军机章京跟军机大臣一样，也是从各个衙门抽调的，在原来的衙门都有自己的本职，人选军机处后，担任具体的办事人员，俗称“小军机”。军机章京分为满汉两房，分别办理各自的事务。由于军机处的主要工作就是草拟皇帝的谕旨，而这项工作实际上又是由军机章京来承担的，也有相当的空间，可以上下其手。所以，小军机的地位也很重要，被外界视为决策的核心成员。
比之明代的内阁，军机处跟皇帝关系更加密切。由于没有宦官的掺和，军机处的秘书功能发挥到了极致，军机大臣几乎要随时随地伺候在皇帝身边。皇帝出行的时候，也要随皇帝一起行动，招之即来。
军机处的主要工作有这样几项，一是与皇帝商议重大事务，一般由皇帝将全体军机大臣召到身边开会，听取大臣们的意见。二是秉承皇帝的旨意，草拟上谕和诏书。三是对皇帝发下来的奏章进行处理，提出处理意见供皇帝参考，这项工作有点类似于明代内阁的票拟。军机处的工作特点，时人概括为三个字：密、简、速。密即办事机密，每日清晨，太监将军机处的大印捧出交给值班军机，日暮时再将它收回去。军机处的台阶，不是本衙的人员，一律不得踏上半步，否则格杀勿论。跟其他衙门相比，军机处由于人员少，所以办事的确手续简便，而且在皇帝的直接督促之下，办事效率也高。
清代皇帝都比较勤政，喜欢自己做主，所谓“乾纲独断”。军机大臣在商议军国大事的时候，如果过于有主见，话说多了，难免有失。真正能比较长久保持地位的，往往是少说话多办事的人，即主意皇帝来拿，自己只是按皇帝的旨意来办事。有的时候，即使已经看出了问题的要害，皇帝不说，为臣子的绝不好先说。军机大臣中经历乾、嘉、道三朝的曹振镛，深得历代君主的欢心，秘诀就是“多磕头少说话”。
2．清代皇帝的决策核心地位
比起明代多数皇帝来，清朝的皇帝对国家政治的掌控更加实在。首先，清朝采用了密折制度，允许和鼓励四品以上的中央和地方官员，直接向皇帝递密折。时间一长，本该由通政使司转达的奏章（题本），反而变成无关紧要的东西，而真正可以应付的公文倒成了密折。密折制度的作用有两个，一是使得朝政进一步黑箱化，增添皇权的神秘感。二是起到了使官员、尤其是同僚，相互告密的作用。比如一省之内，督抚、布政使、按察使、道台都可以独自上折密奏，那么谁还有胆量背着皇帝做不臣之事？明代使用特务监视群臣，效果其实不好，因为专业的特务等于都有记号，是哪一类人大家心里有数，可以预先提防。而密折制度使得同僚变成了“特务”，谁都有被打小报告的可能，自然是防不胜防，于是只好老老实实。
其次，皇帝亲掌国家的人事大权。在清代，连知县这种七品芝麻官上任，都需皇帝亲自考察。上任之前，须皇帝亲自接见，如果皇帝当场感觉不好，那么这个官哪怕手续都办好了，也做不了。再大一点的官吏任命，都由皇帝和军机大臣商议好了直接下达，吏部的职能退化成了只负责官吏的考核。不仅官员上任皇帝要亲见，到任升迁或者转任皇帝也要接见。皇帝通过接见，一是了解各地的情况，二是考察官员本身的素质。
再次，皇帝亲掌国家的司法大权。在清代，全国的死刑犯，都必须由刑部、大理寺和都察院（俗称三法司）会审后，报皇帝勾决。清代皇帝往往不仅看刑部报上来关于犯人的简要“说帖”，而且经常调集案卷，亲自考察，牢牢掌握着司法的最后决定权。当然，如果不是十恶大逆，皇帝往往会法外施恩，减轻三法司定的刑罚，比如将斩首改为绞刑等等。
最后，清代的皇帝，对于意识形态控制抓得特别紧。元朝皇帝基本上是外行，以马上治天下。明朝皇帝虽然实行特务统治，朱元璋时代虽然兴过文字狱，其实对思想文化的控制并不严，文字狱都是以为人家触犯自己禁忌而一触即跳的小儿科。但是，到了清朝，尤其是所谓的康雍乾盛世，诸位精通儒术的皇帝，一手抓“文化建设”修书，一手抓文字狱。清朝文字狱虽然有的也是捕风捉影，但有一些真的打在了士大夫的七寸上，逐渐打掉了他们对异族统治残余的不平之气。至于声势浩大的修四库之举，虽然不能说没有文化典籍整理的意义，但其中文化筛选和清洗的目的，还是相当明显的。对过去的书籍，一部分“政治上反动”的要销毁，片甲不存；一部分有问题的，书毁而目存；还有一部分则将个别有问题的言语删掉。所以，后世有人说，清人修书而图书亡。
需要指出的是，大权独揽的清朝皇帝有一个特别的政治习惯，就是如果不是他主动发问，他不喜欢臣子提建议，更不允许臣子给他提意见，尤其反对臣子公开的谏议，认为那不过是臣子为了自己扬名而“彰君之恶”。因此，清朝基本上不存在像明代那种大规模的臣子上书谏诤，甚至连原本属于谏官的六科给事中，也退化为一般的御史。监察机构只对下，不对上，变成了纯粹的皇帝鹰犬。
比起明朝来，清代的皇帝对国家政治运行的掌控程度明显要高。无论局面如何变换，形势多么复杂，皇帝对于国家机器从来没有失控过。对局面掌控得牢，往往意味着掌权者不仅要勤勉，还要具有超强的能力。显然，清朝皇帝是不可能个个同时具有这两者的（就是对康熙和乾隆，现在的评价也有拔高之嫌）。即使具备这两种能力，不喜欢听意见的习惯，也难免让皇帝出大的失误。这里，我们不得不提到清朝政治的另一个特色，那就是对规矩和习惯的依赖。清朝的《会典》和《则例》多次被修订，日常的国家事务，往往依靠《会典》与《则例》来办。即使皇帝本人，一般也要顾及规矩的规定，不肯随意突破藩篱。清朝政治的循规蹈矩，使得这个朝代政治的运行相当稳定。明代为祸甚烈的宦官专权现象，在清朝基本上没有出现，即使在晚清西太后掌权的时候，宦官势力虽然稍有抬头，却也谈不上专权。不仅如此，有清一朝，没有外戚和权臣专权，更没有军阀割据，以往王朝的弊病，在这个朝代表现得都相当轻。但是，清朝也没有什么特别的思想家，甚至连名臣和贤臣都没有。用龚自珍的话来说，街上连“才偷”都没有。皇帝的手下，只有奴才，最好是能干的奴才。在这种政治氛围中，出大乱子难，但改革积弊也难。
3．翰林院在中枢的特殊位置
翰林院是承袭明代的机构，理论上所有著作、制诰、图书、修史、经筵之事都归这个机构负责。但实际上除了为皇帝做起居注和为修史做准备工作，以及偶尔有一点应制文章外，翰林院的学士和翰林们，基本上无事可做。但是，翰林官是居于科举金字塔顶尖的明珠。凡是进入翰林院的人，一般都是科举考试中名次最好的优胜者，一向受到皇帝的重视。一般的翰林，虽然官阶不高，但地位相当特殊。他们不仅可以享受许多优待，在服饰上也与众不同，而且出息特别地好，一般各地乡试的主考、副主考，例由翰林充任，各省的学政，也是翰林的专利。只要当了考官和学政的差，那么即使只有七品官阶，到了地方其最高的长官总督巡抚都得亲自来接，毕恭毕敬，完全跟他们平起平坐。翰林外放，被称为“老虎班”，升迁特别快，如果没有意外，十来年的工夫就可以升为地方大吏。如果不想出京，那么也可以在翰林院内部升转。清代不预立太子，但原本作为太子属衙的詹事府却依旧保留，什么公务也没有，就是用来作为翰林升官迁转的。只要翰林升为翰林院和詹事府的中层官员，那么很快就会转成六部和各个监寺的高级官员。
事实上，翰林在清朝的中枢决策圈中起了某种非常特殊的作用。一方面，进入决策圈的高级官员，大多翰林出身；另一方面，翰林院的成员，大抵是负责皇子教育的老师的当然人选。同时，他们之中的某些人，还会被皇帝选中，进入南书房陪皇帝读书，实际上是皇帝的文学侍从，在政治决策中发挥特别的作用。在某些特殊场合，这些侍从对皇帝的影响力，要超过正式的中枢成员。按照传统权力结构的一般规律，凡是接近最高权力中枢的人，无论其是否拥有制度上规定的发言权，都可以影响决策。清朝皇帝对宦官和后妃都有足够的警惕，往往有意识地去限制他们的影响，在正式的决策过程中又不鼓励中枢成员的主动行为，那么，皇帝可以接受意见的途径大概只剩下满族亲贵的内部交流和身边的文学侍从了。
