两宫垂帘，共同执政。因慈安在政治上兴趣不浓，一切重大举措往往是慈禧拿主意。她们的合作在国策上没有发现重大分歧。
她们确实“同治”了多年。
但是，慈安毕竟是名正言顺的一把手，而慈禧也确实是只能如此的二把手。这在争强好胜的慈禧心里不能不心存芥蒂。
好在慈安太后自然地病逝了。
慈禧又对军机处来了个大换班，罢免了恭亲王奕。自此，慈禧才真正地实行了完全意义上的个人独裁。
第一、军机内情
以奕为首席军机大臣的军机处，在光绪即位、两宫二度垂帘之后，基本上没有变化。
光绪元年（1875年）军机处由五人组成，即恭亲王奕、武英殿大学士文祥、协办大学士宝鋆、协办大学士沈桂芬、工部尚书李鸿藻。
这个班子与辛酉政变后的班子比较，基本班底没有变动。辛酉政变后的军机处由六人组成，即奕、桂良、沈兆霖、宝鋆、曹毓瑛和文祥。其中桂良、沈兆霖在第二年，即同治元年相继故去。曹毓瑛在同治五年亦故去。这三人是自然减员。同治二年补了李棠阶，四年他又故去。同治五年补了汪元才，六年亦故去。五年补了胡家玉，因受贿，当年被免职。这些人当值军机的时间都不长。
同治四年理学大师李棠阶卒，而补进了同治帝的师傅、弘德殿行走、内阁学士李鸿藻。同治六年又补进了署礼部右侍郎沈桂芬为军机大臣。这样，从同治七年开始，奕、文祥、宝鋆、沈桂芬、李鸿藻五人组成的军机处再也没有什么变化。
事实上，即从辛酉政变后，这个班子的基本队伍就没有什么变化。除同治四年慈禧褫夺奕的议政王职外，其他的人事变动均属自然减员性质，没有大风波。这个班子是较有威望，较有能力，较有效率的。
但是，文祥之死对奕刺激很大。
光绪二年五月文祥病故。文祥是道光二十五年进士。咸丰八年，命在军机大臣上学习行走。九年，转为军机大臣。直到病故，在军机处当值19年。可谓三朝元老，资深重臣。他是咸丰帝逃往热河时留京的唯一的一位军机大臣，协助奕办理中外交涉事宜，“于夷人非分之求，侃侃直言” 。他接触外事，思想开放，认为“方今时事可虑者甚多，而以图自强、御外患为亟”。慈禧认为他“实为股肱心膂之臣”。对于他的死，慈禧和奕都是很悲痛的。说他“清正持躬，精详谋国”是不为过的。
奕在国际国内许多重大问题的决策上，主要依赖文祥、宝鋆等人。奕很贤明，也很有能力，但他毕竟是位皇子，生于深宫之中，对外界情况知之有限。遇有重大的疑难问题，还是文祥、宝鋆等人出主意。用宝鋆的话说：“还是我们几个人帮忙。” 他们“同寅协恭，艰难宏济”，共同渡过了难关。文祥之死，使奕失去了一位重要的助手和高级的参谋。
文祥之后，宝鋆就成了军机处的前辈了。宝鋆，道光十八年进士。咸丰十一年，命在军机大臣上行走，旋兼总理各国事务衙门大臣。后来他曾给两宫太后进讲《治平宝鉴》 。宝鋆政治经验丰富，具有处理复杂问题的能力，且比较开明，同奕的关系又极融洽。
据宝鋆的弟子何刚德回忆，奕同宝鋆经常互开玩笑。一日将散值，宝鋆先出军机值房小解，恭王等了好一会，宝鋆一回来，恭王便笑着问：“往何处撇宝去？”撇宝是北京人的玩笑话。宝鋆来得也快：“哪里，是出恭。”出恭是小解的文雅说法。宝、恭二字，你来我往，针锋相对，是很雅的幽默。又有一次，恭王从太庙出来，指着太庙里石碑下的赑屃，对宝鋆说：“汝看这个宝贝。”宝鋆，号佩蘅，贝、佩二字，音很相近。赑屃像龟，俗称王八。这又是在开玩笑。宝鋆反应迅速，答道：“这也是龙生九子之一。”这里有两层含义，其一是据传说龙生九子，赑屃正是九子之一；其二是道光帝恰好生有九个皇子，你正是其中之一。这赑屃也是指你。 具有很高智慧的人才会有很强的幽默感。他们之间关系之密切，由此可见一斑。
文祥死后，宝鋆“但持大端” 。除奕外，就是宝鋆了。然后是沈桂芬。
沈桂芬，道光二十七年进士，改翰林院庶吉士。同治三年任山西巡抚。因政绩突出，同治七年，命在军机大臣上行走，升为户部左侍郎。后兼任总理各国事务衙门大臣。同治九年，升兵部尚书。光绪三年，任命为协办大学士。沈桂芬是军机处的主笔，个性很强，能力很强，是恭王的左右手。慈禧也很信任他。
李鸿藻，直隶高阳人，人称李高阳。咸丰二年进士。科名比文祥、宝鋆、沈桂芬都晚。
咸丰十一年，特诏充任大阿哥的师傅。同治三年，两宫太后任命他同大学士祁寯藻、大学士翁心存、工部尚书倭仁为同治帝的师傅。他教授认真，很得两宫好感。同治四年，命在军机大臣上学习行走，仍兼弘德殿行走。同治五年，母病逝，清制需停官回家守制，但慈禧懿旨认为“李鸿藻谆谆纳诲，皇帝乐从，诚不可或离左右” ，命其守孝百日后，仍回任授读并在军机处办事。光绪六年，命兼任总理各国事务衙门大臣。他思想趋于保守，以理学大师自居。刘体仁说：“倭文端（仁）恶洋文，则命管理同文馆；李文正（鸿藻）恶洋务，则派为总理各国事务大臣。二公终身不往，朝旨亦不催促。在政府诸士之意，但使知难而退可矣，不必强之上道，反为外交之梗也。” 李鸿藻厌恶洋务，耻于同洋人打交道。但慈禧、奕偏任命他为总署大臣，却不催他上任，目的是使他“知难而退”，少发谬论而已。他同比较开明的主笔沈桂芬有矛盾，“不肯附和” 。
沈桂芬感到“势孤”，于是把门人湖南巡抚王文韶拉进军机处。
王文韶，咸丰二年进士。同治十一年，任湖南巡抚。在湘9年，政绩显著。光绪四年，以署理兵部侍郎身份任军机大臣。六年，兼任总理各国事务衙门大臣。他曾奏详议筹边之策，分边防、筹饷、储才三大端。 有人说他“赋性圆融，不敢为左右袒” 。实际他很正直，不愿加入党派之争，不愿在沈、李之间偏袒任何一方。
文祥死后，由于沈、李之间的矛盾，这个班子，“卒至群而有党，未克协恭” 。
慈禧对这个班子大体上是信任的。
辛酉政变后，自热河还京，慈禧同政变有功之臣，患难与共，渐底承平，所以对恭亲王奕不能“无畏惮意”，还是惧其三分的。对文祥、宝鋆诸老臣，她也不能“颐指而气使之” ，有许多话还是可以听进去的。
二度垂帘的慈禧需要的是稳定。政局的稳定是最重要的。因此，她没有变动原来的军机处。这是作为政治家的慈禧的明智之举。虽然，她大体上信任这个班子，但是，她也在密切注意他们的一举一动，皇权她是不会轻让于人的。
第二、吴氏尸谏
光绪元年正月十五日（1875年2月20日）内阁侍读学士广安上一奏折，其中心议题是请求为将来光绪帝的皇子承继同治帝为嗣颁立铁券，永不更易。他建议召开王公、大学士、六部、九卿会议，进行讨论。他先是恭维说，慈禧选择光绪帝作为咸丰帝的继承人，“宸衷经营，承家原为承国；圣算悠远，立子即是立孙” ，“计之万全，未有过于此者也”。然后笔锋一转，他便建议颁立铁券，以防变化。广安的真实用意是对慈禧立光绪帝表示不满，惟恐慈禧以后再生花样，想用铁券控制慈禧。
慈禧本来心中有鬼，担心人们公开议论这个问题。不曾想冒出这么个劳什子，竟然倡议讨论它。是可忍，孰不可忍？慈禧立即发一懿旨，称他“冒昧渎陈，殊堪诧异。广安著传旨申饬”。这样一来，便压下了关于立嗣的种种议论。
但是事情并没有完。过了4年，即光绪五年闰三月初五日（1879年4月25日），吏部主事吴可读在随同吏部参加祭礼时服毒自尽。这在当时是轰动朝野的一件大事。他为什么自尽呢？原来仍然是为了立嗣。他在遗留下来的密折里说，两宫太后为咸丰帝立子，而没有为同治帝立嗣，是“一误再误” 。这是在为同治帝立嗣的问题上公开而勇敢地指责慈禧。这是空谷足音，难能可贵。除了已经自杀的吴可读，谁还敢对滥施淫威的慈禧妄置一辞呢？吴可读要求再明降一旨，将来大统仍归同治帝的嗣子。他之所以“昧死具折”，其目的就是如此。
吴可读认为慈禧破坏了清朝的祖制，他是在向慈禧发难。
这一次慈禧不是简单的压服，而是变换了手法。她想借众人之口为自己辩护。她立刻降一懿旨，说明吴可读此奏没有什么新意，同以前我所降旨没有区别，“即是此意” 。这是在暗示大臣们上奏的措辞。又命王、大臣、大学士、六部、九卿、翰詹科道讨论吴可读原折，提出妥善处理办法。
四月初一日，有关官员分赴内阁阅看吴折，并进行了讨论，然后分别上了奏折。
礼亲王世铎奏，吴可读根本没有理解领会慈禧以前所降懿旨，“未能细心仰体”。并说其实吴折所要求的做法，慈禧的懿旨早已指明了。吴可读的奏折纯属妄议。他认为吴折“毋庸置议”，不必理他。
大学士徐桐、翁同龢、潘祖荫奏，吴可读预定大统的说法是不可行的。因为“我朝家法，不建储贰”。这是祖宗遗训，应万世恪守。你吴可读的死谏是在破坏祖宗家法。
宝廷奏折认为，吴可读“神智瞀乱”，即精神不正常，不可能正确理解慈禧原懿旨的含义，所以才有此一举。
国子监司业张之洞奏折认为，吴可读坚持生子即定为同治帝之嗣，“将类建储”，即同建储很相似。而这是我朝家法所不允许的，立储是“大戒”，是不可行的。
侍读学士黄体芳、御史李端棻也上了奏折，内容与前大同小异。
这些奏折，对慈禧是一片赞扬声，对吴可读是一片斥责声。
舆论一边倒。慈禧于四月十日（5月30日）降一懿旨，毫不客气地指出：“吴可读所请预定大统之归，实与本朝家法不合。” 又说，将来光绪帝诞生皇子，光绪帝本人会慎重选择，“缵承统绪”的。何用你吴可读聒噪？但自尽“孤忠可悯”，交部照五品官例议。原来吴可读是七品官。
慈禧利用王公大臣们的奏折控制了整个舆论。权力便是舆论。这既为她选择光绪帝作为继承人制造了理论根据，又为以后确定光绪帝的继承人埋下了伏笔，可谓一箭双雕。
《慈禧外纪》对吴可读之尸谏极尽赞美：“其功不可没也。盖其死也，实根于忠勇之天性，从容就义，视死如归，非匹夫血气之勇，士君子道义之勇也。其光明之怀，信道之笃，实令人叹仰不置。” 吴可读反对慈禧之独裁是可嘉的，但他所维护的仍然是封建的传统，从现在角度看，他的举动是可悲的。
第三、慈安病逝
慈禧在光绪六年大病一场。一病数月，久治不愈。光绪六年六月七日（1880年7月13日）以光绪帝名义明发一道上谕，访求名医。上谕说：“（慈禧太后）圣躬欠安，已逾数月。叠经太医院进方调理，尚未大安。” 看起来，病得不轻。御医束手无策，只得在全国范围内征寻圣手。明确昭示，如有医术高明者，尽快推荐，并迅速来京。特别指明，如是江浙名医，应乘轮船前来，愈快愈好。明发上谕访求名医，说明慈禧确实得了重病。
浙江巡抚谭钟麟推荐了江苏名医薛宝田。薛宝田，字心农，江苏如皋县人，出身名医世家。其祖父、父亲都是名医。当时薛宝田已66岁高龄，医术高超，经验丰富，堪称圣手。他慷慨请行，毅然前往。给慈禧皇太后治病既需真本事，又需大勇气。他在京43天，终于治好了慈禧的病。他写了一本《北行日记》，资料性、可读性俱佳，主要记载了为慈禧治病的全过程。
薛宝田自光绪六年七月十三日启程，直到八月初六日才进宫。
他先至钟粹宫晋见慈安太后和光绪帝。
记载如次：
“先至钟粹宫，庭中桂花已放，异香扑鼻，盆中夹竹桃犹盛开。屏息立檐下，慈安皇太后、皇上召见。宫内铺地用乌金砖，光滑如镜，时虞倾跌足，缩缩而进。
是日不垂帘。慈安皇太后正坐，皇上隅坐，内务府大臣皆跪。太医院堂官李德立引余与昴庭行三跪九叩首礼。礼毕，皇太后问余：‘何处人？’对以江苏人。问：‘多少年纪？’对：‘六十六岁。’问：‘从旱路来从水路来？’对：‘从海道来。’问：‘一路安静？’对：‘安静。’又谕：‘慈禧皇太后病要小心看。’对：‘是！’”
这是礼节性召见。召见毕，他被引导去给慈禧诊病。慈禧住在长春宫。
薛宝田继续记道：
“行礼毕，慈禧皇太后问何处人及年岁，对如前。内务府大臣、太医院跪左边，余与昴庭跪右边。
“皇太后命余先请脉。余起，行至榻前。榻上施黄纱帐，皇太后坐榻中，榻外设小几，几安小枕。皇太后出手放枕上，手盖素帕，惟露诊脉之三部。余屏息跪，两旁太监侍立。余先请右部，次请左部。约两刻许，奏：‘圣躬脉息，左寸数，左关弦；右寸平，右关弱，两尺不旺。由于郁怒伤肝，思虑伤脾，五志化火，不能荣养冲任，以致胸中嘈杂，少寐，乏食，短精神，间或痰中带血，更衣或溏或结。’皇太后问：‘此病要紧否？’奏：‘皇太后万安。总求节劳省心，不日大安。’内务府大臣广奏：‘节劳省心，薛宝田所奏尚有理。’皇太后曰：‘我岂不知？无奈不能！’皇太后问：‘果成劳病否？’奏：‘脉无数象，必无此虑。’退下，仍跪右边。俟昴庭请脉毕，同太医院先出。随后薛抚屏、汪子常、马培之进，请脉。余与昴庭到太极殿东配殿，立方内。内务府大臣、太医院与诸医毕至方内，先叙病原，次论方剂。草稿呈内务府太医院与诸医，看后用黄笺摺子楷书，进呈皇太后御览。所用之药，内务府大臣用黄签在本草书上标记。御览后，御药房配药。”
慈禧因劳致疾，病情较重，但不是危症，只要静心调治，是可以好的。
八月初十日记道：
“时吉林将军进人参二枝。皇太后命各医看，连根须长尺许，其色金黄，其纹多横，其质坚硬。尝其须，味微苦，渐回甘。噙之津液满口，须臾融化，真上品也。”
十二日记道：
“脉息甚平。昨用人参一钱，精神顿健。皇太后甚喜，云：‘吉林人参颇有效，仍照用。’出，照原方进御。”
人参起了作用，慈禧很高兴。
经过精心治疗，到九月十七日慈禧“脉症俱极平安”，病痊愈了。
这就是野史里记载的所谓慈禧大病一场的具体情况。这是光绪六年的事。
慈禧的病治愈了，但慈安却突然死去。光绪七年三月初十日（1881年4月8日）戌时（晚7时-9时），慈安太后突然死去。
慈安太后死得突兀，人们没有任何思想准备。对于她的死，有种种不同的说法。
一是正常病死。三月初十日当天发下上谕：
初九日，慈躬偶尔违和，当进汤药调治，以为即可就安。不意初十日病情陡重，痰涌气塞，遂至大渐，遽于戌时仙驭升遐。呼抢哀号，曷其有极。
这是政府方面发的正式哀告，写了从发病到死亡的全过程。不难看出，慈安是正常病死的。
二是毒饼害死。这个说法最早来源于恽毓鼎撰写的《崇陵传信录》：“十一日（笔者按：应为十日），慈安闲立庭中，倚缸玩金鱼，西宫太监捧盒至，跪陈曰：‘外舍顷进克食（满洲语，牛奶饼之类），西佛爷食之甚美，不肯独用，特分呈东佛爷。’慈安甚喜，启盒，拈一饼对使者尝之，以示感意。旋即传太医，谓东圣骤痰。厥医未入宫，而凤驭上升矣。”
这个说法，《清朝野史大观》又加铺演：“二人坐谈时，慈安后觉腹中微饥，慈禧后令侍者奉饼饵一盒进。慈安后食而甘之，谓：‘似非御膳房物。’慈禧后曰：‘此吾弟妇所馈者，姊喜此，明日当令其再送一份来。’慈安后方以逊辞谢。慈禧后曰：‘妹家即姊家，请弗以谢字言。’后一二日，果有饼饵数盒进奉，色味花式，悉如前。慈安后即取一二枚食之，顿觉不适，然亦无大苦。至戌刻，遽逝矣。年四十有五。噫，此可以想见矣。” 这里有情节，有对话，比前一段记载有很大发展。
《述庵秘录》言简意赅：“孝贞故喜小食，薨日，慈禧以糕饼进御，逾数时薨。”
