由于高岗和饶漱石在东北和华东还是做出了一定成就，毛泽东对他们的印象也不坏，认为他们进京可以加强中央的领导力量。
奉调入京的高、饶失去了旧日的小天地，很不自在。他们对人说：“这是调虎离山。”周恩来加强对财政的控制，听取陈云、薄一波的意见，实行了新税制，并把地方政府的税收权收回北京中央政府手中，计划委员会也由周恩来的政务院直接领导。这些变动对高岗影响很大。高今后必须征得中央的批准，才能进行任何一项重要工程。周恩来还主张把东北和上海企业的利润用于开发内地不发达地区。高岗虽为计委主席，也要受到周恩来总理和副总理兼财政委员会副主任邓小平的制约。周恩来告诉高岗，一切指令须得到中央的批准才能发出。高听了，激动得像刚喝过酒，脸上的麻坑都泛红了：“哪个中央？哪个中央？我不是中央政府的副主席吗？”高又说，党从来就是由两个党合并而成的。有过毛泽东的游击队党和刘少奇的以北方城市为基地的地下党。现在需要有新人和新思想了，你们的那一套已经过时，应该“休息”了。
进京不久，高岗就把刘少奇在工作中的一些缺点错误搜集起来，加以传播，并夸大其词说刘少奇自七大以来犯了一系列的错误。
三年的国民经济恢复期结束后，为寻找一条适应中国大规模经济建设之路，党中央主要领导人毛泽东和刘少奇、周恩来等在战略思想转轨问题上，产生了分歧。这种分歧集中反映在对几个重大问题的不同看法上。
第一个分歧是由1951年4月17日，山西省委向中央作的《把老区互助组织提高一步》的引起的。报告认为，由于农村经济的恢复和发展，互助组发生了涣散，它不是向着现代化和集体化的方向发展，而是向着富农的方向发展。为此他们主张要把互助组提高一步组成合作社。刘少奇、薄一波、刘澜涛等对此持不同意见，刘少奇在多次讲话中认为目前农村的条件不能搞社会主义，农业社会主义化要依靠工业，以为目前组织合作社可以改造中国的农业，使个体的小农经济走上社会主义农业，那是空想。7月3日刘少奇将山西省委的报告印发给党内负责同志和马列学院的学员，并加了批语，语言激烈地指出了党内有一部分人害怕资本主义发展，企图用平均主义去战胜资本主义的错误。事后，毛泽东明确表示支持山西省委的意见，并专门找了刘少奇、薄一波等谈话，指出他们的观点是“右倾”。同时指示陈伯达召集第一次互助合作会议，起草关于农业生产互助合作决议。
再一个大的分歧是国民经济恢复以后，是否应继续执行新民主主义政策。刘少奇等认为目前国民经济虽然恢复，但旧中国经济文化落后的根本状况并无大的变化，当前伤害私人工业家和个体小生产者的积极性，就是妨碍了生产力的发展，是“左”倾。为此，刘少奇提出“巩固新民主主义秩序”的主张。毛泽东对这种主张坚决反对，并作了极严厉的批评，认为这是“右倾”。
还有一个就是对“新税制”的看法。
所谓“新税制”，是1952年底周恩来批准颁发执行的《关于税制若干修正及实行日期的通告》和《商品流通税制试行办法》。这些通告和办法根据“三反”“五反”以后公私关系紧张、市场萧条现象和中共中央关于第二次调整工商业的指示，取消了对国营企业与合作社在加工、调拨、代购、代销或包销的课税方面的优惠条件，实行公私一律的平等竞争。
这些措施一度引起物价波动，也引起毛泽东的关注。
高岗首先发难，把薄一波的政策比作布哈林的和平改造。
1953年1月15日，毛泽东给周恩来、邓小平、陈云、薄一波写了一封信，表示了对新税制的不满。信中说：“新税制事，中央既未讨论，对各中央局、分局、省市委亦未下达通知，匆率发表，毫无准备。此事似已在全国引起波动，不但上海、北京两处而已，究竟应如何处理，望你们研究告我。此事我看报始知，我看了亦不大懂……究竟新税制与旧税制比较利害如何？何以因税制而引起物价如此波动？请令主管机关条举告我。”
周恩来收到信件后，连夜给毛泽东写回信，谈了处理办法。可见周恩来把毛泽东这封信的分量是看得很重的。
毛泽东看了地方上报来的一些材料，进一步认为新税制在组织上是政府工作脱离党中央领导的分散主义错误，在政治上是脱离党的总路线的“资本主义倾向”。
毛泽东的批评是严厉的，他直接点了薄一波的名，而且提得很高：“新税制发展下去，势必离开马克思列宁主义，离开党在过渡时期的总路线，资本主义发展。”但他不愿把这件事推到高岗含蓄地提到的极端，所以在会议结束时下了结论：“新税制的错误跟张子善的问题不同，是思想问题，是离开了党的总路线的问题。要在党内开展反对资产阶级思想的斗争。”
毛泽东讲话之后，与批评上述经济政策和思想观点有关的刘少奇、周恩来都在会上做了不同程度的检讨。
在这一背景下，毛泽东提议并由中央决定，加强对中央人民政府财经部门的领导，撤销了政务院党组干事会（即总党组），规定政府各部门的党组直接受党中央领导，政府工作中一切重要的方针、政策、计划和重大事项均须事先请示中央，经中央讨论决定、批准后才能执行。随后中央在组织上又作了调整，明确分工：国家计划工作，由高岗负责；财经工作，仍由陈云、薄一波、邓子恢等负责；外交工作还是周恩来；下属的重工业部、一机部、二机部、燃料工业部、建筑工业部、地质部、轻工业部和纺织工业部，都划归国家计划委员会主席高岗领导；所属的劳动部，也划归计委委员饶漱石领导。
1953年5月，苏联部长会议第一副主席捷沃西安来北京，与高岗谈判有关鞍钢工程建设。当时担任翻译的李越然还记得，在一次交谈时，高岗小声地问：“你说中国要不要消灭资本主义？”
捷沃西安不知话里有话，毫不迟疑地回答：“当然要消灭！”
“我就是这个意见。”高岗说完，脸色阴沉下来，似有一肚子委屈：“我的意见在我们党内却得不到支持。”
捷沃西安的蓝眼珠一瞪：“是吗？是怎么一回事？”
于是高岗吐出“苦水”：“请你回去报告苏共中央，就说在我们的中央有人反对我。”
薄一波在《若干重大决策与事件的回顾》中也谈到，高岗在当时东北铁路系统的苏联总顾问科瓦廖夫面前造谣中伤说，中国党内有一个以刘少奇为代表的“亲美派”。科瓦廖夫随即写信告诉了斯大林。于是高岗到处散布说，斯大林不喜欢刘少奇，也不重视周恩来，最赏识的是他高岗。
所以，1960年7月，周恩来曾讲过：“斯大林总是用那种传统的做法，特别赏识高岗，不是把我们党的领导看成一个整体来做工作，而是把高岗特殊化。”
据叶子龙回忆，毛泽东在1953年3月去苏联驻华大使馆吊唁斯大林，在返回的路上，车子行至长安街府右街口时，毛泽东突然说他不想再任国家主席了，想尽早从这个位子上退下来。这个话后来也传到高岗耳朵里，加上中央可能还有人事变动，这更助长了他的野心。
