论大学的性质
在蔡元培的整个教育思想体系中，大学教育思想占有非常突出的地位，这同他重视高等教育密切相关，他认为要发展中国的教育事业，办好高等教育是关键。他说“自己的兴趣偏于高等教育”，希望“在高等教育方面多参加点意见”，此外，他又较长时间主持北京大学，有丰富的大学教育实践经验，因而形成了颇有创建的比较系统的大学教育思想。其中关于大学性质的认识是其大学教育思想的重要组成部分。
第一，蔡元培认为大学应当成为研究高深学问的学府，这是他办学的指导思想，也是他大学教育思想的出发点。早在1912年5月16日，他以教育总长身份出席北京大学开学典礼时，在演说中就提出“大学为研究高尚学问之地”。1917年1月9日，他在就任北京大学校长的演说中又一次明确地指出：“诸君来此求学，必有一宗旨，欲求宗旨之正大与否，必先知大学之性质。今人肆业专门学校，学成任事，此固势所必然。而在大学则不然，大学者，研究高深学问者也。”他认为：“大学为纯粹研究学问之机关，不可视为养成资格之场所，亦不可视为贩卖知识之场所。学者尤当有研究学问之兴趣，尤当养成学问家之人格。”故首先要破除极端国民之教育与“极端之实利主义”。何谓“极端之国民教育”？“政治家翘国家以为至尊无上之群制，以国外之世界为其战场，以国内之人民为其器械，而且恃政府之强权，强以此等主义行于小学教育之中，养成尊慢己国，蔑视他族，蹂躏人道，增进兽性之习惯。”这实乃“将教育与受教育者依附于政治与国家的强权”意志。何为“极端之实利主义”？其特点是“以致用之科为足尽教育之能事，而屏斥修养心性之功者”。所谓“致用之科”也就是眼下的实用之术。
第二，他认为：“在大学里主要应培养独立于国家体制之外（或始终处于边缘位置）的，具有永远的批判意识，并且不计利害与后果的独立知识分子（即思想家），北大永远应是‘新的改造运动的先锋’。”
第三，他认为“大学者，囊括大典，网罗众家之学府也”，应思想自由，“兼容并包”，使受教育者“走出奴化状态”，万不可将思想者当成有“问题者”。
第四，他认为大学不能只是从事教学，还必须开展科学研究。他指出大学教员不是灌输固定知识，而是对学问有浓厚的研究兴趣，并能引起学生的研究兴趣；大学生也不是死记硬背教员的讲义，而是在教员的指导下自动的研究学问。为了使大学能承担起教学、科研双重任务，他极力主张凡大学必有各种科学的研究所。他在《论大学应设各科研究所之理由》的文章中详列了三点理由：一是大学无研究院，则教员易陷入抄发讲义不求进步之陋习；二是设立研究所，为大学毕业生深造创造条件；三是使大学高年级学生得以在导师指导下有从事科学研究的机会。
师资管理思想
蔡元培以其资产阶级民主思想为指导，主张师资管理应民主化和法制化。
在教员延聘方面，蔡元培主张学校应设教员聘任委员会，招聘教员的条件和程序都应由学校的立法机构——校评议会来制定。蔡元培曾主持北大校评议会制定并通过了《北京大学教师延聘实施细则》。
在教员使用方面，蔡元培主张各教授无论担任何种功课，均应由系教授会开会，共同讨论确定。如果有变动，亦须再行开会议决。他的这些主张在由其提出并经北大校评议会通过的《教员保障案》中有所记录。
在教员的辞退解聘方面，蔡元培主张各系教授的辞退工作应由该系教授会开会讨论，经系教授会五分之四通过，并得校长认可，方能办理。这些主张在《教员保障案》中有记录。
蔡元培认为，延聘教员最为重要的标准有两条：一是否有真才实学，二是是否懂得教学的方法。用他的话说就是延聘教员，不但是求有学问的，还要求于学问上很有研究的兴趣，并能引起学生研究兴趣的。如果满足了上述两条，则不论其人的政治见解或学术派别，均可聘用，完全取兼容并包的态度。
在招揽人才的同时，蔡元培还主张对不称职的教员坚决予以辞退。他担任北大校长时，就曾顶住各方面的压力辞退了一批旧北大遗留下来的不称职的中外教员。
大学管理思想
蔡元培的大学管理思想在当时领先于世界潮流，纵观蔡元培的教育思想，其内容主要表现为以下几点：第一是对待管理应有开放的心态。有人说，北大之所以“大”，是因为有了蔡元培“兼容并包”的办学思想。的确，“兼容并包”几乎成了蔡元培和北大的一个标志。从某种意义上说，正是“兼容并包”使北大具有了独特的宏大气象，也正是“兼容并包”使得中国的学术在烽火连天、内忧外患的艰苦条件下仍出现了空前的繁荣景象，显示出了勃勃生机。然而“兼容并包”并不是蔡元培教育思想中的根本，在“兼容并包”的背后潜藏了蔡元培更为基本的思想取向，那就是一种开放的心态。这种开放心态不仅造就了他“海纳百川”的胸襟，更养成了他那放眼寰宇的战略眼光。它使蔡元培无论是在选拔人才还是在学科建设上都能高屋建瓴、胜人一筹。1917年，蔡元培刚刚担任北大校长就聘用了当时锋芒正露的共产主义分子陈独秀做文科学长。其后无论何党何派，只要学问独到的都被蔡元培网罗而至。当时的北大正如马寅初所说：“以言党派，国民党有先生及王宠惠诸氏，共产党有李大钊、陈独秀诸氏，被目为无政府主义者有李石曾氏，崇敬于君主立宪发辫长垂者有辜鸿铭氏，以言文学，新派有胡适、钱玄同、吴虞诸氏，旧派有黄系刚、刘师培、林损诸氏。……各派对于学术，却能自由研究，而鲜摩擦，学风丕变，蔚然巨观。”这种局面的出现不能不归因于蔡元培那种开放的心态。
为了更好的发挥北大文理科的优势，蔡元培决定对当时已有的学科作些调整。按照一般人的观点，学科调整只是学校内部的事情，应该一切从本校利益出发。然而蔡元培没有这种狭隘的门户之见，他看得更远：“我没有本校与他校的界限，常为之通盘打算，求其合理化。是时北大设文、理、工、法、商诸科，而北洋大学亦有工、法两科。北京又有一工业专门学校，都是国立的。我以为无此重复的必要，主张以北大的工科并入北洋，而北洋之法科，刻期停办。”
蔡元培不仅对内持开放态度，对外更是毫无封闭。他认为只要是合理的都可拿来为我所用。这一点在《教育独立议》一文中表现得相当明显。蔡元培为了更好的对中国现代教育制度进行规划，博采众家之长，大胆借鉴西方各国的办学思想，毫无顾忌：“分大学区与大学兼办中小学校的事，用法国制。大学可包括各种专门学术，不必如法、德等国别设高等专门学校，用美国制。大学兼任社会教育，用美国制。大学校长，由教授公举，用德国制。大学不设神学科，学校不得宣传教义与教士不得参与教育，均用法国制。瑞士亦已提议。抽教育税，用美国制。”
蔡元培对别人的意见也时刻持一种开放的态度。最初着手治理北大时，因为不熟悉情况，他并没有什么良策，但是他没有自作主张，而是“先访医专校长汤尔和君，问北大情形”。汤尔和告诉蔡元培：“文科预科的情形，可问沈尹默君；理工科的情形，可问夏浮筠君。”于是蔡元培又访沈尹默，征求他的意见。结果沈尹默向他提出了任用陈独秀和组建评议会的重要主张。蔡元培虚心采纳了。从此北大为之一变。
第二是管理应用科学的目标加以引导。对目标的强调和重视是蔡元培教育管理思想的一大特色。他之所以能在短短几年内创造北大的辉煌成就，与其善于抓管理目标是紧密相连的。担任北大校长时，他做的第一件事就是明确教育宗旨和目标。1917年在北大就职演说上，他开宗明义地指出：“大学者，研究高深学问者也。”“大学生当以研究学术为天职，不当以大学为升官发财之阶梯。”此后，在北大每年的开学式演说中，蔡元培都反复申述这一宗旨：“诸君须知，大学并不是贩卖毕业文凭的机关，也不是灌输固定知识的机关，而是研究学理的机关。”“至于大学学生，本为研究学问而来，不要误认这学问机关，为职业教育机关，但能图得生活上的便利，即为已足。”“本校的宗旨，每年开学时候总说一遍，就是‘为学问而求学问’。”
需要指出的是，蔡元培并不是一个片面强调“为学问而求学问”的教育者，他除了重视超功利性的教育目标外，对实用主义的教育目标也没有忽视，如“五育”中的前三育。他之所以在大学中强调研究学问的纯粹性，是因为他清楚地认识到了中国传统大学教育的弊端：“数百年来，教育的目标只有一项，即对人们进行实践能力的训练，使他们能承担政府所急需的工作”，而缺少“在各种领域中作进一步深入研究的能力”。在这种急功近利的传统影响下，当时的北大也变成了升官发财之所：“我在译学馆的时候，就知道北京学生的习惯，他们平日对于学问上并没有什么兴会，只要年限满后，可以得到一张毕业文凭……尤其是北京大学的学生，是从京官大学堂老爷式学生嬗继下来。他们的目的，不但在毕业，而尤注重在毕业以后的出路。”正是针对这种传统和现状，他才强调“大学教育的目的是……要使索然寡味的学习趣味化，激起人们的求知欲望”。在这一目标的引导下，蔡元培在人员配备、基础建设等各方面的管理决策都能做到“对症下药”，从而在短期内改变了整个大学教育的风貌。
第三是以民主的方式实施管理。蔡元培曾是中国同盟会会员，受“三民主义”影响甚深，所以他在教育管理上也表现出强烈的民主倾向。众所周知，民主的前提是有效的法制保障，因此他特别注重教育法律制度的建设。在蔡元培的主持下，教育部一组建就陆续颁布了《中华民国教育部普通教育暂行办法》、《普通教育课程之标准》、《小学校令》、《中学校令》、《中学校令试行规则》、《大学令》、《专门学校令》《师范教育令》、《实业学校令》等一系列法令法规。
蔡元培在德国留学期间发现，虽然德国在革命以前是很专制的，但是大学的管理却是“极端的平民主义”：校长与各科学长均由教授会选举产生，每年更换一次；校长由神学、法学、医学、哲学四科的教授按年轮流担任，学生从来没有因校长的去留而发生问题。他对此十分称道。执掌北大后，蔡元培将这种民主精神带到了学校管理中：“我初到北京大学，就知道以前的办法是，一些校务都由校长与学监主任、庶物主任少数人办理，并学长也没有与闻的，我以为不妥。所以第一步组织评议会，给多数教授的代表，议决立法方面的事；恢复学长权限，给他们分任行政方面的事。但校长与学长，仍是少数，所以第二步组织各门教授会，有各教授与所公举的教授会主任，分任教务，将来更要组织行政会议，把教务以外的事务，均取合议制。并要按事务性质，组织各种委员会，来研讨各种事务。”蔡元培这样做的目的是相当明确的，那就是要“无论任何人来任校长，都不能任意办事”。
蔡元培的民主管理思想还体现在校务公开上。当时北京大学创办了一种刊物，名为《北京大学日刊》，相当于现在的校报，目的之一正是“借以报告吾校现状于全国教育界”。这不是一般人能做到的，因为这样大范围的公开就意味着要接受公众的评论和监督。
蔡元培民主管理思想的第三个方面表现就是不忽视少数的原则。这一点尤其值得一提。长期以来，我们对民主的理解大多停留在少数服从多数这一原则上，却很少注意到少数服从多数对少数人来说就意味着独裁。为了避免这一点，在少数服从多数的前提下，蔡元培对少数人的意见也给予了特殊关注和对待。当时有些学生在一学期结束后觉得自己不适合继续本专业的学习，向学校申请转科。蔡元培没有简单的“棒杀”这些特殊要求，而是采取了宽容的做法：“据法科一年级经济门学生顾宝随禀称：法科课程与性矛盾，恳请改入文科英文学门旁听一节。查法科课程既非该生性之所近，应准其在法科退学，并准暂在文科英文学门随班听讲，俟学年考试后，再行核办”，“据文科一年级英文门学生巾焘呈称：文科课程，非性之所近，恳请准予改入法科肄业一节，应准该生在文科退学，改为法科法律门旁听生”。又有一名学生因身体原因准备休学，但是回家没有路费，家里的钱一时又不能寄到，于是向学校申请将本学期学费发还。蔡元培在此事的处理上做到了法治与人情、一般性与特殊性的高度统一：“前来查本校定章，已交之学费，向无发还之理，姑念该生所称各节情尚可原，应准将本学期学费照数发还，以示体恤。”这种不忽略少数的做法很值得我们借鉴。
第四是管理中注重情感的沟通。古典管理学派的代表人物马克思·韦伯认为纯粹的官僚集权组织能获得最大效率。这一组织的特点是超越一切人事因素，严格按照行政手续办事。这在企业或行政管理中或许并不错，但对教育管理却不适用，因为企业和行政的主要目的是做事，而教育的主要宗旨则是育人，二者是不同的。对这一点蔡元培有着清醒的认识：“教育是帮助被教育的人，给他能发展自己的能力，完成他的人格”，“教育是要个性与群性平均发达的。政党是要制造一种特别的群性，抹杀个性。……教育是求远效的；政党的政策是求近功的”。教育家与行政官员的最大区别在于行政官员是冷酷的而教育家则是有感情的。
正是基于以上的认识，蔡元培在教育管理中非常重视感情因素的作用：“（学校）内部破坏的原因，在物质方面的，尚易挽回；若在精神方面，就不可救药了。精神方面的破坏，原因最大的就是感情隔阂。一个物体，若是内部的摄引力，受了障碍；他的各部分，受了外界较强的摄引，一定要分解，这是无可疑的。人群也是如此；若是一群里面，大家互相亲爱，就是有彼此不相了解的事，一定可以用很诚恳的态度，把两方为难的情形，比较研究，得到折衷的办法；就是一方面的意见，不能不完全牺牲，也一定可以无憾。……总是大家保持一种良好的感情，不要多所猜疑，就别的都容易解决了。”
蔡元培认为，只要大家感情和睦，彼此真诚相待，就没有不能化解的矛盾。因此他希望：“大家平日都保持良好的感情，有不了解的事，都立刻用开诚布公的意思解决它，不要蓄积起来，生出无数的误会。”
