祖大寿全家撤离，给锦州士气带来的影响是巨大的。祖家走了，清军来了，摆明了是祖大寿早就知道锦州根本守不住，这才全家逃进关内。连这个辽西老土地，都丢下家乡不顾了，这城还能守吗？
“城中尚有兵马上万，大炮数十，粮草弹药可支两年，你们怕什么！我金国凤是宣府人，却也敢与锦州共存亡，尔等辽人，就不念祖宗复土守土之艰难吗？尔等家眷皆在城内，此时出城，为虏骑追袭，唯有死路一条，想活命的，守住锦州！”
金国凤还没走，而且他的三个儿子也都在锦州，有一个熟悉的将军在坐镇指挥，让军心稳定了一些。但金国凤也知道，打仗不能靠情怀，双方实力的巨大差距摆在这里，清军筑长围围困，以重炮轰击城墙薄弱处，早晚会破坏防御工事，制造出有利于登城的缺口，守军的士气也会消磨殆尽，到那时，城池也就守不住了。
清军使用红夷大炮作战时，经常有轰塌城墙的记载，但那并不是真的把城墙用实心弹砸碎，而是令城墙部分崩塌，形成一个斜坡，还是需要重步兵登城强攻，才能把城攻下。而此时清朝的重甲步兵在短兵相接的作战中天下无敌，所以有红夷大炮配合，明军的城池就没有清军攻不下的。
锦州想要守住，唯一的办法就是从关内调集一支足以与清军进行野战的援军，前来解锦州之围。但大凌河之战时，已经证明这个办法行不通。此时的大明，也不可能再调出像另一时空松锦大战时那样的庞大军团。即便调来了，也照样不是清军的对手。
金国凤虽然对守住锦州不抱多少希望，但他依旧认为牺牲在这里是有意义的，以锦州之坚，打得好了坚守年余也是能做到的。当他在锦州抵抗时，辽西走廊上的友军们可以抢收庄稼，组织家眷和平民向关内撤退。从锦州到山海关，四百里路程，清军一个一个啃堡垒，消耗的时间是惊人的，也必然付出极大的伤亡和物资损耗，只要拖延得久一些，说不定就会有转机。
然而，皇太极是肯定不会按金国凤的想法去打仗的。
崇祯十二年九月初二，皇太极亲统清军两万、蒙古军两万破大安口，遵化守将孔希贵望风而遁，顺天巡抚杨绳武自尽。九月初四，豪格、阿济格率清军两万、蒙古军两万破龙井关，汉儿庄、潘家口、喜峰口、洪山口、罗文峪尽皆失陷。
沿着十年前己巳之变时的旧路，皇太极再一次来到了京畿。十年前，己巳之变成为皇太极事业的起点，一转宁远、宁锦之战后金军士气不振的局面；十年后的今天，则是大清入主中原，逐鹿天下的开始。
豪格直取永平府，山永巡抚朱国栋自尽，阿济格连克玉田、丰润，直插天津。皇太极所统的清军主力，则攻克蓟州，直扑京师。
然而，当占领三河县之后，清军却突然停了下来。
皇太极发布了一条上谕：“朕承天命，兴师伐明，拒者戮，降者勿扰。勿淫人妇女，勿褫人衣服，勿毁庐舍器皿，勿伐果木，勿酗酒。违者罪无赦。固山额真等不禁，罪如之。”这些话都是十年前他就已经说过的，只不过十年前说这些，纯属装点门面，可这一次，清军竟然真的照做了。除了强征粮食牲畜，抢劫府库，对抗拒者灭门抄家之外，清军不再进行其他的劫掠。但是随征的外藩蒙古兵劫掠如故，皇太极还要用他们，也不能真的把他们正法了，只是时时训诫而已，而且不许他们进入城池。
诸将都觉得，此时明朝的京城已经是大清的囊中之物，再也不会有勤王军来救崇祯，应当立刻进取京城，将整个大明朝廷全部俘获。可不知为什么，皇太极却似乎一点都不着急，他兵分两路，向密云和通州杀来。
“此次东虏入关，与以往大不相同，不仅仅是兵力增加，策略也变了。旗丁老本只是征粮，不再肆意屠戮百姓。随征之西虏虽杀掠如故，但虏酋不许他们入城，只是劫掠乡村，沦陷各城池内，竟安堵如初。探子传回消息，虏酋正收买劣衿猾吏，在沦陷各城委派官员。抚宁、卢龙、昌黎、滦州、迁安、乐亭，都已经有伪官就任，为东虏征夫征粮了。”
孙传庭的语气十分凝重，这些现象很明确地说明，清军绝不是像之前五次入塞那样劫掠一番便要退回关外，他们是真的打算窃据中原江山了。
“虏酋长子豪格，正屯兵于抚宁，其众不下数万。现在已有一些人叛投东虏了。”孙传庭说的“一些人”自然不是指普通百姓，而是明军的军官士兵。刚刚经历调防的蓟镇处于十分混乱的状态，除了孔希贵的家丁之外，精锐尽数调出，剩下的兵马军饷被拖欠已久，根本没有战斗力。指挥这样军队的军官，自然也不会有什么抵抗意志，皇太极一招降，许多人纷纷叛变。
刚刚调防到山海关的张鹏翼说：“制台，要不要派船去登州求救？虽然从登州来此风向不利，但也有少数船只能戗风航行。也不求他们派援兵过来，哪怕送些补给，也能稳定人心。”
孙传庭不觉得这有多大意义，但张鹏翼说的也对，时不时有友军的支援到来，对于士气是个鼓舞。现在刚刚秋收，粮食充足，只要大家的斗志别垮，凭借城防工事，还是有一战之力的。
孔希贵没来和孙传庭会合，径自向南逃了。孙传庭紧急征召辽民中的壮丁补充军队后，山海关守军增加到了近两万人，而他们要防守的是从老龙头直到一片石、黄土岭一带一条长达五十里的防线，平均下来，每个人要负责四尺长的城墙。
不难看出，所谓“放弃关外，集中力量守卫山海关”这种想法有多么扯淡。现在锦州和宁远还被金国凤和王廷臣控制，豪格部三万人马绕到山海关背后，已经让孙传庭十分为难。倘若宁锦为清朝所占，清军就地屯田，将红夷大炮直抵城下，那困在山海关里的明军就成了真正的瓮中之鳖，只有等死的份了。
即便是现在，他们和瓮中之鳖也相差仿佛，只不过是这个瓮大了一些而已。四百里的辽西走廊，已经变成了关宁军的囚笼。
真正能守住山海关的办法，是从内地发勤王军牵制清军，使得入塞清军不能放手进攻山海关背后，关门自然可保无恙。然而，己巳之变中勤王的袁崇焕、耿如杞、张鸿功、梅之焕下场如何？丙子之变中勤王的朱聿键下场如何？戊寅之变中勤王的卢象升、孙传庭下场如何？也就孙传庭混得还凑合，先在天牢里当釜底之鱼，又到山海关来当瓮中之鳖。
此时祖大寿、吴三桂、唐通、高第、王朴、李辅明、猛如虎等部兵马已经渡过黄河了，哪里还会有什么勤王军。就算有，又有谁敢来？不仅仅是怕皇太极，更多的是怕朱由检。
