两宫皇太后，尤其是慈禧，与恭亲王奕密谋，以迅雷不及掩耳之势，成功地发动了辛酉政变，并掌握了全国的最高领导权。
两宫太后，实际以那拉氏为主，实行了第一次垂帘听政。她们为了巩固自己的统治地位，在政策上进行了必要的调整。
她们改组了军机处，对亲信委以重任。
她们连续斩杀了何桂清和胜保两位声势显赫的文武大臣，引起官僚阶层的震动。
她们师法肃顺的政策，信用汉人。
她们也夺去了奕的议政王头衔。
她们的政策调整取得了成效。
第一、重用恭王
两宫太后以闪电般的行动取得了辛酉政变的胜利。政变的结果是两宫太后真正掌握了全国的最高统治权力。此时，两宫太后对恭亲王奕是十分感激的。《慈禧外纪》说：“慈禧秉政之初，一切政事尚未熟习。且京中党派分歧，尤难操纵，外交之事，又不易办。恐己不易压伏，遂引恭王以为己助。恭王当国久，经历多，故倚之如左右手。” 这是符合实际情况的。
她们授予了奕许多要职。咸丰十一年（1861年）十月初一日，即在政变发动的第二天，就授奕为议政王，在军机处行走；同一天，又发第二道谕旨，补授宗人府宗令。第二天，又发两道上谕，补授总管内务府大臣，管理宗人府银库。初八日，又赏奕亲王爵世袭罔替，奕坚辞，改赐亲王双俸，为此特颁上谕，加以表彰：“我母后皇太后、圣母皇太后再三申明，此系先帝恩旨，而该王辞谢倍力，声泪俱下。两宫皇太后未忍重拂其意，不得已姑从所请，将世袭亲王罔替之旨暂从缓议，俟朕亲政之年，再行办理。恭亲王奕著先赏食亲王双俸，以示优礼。”
这里的“此系先帝恩旨”，显然不是事实。因为咸丰帝临死前对其弟奕是有猜忌心理的，不然不会将他排斥在顾命八大臣之外。但是现在这样说，就使政变显得更加合法化，不仅是两宫太后的意思，也是咸丰帝的本意了。
十月初十日，两宫太后懿旨命大学士会同六部九卿详议具奏奕生母康慈皇太后应如何议加尊谥。这是奕的一个心病。十月二十一日，大学士九卿会议同上康慈皇太后尊谥，请升祔太庙，并据请将前上尊谥改拟，加至12字，以表尊崇，谥曰：“孝静康慈懿昭端惠弼天抚圣成皇后。”
十二月九日，两宫懿旨“恭亲王长女聪慧轶群”，晋封为固伦公主。“所有服色体制，均著照固伦公主之例”办理。 清制中宫嫡女曰固伦公主，妃嫔所出称和硕公主。若中宫抚养宗室女遣嫁时礼遇可比之和硕公主。因此，对奕之女赏固伦公主是有清空前绝后之一例。
同治元年（1862年）正月初一，两宫懿旨赏恭亲王在紫禁城内坐四人轿，又恭亲王之子载澂赏戴三眼花翎。
这一切都说明了两宫太后，尤其是慈禧对奕是十分重用的。《慈禧外纪》说：“以事实观之，既有两宫持政，可无须辅佐之人。慈禧深感恭王在热河助己，以其女为大公主，准用黄轿，故恭王颇有大权。” 这话是不差的。
第二、提拔亲信
军机处是清代的特殊政治机构，是直接秉承皇帝意旨经办一切重大政务的中枢。军机处实际上是皇帝内廷的办公厅或机要室，地位极其重要。政变结束，必然要组成为两宫太后服务的新的军机处。
咸丰十一年（1861年）十月初一日连发两道上谕。任命大学士桂良、户部尚书沈兆霖、户部右侍郎宝鋆，均著在军机大臣上行走。鸿胪寺少卿曹毓瑛，在军机大臣上学习行走。户部左侍郎文祥，著仍在军机大臣上行走。
这样，以恭亲王奕为首组成了新的六人军机处。
几位军机大臣情况如下：
桂良（1785-1862年），字燕山，瓜尔佳氏，满洲正红旗人。父玉德，闽浙总督。道光十九年（1839年）桂良升任湖广总督，旋调闽浙总督，继任云贵总督。二十五年入觐，留京署兵部尚书，兼正白旗汉军都统。寻出任热河都统。二十八年，奉诏入京，上谕将其女指六阿哥奕为妻，授镶红旗汉军都统。咸丰六年（1856年），因镇压北伐军有功，被擢为东阁大学士。八年英法联军“毁大沽炮台，泊天津城下，声言将犯京师” 。咸丰帝派桂良、花沙纳为钦差大臣往议。桂良主和，不主战。五月，他先后同俄、美、英、法代表分别签订《天津条约》。十月，桂良等代表清政府与英、法、美诸国签订《通商章程善后条约》。咸丰九年，咸丰帝逃往热河，命桂良协助奕留守北京“督办和局”。九月，桂良协助奕签订中俄、中英、中法《北京条约》。十二月，桂良任总理各国事务衙门大臣。辛酉政变后，桂良升任军机大臣。同治元年（1862年）六月病死。他是位有丰富政治经验的思想比较敏锐的官僚，是奕的岳父，也是奕的可靠的政治助手，对奕是坚决支持的。但可惜政变不久他就死去了。
沈兆霖，字郎亭，浙江钱塘人。道光十六年进士。咸丰时，曾任兵部尚书、户部尚书。思想比较开放，曾上书咸丰帝“其亲递国书一节，臣私心揣度，亦可姑允所请” 。这在当时是不容易的。他坚决主张咸丰帝尽快回銮，并同大学士贾桢等奏请两宫皇太后召见臣工礼节，而受到重用。同治元年（1862年）七月在署陕甘总督任内，因途中猝遇山水暴涨，而以身殉职。他在军机处时间很短。
宝鋆，字佩蘅。索绰络氏，满洲镶白旗人。世居吉林，道光进士。咸丰帝逃至热河，欲提库帑修葺行宫。宝鋆以国用财竭为理由加以婉拒。兼任总理各国事务大臣，支持设同文馆。他是奕的坚决支持者，对西方有所了解。后拜体仁阁大学士。他支持重用汉人政策，曾对奕说：“我们满洲特一洲耳。虽有人才，何能与汉人十八省比！” 他是奕的重要的左右手，曾说：“恭王虽甚漂亮，然究系皇子，生于深宫之中，外事终多隔膜，遇有疑难之事，还是我们几个人帮忙。”
曹毓瑛，字琢如，江苏江阴人。道光时任军机章京。咸丰时任汉领班军机章京。十年，升鸿胪寺少卿。端华、肃顺擅政，他不阿附。政变时，传递情报，出谋划策，立了大功。政变后，提升为军机大臣学习行走。同治元年，升大理寺卿。授军机大臣。但同治五年卒。
文祥（1818-1876年），字博川，号文山，瓜尔佳氏，满洲正红旗人。世居盛京（今沈阳市）。道光进士。咸丰八年（1858年），在军机大臣上学习行走。九年，任军机大臣。英法联军入侵时，他反对咸丰帝出逃热河。咸丰帝出走，命文祥署步军统领，留守京城，后协助奕同英法议和。他主张同英法保持“和好”关系。他从维护清朝统治出发，主张“两害相形，则取其轻”，避免“决裂”，以“迁就”换取和局。他对肃顺专政不满，参与了辛酉政变，并“疏请两宫皇太后垂帘听政”。他思想比较开放，主张重用汉人，对世界大事有所了解，是奕的得力助手。
后进军机处的还有一位李棠阶。他字文园，河南河内人。道光进士。出身贫寒，精通理学，以理学约束自己。他主张严办弃城逃走的两江总督何桂清。给两宫皇太后进讲《治平宝鉴》，反复阐述人主不宜有所嗜好的道理。奕被劾，他力主正义，力言王的过失不是有心的。他是一位正统且正直的大臣。同治二年八月升任军机大臣，同治四年卒。
除军机处之外，又设立了总理各国事务衙门。奕等在1861年1月13日奏请设立总理各国事务衙门。1861年1月20日咸丰帝批准实行。 这样，我国历史上第一个专门的外交机构便正式成立了。在这之前，中国没有近代意义的外交机构。而总理衙门的成立，使中国的外交制度开始向近代化迈进，使近代中国人在向西方学习和走向世界方面迈进了一步。
咸丰帝命奕、桂良、文祥为总理各国事务衙门大臣，后又任命署仓场侍郎崇伦、头品顶戴武备院卿恒祺为帮办大臣。
崇伦，许氏，内务府汉军正白旗人。咸丰四年（1854年）崇伦赴津办理同英国交涉事务。八年，英法联军侵入天津内河。崇伦奉命督率团练，实力防守。因办理换约比较得力，受奕赏识。奕举荐崇伦，咸丰帝于咸丰十一年三月十六日（1861年4月25日）旨准崇伦为总理各国事务衙门帮办大臣。他同英法接触较多，对外国事务比较了解。光绪元年（1875年）卒。
恒祺，伊尔根觉罗氏，内务府满洲正白旗人。咸丰四年（1854年）任粤海关总督。七年，办理海口通商事宜。十一年同崇伦一齐被任命为总理衙门帮办大臣。同治五年卒。他对西方事务也较熟悉。
咸丰十一年十月二十一日（1861年11月30日）上谕，添派董恂在总理各国事务衙门办事。
慈禧太后把军机处和总理衙门牢牢地控制在自己手中，这就为贯彻她的政治主张奠定了组织基础。
第三、连诛二臣
两宫太后虽然取得了最高领导权，但是她们面对的是一个烂摊子。为了摧毁太平天国农民起义，为了维护岌岌可危的封建统治，慈禧采取了一些严厉措施，其中最令人心悸的是连斩两大臣，以整饬吏治。
第一个斩的是两江总督何桂清。何桂清，云南昆明人，道光进士。历任编修、太仆寺少卿、太常寺卿、户部右侍郎、浙江巡抚、两江总督等官职。
1859年钦差大臣和春、帮办军务张国梁所统率的江南大营以长墙围困天京，天京危急万状。1860年1月底，李秀成仿效围魏救赵故智，决定采用奇袭杭、湖，然后回师反攻江南大营的战略，以解天京之围。1860年5月5日江南大营全军溃败，天京解围。和春、张国梁俱死。常州是两江总督何桂清住所，他在此专主饷事，拥兵自卫，坐视不救。陈玉成部欲攻常州，何桂清见大事不好，希图逃走。这时，江苏按察使查文经、江苏布政使薛焕、江南盐巡道英禄、江安粮道王朝纶猜摸何桂清心理，联衔禀请退保苏州。这实质是“显系见事已危急，意在同逃” 。何桂清得禀大喜，这下子可有了逃路的堂而皇之的理由了。他即想逃往苏州。
在逃跑前，他先把父亲和两妾秘密送往南通州，然后张榜禁止迁徙，并派兵严查诸门。听说何桂清要逃跑，绅民耆老数百人，当晚手执香烛赴辕门跪请留常。次日，何桂清亲率部队将逃，绅民顶香跪留者很多。何桂清出不去，“何帅怒，遽令开洋枪纵击，死者十九人” 。
何桂清逃向苏州，苏州巡抚徐有壬不让进城，并上疏奏劾何桂清。咸丰帝大怒，谕旨将何桂清革职拿问，解京严审。何桂清走常熟，常熟也不纳。 后来他声言借兵助剿，逃到上海。咸丰帝上谕将何桂清褫职逮问，但是一拖两年而没有办成。主要原因是咸丰帝北狩和辛酉政变，最高领导者无暇过问此事。
现在政变已大功告成，慈禧太后一再强调整饬政纪，严肃官常。在此情况下，何桂清一案又被提起。
当时江苏巡抚薛焕、浙江巡抚王有龄都是何桂清的旧时属吏，因何桂清的举荐才达到今天的地步，所以都极力包庇何桂清。他们合疏上奏请“弃瑕录用，俾奋后效，以赎前罪” ，但言官不饶。给事中郭祥瑞、卞宝第等上疏，追究何桂清罪责。慈禧太后下令于同治元年（1862年）五月将何桂清逮入刑部狱。
入狱之后围绕着如何处治的问题展开了一场尖锐的斗争。负责总办秋审处的刑部直隶司郎中余光绰，是常州人，对何桂清十分愤恨，而他恰好负责此案。他认为仅依据“封疆大吏失守城池斩监候，秋后处决律”是不够的，又加上何桂清击杀执香跪拜父老19人，忍心害理，罪当加重，拟斩立决。此议一出，上谕大学士六部九卿翰詹科道会议讨论，讨论结果同意刑部决定。这样看来，是可以定罪了。
不曾想，突又发一上谕：“何桂清曾任一品大员，用刑宜慎。如有疑义，不妨各陈所见。”是有意为何桂清网开一面，抑或是就杀一大臣事，意在引起一场争论，以便造成更大的震动，产生更大的影响？
既然上谕命再议，有人就以为是想为何桂清减刑，便乘机为何桂清翻案。或一人自为一疏，或数人合为一疏，其约17人上疏为何桂清申辩。其中职务最高、资格最老的是大学士、礼部尚书祁寯藻。他援引嘉庆帝谕旨：“刑部议狱，不得有加重”字样作为理由，意在为何桂清开脱。其他如工部尚书万青藜，通政司王拯，顺天府尹石赞清，府丞林寿图，九卿彭祖贤，给事中唐壬森，御史高延祜、陈廷经、许其光、李培祜等都纷纷上疏为之求情。一时形成了一个较强大的声势。这些人的情况不同。有的是私交甚厚，有的是不明是非，有的是兔死狐悲，有的是见风使舵。
面对着这股狂风，御史卞宝第不听邪，独上疏抗论。他针对老臣祈寯藻疏，痛加驳斥。他认为，道光年间提督余步云，咸丰年间巡抚青麟，都是以失陷疆土而被处决的，那时你身为军机大臣为什么一言不发，而单对何桂清如此偏爱，究竟是为什么？卞宝第的上疏传下来，闻者皆以为快。当时太常寺卿李棠阶又上一密疏：“刑赏大政，不可为谬悠之议所挠。今欲平贼，而先庇逃帅，何以作中兴将士之气？”
这道密折对慈禧和奕影响很大，使他们下定决心要处决何桂清。
但是何桂清申辩，说他之所以从常州逃到苏州，是因为江苏的司道要求他到苏州，以保饷源重地。他引出薛焕等四人禀牍为佐证。这是何桂清能捞到的最后一棵救命稻草了。
慈禧和奕表现出了很大的耐性。慈禧太后通过同治帝之口又发下上谕，命两江总督曾国藩查核。曾国藩很快上疏道：“苏常失陷，卷宗无存。司道请移之禀，无容深究。疆吏以城守为大节，不宜以僚属一言为进止。大臣以心迹定罪状，不必以公禀有无为权衡。”这就明确表明他是赞成重治何桂清的。
听了双方的意见之后，慈禧太后经同治帝于同治元年十月二十一日（1862年12月12日）发布谕旨：“向来停止勾决年份遇有情罪重大之犯，例由刑部开具事由，另行奏闻，请旨正法。乾隆年间，屡奉谕旨，如三十六年，系停勾年份，而官犯王钲等罪无可逭，即予正法。正案可稽。本日刑部具题朝审情实官犯一本内，已革两江总督何桂清一犯，自常州节节退避，辗转逃生，致苏常等郡全行沦陷。迨奉文宗咸皇帝严旨拿解来京，犹敢避匿迁延，迟至两年，始行到部。朝廷刑赏，一秉大公。因廷臣会议，互有异同。酌中定议，将该犯比照带兵大员失陷城寨本律，予以斩监候，秋后处决，已属法外之仁。今已秋后届期，若因停勾之年，再行停缓，致情罪重大之犯，久稽显戳，何以肃刑章而示炯戒？且何以谢死事诸臣暨江南亿万生灵于地下？何桂清著即行处决。派大学士管理刑部周祖培、尚书绵森，即日监视行刑。”
这个上谕清楚地说明了何桂清犯的是弃城逃跑罪，此点是明确无误的了。另一条罪状是避匿二年之久。大臣会议意见不一致，后来采取了酌中意见，即斩监候，秋后处决。本来这一年正是停勾之年，有的人幻想可以再缓一缓。但慈禧太后决定立即斩掉何桂清，以明官纪。因此，颁下谕旨，于同一天杀了封疆大吏何桂清。
宝成关认为，慈禧杀何桂清是为了剪除奕的羽翼。并说，何桂清同奕的岳父桂良早就“拉上了关系” ，因此，奕才照顾何桂清。其实，军机大臣桂良也是主张杀何桂清的，只是更坚决，他的意见是斩立决。在处决何桂清问题上。看不出慈禧同奕有明显的分歧。
