整部《巫蛊经》分为《祖巫锻体诀》和《万蛊真经》。
根据《祖巫锻体诀》上的说法,此功法共分十二层,因为祖巫之力霸道异常,人身无法承受,所以需要这十二种神物运用特殊法门融入自身五脏六腑,借此沟通十二祖巫之力。
此十二祖巫掌管金、木、水、火、土、风、雨、雷、电、天气、时间、空间十二种神力。对应自身心、肝、脾、肺、肾、头、手、足、骨骼、脊梁、精血。