
魏忠贤目不识丁，却极有权谋，歹毒阴险。他与朱由校的乳母客氏狼狈为奸，迅速爬到了司礼监秉笔太监的位置，控制了内宫，并逐渐操控了贪玩的朱由校。随后魏忠贤开始侵入外廷，四处安插亲信党羽，不择手段打击异己。那时有着数不清的阿谀奉承之徒，令魏忠贤非常轻松地把外廷群臣弄得落花流水、七零八落。他的周围聚拢了一大批死党，有名号的就有“五虎”“五彪”“十狗”“十孩儿”“四十孙”，等等。他们狗仗人势，为虎作伥，无恶不作，制造了累累冤狱，手段之残忍令人发指。更重要的是，随着势力的扩大，他们还要钳制舆论，镇压异己。为此，魏忠贤阉党开始全面推翻“三大案”。
追随魏忠贤的人在“三大案”中大多被东林党人斥为奸党，遭到弹劾而贬谪、流放。他们始终怀恨在心，借机翻案，获取舆论的支持。在魏忠贤死党、刑部给事中霍维华的倡议下，阉党开始纂修《三朝要典》。编撰该书的宗旨是，配合打击东林党，对万历、泰昌、天启三朝发生的“三大案”进行重新论述，仿效《明伦大典》，命史官编写成书，以公示天下，控制舆论，垂范万世。
阉党首先从梃击案入手开始翻案。梃击案发生后，王之寀质疑疯癫一说，自己私下调查，尽管查出了事情真相，却让明神宗朱翊钧和郑贵妃很下不了台，局面几乎失控。此事逼得二十多年没有上过朝的朱翊钧不得不召见群臣，平息众怒。朱翊钧本人对王之寀甚是不满，万历四十五年（1617年），有人弹劾王之寀，朱翊钧就趁机削去了王之寀的官职。天启初年，王之寀才重新被东林党举荐入京为官，做了刑部侍郎。
阉党得势后，翻案的第一步就是诬陷王之寀“捏造案情、用以敲诈”，在阉党的轮番攻击下，王之寀终于被除名。后来又诬陷王之寀曾向郑国泰逼索赃银二万两，将其逮入刑狱，需缴纳白银八千两赎身，最后王之寀含恨死在狱中。当初支持王之寀的人员也轻重不同地遭到廷杖、流放等处罚。
对于红丸案，阉党把罪魁祸首认定为孙慎行。天启二年（1622年），红丸案已经过去许久，耿直的孙慎行又上疏攻击方从哲难逃弑君罪名，把进药的责任全部算到方从哲头上，又称方从哲与郑贵妃相互勾结，里应外合，为此，“陛下应该惩办方从哲，以雪不共戴天之仇”。
孙慎行威望颇高，此时上疏令方从哲很是难堪恼恨，只好自请去职。魏忠贤党羽攻击孙慎行蔑视先皇，无人臣礼，将其削夺官职封号，流放宁夏边关。阉党又搜捕其他官员。在红丸案中与方从哲唱反调攻击崔文升、李可灼的多是东林人士，如邹元标、李三才、高攀龙等，均列入被捕名单。邹元标、李三才当时已经去世，就削夺了他们的封号。高攀龙则在被抓捕时跳湖自尽，他的儿子也被逮入京师，流放边疆。
对于移宫案，因为魏忠贤本人在此案中最为李选侍卖力，且领头盗宝，饱受失败之苦，于是翻案更加彻底。杨涟、左光斗被并列为罪魁祸首。二人在移宫案中出力最多，言语最激。杨涟还曾上疏弹劾魏忠贤有二十四条死罪。为了彻底打击东林党，魏忠贤又重新起用了被“除名永锢”的贾继春。
贾继春随即上疏称移宫案中杨涟与左光斗目无先皇，罪不容诛，并在阉党授意下，将二人扯入当时的大案。这样，杨涟、左光斗都被定罪为“党同伐异、招权纳贿”，均追赃二万两。与他们一起被逮的还有周朝瑞、魏大中、袁化中等四人，都被残忍害死，史称“六君子之狱”。之后，阉党又制造了“七君子之狱”，把支持杨涟的周顺昌等人用“欺君蔑旨”的借口逮捕入狱，严刑拷打至死。
阉党还编造了《东林点将录》、《东林党人录》，企图将东林党人一网打尽。为使翻案一举成功，确保查不出漏洞，阉党还把《神宗实录》、《光宗实录》等都重新改写，力图做到天衣无缝。
血雨腥风之中，“三大案”的真相已经被篡改得面目全非。
以上这些都为《三朝要典》的编纂准备了良好素材。天启五年（1625年）底，魏忠贤认为编纂《三朝要典》的条件已经成熟。他假托皇帝谕旨下令开工，谕旨中将杨涟、高攀龙、左光斗等称为奸人，“使天下万世无所疑惑”。
经过数月辛劳，天启六年（1626年）六月，《三朝要典》终于出炉。该书记载了万历四十三年（1615年）到天启元年（1621年）的事，共二十四卷。内阁首辅顾秉谦代熹宗朱由校写了“御制序”，使该书完全一副钦定的派头。
“三大案”的主要人物，在此前已经被定罪。《三朝要典》中又列出了许多从属人物，称都应逮捕治罪。不过，这一大任务还没完成，年仅二十三岁的天启帝朱由校就驾崩了，由其十八岁的弟弟朱由检继位，就是著名的崇祯帝。
崇祯目睹了魏忠贤一党的胡作非为，即位之初，就以迅雷不及掩耳之势处置了魏忠贤，并在即位的三个月之内就一举粉碎阉党。不久，他又颁布了《钦定逆案》，将阉党二百六十二人按罪行分为六等，依律处置。崇祯还对遭到阉党打压的大臣，一一平反，赠官抚恤，人心大快。
对于如何处置《三朝要典》，群臣的意见并不一致。按理，该书颠倒黑白，不实之词充斥其中，应该将之销毁或者是删改其内容。但因该书前有“御制序”，表明该书是先帝钦定，如果销毁，则是“失孝”，对先帝不敬。
东林党人、翰林院侍读倪元璐上疏称《三朝要典》是魏忠贤指使人编辑的私书，应该销毁。
崇祯读过此书，深有同感，决定销毁此书，并降旨：“从今而后，官方不再以这本书中是非为依据，使用人才也不再以这本书的定性为依据。”
至此，围绕“三大案”的主要争论已经基本结束。在南明小朝廷，还有人重拾“三大案”攻击政敌，甚至拟再修《三朝要典》翻案。可以说，“三大案”被作为党争的题目，一直伴随着明代走完了最后的年月，直到它彻底“寿终正寝”。
三案背后是宫廷权力的斗争，影响大，时间久，范围广。三案使明末党争火上浇油，对“三大案”的态度和立场成为辨别忠奸正邪的唯一标准，尽管这个标准在人为操纵下随时更易，而且每次更易都造成不可避免的争斗。站在今天，反思“三大案”，我们不由得惊叹，“三大案”中一些东林党人所表现出的血性和坚韧及与奸邪斗争的凛然正气和坦荡胸怀，令人心向往之。
另一方面，门户之争又使明朝的君臣们围绕小事，争论不休，睚眦必报，而置国家政局于不顾，耗损了本来就已经奄奄一息的明朝的不少精力，甚至影响到边关战局，加速了明朝的灭亡。
