政变刚刚结束，慈禧便对奕訢集团论功行赏。同时，加紧新政权的建设。
咸丰十一年十月初一日（11月3日），一口气授给恭亲王奕訢三个要职：议政王、军机大臣、宗人府宗令。清初努尔哈赤虽设过议政王，但授予多人，而非一人。皇太极继位，命总管旗务之八大臣与诸贝勒共同议政，议政王的权力大大削弱。雍正年间设立军机处之后，议政王权力进一步削弱，仅存其名，乾隆时即被裁撤。根据清代祖制，亲王、皇子不得干预政事，现在奕訢不但得以重入军机，而且一人独受议政王之职，这在清代历史上绝无仅有。初二日又被补授内务府总管大臣之职务。这样，奕訢身兼四职：议政王一职，众王之首；同时又是军机大臣之首；宗人府管着所有的满人贵族，内务府又掌着宫廷内部的所有事务。每一个职位都是显赫之极，奕訢集大权于一身，极尽荣宠，权倾天下。
不仅如此，军机处的人选也完全是奕訢挑定的。他们是户部左侍郎文祥、大学士桂良、户部尚书沈兆霖、户部右侍郎宝鋆；另外他还命积极参与政变的曹毓瑛在军机大臣上学习行走。整个军机处人员，全是奕訢的心腹。
其中桂良是奕訢的岳父，历任湖广、云贵、直隶总督及吏部、兵部尚书等职，拜文华殿大学士。第二次鸦片战争中，奕訢奉命督办和局时，桂良作为其幕后智囊之一，参与了历次对外谈判。
沈兆霖，道光十六年（1836年）进士，历任翰林院编修、兵部右侍郎、户部右侍郎、署户部尚书、兵部尚书等职。当年肃顺专权，飞扬跋扈，朝臣莫敢与之对抗，独沈兆霖敢于直言政事，数持异议，是一位正直之臣。
宝鋆，满洲镶白旗人，道光进士。他出身贫寒，对民间疾苦有所了解。议和期间，他力主开库放银，稳定军民，办了不少实事，成为奕訢集团的重要人物。
曹毓瑛，道光十七年拔贡，授兵部七品小京官，后充军机章京，在慈禧、奕訢与八大臣的争斗中，他主动充任奕訢集团在热河的耳目。政变之后，受到慈禧和奕訢的赏识和重用。
文祥，军机旧臣，咸丰八年（1858年）即入军机处。咸丰帝出逃热河时，力持不可，与英、法交涉时，他署步军统领坐镇京师，统筹洋务全局。政变成功后，奕訢对其倍加信赖，视之为股肱心腹之臣。
十月初八日，两宫皇太后又以论功行赏为由，召见奕訢，宣示“著以亲王世袭罔替”，这可是至上的荣誉！世袭罔替，俗称铁帽子王，大清有国近二百年，仅有九人受此封赏。除雍正朝怡亲王允祥，因公而忘私、视国如家，死后被乾隆命王爵世袭外，其他八位均因有开国之大功勋而受册封的，如顺治年间礼亲王代善、郑亲王济尔哈朗、睿亲王多尔衮、豫亲王多铎、素亲王豪格、成亲王岳托、武英郡王阿济格和安平贝勒杜度等八王。
此时的奕訢心里明白，即使受此封赏，也并不能永保子孙的安康与荣耀。多尔衮当初是何等地显赫，死后立即被追夺爵号；刚刚死去的肃顺、端华都是铁帽子王郑亲王的七世孙，载垣是允祥的五世孙，现在还不是身首异处。月满而亏，人满则损。云谲波诡的宫廷内部政治斗争，使他意识到即便自己位高权重，也当格外小心为是，于是情辞恳切地辞谢太后。
慈禧甚感纳闷，也不知恭亲王葫芦里卖的什么药。于是又以先帝遗言为名，希望奕訢能接受世袭罔替之封赏。一听乃先帝恩旨，奕訢顿时声泪俱下，想起自己与四哥儿时的手足情义，后来十年的恩恩怨怨，到如今两人已是阴阳两隔。若四哥生前真有此言也不枉兄弟手足一场。但此时不能简单相信，于是仍极力辞谢。慈禧无奈，只好作罢。
十月初十日，又发布上谕，奉两宫懿旨，对康慈皇太后崩后一直未升太庙一事，着大学士会同六部九卿详议尊谥，后“升祔太庙，永极尊崇”。这可触及到奕訢心里的痛处。当初，母亲在时，为了给她老人家争个太后之位，他不惜与咸丰闹翻；后虽勉强封后，但死后又被故意减杀礼仪，不上谥号，不升太庙。母亲虽为皇后，却仍与妃嫔们葬在一起，做儿子的怎能不痛心！就因为这一点，自己刚干了一年多的军机大臣，立遭罢黜，被解除了一切职务，只留下一空虚的“亲王”封号，一闲就是数年。奕訢感激涕零，连连磕头拜谢，这是发自肺腑的——也总算可以告慰母亲的在天之灵了。母亲大半生的愿望，至此才得以完全实现。这一切来得太不容易了！也更加深了奕訢对慈禧的感激。
慈禧对奕訢的封赏十分慷慨。但是，她在最高统治权力的掌握上，在与奕訢的权力分配方面，却毫不含糊。她虽然给了奕訢诸多要害部门的实权，但她一定要让他知道，大清廷的最高决策权还是在我太后手中，你奕訢仅仅是个政府的行政首脑，位处“辅政”地位，且是在太后的信任和同意下行使行政权。任何诏旨的颁发，都须有两宫的印章方能生效。为了确立自己实质上的这种至高的权力，慈禧在任命奕訢为议政王和军机行走后的短短几日之内，连续三次以内阁奉上谕的形式宣告了自己和奕訢之间的君臣关系和权力界线。
十月初二日，一道五六百字的上谕郑重宣告：
朕即冲龄，茕茕在疚，仰蒙皇考付托之重，遗大投艰，不惶自恤，幸蒙两宫皇太后保护藐躬，亲理大政。昨经降谕，令王、大臣，大学士、六部、九卿、翰、詹、科、道，敬谨会议两宫垂帘召见臣工礼节及一切办事章程，……
……乃自近年以来，事势艰危，一二奸邪乘间肆其蒙蔽，以至盈廷缄默，建议寥寥，言路久为闭塞，公论弗伸，事机愈益舛戾。朕以冲人，未堪多难，重赖两宫皇太后万机日理，王、大臣等黾勉翼为……特通谕中外臣工、九卿、科、道、有奏事之责者，于用人行政一切事宜，皆得据实直陈，封章密奏。……
这道上谕，以小皇帝之口，一再强调太后的“亲理大政”和“万机日理”，对恭亲王的权力和责任未置一辞，并要求中外臣工用人行政一切事宜均要向太后密奏。慈禧通过此谕获得了直接从密奏中控制用人行政的大权。
紧接着在载垣、肃顺、端华被诛的第二天，即十月初七日，内阁又发布一道上谕，对日常递交奏报的程序作了详细的规定：第一步，各省及各路军营折报均先呈两宫太后披览；第二步，交议政王、军机处等大臣详议；第三步，两宫太后裁夺；第四步，按照太后裁定意旨再由军机处拟旨；第五步，再呈请两宫太后审定正式颁发。
慈禧据此上谕获得了和皇帝一样掌握对日常行政事务处理的一切控制权，而奕訢对任何行政事务的处理，必须先征得太后的批准和同意。这是载垣、肃顺等赞襄政务王大臣在热河时给慈禧的深刻教训。当时肃顺等人把持朝政，大权尽落其手，慈禧母子俩受尽欺侮。这一点慈禧是铭记在心的，以致在处死肃顺等人的第二天，慈禧就迫不及待地发布了这样一道上谕，目的其实很明显：防止奕訢日后擅权。
奕訢又是何等聪明之人，他不会看不出慈禧这道圣谕的真意。圣谕颁布的第二天“声泪俱下”地辞谢世袭罔替，同时具折上陈，表明自己被委以重任，“当此中外多事之秋，深恐一时见识偶疏，致滋贻误”，于是再三思维，请饬中外大小臣工于用人行政各抒其见，意在使自己“得藉以多方历练，庶不致有陨越之虞！”诚惶诚恐之心跃然纸上。慈禧仿佛也感觉到了自己警惕过甚，遂即发布上谕，温语安抚，称奕訢“贤亲众著，朝野咸知”，当此国家多事之秋，为宗室贵胄，当与诸臣尽心竭力，以安国家利社稷，方不负厚望。
但安抚归安抚，十月初九日，内阁又奉上谕称：
朕奉母后皇太后、圣母皇太后懿旨，现在一切政务均蒙两宫皇太后躬亲裁决，谕令议政王军机大臣遵行，惟缮拟谕旨仍应作为朕意宣示中外。自宜钦遵慈训，嗣后议政王军机大臣缮拟谕旨，著仍书朕字。将此通谕中外知之。
从此，两宫太后的懿旨，即可以至高无上的“朕”的旨意宣示中外，谕令议政王、军机大臣遵行。在政变之后的短短一个星期的时间内，太后与奕訢之间的君臣关系，他们之间的权力界线，就这样被确定了下来。两宫临朝称制于上，恭亲王总揽全局于下；实际上是慈禧太后攫取了清皇朝的最高统治权力。
十月初九日，小皇帝载淳在太和殿举行登极大典。之后，两宫太后命王公大臣六部九卿讨论制定垂帘听政的章程。众位大臣为了力求完全符合慈禧太后的意思，反复地斟酌、磋商，前后花了十几天的时间，最后终于在十六日（18日）议定。至此，垂帘听政的准备工作全部就绪。
咸丰十一年十一月初一日（12月2日），是钦天监选定的黄道吉日，两宫太后垂帘听政仪式在养心殿隆重举行。殿内宽阔的御座上，坐着年仅六岁的新帝载淳，他就是同治帝。在他的身后，隔着八扇黄色纱屏，一左一右坐着慈安太后和慈禧太后。卯时一刻，随着礼亲王一声高喊，大殿外礼乐齐鸣，恭亲王奕訢率领内廷诸臣及王公大臣、六部、九卿鱼贯而入，伏在殿前行礼。至此，咸丰帝临终前所建立的顾命制度宣告结束，晚清慈禧垂帘、奕訢辅政的时代开始了。
实现了垂帘听政之后，慈禧深知自己势单力薄，只有依靠奕訢，方能保住自己的统治地位；同时，在当前局势下，也只有依靠奕訢的声望和才干，笼络官僚阶级，取得西方列强的认可与合作，方能使危难之中的清政府度过难关。于是她继续给予奕訢及其子女各种优厚的待遇。
十二月初九日，晋封奕訢的长女为固伦公主。按清制，只有皇帝的正宫所生嫡女才可封固伦公主，其他妃嫔所生之女只能称为和硕公主。如果是宗室女儿经由正宫皇后抚养的，在出嫁时也只能享受和硕公主的待遇；亲王的女儿则只能封为郡主。奕訢本人并非皇帝，即使其女儿由两宫太后抚养，也只能封和硕公主。可见，为了笼络奕訢，慈禧可以说开有清一代空前绝后之先例。
紧接着，又于同治元年元旦发布上谕说，恭亲王以议政王在军机处办理一切政务，勤劳懋著，加恩特许其在紫禁城内坐四人轿，以示优异；并赏其子载瀓戴三眼花翎。
至此，奕訢在朝廷中的权势已达到了登峰造极的地步。连其家庭成员，上至其母，下至子女都备受优待。
严格地来讲，垂帘听政实际上是反肃顺集团对于政权的一种瓜分形式。即一派是太后党，一派是恭王党。其中慈禧取得了实际的最高统治权力，而奕訢则获得了议政和施政权。辅政之后的奕訢，虽隐隐感觉到慈禧强烈的权力欲，但他认为垂帘听政制对他掌权来说是最为合适的。
早在策动政变之时，诸多留京大臣都希望奕訢能仿周朝时周公辅助年幼的成王，成就一番事业那样，而成为新时代的周公。但奕訢并不想做周公，在皇权高度集中的这个时代，做臣子的稍一不慎，就可能招致灭顶之灾。多尔衮和康熙初年的辅政大臣鳌拜就是前车之鉴，他们都曾经是那么的权势显赫，却都不得善终，根本原因是他们侵犯了皇权。奕訢坚决不单独掌权，他只想在皇权的保护伞下，通过怂恿太后垂帘，希冀以垂帘之名，而“实权归己”，从而实现自己的治国理想。这是奕訢的聪明之处。
而且，就双方力量对比来看，两派力量相差悬殊，慈禧羽翼未丰，势单力薄，而奕訢则控制了朝中各大要害部门的实权，其心腹党羽遍布朝廷内外。正是这种力量对比的悬殊，使奕訢很自信地认为自己可以控制两宫皇太后，达到自己在政治上掌控实权的真正意图。然而他低估了慈禧的野心和实力，他不知道，她决不会容忍任何人染指自己手中的最高权力。随着慈禧羽翼渐丰，两人之间的矛盾必然由隐蔽走向激化。
