作为少数民族统治的政权，清朝对于皇位继承，接受在一个血缘家族内传承的原则并不太难，但是对传子基本原则的认可却经过了一个过程，而嫡长继承原则却始终没有得到承认。在这个民族的传统中毕竟有着推举贤能的因素，在皇帝继承人之间挑选贤能之士，几乎成为一种深入血液之中的默契。只是这种选择，却经过贵族推选到皇帝亲择的过渡，一向为人称道的“秘密建储制”，其实也是皇帝亲选的一种形式。跟其他王朝不同的是，终清之世，皇帝的继承始终是皇帝的家事，外人是绝对不能公开干涉和参与选择的。
入关之前，满人政权的继承采取的是贵族推举制。后金的第二个汗皇太极，就是通过诸贝勒推举产生的。但是，在皇太极死后，推举制因各派利益纷争导致的动荡表现得十分明显。由于各方相持不下，作为一种妥协的产物，皇太极年仅9岁的第九个儿子福临被推为皇帝。原来势力颇大、极有可能登上帝位的皇太极之弟多尔衮成为摄政王，从而埋下了皇位不稳的隐患。
入关以后，在整个大局未稳的情况下多尔衮即暴死。依赖满人的武力，清朝政权总算是平安度过了危机。但直到顺治死，皇帝和满族贵族在是否接受汉制的问题上，始终没有分出胜负。顺治到康熙的过渡，虽然表明皇位传子的原则得到了贵族认可，但四辅政在幼帝周围的存在，说明原来满族的贵族民主阴影依然存在。直到康熙除掉鳌拜集团之后，贵族民主制对皇位的威胁才算消除，汉制取得了胜利。
康熙全面继承了汉人的继承制度，采取了嫡长子继承和预立太子的做法，将自己的嫡长子立为太子，给予很高的地位和荣誉，选择最好的老师，给予最适当的教育。但是，由于康熙在位时间很长，太子成年后，长期不得即位，现君和储君之间自然会产生矛盾。这种矛盾随着朝廷和满人贵族中间各种势力的介科而日益激化，太子废而复立，立而复废，诸子之间争夺皇帝的角逐白热化，成为困扰晚年康熙的一大难题。最后，虽然康熙的第四子胤稹（雍正）得到了皇位，但这一皇位争夺引发的后遗症却久久难以平复。
雍正即位之后，不仅他与众兄弟之间的关系大多恶化，有两个还被他赐名猪狗，而且关于他“篡位”的种种流言，已经在民间广为传布。以至于居然有人想利用这个机会反清，雍正六年发生的曾静案，就是一个。为了平息谣言，雍正不得不在处理曾静案的时候，亲自出马审问，并将问案记录编辑成册，起名《大义觉迷录》，逐条驳斥有关他谋父、逼母、弑兄、屠弟的流言，并赦曾静不死，要他到各地宣讲雍正的“圣德”和自己的谬误。
雍正虽然缺乏他父亲的才具，但在继承问题上总算想出了新办法，这就是秘密建储制。所谓秘密建储制就是皇帝预先将选中的继承人的名字写进密诏，放在锦盒里，然后把锦盒放在乾清官顺治手书的“正大光明”匾的后面。待到皇帝死的时候，皇帝亲选的顾命大臣会同诸王公大臣一道，当众取出密诏宣布。密诏写好之后，如果皇帝想改变主意，就取下密诏重写。为了双保险计，雍正还将密诏书写两份，一份放在“正大光明”匾后，一份自己带在身边。后来改为将皇帝身边的一份放在皇史残的石屋金匮里，宣布时两份同时取来对上，才正式公布。
秘密建储制自雍正以后，一直作为清朝皇帝传承的基本制度没有变过，但实际上只实行了三代，即雍正传给乾隆，嘉庆传给道光，道光传给咸丰。乾隆传嘉庆在形式上固然也是秘密建储，但乾隆在活着的时候已经将皇位传给了嘉庆，自己做太上皇的时候实际上还在掌权，所以等于是预立太子。至于咸丰到同治，皇子只有一个，用不着选。再后来，所有的传承都是由西太后一个人做主，实权一直在西太后手里，等于她是真正的皇帝，秘密建储实际上名存实亡。
相比起其他王朝来，清朝自雍正以后，一直没有出现过大的继承动荡，基本上实现了政局的平稳过渡，应该说，秘密建储制度起了比较好的作用。这种制度对于减轻皇子对皇位的觊觎争夺，确实有一定作用。只要老皇帝口风足够紧，那么不到最后一刻，其他人都不知道结果是什么。其实结果又早就预定好了，这对于所有有资格继承的人来说，有某种宿命的感觉，等于是已经预立了太子，但又给大家某种朦胧的希望，所以竞争也就不那么激烈了。更重要的是，从此没有了围绕在储君周围的是是非非，现君与储君的矛盾和冲突自然也就看不见了。
但是，如果说秘密建储制度从此解决了传统帝制的继承问题，实现了政权的平稳过渡，恐怕也是言过其实。这个制度毕竟才实行了三代，仅以此区区三代来证明这个制度的有效性，时间似乎还有点不够。历史证明，在中国，一种起初很有效的制度，实行久了，保证制度执行的相关条件就要开始丧失，于是制度就开始出纰漏。用制度主义的观点来说，制度的自身往往有个效益递减的问题，如果不能不断地完善，最后终将趋于消亡。秘密建储制度的实行，从技术上来说，建立在严格保密基础上，而严格保密则依赖于皇权的威严和内宫制度的完善，如果有一天最高权力有所减弱，那么就很难保证保密的条件如旧，到那时候，很难说继承的震荡还会不会重现。
