谁知曾国藩一生中唯一的一次要挟，“出台”得不是时候，正赶上太平天国内讧后处于军事收缩与少有的低潮时期，咸丰帝以为撇开曾国藩，马上便可攻下天京。他本来就对汉人有所疑忌，此时更不可能授予曾国藩实权，便顺水推舟，批准了曾国藩在籍终制的请求。曾国藩以退为进，结果与本意大相径庭，不禁深感意外，更加苦闷惆怅。更令他没有想到的是，他的要挟之举遭到了来自方方面面的指责与非议，不少人都认为他是一个虚伪之徒，与平日所标榜的理学家面目相去甚远。处处碰壁，事与愿违，曾国藩忧心痛苦之余，不由得陷入深深的反思之中。他感到招讥引谤，实则咎由自取，怪只怪自己修养不够，常怀自命不凡之感，导致一叶障目，固执己见，一味蛮干。同时，也缺少超脱出世的潇洒，“歧、黄可医身病，黄、老可医心病，”他决心多从黄老之学中吸取养料，做到能屈能伸，能出能入，能沉能浮。
就在曾国藩守制反思之时，咸丰帝的日子并不好过。原以为荡灭太平天国指日可待，没想到离京出走的石达开实力尚存，在与清军的战斗中屡屡得手，扼制了皖、赣、浙三省交通枢纽，兵锋指向浙东，使得清廷富裕的后方战略基地严重告急。此时，各地战事正处于胶着状态，咸丰帝环顾四周，已是无兵可用，无将可派，不仅占领天京遥遥无期，就连自己屁股下的宝座也有摇摇欲坠之感。不得已，这才下了一道谕旨，再次起用曾国藩。已在家中闭门思过一年有余的曾国藩得到复出机会，再也不提统兵非任实职之类的要求，匆匆收拾行装，复任效命。
再次出山后的曾国藩变得比过去圆融通达了，他深刻地认识到仅凭个人一己之力，根本无法扭转官场腐败弊端。为了达到自己所追求的目的，不得不收敛锋芒、委曲求全，变得日趋世故、左右逢源。对自己的这一改变，曾国藩在一封家书中写道：“吾往年在官，与官场落落不合，几至到处荆榛。此次改弦易辙，稍觉相安。”
曾国藩复出不久，太平天国新任将领李秀成以其卓越的军事才能，一举再度攻破清军江南大营。为使湘军竭力效命，咸丰帝不得不做出一定的妥协与让步，授曾国藩兵部尚书衔，署理两江总督。后由署理改为实授，并以钦差大臣身份督办江南军务，大江南北所有水陆各军，尽数归其调遣。
经历千辛万苦，曾国藩终于如愿以偿地成为执掌实权、威震一方的地方诸侯。
作为一名从未经历战阵的书生，曾国藩自出山第一天起，就已作好不计成败得失，不顾安危祸福，抛却身家性命的准备。正如他在给江忠源的一封信中所言：“大局糜烂至此，不欲复执守制不出之初心，能尽一份力必须拼命效此一分，成败利钝，付之不问。”
在征剿太平天国的历次战阵中，曾国藩两次自杀，多次留下遗嘱，随时作好自杀效命的思想准备，真可谓提着脑袋干革命。正是这种不成功、便成仁的精神，影响了后代无数热血青年。
湘军初从衡阳出师，便遭靖港大败，水陆两千余人被击溃，四十多艘战船大半被损毁。曾国藩在座船上神情沮丧，灰心至极，决定一死了之。他乘机支开随从，纵身跃入水中，幸被机警的幕僚觉察，派人跟踪，将他从水中救出。湘潭大捷一举扭转颓势，他才打消了再次自戕的念头。
湘军攻下武昌后，挟胜利之威顺江东下，攻克田家镇，占领黄梅，战事重心由湖北移至江西九江、湖口一带。湘军被一连串胜利冲昏了头脑，弃却了稳扎稳打的战术原则，轻敌骄躁，在九江尚未攻下的情况下，东进湖口，兵力分散，水陆隔绝，犯下兵家之大忌，结果被太平军所利用，导致湖口水师惨败。曾国藩的座船遭太平军聚攻，管驾官、监印官被击毙，座船被掳，湘军大量文卷册牍、粮台银两尽数落入太平军之手。曾国藩愤不欲生，再次投水自杀，再次被人救起。此次失败，湘军水师被分割，一部退回上游，一部封死在鄱阳湖内无法突围。这也是他平生最为孤立无援、进退两难、痛苦不堪的艰难时期。正当曾国藩日益困窘、无力苦撑的紧要关头，石达开接到杨秀清调令，命其回军南京，参加第一次会攻江南大营战役。不久，太平军内部又爆发了天京事变的内讧，差点遭受灭顶之灾的曾国藩这才绝处逢生，重获转机。
曾国藩接任咸丰帝命他署理两江总督的圣谕，自是喜不自禁，决定驻节之地时，在展开的地图上一番搜寻，一下便看中了群山环绕的安徽祁门。他认为祁门东连浙江，南达江西，既可有效地节制两江属下的江西、江苏、安徽、浙江四省，周围又有天然大山屏蔽，是一个理想的军营驻扎之地。及至实地勘察，发现情况并非如此：祁门地势形如釜底，仅一条官马大道、一条蜿蜒小径、一条极狭的小河与外界相通，如果与这三条出路被切断，祁门便是一处兵家所谓的绝地。曾国藩后悔不该匆匆作出驻扎祁门的决定，可奏折已上报朝廷，只有硬着头皮暂且住下。幕僚们则纷纷劝说他及时离开祁门，别寻合适之地。
正在这时，上谕已经到达，曾国藩认为随意更改决策，会给自己的刚刚接任造成极其不利的负面影响，便一意孤行，没有采纳幕僚的建议，并对再三劝谏的李鸿章厉声斥责不已。战事瞬息万变，不久，曾国藩的祁门大营便遭到了太平军威胁，两度陷入险境。1860年11月30日，李秀成部将刘官芳率大军攻入安徽黟县羊栈岭，离祁门大营仅六十华里。而曾国藩身边只有三千士卒可用，他已写好遗嘱，准备殉职。幸而李秀成的目标并非进攻祁门大营，只是借道羊栈岭而已。1861年4月，祁门大营受到三路太平大军围攻，与外界的所有通道联系被切断，曾国藩又一次陷入险境，情绪极度悲观，再次写下遗嘱。自进驻祁门后，曾国藩便将自己置于险象环生、危机四伏之境，一刻也无法轻松，床前始终悬挂一把利剑，随时准备自刎。
胜利于曾国藩而言，来得真是太不容易了！然而，只要存有一份希望与可能，他就做出十分努力，不达目的誓不罢休。
曾国藩的成功，还与他的个人“定力”密不可分。凡是确定的方向，认准的事情，拟定的决策，他总是尽其所能地排除一切干扰，坚决贯彻执行。
移师衡阳练兵不久，因太平军攻击迅猛，兵锋所指，四处告急。清廷兵源有限，明知湘勇刚刚组建，却一个劲地催促不已，命其出征作战。曾国藩心里十分清楚，一支未经战事且尚未练好的军队，仓促拉出去与势头正健、能征惯战的太平军相搏，无疑虎口投食。与其全军覆没，不如抗旨不遵。因此，面对一份比一份措辞更加严厉的谕旨，他硬着头皮，以兵勇不足、船炮不齐等各种借口拒绝出征。直到条件基本成熟，才率所练陆军、水师，以整肃的军容从衡州出发，入湘江北上。
曾国藩署理两江总督后，同僚及部下都劝他放手大干，尽快进军东南。而他则坚持自己的进攻方略，将重心放在安庆。只有拔掉安庆这颗“钉子”，才能以上制下，反客为主，掌握两军对垒的战争主动权，最终达到围攻南京，彻底消灭太平天国的目的。为实现自己的战略构想，曾国藩紧紧围住安庆死命不放。太平军为解安庆之围，先是直接救援，被湘军击退。尔后又施行“围魏救赵”的军事行动，陈玉成与李秀成同时进军湖北，即使武昌危如累卵，曾国藩就是不为所动，不肯撤安庆之围增援。第二次鸦片战争期间，英法联军进攻北京，曾国藩冒着抗旨不遵、革职查办的风险，置咸丰帝命他带兵进京、北上“勤王”的谕旨而不顾，全力攻打安庆。后咸丰帝又下令，要他放弃即将得手的安庆，赶去即将失守的苏州救援，他又一次抗旨坚决不去。哪怕祁门大营危在旦夕，曾国藩置身惊涛骇浪之中，一天到晚提心吊胆，随时作好献身准备，也不肯调动围攻安庆之兵给自己解困。面对曾国藩如此坚韧而强劲的“定力”，尽管安庆城内的太平军将士苦苦坚守，洪秀全、李秀成、陈玉成等高层领导人多次设法营救，历经两年之久的安庆战役终以太平军的彻底失败而告结束。
安庆陷落，太平天国都城天京的最后一道坚固屏障被清除。千里长江门户洞开，曾国藩完全掌握了进攻太平天国的战略主动权。湘军挥师东下，围困天京，剿灭太平天国，不过时间迟早的事情罢了。
1861年8月21日，咸丰帝病逝，年仅六岁的载淳继承皇位。两宫皇太后与恭亲王奕訢联手发动宫廷政变，清除以肃顺为首的“赞襄政务大臣”集团。两宫垂帘听政后，慈禧一改咸丰帝慎用汉族将领的成规，上台仅十二天，就任命曾国藩统辖苏、皖、赣、浙军务，四省所有巡抚、提督、总兵以下各官，均归其节制。两个月后，又加赏协办大学士衔，使得曾国藩成为清朝立国两百年以来第一位外臣权位最高者。
位居人臣之极，曾国藩惊喜之余，更多的是疑虑与担忧。“皎皎者易污，峣峣者易折。”身居高位，他没有半点自傲自大，反比过去更加勤勉谨慎，唯恐无意间招致祸患。他的担忧并非没有道理，当时就有不少权臣向慈禧进言：“楚军遍天下，曾国藩权太重，恐有尾大不掉之势。”
1864年7月19日，曾国藩率军攻入天京，失去控制的湘军士兵为报久困城下、死伤惨重之仇，他们逢人便杀，遇财就抢，见屋即烧。与清朝整整对峙长达十一年之久的太平天国心脏之所在，就这样成为湘军的一处发泄之地，人性之恶如一头肆虐的恶魔横行无忌，昔日的繁华都会惨遭荼毒，顿时变成一片废墟。
天京陷落，也就意味着剿灭太平天国的目的业已实现，曾国藩的“事功”也由此而达至峰巅。
本该扬眉吐气、高兴陶醉的他，却面临着一连串新的操持、疑惧、忧心、困惑与烦恼。
攻克天京，原以为清廷会加功封赏，而实际得到的却是接二连三的严责与警告。如果说口头的或书面的指责尚能忍受，而军事上的防范之举却令曾国藩怎么也不能接受。就在湘军合围天京之时，清廷以种种借口调动其他军事力量，在长江中下游屯兵布防：僧格林沁屯兵皖鄂交界之处，冯子材、富明阿把守镇江、扬州，官文驻扎武昌。清廷意图昭然若揭，针对的已不是太平军，而是对清王朝忠心耿耿的曾国藩了。一旦湘军轻举妄动，就会遭致其他清军围攻。不仅如此，清廷还暗中支持左宗棠的左系湘军脱离曾国藩，与其分庭抗礼，以收内部瓦解之功。
“狡兔死，走狗烹；飞鸟尽，良弓藏；敌国破，谋臣亡。”历史常以惊人的相似重复上演过去的一幕幕悲喜活剧，达至事业顶峰的曾国藩同样不得不面临中国古代历史的盲点与困局。
摆在他面前的道路无非三条：一、起兵反叛清朝，问鼎中原；二、保持实力，维持现状；三、裁撤湘军，自剪羽翼，以明心志。
此时的曾国藩如若反戈一击，只要他打出驱除鞑虏，恢复汉人江山的旗号，草拟一封类似于《讨粤匪檄》的《讨满清檄》，振臂一呼，必能起到豪杰景从，天下归心之效。他麾下所统湘军约十二万人，是一支能打硬仗恶仗，且仅只忠诚于曾国藩的带有私人性质的军队，国内没有任何一支军事力量能够与之抗衡争锋。那些驻扎四周的防范力量，除了激怒他外，根本起不到威胁震慑之效。曾国藩只要愿意，兵锋所指，不是归附，就是溃败。
就当时格局、势力而言，一批因湘军而崛起的湖南精英纷纷出任封疆大吏，以曾国藩的模式执掌地方军政大权。就在曾国藩攻克天京的前一年，即同治二年（1863年），全国总督八人，由湘军将领出任者三人；全国巡抚十五缺，湘军将领任有七缺；曾国藩所辖江、浙、赣、皖四省，其中江、浙二省富甲全国，根本不必为兵饷、粮饷而担忧。如果将这些间接的、隐性的力量计算在内，曾国藩实际上已据有清朝半壁江山。
友人、幕僚、部将开始以各种形式劝说曾国藩了。要说龙袍加身对他没有半点诱惑，肯定是一句假话。受传统文化的熏陶，国人内心深处，都有着浓厚的帝王思想，只是有人表现得十分强烈，有人沉隐于潜意识之中。一生谨小慎微、临事如履薄冰的曾国藩，不得不犹豫再三、权衡不已。当初出山的目的是什么？不仅仅在于为清廷效命打江山，而是恢复中华传统文化，也就是两千年来一以贯之的儒家主流思想。作为理学家的他，曾以要挟咸丰帝伸手要官要权而遭致多方攻诘，如果再行起兵，不更将自己推向不忠不义、虚假伪善的境地吗？曾国藩当初出山想得最多的，是为道义而战，为使命献身，没想到还真的修成了正果。人要知足，位居人臣之极，更复何求？“尔的官是做不尽的”，想到祖父的训诫，他知足了。
