第二大考便是9月民主党党首选举，事关自身去留。菅直人在竞选演说中大打就业雇用牌，认为“首先要做的事情，一是解决就业，二是解决就业，三还是解决就业”。而且，菅直人主张改变金钱体质的政治文化，反对所谓“密室政治”，拒绝重新重用小泽，鸠山的居中协调失败，小泽遂宣布出马竞选，党首选举演变为以菅直人与小泽为首的两大阵营的激烈对决。在民意的支持下，菅直人主要获得了党友、基层党员和地方议员的多数票，而国会议员中仅比小泽多拿了六票，最终菅直人击败党内第一大派小泽派，以721分大幅领先于小泽（491分），成功连任民主党党代表。在随后进行的内阁改造与党人事调整中，仙谷由人留任官房长官，前原诚司出任外相，冈田克也担任民主党干事长，“脱离小泽”的倾向进一步加强。由此造成的“裂痕”直接影响了党内团结，也是影响菅内阁稳定和民主党政权去向的一个重要因素。
内政上菅直人“一败一胜”，参议院失败，使其面临艰难的政局运营；党首选举胜利，却造成民主党内部貌合神离，向心力下降，政权基础不稳，难言有真正的胜者。外交上，菅直人立足“现实主义”思想，强调继承鸠山内阁的政策，加强日美同盟，深化与亚洲邻国关系，面向将来构建东亚共同体。对美关系上，他避免深入谈及普天间基地搬迁问题，因为这是个仍未找到解决良方的悬案，只是希望尽快恢复日美关系。然而，面对美国主导的“环太平洋经济伙伴关系协定”（TPP），菅直人在2010年横滨召开的APEC会议上，鉴于国内强大的反对意见，只能是高呼要进行“平成开国”的口号，却难以做出具体承诺。
日美关系未见修复，中日关系却因2010年9月份的“钓鱼岛撞船事件”，陷入低谷。受其影响，菅直人与中国首脑在河内的东亚峰会、韩国首尔的G20峰会和横滨APEC会议上三度见面，都未能展开深入切实的会谈。本是一件简单的外交事件，却因菅内阁外交经验的缺乏和现实主义的强硬态度，造成了一场空前罕见的危机。事实证明，日方非法拘捕中国船长的做法，实际上不可能为菅内阁捞取什么政治得分，对华强硬的姿态，也难以成为亲近美国的垫脚石。中日关系一定程度上刚刚脱出自民党时代“历史问题”和“靖国神社”的羁绊，又陷入敏感问题和现实利益争端的漩涡。与此同时，因“南千岛群岛”（日方称北方四岛）问题，日俄关系也明显恶化，直接影响了双方的经济合作。
真正的考验，是菅直人站稳脚跟后，向国民交出何种答卷。无长远战略，没有明确目标的菅直人，被大家之党渡边喜美代表指责为缺乏领导能力，立场不稳，前后摇摆，应该称其为“摇摆菅”，经济上是“空壳菅”（日语“空罐子”的谐音）。2010年9月党首选举和内阁改造后，菅内阁支持率一度恢复到59%，然而，受中日外交问题的影响，11月的支持率一举跌到执政以来的最低点27%，进入所谓30%以下的“危险水域”。
尤其是在民主党内部不和的情况下，自民党等在野党依仗参议院优势，相继对官房长官、有关大臣等提出不信任案或问责决议案，拒绝相关议案审议，政府提交法案的通过率跌到十年来的最低水准，仅为37.8%。菅直人不得不在118天后即2011年1月再次对内阁进行改造，创造了日本政治史上内阁改造的最短纪录。
然而，新内阁立足未稳，“内忧外患”便接踵而来。2月17日，民主党16位新当选的国会议员造反，提出脱离民主党会派的申请。2月24日，农林水产省政务官松木谦公辞职，3月3日，民主党众议员佐藤夕子脱党。进而，3月6日，堪称菅内阁“左膀右臂”之一的外相前原诚司亦因违法接受在日韩国人20万日元政治资金而引咎辞职。据朝日新闻社2011年2月19-20日的舆论调查显示，菅直人内阁的支持率降到上台以来的最低点20%，而不支持率亦达到最高点62%。在内外交困之中，菅直人内阁的末期症状尽显，甚至连首相本人也不得不考虑何时解散众议院、交出权杖等问题。
2011年3月11日，对于民主党政权、菅直人首相来说，注定是不寻常的一天。当天早晨，菅直人首相迎来了上台以来最大的政治危机。同日发行的《朝日新闻》早报头版头条大篇幅报道了其涉嫌接受违法政治资金的问题。据报载，菅直人的政治资金管理团体“草志会”，先后于2006年9月、2009年3月、8月和11月分四次从横滨商银信用组合（现中央商银组合）原理事手里共接受了104万日元的政治资金。捐献者签署的常用名是日本名，而据相关人士和亲友表示，该理事的国籍却是韩国。日本《政治资金规制法》规定，为了防止外国对日本政治、选举进行干预或施加影响，禁止接受外国人的政治资金。如若故意或存在重大过失的情况下，处三年以下监禁或50万日元以下罚款。政治资金丑闻的曝光，使本已处于风雨飘摇之中的菅直人政权，愈加举步维艰。
3月11日14时46分，自民党在参议院会议上对菅直人政治资金问题的追究刚告一段落，百年不遇的东日本大地震袭击了整个日本列岛。“3月政权危机”一瞬间切换为“3月地震危机”。面对大地震、海啸和核泄漏三重灾难叠加的日本“战后最大的国家危机”（2011年《外交蓝皮书》），原准备一鼓作气将菅直人和民主党撵下台的自民党，不得不转变战术，从倒阁转变为“阁外合作”。在地震发生后的自民党干部会议上，笼罩着一层沉闷的气氛，总裁谷垣祯一在会议最后总结道：“可以预想，本次地震受灾严重，要向政府表明，作为在野党在国会等方面予以全面合作，全心全意应对灾害。”散会后，有自民党干部慨叹道：“（菅直人）真是个贼运亨通的家伙”，“（这次）让他逃啦！”
菅直人则趁机高举“团结一致”、共赴国难的大旗，希望组建联合政权，以消除“扭曲国会”，顺利实施复兴政策，以维持政权稳定。大地震发生八天后的3月19日下午，菅直人亲自给自民党总裁谷垣祯一打电话，希望建立“大联合”政权。自民党某干部的解读是：“邀请入阁，不过是做个姿态罢了。明明知道事关联合政权的重大问题，不是一个电话、或光总裁一个人就能决定得了的，却故意设下这个圈套，目的是宣传‘自民党不合作’，做法卑鄙！”民主党内一位老资格议员的看法却是：“此前国民新党代表龟井静香建议‘建立救国内阁’，为了不违其心意，才明知会被拒绝，还是发出邀请，让自民党入阁。”还有一种有说服力的解释，据首相官邸的工作人员说，“打电话前两天，即这是3月17日复归官邸的官房副长官仙谷由人的主意”。实际上，在3月18日召开的“党政地震灾害联席会议”上，民主党干事长冈田克也已经向在野党提议，民主党欲修改内阁成员上限为17人的《内阁法》，增加3名阁僚（灾害复兴大臣、环境大臣和冲绳·北方领土问题担当大臣）。就是否“大联合”一事，最大的在野党自民党党内意见不一，然而，主流实力派则大多态度谨慎，不主张进入联合政权。4月11日，谷垣祯一对记者强调：“抗震救灾方面，能够合作的，全力进行合作”，但是，“没有政策论的野合，是对国民的背叛”。
菅直人政府本想借此“天赐之机”，放手一搏，以重新赢得民心，进而巩固政权基础。但是，缺乏执政经验和领导能力，囿于政治主导的菅直人政府，因救灾不力，特别是在应对核泄漏事故上措施未见及时妥当，受到国民的严厉批评。据《每日新闻》4月16-17日进行的全国舆论调查显示，78%的受访者认为在灾害处理上，菅直人没有发挥领导作用；对于政府的灾区支援方面，给予评价的为50%，不予评价的也达46%；而对政府应对核泄漏方面，完全不予评价的为23%，不太给与评价的为45%，二者合计负面评价高达68%。有58%的受访者，不相信政府发布的有关核电站放射性物质泄漏的信息，表明国民对核电站事故的不安和对政府的不信任。
大地震并没有让民主党内部走向团结。地震刚过半月，小泽派议员举行会议，认为“菅直人首相难以应对国家危机”，应该早日下台。4月民主党在地方统一选举失败后，小泽和鸠山举行会谈，公开表明“菅直人政权难以应对东日本大地震”，“政治家应该为前期统一地方选举的惨败承担责任”。小泽在与亲信议员的会议中明确指出，“为了让菅直人首相（党代表）下台，只有通过内阁不信任案”，首次提及倒阁之事，并对在野党在6月国会结束前研究提出内阁不信任案表示出赞同的看法，旨在逼迫菅直人自动下台。
6月1日，在野党自民党、公明党和奋起日本三党以菅直人在大地震以及核泄漏危机中对应不力为由，向众议院提出内阁不信任案。小泽派议员和鸠山由纪夫等人也表示出赞同的意向，日本政局再次面临着内阁不信任案通过或民主党发生分裂的可能性。翌日中午，在众议院大会正式表决之前，菅直人与鸠山由纪夫举行会谈，明确表明在地震救灾和核泄漏事故理出头绪后，将辞去首相职务，但没有言明具体日期。结果，在众议院的表决中，赞成152票，反对293票，内阁不信任案被否决。此时距菅直人上台一周年还有一周，他曾说，“一年换一个首相的话，这个国家就要走向灭亡”。
危机只是暂时过去。对于一个宣布即将下台的首相，有关各国已不把其作为交往的对象，朝野政党则忙着考虑菅直人何时下台，谁又将何时登台？然而，菅直人随后还信心十足地提出要建立“自然能源厅”的构想，并考虑要通过“再生能源法”，大有一直干下去的劲头。在党内外要求下台的压力下，6月27日，菅直人在记者会见中，明确表明了自己辞职的三个条件，即“本年度第二次补充预算案、再生能源特别措施法和特例公债法获得通过”，自己就将辞职，但仍然没有言明具体的辞职日期。7月13日，他还表示要争取建立一个不依赖核能的社会，引起颇大反响，该举动被视为“延缓政权寿命”的手段。
8月26日，在再生能源法获得通过后，菅直人正式宣布辞职。他颇为自负地感言道：“在严酷的环境下，应做的事，我做了。我拥有一定的成就感，这多亏了国民的支持。至于历史如何评价我任期内的活动，我想交给后世去评判吧。”然而，当时菅内阁的支持率已经降到15%，仅仅略高于2009年麻生下台时的水平，七成的受访者不认可菅直人在大地震后的对应，51%的人认为他此时下台已经“太晚了”。
自安倍执政以来，日本走马灯似的一年换一个首相，菅直人总算坚持了一年零三个月，居然成为五年来在位时间最长的一个。然而，他的市民运动家式的执政风格，在效果上却往往是半途而废，终究也没有摆脱短命首相的命运。在灾后重建的非常时期，还造成了三个月的“政治空白期”，不免给人留下了贪婪权位的印象。内政外交上“乏善可陈”的菅直人，必将注定与日本大地震、核泄漏一道被载入史册。关键问题在于，其灾害对应所造成的影响，可能是长期的、深远的，甚至是划时代的，并未随着菅直人的下台而消逝，当然，这或许不是一个人的问题，而是体制转型付出的巨大代价。
