就在戚家军主力前往广西平乱之际，倭寇打听到了东南沿海空虚的消息，如同打不死的蟑螂，成群结队又前来进犯。这次他们出动了两万多人，由加藤清正率领，分乘百余艘舰船，在福清、兴化、泉州、漳州等地登陆，一时间东南海警四起，告急文书沓至。
此时俞大猷、刘显都在别处用兵，因此唯有戚家军可用。留守的戚家军兵力不足，采取防守反击的策略，分兵层层狙击，待敌锐气一过立刻展开反击。当月，戚家军与倭寇交战十二次，每战皆胜，迫使倭寇集兵自守，但戚家军也没有能力对其展开包围歼灭作战。双方相持了很长一段时间，倭寇又流窜到仙游一带，将仙游县城围得铁桶一般，昼夜不停攻打。
朝廷见福建全省再次糜烂，连忙授予戚继光福建总兵官一职，命他立刻率军赶赴福建作战。戚继光在班师的途中接到了这一任命，立即督率各部人马赶赴仙游，列阵石马（地名），与倭寇对峙。
一日清晨，仙游地区降下了大雾。戚继光担心倭寇趁雾进攻仙游县城，于是挑选出八百名勇士，由胡守仁、王如龙、叶大正统领，组成一支敢死队，秘密潜入仙游县城，协助城内明军守城。同时戚继光四处布置疑兵，火器营不断发炮轰击倭寇，借此牵制、迷惑倭寇，使之不敢趁雾发动袭击。
然而倭寇还是发动了攻城作战。加藤清正是戚继光的老对手了，屡屡被戚继光耍弄，这次终于长了个心眼，没有被戚继光所惑。
加藤清正率领万余倭寇乘着浓雾在仙游南门外发起攻城。他们制造了一种登城工具“吕公车”，四周粘上竹木棉毡，既防炮火，又不怕弓箭，推至城下，竟然比城墙还高！倭寇们纷纷登车入城，与城内明军展开了肉搏战。
此时情形万分紧急，胡守仁见倭寇源源不断涌入仙游，对王如龙、叶大正二人道：“事急矣！随我杀贼去！”
当下八百名虎贲之师，在仙游城内横冲直撞，真个是人逢人倒，马遇马伤。倭寇不能敌，纷纷败退下来。加藤清正的部将九鬼嘉隆闻报，急忙率军支援。两军相交数合，九鬼嘉隆被王如龙一刀劈碎了护心镜，吓得连忙拨马逃出城外。戚家军趁势击退入城的倭寇，重新建立起城墙防线。
戚继光得知倭寇大举攻城，尽起戚家军精锐，在大雾之中与倭寇展开了决战。张元勋攻左路，吴惟忠攻右路，杨紫嘉攻中路，三路人马合力进击南门倭寇主力。
矢石如雨，炮声如雷。仙游南门外，雾气弥漫，几丈之外便模糊不清，无从辨认方向。戚家军以鸳鸯阵为单位，四处散开，以乱打乱，尽可能多的给予倭寇杀伤。混战中张元勋所部被倭寇冲散，大雾之中无法集结队伍，张元勋孤身一人行动，不幸被上百倭寇所困，张元勋手刃数十人，身中十余创，终因敌众我寡，阵亡于虎啸潭边。
张元勋是含笑而死的，没有在刀与火中滚过、在血与肉中浸过的人，永远无法理解那一刻的笑容。
那是属于勇者的笑容。
南门大战，戚家军与倭寇纠缠在一处，进行着前所未有的激烈厮杀。无论是戚继光还是加藤清正，他们心里都明白，是生是死，是存是亡，今天就能见出个分晓了。
雾气愈加蒸腾弥漫，相隔不到一丈之地，便谁也看不见谁了。此时任何指挥都已无用，双方比拼的就是勇气、耐力和单兵作战素质。戚家军与倭寇不同的是，他们为了心中的信念而战。而倭寇只是纯粹的屠夫，他们手里拿着的，无一不是滴着人血的屠刀。从他们举起屠刀的一刹那，他们再也无法停止自己嗜杀的野**望。
双方从清晨一直厮杀到正午，这时太阳高升，雾气渐渐散去，展现在人们面前的是一幅阿鼻地狱的惨象：鲜血汩汩横溢，骨肉零落四散，根本分不清楚这些鲜血骨肉是属于谁的。空气中弥漫着腥甜的味道，闻多了就要作呕。苍蝇已经寻了过来，越聚越多，欢快的嗡嗡叫着，似乎在演奏着饭前的交响曲。
午时过后，戚家军恢复了建制，重新组织起了攻势。倭寇渐渐支撑不住，他们惶惶如丧家之犬，逃入了营寨之中，龟缩在内，想依托营寨防守。
戚继光亲自督率各部人马猛攻倭寇营寨，大伙高喊为张元勋报仇，以锐不可挡之势冲击倭寇营寨。杀声如雷，火光冲天，明军破栅而人，奔涌飙来。倭寇彻底崩溃了，争相夺路而逃，杀死烧死者不可计数。九鬼嘉隆当场战死，加藤清正狼狈不堪逃回日本，从此再也不敢跨入大明疆土一步。
《尚书·太甲》曰：天作孽，犹可违；自作孽，不可活。
史载此战为：“盖东南用兵以来，军威无如此之盛者”。
此战过后，戚继光的声名盖过了宣府总兵马芳，成为大明王朝最耀眼的名将。戚家军的防区覆盖了浙江、福建、江西、广东四省，整个东南沿海几乎全部都在戚家军军威的笼罩之下，声威之盛无人可出其右。
仙游之战结束后，戚家军在王仓坪、蔡坡岭、韶安等地连续作战，将仙游之战中逃脱的倭寇残部尽数歼灭。随后戚继光、俞大猷、汤克宽三路兵马会师南澳岛，将这最后一股倭寇团团围困，这股顽敌一旦被歼灭，将意味着倭寇之乱彻底平息。
汤克宽乃是将门之后，家传武艺高绝。少年从军，此后战功不断，一路升至副总兵，后因倭寇猖獗，一时作战失利，被贬为浙西参将。自倭寇入侵之日起，他便一直领兵抗倭。嘉靖三十四年，在直浙总督张经的指挥下，明军大败倭寇，获“王江泾大捷”。此仗虽说是东南诸路兵马共同的功劳，但其实真正出力的只有汤克宽、俞大猷、卢镗三人。张经获胜后不久便被当朝首辅严嵩的亲信赵文华诬陷入狱，论“罪”斩首。而先前的抗倭名将朱纨因推行“海禁”触犯朝野权贵利益，被诬告革职，愤恨自杀，因此汤克宽便成为了东南沿海抗倭的中流砥柱。若是论资排辈，他比俞大猷的资格还要老些，戚继光就更不用提了，在他面前只能算是个小字辈。
眼下三位名将围住的最后一股倭寇的首领名叫吴平，号称“闹海长鲸”，在闽粤沿海一带抢掠近十年，势力范围远达台湾与南洋。他性情狡诈多疑，做人反覆无常，降而复叛，叛而复降，明军将领一提起此人，都恨不得将其剖心挖腹，看看他究竟长了一副怎样的心肠。戚继光与俞大猷、汤克宽商议后决定：兵分三路，分进合击南澳岛。
戚家军采用了陈文定发明的“木制涂塌”，首先攻入南澳岛，将一干倭寇杀得落花流水。很快，俞大猷与汤克宽也杀入岛内，三路人马团团围困，层层进剿，将岛内倭寇迅速肃清。吴平见势不妙，率领残部从海路逃遁，又被俞大猷的水师截获大半。吴平侥幸脱身，身旁只剩下了八百多人，尚且人人带伤。吴平仰天大哭：“贼老天，你待我何其之薄耶？”欲举刀自尽。手下人匆忙上前阻拦，一并相抱痛哭，声闻数里，悲不可抑。
其实吴平大可不必憎恨命薄，因为不久之后他就会没命了。以戚继光、俞大猷、汤克宽三人的性格，必然要斩草除根的。于是戚继光、汤克宽在陆上追，俞大猷在海上追，把吴平从南澳岛赶到了广东雷州，再把他从广东雷州赶到了广西康州，最终把他赶出了国门，赶进了越南万桥山。
至此，中华境内再无倭寇。
这还不算完，明军要的是吴平的命。经过一番筹划，明军打进越南，在万桥山一带大规模搜捕吴平。吴平见活命无望，投海自尽。明军这才从越南撤兵，大张旗鼓的班师回朝。
自始至终，越南黎氏王朝未敢置一词，更不敢发一兵一卒相抗。
嘉靖皇帝朱厚熜为了表彰戚继光的功绩，在山东登州为戚继光修筑“父子总督”、“母子节孝”两个牌坊，以彰显其赫赫战功。
万众一心兮，群山可撼。
惟忠与义兮，气冲斗牛。
主将亲我兮，胜如父母。
干犯军法兮，身不自由。
号令明兮，赏罚信。
赴水火兮，敢迟留！
上报天子兮，下救黔首。
杀尽倭奴兮，觅个封侯！
这首戚家军军歌，从此传遍大江南北、关内关外，成为了天下百姓争相传诵的“凯歌”。戚继光和他手下的将士们，被东南沿海的百姓立庙祭祀，奉为神明，四季香火不断，岁月拜祭如云。戚家军的故事，也被载入史册、写为诗词、编为戏曲、演绎成小说，从此千古流传，至今美名犹在。
