双神大战已经结束，人类文明和神奇宝贝（亦称作精灵）生态经受了不小的冲击，但并未阻断其进一步发展。
距离双神创世1000年后，公元前2000神奇宝贝年，人类文明正式由荒古时代进入远古时代，史书又称乱古时代。在这个时代，人们开始建立王朝，并且学会御使精灵替他们战斗，精灵超进化（mega进化）和开发技能的秘密被发掘出来，人类当中开始出现异能者，丧尸病毒也悄然出现。诸侯争霸的时代来临了。
星眸微启，一身银色服饰，甚至包括瞳孔和头发都是银色的二代神――星辰诞生了，手里紧握的星河银剑昭示其不凡的实力――继初代神诺亚后由星空之力诞生的最强战斗单体！强大的空间折跃能力使其鲜有对手，御使神兽便是帕路奇犽，而帝牙卢卡此时成了自由身。
同样的，继初代魔神撒旦后同样诞生了一名魔神――绿发黑瞳的青锋，无论是后背上背着的巨刃手里剑，还是手臂护腕上安着的弧形臂刃，都能证明其与星辰比肩的战斗能力，御使神兽则为基格尓德。
星辰为地球赋予了法则之力，青锋则创造了炼狱，并将其与骑拉帝纳统领的反转世界衔接。不过这一次，两位神更多的，是作为看客，观当下世事变迁。
和平的景象并没能延续多久，黯国的年轻皇帝修罗为了自己统一天下的皇图，不惜一切代价将上古魔龙重新召唤出来，而青锋也在同一时间行动，他挥动臂上锋刃划开了空间，将反物质能量填入幽蓝晶核中。撒旦重生了，冥王龙也重现世间。
修罗控制着上古魔龙，率领一众大将，势不可挡的屠杀与征服。
青锋与撒旦更是强强联手，带着骑拉帝纳直接去寻找星辰，妄图重新书写世界法则。
隐遁人间的杀神萨隆重出江湖，无差别的屠杀，许多无辜平民甚至是修罗的部队都惨死他手。
三大势力把这远古时代搅动的天翻地覆。但世间从未缺少过英雄，星辰强横的以一己之力硬撼撒旦青锋两代魔神，撒旦刚重生不久，实力尚未恢复，一时间两位魔神竟无法突破星辰的防线。
值得庆幸的是，星辰并不和诺亚一样，他不是一个人在战斗：波导的勇者亚郎为了维护世界的和平，用自己的生命为引，强行开启了世界树，释放了可观的生命力量；飞炎、寒月、疾风三位异能者，以及超梦、火焰鸡等精灵伙伴，正在尽自己最大努力阻止萨隆的破坏；枫雪王国的王子恺撒亲自领兵拦截修罗大军的铁蹄……
世界树的生命力量和上古魔龙的能量相碰，造成巨大的爆炸。大陆被炸成了许多块，四境各王国覆灭了，人类文明又遭受了一次浩劫。
经历了一场艰难的战役之后，青锋和撒旦被星辰成功封印，反转世界中的反物质力量被星辰彻底清除，冥王龙被流放到那个空洞的世界中。
异能者兼枫雪王子恺撒不知所终，据说是为了追寻力量而远走他乡了。
寒月发动了凛霄一族秘技“极寒冰棺”――以绝对寒冷将生命体冰封起来并以寒冰能量维持其生命，所有的器官与细胞都被冷冻起来。
这冰棺将飞炎三人及其精灵保护住，使得他们逃过了爆炸的波及，但他们也因此被变相封印在冰棺中，只能等待其自行融化或者被更强大的外力裂解。
被炸成许多块的大陆随大洋漂流，后来的关东―成都、芳缘、神奥、合众、卡洛斯五块大陆形成。也许还有其他的大陆未被发现，作为一个秘密等待后人去探索。为期600年的乱古时代至此结束。
公元前1400年，世界进入冰河时代，一批无法适应环境的精灵被淘汰，人类文明的发展遭到重大阻碍，这一时段人类社会发展极其缓慢，优胜劣汰的学说在这一时代被淋漓尽致的体现。
公元前1100年，冰河时代结束，世界进入异古时代。这一时期一些精灵发生变异，有的属性改变，有的变得极为巨大，人类社会则抓住气候回暖的有利条件快速发展。公元前300年，随着最后一只人类已知的巨大精灵死亡，异古时代结束。
公元前300年至公元100年，这一时期被后世记载为工业时期，机器的诞生和发展是这个时期的特色，人类社会迅速发展，而精灵的居住环境逐渐变得恶化，这引起一些野生精灵的反抗，少部分野生精灵种群性格逐渐变得凶暴、仇视人类。
公元100年至公元500年，这里被称为近代，随着科技的进步，精灵球被发明出来，道馆出现，人类开始注意保护环境，与野生精灵的关系慢慢地改善了，人类文化也有了质的发展，各种体系逐渐完善。
公元500年至公元600年（神奇宝贝世界的现今）是现代，各种新兴职业出现，神奇宝贝中心体系最终建立，各大赛事开始出现，华丽大赛和表演赛诞生，对战塔建立，各种先进的科技应用到人类社会的日常生活中，关于精灵的秘密也逐渐被发掘出来，世界终于迎来了真正的和平……
吗？
也许吧……
……………………
（本书设定：原道馆制改为对战塔制，详情可以参照动漫中对战开拓区，关东―成都、芳缘、神奥地区各有一座空间对战塔，合众有特殊体制，卡洛斯地区未实装，仍沿用道馆制。
对战塔共分30层，成功通关20层即可获得参与对战大赛资格，25层则免除海选赛直接进入64强，28―29层会随机抽取两位现任天王作为对手，30层由现任冠军把守，打通后可选择是否接任冠军。训练家在挑战期间只可携带6只精灵，每打通5层有一次补给，20至30层则没有任何补给，当训练家6只手持精灵全部失去战斗能力时会视为该层挑战失败，并会被直接传送到该市神奇宝贝中心的传送点，刻有通关层数的徽章由该层守塔者颁发。
1至20每层塔守塔者手持精灵为3只，守塔者有8人，20至30层上升为6只，守塔者缩为4人，且第20层会额外安排一个小型试炼，通关试炼才能挑战守塔者。）
（其他设定：神奇宝贝世界规定12岁即可从本地精灵研究所领用联盟颁发的一只初始精灵以及代表身份的图鉴开始旅行，16岁为成年，无一夫一妻制。
训练家分为新手、入门、精英、准天王、天王、冠军6个等级，新手至精英最大可手持精灵为6只，准天王同为6只且联盟亲自统一配备黄金球，黄金球其实就是普通红白球换成金白球且两边安了对金色六羽小翅膀球上镶着象征联盟的五角星，天王可手持精灵为8只，冠军为10只。
市面上能买到的精灵球为普通红白球和蓝白镶有恶魔角的超级球，紫白高级球和棕白大师球需要去大型商场才能买到。
道馆制在芳缘等三个地区虽不实行但道馆仍然得到保留，道馆训练家由联盟特别颁发证书，实力在精英至准天王不等，道馆挑战精灵为三只，道馆训练家更多的作用是指引训练师前行，薪水一年2万到3万不等。）
（特殊设定：这里将超梦的身世设定更改为古老梦幻一族的变异体，且为了公平起见移除了精灵特性，因为有的精灵的特性在对战中真的跟个debuff一样，且本书着重新增内容开发技，并且赋予一些老技能更华丽的名称，希望各位书友看并且记住设定，不要在后面章评怼我，嘤嘤嘤。）
