七月二十一日晨（8月15日），奴才入宫，始知皇太后皇上业已出巡，又晤户部尚书崇绮？，同拟追随车驾，其时东北城门均已关闭，绕道而出。奴才思此时要务，首在收集军队，但数晤宋庆、董福祥，知吾兵连次大败，受创深重，若无大队援兵，决难再战，且兵心已馁，见敌即溃。奴才乃同崇绮至保定，住于莲花书院，终夜筹商挽救之策。崇绮忧痛之极，次晨即悬梁自尽而死，身畔有遗折一封，与奴才信一函，绝命诗数首，奴才仅将其遗折代呈御览。崇绮以身殉国，当为我皇太后皇上所深悯，其平日操守廉洁，自恨无力挽回国运。当举朝尊信拳匪妖术之时，崇绮深轻视之，谓不值智者一笑。在此危急颠沛之秋，奴才失此良友，深痛于心。奴才身统北洋军队，一
注释：①大阿哥的老师，同治皇帝的岳父，他的女儿孝哲毅皇后阿鲁特氏于1875年自尽。息尚存，惟有竭尽心力，勉负重责。
现正料理崇绮身后之事，谨具折述其殉节时之情形，想皇太后皇上阅之，自必优予赐恤，以慰忠魂。
奴才随后当即奔赴太原行在，期竭绵力，并请无力斡旋之罪。
太后批复这封奏折，赞扬崇绮的忠心和廉洁，并赐予他极高的封号。
在荣禄一行人赶往山西的途中，荣禄夫人得了重病，一命呜呼。她刚刚才在保定府与荣禄会和。老佛爷热情欢迎荣禄来到太原，将荣禄的妾刘氏升为 “福晋”，即正室之妻。刘氏甚得太后欢心，经过此次西巡，影响增大，回到京城后，权倾一时。慈禧询问荣禄，接下来如何是好。荣禄如往常一样，直截了当地回答说：“老佛爷，前面只有一条路可走。杀掉端王和支持义和团的其它王公亲王，后转驾回京。”
一位满族官员讲了一件事，可以看出当时皇帝、太后和荣禄三者间的关系。荣禄到达太原府后，光绪皇帝派人召见，对他说：“你来了，朕很高兴，朕希望你速杀端王，不得延误。”
然而，荣禄答道：“没有太后的懿旨，奴才怎敢妄为。皇上独断下旨的日子早已过去。”？
要不是受太后青睐，荣禄的地位早就保不住了。荣禄迥然不同，常常一意孤行，因此树敌颇多，不仅仅改革派对其恨之入骨，就连顽固派官员也不喜欢他。当然，他也不像崇绮那样忠正廉洁。在太原时，御史上奏太后，称荣禄包庇一名叫做陈泽霖的官员，此人侵吞无数军款。荣禄曾称要追查此事，后禀告军款实由联军抢掠。御史大臣毫不犹豫地说道，荣禄于此事中得利甚多，陈泽霖派了一个姓姚的军士给他送去了四万两白银，二十磅上等燕窝，四箱丝绸。太后将此奏折留中不发，想要以此扩充自己私库。荣禄后来庆生及为亡妻下葬吊唁，亦收到了大量钱财和礼品，连太监总管李莲英看着
注释：①暗示1898年光绪皇帝下旨杀荣禄一事。都垂涎三尺，嫉妒得很。
在太原府，很多官员都赶来随驾，他们都想要争得高位，勾心斗角逐渐增多。那些从京城就随驾西行的官员，觉得自己一路上吃得苦头太多了，风餐露宿，历经艰险，而其他官员都是在艰难时刻过后才赶来的，更别提那些现在还在极力赶来讨功的官员了，他们认为自己应该得到特别的嘉奖和封赏。
在太原时，不论是太后召见群臣，还是军机会议上，讨论的主要话题就是两宫是应该返回北京还是迁都至西部或南方的某个城市。张之洞上奏，强烈建议将都城迁至湖北正阳，称这个城市地处中央且地势很好，更重要的一点是，“正阳”（意为向南）名字起的好，很吉利，意味着好日子就要来了，且皇帝正好坐北朝南。张之洞的政敌则称此建议暗示他想要光绪皇帝重新掌权。
荣禄坚持建议太后返回京城，军机大臣鹿传霖和王文韶也支持他的观点。他一刻不停，建议太后回京。最后太后决定回京并非是因为众大臣的奏疏，而是因为她深信荣禄胆识过人。在太原府期间，就此事的争论喋喋不休，但是到了九月的时候，流言传到太后耳中说联军将要派一支军队到山西，报杀戮外国教士之大仇。因此，太后决定立即出发前往西安府，认为那里比较安全，可以避开联军的追杀。九月三十日，两宫离开太原府，然而中国人一贯注重顾全体面，为了挽回面子，太后发了一道谕旨，解释继续西行的原因，谕旨内容如下：
谕朕恭奉慈舆，驻跸太原，将近两旬。该省适值荒歉，千乘万骑，供亿维艰，食用皆昂，民生滋累，每一念及。惄然难安。且省城电报不通，京外往来要件，转辗每多延误，不得已谨择于闰八月初八日启跸，西幸长安。
出发前往陕西途中，一切安排都妥当周全，比之前的行程舒适多了。但是，太后得知刚毅死亡，亦十分悲痛。刚毅是义和团的支持者，在守旧派中最为顽固暴烈。在一个叫做侯马的地方，他一病不起。尽管督察院左副都御史何乃莹留下照顾，他还是在三日内病逝了。老佛爷对病重之人甚是不舍。他死后，太后对他的儿子（随驾于西安）非常关怀，常常向他赞扬其父忠义爱国。
在西安府，两宫先是暂时居住在为甘肃和陕西官员巡视特设的临时督署中，后搬至当地官员的府邸。这两处衙门后都被用作两宫的临时宫廷，墙壁涂成了紫禁城的朱红色，外院围上了一道栅栏，周围有皇家侍卫巡视，外面房间被暂时改为三公九卿办公场所。
尽管空间不大，但一切摆设安排与京城无异。行宫的主殿空着，侧殿被用作官员等候召见之地。主殿的后边是一间房，门由六板构成，两扇开着，可以透过它们看到内部，里面有一座宝座，以黄缎装饰，这里就是举行朝廷典礼之处。此屋左侧的房间用于每日的早朝，再后面是太后卧室和两间用于密谈的起居室。皇帝和皇后则住在一间极小的卧室，通向太后那间。西边有三间小屋，为大阿哥所用，总管太监住在太后卧室东边那间。这些都是临时准备的，规模较小。而且当时财政紧缺，因此极其注重节省，太后亦对各省进贡银两和贡品能否安全抵达极为关切。
岑春煊非常节俭，由他掌握这些财政大权，老佛爷甚是放心，深知他肯定会节俭行事。举一例，当时两宫每日的膳食费用为二百两银子，按老佛爷的话说，相当于宫中时期的十分之一。有一次，太后说道：“我们现在真是节俭。”而岑春煊则回答：“此数额仍然有减少的余地，省下来的钱可以用作他用。”
按照太后的习惯，每日傍晚由当值太监奉上菜单，列有一百多种菜肴，供太后选择。自从离开京城，南方各省进贡了燕窝等其他珍奇佳肴，太后很是赞赏，不像之前那样吃许多的鸡肉和鸡蛋，而是由燕窝等取代。但皇帝和往常一样，只吃蔬菜。太后下令每顿饭不得超过六道菜。她平日喜欢喝牛奶，为了保证牛奶供应，每月出二百两在行宫附近饲养了六头奶牛。整体来说，太后身体很健康，只是有些消化不良，太后认为这是因为环境气候变化，自己一路奔波所致。有时她会失眠，宫中几位太监善于按摩之道，经常为她按摩。
两宫在西安府安定下来后，经劝说，太后准许在宫中搭台演戏，并且似乎乐在其中，仿佛与在京城时并无差别。但是，她心中时时刻刻惦记着京城中与洋人议和的进展，凡有电报需立即呈给她。颐和园被亵渎的消息让她火冒三丈，忧心忡忡。留守北京的孙太监写信告诉她，洋人将她的宝座扔进了湖中，洋兵还在她的卧室墙上画一些淫秽下流的画，太后知道了更是怒不可遏。但是当听到中外议和的协议已经达成时，她的火气才稍消了一些。这些议和协议随后在九月七日登报公布。
1901年6月，条约签订后，太后立即发布圣谕宣布于九月回銮京城。这份圣旨是以皇帝的名义所发，内容如下：
上年七月以来，仓卒播迁，朕侍慈禧端佑康颐昭豫庄诚寿恭钦献崇熙皇太后，暂驻关中，瞬将经岁，眷怀宗社，时切疚心。今幸和局已定，昨经谕令内务府大臣扫除宫阙，亟欲即日回銮，惟现在时令已交仲夏，天气炎热，圣母年高，理宜卫摄起居，以昭颐养，万难于溽暑之际，跋涉长途，自应俟节候稍凉，再行启跸。兹择于七月十九日朕恭奉慈舆，由河南直隶一带回京，著各该衙门先期敬谨预备，将此通谕一体咸知。
显然，此时老佛爷已经意识到了之前支持义和团的错误，意识到那是愚蠢之举。而那些支持义和团的首领不是被杀就是自尽。有人听到太后说：“这些亲王大臣只会吹嘘，仗着自己是皇亲国戚，夸下海口，称洋鬼子绝对不是我大清国的敌手，他们愚暗，险些亡国。我只可惜赵舒翘一个人。”
去西安府和回京的途中，太后对贫苦农民的生活和境遇很关心。她给山西的灾民发放赈灾银两，对这些灾区人民的悲苦境遇很同情。她对皇帝说，从前身处宫中，竟不知宫外百姓生活如此艰辛。
在西安府居住期间，较戊戌政变后，皇帝享有了更多参与朝政的自由，尽管太后也常常和他商议国事，且采纳其建议，但在重要事情的决策上皇帝依然没有发言权。
皇帝性情不稳，喜怒无常，时不时发脾气，因此，朝中大臣凡事更喜欢禀告太后。这段时期，只有一件重要的任职大事，太后满足了皇帝的要求，那就是任命之前的帝师孙家鼎为军机大臣。
1900年1月，选立大阿哥后，孙家鼎便毅然辞官，他认为选立大阿哥等于废黜了当今皇帝。随后，义和团暴乱，他依然留在北京，家中被抢掠一空，要不是荣禄相救，恐怕他早就没命了。
同时进入军机处的还有鹿传霖。围攻外国使馆区伊始，他便离了江苏总督一职，带三千兵卒北上抵御洋兵，保卫京城。还没到北京，就得到消息说北京已经陷落。他遂遣散部队，回直隶老家待了几个星期，后赶到西安府随驾，太后对他甚是欢迎。直到逝世？，他都一直是军机大臣，和其他京城高官一样，他对国家政策和中国在世界上的地位的看法不论在义和团运动前还是之后，都没有什么变化，始终如一。他能够离开江苏总督之职，擅自前往北京，说明当时中国的地方官员享有一定的自主权，只要他们手段强硬，意志坚定，可以说其管辖区就是一个半独立国家。
当时一位苏州官员负责将贡银、贡品送到西安，回到苏州后，他给京城的好友写了一封信，详细描述了两宫在逃亡期间的生活，以下部分便摘自其中。这份文件属私密，本非旨在出版发表。从这份文件，我们可以了解到那些官方文件中鲜见的对宫廷生活的描述。摘选内容如下：
太后仍独揽大权，无论巨细，躬身裁夺。最信任者，为荣禄、鹿传霖、岑抚现已失势。朝议颇主回銮，予见太后精力强健，虽寿已六十有四，而望去不过如四十许人。皇帝貌甚郁郁，近日稍好。大阿哥年十五，肥胖粗野，状类伧荒，喜穿武装，常出外观剧，故予得见之。戴一金边毡帽，内穿皮衣，外罩红色军服，如夺标者。与戏子流氓熟识，颇工马术，亦善音乐，如台上鼓板稍错，即离席大骂，或自己上台代之。种种怪状劣迹，有时为太
注释：① 他死于1910年8月26日。后所闻，则重加鞭责。近与侍奉太后之宫女有私，太后知之，大怒，因此吃亏不小。常与李莲英在外浪游？，予友高某曾论之曰：“彼以候补皇帝之资格，恐不久成为废太子矣。”此语甚为隽妙，且极确实。彼从不读书，所好者皆下流之事，形容粗暴，不堪入耳。今述一事，十月十八日彼同其弟、其叔及义和拳首领澜公，带领一群太监，至城隍庙内之戏场看戏。太监恃其势力，欲占最佳之座位，因此与甘勇致起争端。甘勇蛮横，太监及其余之小官，均被打，戏场纷乱。由此一事，即可想见不堪之状，又可因以见太监之势力。太监既被打，即思报复之计，借事在岑府处，诋毁开戏园之主人，乃将各戏园一并封闭，并将园主枷号示众。抚台出示，言太后因陕省荒歉，国家多事，不当演戏娱乐，并各茶馆亦皆封之，人人均知系太监之力也。其后内务府大臣继禄，又求总管太监李莲英，请太后降谕，重令各戏园开演。其所出之告示，言：“现已得雪，大有丰年之兆，戏院准予重开。”
在西安期间，总管太监李莲英没有在京那么跋扈，大部分时间和精力都用来验收报管贡银贡品。进贡物品数量不足，质量不好，没有达到他的期望，他就拒收，给各省进贡官员带来无数麻烦。
十月，太后万寿之前数日，岑抚提议欲举行庆典，仍旧照例进呈贡物。浦侗强烈反对，言：“国势危急至此，宗庙陵寝，皆在外兵之手，老佛爷何心更做万寿？”乃寝其议。岑抚虽有强项之名，大言不惧，其实与李莲英联络甚密，有人言其近与奏事处之太监结为盟兄弟。因此之故，乃得尚书，赏在紫禁城内乘坐肩舆也。？
董福祥已回甘肃，其部下之兵，归谭提督统带。此人在回匪扰乱之时，曾著有战功者。
老佛爷希望战胜洋人之心，似仍未绝。夏震武上奏，保荐一蛮子，请太后重加任用，谓如不能战胜联军，愿以全家作保云云。注释：① 当年李莲英也随同同治帝如此浪游。② 中国官员共同之处为相互之间嫉妒，在对手背后恶意诽谤、中伤。
