1.兵部尚书石星倒台
万历二十五年(1597)正月初四，加藤清正率领七千大军，在对马岛稍作休整之后，搭乘一百五十艘船只，在狂风骤雨、惊涛骇浪中航行了九天之后，停泊在朝鲜的加德岛，一手拉开了丰臣秀吉第二次侵朝战争的序幕。
如果这一回再让小西行长夺去首功，加藤清正从此以后在太阁面前就抬不起头来。所以一踏上朝鲜的国土，加藤清正脚下就像长了翅膀，风风火火地大阔步前进。十四日，加藤清正入侵多大浦，修复了竹岛上的营地建筑，跟留守釜山的日本人在机张营凝成一股，把梁山的朝鲜守将平春驱赶出城，直入西生浦，并放出风声说，一定要朝鲜王子亲自去日本谢罪，才有退兵的可能。
第二天，加藤清正又迫不及待地进入豆毛等浦，派副将喜八带着七十人，乘坐一条大船，到处张贴榜告：“清正奉太阁命，再次航海，已经派人往王京而去了。”庆尚道的朝鲜人早已见识过加藤清正的淫暴，现在这个屠夫又杀回来，人们无不慌乱，惊喊着四处逃散。
加藤清正的老对手小西行长对战争却没有那么急切，李如松让他很受伤，只有上帝知道这一次的命运会怎样安排。所以在半个月之后，他才不情愿地发兵渡海。二月初一，小西行长一进驻釜山倭营，就深挖壕沟，广植栅栏，把藏身之处弄得牢固贴合，就此蜗居下来。
除了加藤清正和小西行长等两万余人外，丰臣秀吉又纠集十二万大军，在二月初十陆续派往朝鲜。二十一日，丰臣秀吉对侵朝日军作了总部署。
日军分为八阵。加藤清正与小西行长仍旧为先锋，轮流做第一阵，其余毛利秀元、黑田长政等各部为六阵。另外，小早川秀秋守釜山城，太田小源五掌军务。高桥直次、筑紫广城守安骨浦城。久留米秀包守竹岛城。浅野幸长守西生浦城。毛利友重、竹中重治、垣重一直、毛利高政、早川长政、熊谷直盛为监军，藤堂高虎、加藤嘉明、胁坂安治统领水军。
明神宗的册封诏书还在花畠山庄里躺着，诏书上每个字就是一把利刃，刺得丰臣秀吉心口淌血。但是，一想到已经有七万九千人永远回不了家，丰臣秀吉又感到无限悲凉。难道那座堂皇富丽的北京城，真的就那么遥远吗？
于是，丰臣秀吉恨恨下令：“远征军各部，必须对天盟誓，和睦团结。明朝援军离朝鲜王城五六日行程时，就要飞速来报。我单身渡海，直入明朝。”
在丰臣秀吉眼里，明神宗俨然一个坚如磐石、无法撼动的巨人。但在明神宗眼里，日本关白不过是泱泱大国的一个朝贡属臣。
这时的明神宗完完全全成为一个宅男，常年幽居深宫，没有一个大臣能够一睹皇上的真容。一个叫戴士衡的吏科给事中上了一道奏折，讽喻“陛下高拱九重，目不睹师保之容，耳不闻丞弼之议”，明神宗坦然置之，不加理会。皇帝心头上只有两件事，立储和朝鲜。立储，乃国家之根本；而朝鲜，更是关系到国家的生死存亡。朝鲜国的每一次陈奏，都令他寝食不安。
正月十八日，朝鲜使臣刑曹判书郑期远等十三人奏称日本无礼情状，七天后，朝鲜又向兵部告急，称去年册封时，因册使官微礼薄，丰臣秀吉拒绝，并索要朝鲜王子。
明神宗急在心里，下旨让大臣二月初五商议东征事宜，但会议并没有取得一致意见。郑期远哭泣乞援，辽东副总兵冯栋也奏报日本将领加藤清正于正月十四日发战船二百艘，停泊朝鲜，驻扎在机张倭营。
明神宗再也按捺不住了。六天后，下令第二次商议兵援朝鲜。会议上，出兵抗倭成为共识。大臣们主张拨调宣、大、蓟、辽七千人，招募浙江兵三千七百人，积极备战，并让朝鲜加强警备。
十四日，阁臣张位、沈一贯又谏议，在平壤与开城之间选一个要地，开府立镇，驻兵于此，西连鸭绿江、旅顺，东援王京、鸟岭。战时轻兵趋进，平时屯田练兵。向朝鲜人传授中原农耕技术，大力发展工商贸易，以增添驻军给养。
明神宗一看可行，就令兵部给朝鲜发文，准备照此办理。
但是朝鲜人却对明神宗的真实意图产生了怀疑，李昖忧心忡忡地对柳成龙说：“天朝担心我国缺粮，如此炮制一个长久之计，恐怕不是偶然的吧！”
臣属蒙古的屈辱历历在目，李昖婉言谢绝了张位、沈一贯的设想，称说全罗道为朝鲜脏腑要地，现在被倭贼侵占。如果能在庆尚道选择险要之地屯兵积饷，就可以扼敌北上。而且在北方屯田，远不如南方。结果开府立镇就没有下文了。
册封日本失败，朝中大臣旋即群起攻击主和派人士。署兵科事刑科左给事中徐成楚弹劾石星及沈一贯欺蔽，首辅赵志皋因为之前曾经附和石星和议，所以极力辩脱。
杨方亨自日本被驱逐出境之后，先回北京。怕册封失败遭受责罚，早早与沈惟敬串通，欺诈上奏说，去年九月初二，丰臣秀吉在大阪受封之后，于初四回到和泉川。
真相无法用谎言来遮掩。日本的谢表迟迟不来，侵朝驻军也赖着不走，朝廷上又是一片喧嚣。
二月十五日，在朝鲜躲躲闪闪的沈惟敬，看到事情渐渐败露，就上书朝廷，假称丰臣秀吉受封之后，恭顺谢恩，并拿出自己在日本购买的猩猩毡、天鹅绒等，献给明神宗，说是丰臣秀吉进贡的方物特产。
这个低智商的骗局很快被人识破，大臣们讽笑说，猩猩毡、天鹅绒并非原产于日本，怎么说是方物？明明是欺罔朝廷。
兵部尚书石星听到各种传闻，又被参劾，整天坐立不安，就详细诘问杨方亨。虽然杨方亨之前已经同沈惟敬商议好了对策，但诘问之下，言语含糊，漏洞百出，说不清楚册封经历。
进贡方物骗局遭怀疑，沈惟敬又往釜山倭营，叫王桂、叶芳伪造雕刻丰臣秀吉的印章，炮制出一篇谢表，送到北京。但是朝中大臣徐成楚验证后发现，谢表字迹潦草，奏折前面部分的丰臣秀吉的图章、文字，并未奉从明朝正朔，又没有年月时间。这哪里是日本的谢表，简直是乡村放牛娃的涂鸦之作。
石星越想越不对劲，赶紧向明神宗请求，削去他的兵部尚书职务，让他亲自去朝鲜，调解朝鲜、日本，息兵讲和，如果仍未成功，就挥师大进。并自愿顶上托付不效的罪名，甘受责罚。
此时的明神宗肥胖且驼背，身体状态每况愈下，久不理政，但他还是隐约看出了石星的奸邪之处，就未许他的朝鲜之行。
而此时的石星简直度日如年，对他来说，每天都有一个坏消息。
大臣都想扳倒石星，朝中的各种反对势力，绞紧在一道，酿成一股强大的力量。石星的末日终于来临了。
首先发难的是蓟辽总兵孙矿。之前他曾经派遣叶靖国去找加藤清正，诱使他杀掉小西行长，然后受封。但是加藤清正志在夺取朝鲜，一点儿也不稀罕明朝一个“总督”“总兵”的封号。于是孙矿上奏明神宗，称加藤清正并没有求封的意愿，以此来攻讦石星。
其后是刑部尚书萧大亨。他看上兵部尚书的威势，想取而代之。此外，张位时为武英殿大学士兼吏部尚书，他独断专行，又想建树功业，所以两位尚书争先恐后地弹劾石星。
辽东副总兵冯栋之前奏报加藤清正屯营机张，众臣纷纷谴责石星。石星转骂沈惟敬，沈惟敬仍固执地辩称：“此次日本发兵，只不过是责骂朝鲜的礼节。今天专候天朝处分，并无他意。”
杨方亨感到事态日益严重，身为册封正使，为求自保，他决定把一切真相抖出来。
三月十九日，杨方亨入朝奏称：“先前臣作为册封副使，一切行动听从正使李宗城的。臣驻扎居昌时，沈惟敬暗访加藤清正，说册使一入釜山，倭即撤走。于是臣同李宗城进驻釜山，那时倭子还一派平静。去年正月，沈惟敬忽然说要去预演迎接册使的礼仪，与小西行长渡海往日本去了。之后又听说沈惟敬去了名护屋，小西行长去见关白。事隔两三个月后，李宗城为谢隆所诱惑，忽然半夜逃出。臣即刻回报兵部，说倭子狡诈，请派人前往釜山勘察，可以册封，也可以不封。于是朝廷命臣为正使，沈惟敬为副使。我们商议，等釜山倭子全部撤出朝鲜后，才能赴日本册封。
“后奉兵部文书，说釜山倭子已经安排妥当。又写信给小西行长，说臣或在对马岛，或在名护屋，等待朝廷补发册封的物件。臣于六月十一日渡海，沿途倭子的款待颇为优厚。八月初四到和泉，关白派人慰劳。闰八月望日，臣领取到补发的物件。小西行长跑来说，关白定于九月初二受封。沈惟敬先去问候关白，册封当天关白跪拜高呼万岁。第二天，倭子又到臣的寓所，说答谢礼物在初四地震时全被毁坏。又派人告诉沈惟敬，说关白斥骂朝鲜礼文。倭夷狡黠，蚕食朝鲜，阴谋可见。
“石星说小西行长值得信赖，命臣催促倭子献上谢表，苟且了结册封之事。臣心想如果倭子真的退去，谢表迟来几天又何妨？如果倭子仍然屯集朝鲜不去，即使献上谢表，又有什么用？倭子的谢表字迹不工整，又干支丙申纪年，不奉正朔。石星写信告诉臣，日本原来就没有颁布历法，与朝鲜、琉球不同。又告诉臣说，皇上喜欢金珠天鹅绒。于是沈惟敬购买猩猩毡、天鹅绒献上，冒称是关白的贡品。猩猩毡出自南番，关白常常用来铺地。天鹅绒就是原产广东的剪绒细。事情欺罔大体就这些。”
奏报之后，杨方亨拿出石星亲手给他写的十三封秘密文书，大致内容是说要他苟且完结册封事宜，别让孙矿破坏，并进呈给明神宗御览。
杨方亨一现身，石星就知道一切都玩完了。可是，能混到兵部尚书的位置，石星也不是吃素的。要完蛋，大家一起完蛋吧，死也要拉几个垫背的。于是，石星以攻为守，反告杨方亨前后矛盾，反复附会，也奏章一本，抖出孙矿十五件不可告人的隐秘事，并拿出杨方亨的书信，说这次加藤清正的进兵，是孙矿招来的。
杨方亨矢口否认。另一大臣徐亦就趁机弹劾石星被小西行长所出卖，反而诬告孙矿。就这样，石星的谎言不攻自破，最后的垂死挣扎加速了他的灭亡。
明神宗傻了眼，没想到这中间竟有如此之多的相互倾轧、钩心斗角。自己老是看走了眼，本以为石星忠贞可嘉，委以重任，他却投机取巧，狡诈欺瞒。孙矿也曾多次赞他多谋，原来是个避观成败的奸诈之辈。
明神宗咆哮着，下旨朝臣会讯，将石星革职候审；孙矿除名，革职回乡听勘；杨方亨革职，永不叙用。
石星从政四十年，先前因为明穆宗沉湎酒色，荒废政务，石星忠心苦谏，差点儿丧命杖下。明神宗即位，才得昭雪。后又与张居正不和，弃官回乡。张居正死后，其党羽多被贬抑，石星又赴朝居官，即被提升为工部尚书加太子少保。万历十八年(1590)，石星改任户部尚书。他与其他大臣提出十四条改革措施，使得国家受益颇多，由是深得明神宗的宠信。一年后，又被任命为兵部尚书。壬辰战争爆发，石星首倡援朝抗倭。后丰臣秀吉伪装讲和，首辅赵志皋也极力附和。于是石星动摇抗战决心，转向和谈。不料，石星急于求和，最后被无赖沈惟敬所操纵，终于败得一塌糊涂。
《明史稿·石星传》评价石星：“直节震天下，毅笃实，居官有重望，然本文士，长于兵，主惟敬封贡议，竟以此败。”
2.李舜臣入狱
在石星倒台的同时，朝鲜水师名将李舜臣也镗然入狱，被打进死牢。
第一次侵朝战争中，日本水师屡屡败给朝鲜水师。对此，丰臣秀吉一直耿耿于怀。他下令小西行长一定要击溃朝鲜水师。擒贼先擒王，李舜臣是朝鲜水师的灵魂人物，要想击败朝鲜水师，首先就要扳倒李舜臣。
如何扳倒李舜臣？在海上是扳不倒的，不被他消灭，打落到海里去喂鱼，就已经很走运了。海上既然不行，那就陆上吧。日本人的陆战能力是亚洲第一流的，可李舜臣不带陆军作战啊。
小西行长看透了国王李昖的昏庸，也看透了朝鲜政局的腐败。那就让朝鲜祸起萧墙，让自己人干掉李舜臣吧。日本人精通谋略，吉备真备带去的《孙子兵法》，日本带兵的将领人手一册，几百年前就啃烂了。
窝里斗、朋党政治，这些专利权不单为古代中国所独自享有。朝鲜师从中国，有过之而无不及。朝鲜国王李昖即位不久，朝中就逐渐形成了前辈与后辈两股士林派对峙的局面，在1575年终于掀起“乙亥党论”，从此形成了东人党和西人党之间的党争。党争初期，西人党占据上风，尹斗寿、尹根寿兄弟把东人党的大司谏李山海斗下台。
但不久，李山海、柳成龙这两个巨头手挽手，东人党向前走。很快又将西人党在朝中的势力扫荡一空。东人党一家独大，掌控朝政。
由于失去共同的敌人，东人党又发生窝里斗，分裂成强硬北人党和稳健南人党。朝鲜政治又转入南北两党相争。北人党主要是李山海，而南人党人才济济，有一大批诸如柳成龙、李舜臣、权慄、李德馨之类的政治军事领军人物。北人党不堪一击，大权很快落在南人党手里。南人党的优势一直保持到丰臣秀吉发动侵朝战争时。
万历二十三年(1595)，随着沈惟敬和小西行长初步达成明、日和议的协定，明军主力撤回国，屡立战功的李舜臣成为南人党军事上的坚强台柱。
朝鲜国王李昖误以为天下即将太平，为了犒赏大臣，准备提携大批官员。被压制三年之久的北人党领袖李山海东山再起。为了反扑南人党，李山海决意连根拔起，除掉李舜臣。为此，他拉拢了抗击女真的名将元均。
