随着国内战争结束，世民与建成的斗争趋于白热化。如果说先前主要在后宫，现在则发展到后宫、外廷和地方并举；如果说先前主要是互相揭短、自树党羽，现在在揭短、树党的同时，互挖墙脚，收买对方心腹，并着手动用武力。
高祖李渊在当唐公之前，就已妻妾成群，后来当上唐王，进而又建大唐，当天子，自然更是三宫六院七十二妃，整日沉湎于女色之间。所以除了皇后嫡生的四个儿子夭折一个剩三个之外，庶出的儿子有万贵妃生的楚王李智云，尹德妃生的酆王李元亨，莫嫔生的荆王李元景，孙嫔生的汉王李元昌，宇文昭仪生的韩王李元嘉、鲁王李灵夔，崔嫔生的邓王李元裕，杨嫔生的江王李元祥，小杨嫔生的舒王李元名，郭婕妤生的徐王李元礼，刘婕妤生的道王李元庆，杨美人生的虢王李风，张美人生的霍王李元轨，张宝林生的郑王李元懿，柳宝林生的滕王李元婴，王才人生的彭王李元则，鲁才人生的密王李元晓，张氏生的周王李元方等，加上公主，则更是不计其数。
高祖皇帝如此好色，宠幸繁多，就必然耳朵根子软。这些晚生王子的母亲们，在争得老皇帝的宠幸方面，自然都各有一套，要不怎么能博得皇上的欢悦呢？
现在她们又都为皇上生了子嗣，自然更名正言顺，要去为她们所生的王子争地位，争荣誉，争享乐。
秦王李世民总是爱从大处着想，只想着外务、军事、招贤、聘才等，至于嫔妃、婕妤们向他有所参请时，他总不好管这些椒房女流们的闲事。而她们本来是看在秦王有名声和实力的分上，想通过他能巩固地位，得到保护，多占财物等，不料秦王铁面无私，从不满足她们的什么欲望。于是她们都去走皇太子的门路，还都在陛下面前说李世民的坏话，告李世民的恶状。
当东都洛阳初平之际，高祖皇帝亲派贵妃昭仪、婕妤们，去东都选看宫人与府库的珍宝财物等，让她们替皇上选美女之余，也可为自己挑些宫女、才人以及珍奇玩物等。不料她们来到东都之前，秦王李世民公事公办，已将所有财物造册封存了大库，只是对有功之将帅、士卒有所封赏，而对她们则一应全无。她们本来还想趁机向得胜的秦王为她们亲戚朋友去讨个一官半职呢，哪知竟然连皇上命令她们干的名正言顺的事，也一件没办成，甭说什么金银财宝了，连普普通通的东西也没得到一件。于是个个都憋了一肚子怨气，空着手郁郁地返回了京师。所以当她们有机会在皇上面前说悄悄话的时候，能为李世民说好话吗？
当秦王李世民任陕东道行台之时，高祖李渊为他下过一道诏书，内容是：在他管辖的范围之内，他可以专权处分一切事务。淮安王李神通因为有功劳，李世民便拨了一块数十顷的田地归他所有。谁知后来张婕妤在高祖枕边博得了欢心，开口为她父亲讨一块封地，高祖一高兴，写下道手诏，把已归李神通的这块地又赐给了张婕妤之父。那时皇帝下的书叫“诏”、叫“谕”，王一级下的书则叫“教”、叫“命”。李神通已在这块田地上经营了很久，庄稼也种了，屋宇也盖了，却必须奉诏退还，当然他不答应，认为“教”在前“诏”在后，自然前令已行，不可更改，再说淮安王虽不是皇帝嫡系，好歹也是皇帝的堂兄弟，所以就是不肯让出来。
这位张婕妤当然也不肯让步，并且在陛下面前强词夺理地说：
“这是敕令赐给臣妾家父之封地，却叫秦王夺了去赐给淮安王，这样下去，天下还有没有王法可言。”
高祖被张婕妤这么一激，顿时大怒起来，当即派人去把秦王召了来，揪着秦王的衣袂斥责道：
“我下的诏书、敕令倒不予实行，你下的教令州县倒都接受了，难道我的诏敕还不如你的教命吗？”
秦王为了顾全大局，只得作了让步，又去劝慰李神通，再另行划拨封地。
事后高祖皇帝还呼着秦王的小名对裴寂等人说：
“此小儿久典兵事，在外专权惯了，所以往往被书生辈所左右，他已不是昔日我的好儿子了！”
裴寂等辈听了，回答是也不好，回答不对又不敢，只好似点头非点头地听着，默不作答。
杜如晦当年还只是秦王府的属员，一次他骑马过尹德妃之父尹阿鼠的宅第门首，却被尹阿鼠的好几个家丁上前拉下马，还打了一顿，并骂骂咧咧地斥责他说：
“你算是老几，胆敢过我们家门而不下马？真是狗胆包天啊！”
尹阿鼠既纵容家丁们到处胡作非为，又怕皇上知道了会怪罪他，于是来一个贼喊捉贼，叫她女儿尹德妃去启奏皇上，说是秦王的左右尽是些凶暴之辈，竟敢凌辱臣妾之家父。
高祖已被嫔妃们耳鬓厮磨得黑白不分了，听了这话也不予调查，当即又把秦王叫了来，怒不可遏地连讽刺带挖苦地对秦王说：
“你倒是真的越来越好了，你的左右竟敢欺侮到我妃嫔之家的头上来了！这样的事都做得出来，我真不知你对普通的老百姓又该会是个什么样子！”
这回秦王李世民在摸清情况之后，又去向父皇摆事实，讲道理，但父皇又怎么听得进去呢？而是一味地摆出君子一言，驷马难追的架势，就是不听秦王的申辩，更甭提采纳他的正确意见了。
于是这帮嫔妃们越发地趁火打劫起来，都在皇上耳边煽风道：
“陛下，等至尊万岁之后，要是秦王得了志，我们母子可就孑遗无存了呀！”
有的嫔妃说着说着，竟还泣不成声了，而高祖对嫔妃一向最慈祥，就听不得她们的哭声，见不得她们的热泪，往往恻隐之心顿生，为之感叹良久，要郁闷上大半天。
有的又从另一面来反衬说：
“东宫太子可真仁慈宽厚，将来太子必定能养育好臣妾母子的。”
于是高祖对秦王的礼遇恩典日见其薄，而对太子建成与齐王元吉倒是越发恩宠有加，对他俩的管教就更是置之脑后了。
自高祖武德初年起，皇上就命秦王李世民住在西宫的承乾殿，而让齐王李元吉住在皇上起居的武德殿之后院。这武德殿之前后院与东宫、西宫和上台之间是昼夜都相通，彼此间往来，了无限隔，所以皇太子与秦王、齐王想要出入上台十分随便，往往都佩带着弓箭刀剑，以及一应杂用之品，彼此间不管在院内、在殿上，还是在门口、台阶，相遇时都只是随便打打家人间的招呼，并不拘泥于什么重大礼节。
这样做对李氏父子来说倒是无所谓，但他们毕竟已不是普通的家人父子，而是统一了华夏中国的皇帝、太子、王爷，这一随便不要紧，下属百官乃至全国百姓，可就不好办了。他们都可往下发号施令，但谁也分不清哪些是敕、是诏，而哪些又是教、是令，到底该听谁的而不听谁的，这叫底下怎么去办事呢？
太子建成和齐王元吉兄弟与诸多公主乃至六宫的亲戚们，在内在外都有千丝万缕的联系。在内互相勾结，狼狈为奸；在外则骄横恣肆，兼并田宅，侵夺犬马，无恶不作。彼此间又往往同恶相济，互相包庇，掩人耳目，只为达到他们的目的，可以想出一切方法，串通着去讨好皇上，阿谀逢迎，一味让皇上高兴，而不去过问他们的不可告人的勾当。
太子建成私自招募四方的骁勇与无赖，又在京城里募集了2000多名恶少衙门等，收养在宫中，配备有甲胄器械，分屯于左、右长林门，即号之为长林兵。
一次高祖皇帝行幸仁智宫，让太子建成留守宫中，这下可给了他可乘之机。
李建成先下令让庆州总管杨文斡去招募一帮健儿送到京师来，作为除灭秦王，甚至弑杀父皇的兵力准备，又派遣郎将尔朱焕、校尉桥公山等人拿甲胄去赐给杨文斡，令他在起兵时相接应。当桥公山、尔朱焕等人走到豳乡的时候，心里越想越害怕，要是败露了，可是要杀头的啊！于是星夜兼程赶到仁智宫去，把太子的所作所为告诉了高祖皇帝。
高祖李渊这才对皇太子有所“醒悟”，并略施计谋，并不怒形于色，表面上装得若无其事，只是找了个理由，派人送道诏书，要皇太子也马上到仁智宫来。
太子建成还不知事已败露，得诏，便随送诏使臣赶来见父皇，还以为父皇在仁智宫有什么“乐事”，非与太子同享才痛快呢。
建成一到，只见父皇怒容满面，才觉有所不妙，还只是问：
“父皇命子臣来此不知所为何事？”
“你还来问朕，怎么不问问自己呢？”
说着说着，怒火更加烧得旺盛起来，霍然站起，即把尔朱焕、桥公山等也叫上殿来。太子与他们一照面，这才彻底明白，原来他们没有去进甲胄给杨文斡，而是向皇上告了密，于是也不用再辩解什么，立即跪倒在父皇脚下，叩头如捣蒜，他一个劲地认错，请求宽恕，见父皇怒火似乎还未平息，便站起来，一头往地上撞去，好像满有幡然悔悟，罪不自容，真要自杀似的。
皇上左右侍从护卫等不计其数，一看太子要撞地自杀，马上上来把他一把拉住。
高祖皇帝倒也不必再审问下去，便命左右把太子押了下去。晚上，还特命殿中监陈万福加派特别岗哨，严加看守太子所住帐幕，不许他逃走，更不许他与杨文斡串通。
而此时杨文斡还真要举兵造反了。
为此紧急情况，高祖李渊又派特使去把秦王李世民召来，与他共谋，看如何对付此事。
李世民即对父皇说：
“杨文斡乃一小小竖子而已，他狂悖起兵，州府之官员们应该知道去擒拿他，剿灭他。纵使他得逞于一时，再派一员将领去征讨，也一定很快便可平息的，请父皇放心好了。”
这时高祖才对秦王说：
“可杨文斡此事是与太子建成连属的啊！所以响应的人恐怕不会少。朕之所以召你来，是要你亲自去征讨，等你凯旋归来，朕改立你为皇太子。朕可不愿效法隋文帝那样去诛杀骨肉，所以决定废了建成之后，封他去做蜀王，那里地既偏远又狭小，你也容易制服他，倘若他不愿臣事于你，你也容易取缔他。”
秦王在父皇如此敦促下，二话没说，即亲自带兵去征讨杨文斡。
秦王刚走，齐王李元吉以及那几位妃子便在宫内为太子建成说情，朝堂上封伦等人也为太子求饶，一下子高祖的耳朵根子又软了下来，顿改前言，什么要废太子等，好像他都从来没说过似的，很快就让建成还以皇太子的身份返回京师，任留守之职。
高祖又怎么能自圆其说呢？还是老一套，只是把祸水泼给别人，又来个各打五十大板。他责怪兄弟为什么不能相容！而把太子谋反的责任悉数推在中允王珪、左卫率韦挺，以及天策兵曹杜淹等人的头上，把他们统统流放了，就算处理完了这桩案子。
秦王李世民平息杨文斡归来，高祖皇帝早已恢复常态，继续沉湎于酒色，好像根本就没发生过任何事情一样，更不提什么易太子改立的事了。
到了武德七年（624年），齐王元吉抓紧机会便劝说太子建成快快除掉秦王李世民，对太子说：
“只要长兄下定决心，小弟当为兄台亲手去把他杀了。”
一次，李世民跟着父皇行幸齐王府，元吉就设下了埋伏，让护军宇文宝躲在寝宫内，想等秦王入寝宫休息时当场刺杀他。
齐王元吉把这阴谋告知太子时，太子却对他说：
“这可万万使不得。这样当着父皇之面行刺，以后我们还怎么为人呢？”
“我这可是为兄台着想啊！本来吗，除不除他，与我又有什么相干？”
为此，既没杀了秦王，元吉还与大哥闹了几天别扭。
一次，高祖皇帝校猎于京城之南郊，命皇太子、秦王、齐王等都跟着一起去。
皇上命三个儿子比赛驰射，太子建成对秦王世民说：
“我养着一匹上好的胡马，几丈宽的山涧它都能一跃而过，真是勇武精壮之极，此次比赛决胜，大哥愿借给二弟一用，不知二弟愿试一试否？”
李世民经历过这么多的骑射骑逐，什么马他都能驯服，所以也就谢谢大哥的好意，愿意用这匹“好马”一试。
原来这是匹从未被太子驯服过的野烈马，力大无比才是事实，而只要有人一骑上它的背，它马上尥蹶子，乱蹦乱跳，一般人都会被它弹得老高老高，摔到很远很远，所以太子建成自己从不敢碰它，这次是特地拿它作秘密武器来谋害秦王的。
谁知李世民骑上一试，任它怎么尥蹶子，世民却总能紧紧握住缰绳，双腿夹住马肚，直尥到它自己尥不动了，李世民又稳稳当当地跨了下来，如是这样，却把一匹刚烈无比的野马，当着皇上与众弟兄、众将帅之面给驯得服服帖帖。
这一下把在场的人都惊呆了。等到正式比赛时，李世民一跃上马，顿时伏在马背上，与哥哥、弟弟较射奔鹿，自然大获全胜而回。
太子建成本来是想借“马”杀人，不料反让二弟大出了风头，比赛时自己败得好惨，又一次让对手振了武威，大添光彩。
李世民就这样，既顺顺利利地度过了险恶，又得到了众人的喝彩。那些或许还有些不服的武将，见此神奇表演，都不得不由衷地佩服。
赛后的归途中，宇文士及一直跟在秦王的后面，秦王回过头来对他说：
“太子是想用这匹野马来杀害我，但人的死生自有天命，岂能就这样让人给害了吗？”
这话后来辗转传到了太子的耳朵里。太子本来这次加害未能得逞，心里正别扭万分，又没法一吐心曲，听了秦王这自有天命的话，便又买通了嫔妃们，让她们大大走了样地传言给皇上，只说：
“臣妾们听到，秦王他自己说的，我自有天命，方为天下之人主，岂能浪死！”
高祖一听，自然怒不可遏，先把建成、元吉召进寝宫，然后再召世民，等世民一入殿，还没搞清楚父皇召他去究竟要干什么，父皇劈头便说：
“天子自有天命，本不是靠智力可以求得的，而你怎么就这么急于求取呢？”
李世民明白，他的稍有失言，却被人歪曲，成了把柄，已无容申辩，越辩将会越糟，所以马上自己取下了冠冕，跪下向父皇叩首，请求饶恕，并愿下法司案验。但皇上依然怒气难消，弄不好，还真可能交有司作为谋反案办理。但李世民还真有“天命”，就在这父子四人僵持之际，忽听殿外一声高叫：
“报！”
看来是有紧急情况发生了，高祖只得即传报人上殿。
原来又是奏报突厥入寇。
别看太子他们谮言坑毒秦王，说什么托御寇之名，一旦突厥真来犯边，他们一个个都成了缩头乌龟，建成、元吉他俩大眼瞪小眼，谁也不敢站出来，去接受这抵御征讨的任务。
这样愣了足有好几分钟，皇上只好改变了对秦王的态度，对他说：
“把你的冠冕带上吧！”
然后高祖徐徐下令说：
“此事暂不予追究，看在你多有战功的分上，这次还派你出征，给你一个将功赎罪的机会，等你回来后再说。”
李世民这才接诏出征，免了一场灾祸。
李世民一上边陲，突厥军就闻风而退了，但越是征讨建功，遭到的嫉妒与谗言反而越多。
李世民不得不留一手，怕一旦朝中发生事变，连个退路都没有，于是派行台工部尚书温大雅去镇守洛阳，又派秦王府的车骑将军张亮带领着他的左右1000多人到洛阳去，私下结纳山东的各路豪杰，并给温大雅、张亮他们很多金银财帛，供他们结纳豪杰时使用。
因为这一举动实在大了点，加上建成、元吉他们无不时时密切监视着世民的行动，密探几乎无处不在，所以怎么能瞒得过他们呢？
齐王元吉抓住了这一把柄，马上向父皇告了密，还不直接说秦王要谋反什么的，只说张亮图谋不轨，于是高祖立即下诏把张亮抓了起来，下吏部有司案验。
张亮是位忠心耿耿于秦王的有志之士。他在有司严刑盘问之下，始终没说一句话，最后只好把他释放了，让他又回到了洛阳上任去。
一次太子建成又想对秦王下毒手，请他到东宫去挑灯夜宴，而在酒中下了鸩毒，幸亏李世民的胃十分敏感，刚喝了一点点便发作了，顿时口吐鲜血达数升之多。
当时他兄弟俩的堂叔淮安王李神通也在座，看他当场即如此大吐，太子以为毒性已够，就让神通搀扶着秦王回去了。
西宫中也早有所准备，因为保不住哪次，或许就会遭人暗算，所以什么金创药、解毒药等，一应俱全，马上对症服用，并立即好好调养，总算又闯过了一次鬼门关。
皇上听说秦王喝酒喝得不合适，特地来西宫探视。秦王也就没说有毒等细节，只是顺着说，喝得不合适，没什么。于是皇上敕令太子建成说：
“秦王素不能饮，自今以后，再不要去请他夜饮了。”
但也就在这次探视之时，总算又对世民说：
“朕之首建大谋，削平海内，可都是你的功劳。但现在建成他年纪也大了，当太子也已经有些年头了，朕真不忍心再去夺了他的位。朕已深知你们兄弟间水火不相容，兄弟俩同位于一座皇宫，势必会磕磕碰碰，以后纠纷会越来越多，矛盾定会越闹越深。倒不如还派你到东都洛阳去定居，从此以后，自陕以东都归你主管，而让他还当他的储君，将来建天子旌旗，仿照过去汉朝梁孝王的政事那样，你看如何？”
李世民在病榻上听父皇说得如此恳切，竟簌簌地掉下泪来，等父皇一说完，便爬下床榻，跪在父皇膝下，再次固辞，说不愿远离父皇膝下，若去了东都，不能朝夕侍奉父皇，心中会不安的。
于是父皇也十分感动，宽慰秦王说：
“天下乃一家，更何况东西两京之间相距也甚近，朕要是想念你，即可去东都看你；你要是想父皇，也随时都可来长安，你切莫为此过分悲伤。”
话既说到这地步，李世民也只好答应了。
但当秦王李世民正准备要迁居东都之际，太子建成与齐王元吉却又密谋开了，说：
“秦王要是一到洛阳，既有土地，又有甲兵，加上他早已在那里有所经营，这不好比放虎归山吗？到那时，可就再也遏制不了他了，倒不如还把他留在京中，我们就近还好对付他一些，他终究只是一介匹夫耳！”
于是他俩又秘密地指使一些人向皇上说：
“秦王之左右闻知要到洛阳去，无不雀跃欣喜，看他们这等样子，恐怕去了就不想再回来啊！”
这样做还不够，他俩买通了皇上最亲近、最宠幸的大臣们，从利害的角度去劝说皇上，于是本来还在犹疑未决的皇上，下定了决心，制止了让秦王去东都的事。
谎言重复一千遍也能成为真理，这一点也不假，架不住建成、元吉以及后宫嫔妃们日日夜夜地在皇上耳边一个劲儿地说李世民的坏话，这样老皇帝能不信吗？
高祖李渊正要治罪于秦王时，陈叔达忍不住了，这位旧朝陈宣帝的第十六个儿子陈叔达，字子聪，在陈朝曾被封为义阳王，一入唐，武德元年（618年）即授黄门侍郎，二年又进纳言，四年即拜侍中，他善于明辨是非，所以他每有上奏时，大臣们无不瞩目，高祖也特别听得进他的话。他听说皇上要治李世民的罪，便向皇上进谏说：
“秦王有大功于天下，不可黜也。况且他性情刚烈，要是去挫折他，压抑他，他会忧愤得受不了，甚至会得场意想不到的大病，到那时，陛下可就悔之莫及了啊！”
这一席话虽简单，可分量不轻。再加上是出于轻易不向皇上进谏，而皇上又最喜欢听他进谏的陈叔达之口，所以皇上倒也听进去了，就没治世民之罪。
这一下齐王李元吉可急了，于是他亲自出马，但又不敢在公开的朝堂上提出，只是找了个机会，乘皇上寝宫中无人，单独秘密地向父皇提出，请求快快杀了秦王。高祖李渊此时已接受了陈叔达的正确思想，所以回答齐王元吉说：
“他可有平定天下之功，而罪状又不显著，能找出什么名正言顺的理由来杀他呢？”
“秦王初平东都之时，就顾望一再，几乎不肯返回长安来，而到处去散发钱财布帛，树立私恩；后来又多次违背父皇的敕命，这不是谋反，又是什么呢？像他这样的人，就是应该速速杀灭，以免后患。这又何患无辞呢？”
齐王元吉的话似乎也有一定道理，但这回老皇帝没接受元吉的挑唆。
皇室兄弟之间的矛盾越来越白热化，弄得秦王府的属僚们都手足无措，个个谨小慎微，深怕自己之小不忍，会乱了秦王的大谋。
行台考功郎中房玄龄便对长孙无忌说：
“现在秦王与他兄弟间的嫌隙已形成，一旦祸机窃发，我们王府与朝廷要一败涂地，这可是社稷国祚之忧啊！倒不如去劝秦王行周公之事，以安家国。目前存亡之机缘，已到了间不容发的地步，要办必须立即办，当机立断。”
长孙无忌马上回答说：
“我怀此想也已久矣，只是总不敢开口，今日吾公所言正合吾意，我一定好好对秦王去说。”
长孙无忌入秦王府对李世民一说，李世民马上让他去把房玄龄也召进府来，三个人一起当面谈。
房玄龄一见秦王便说：
“大王功盖天地，只有大王才应承当社稷大业。今日所形成之忧患危机，未尝不是好事，乃天赞我成功也，请大王不必狐疑。”
李世民当然一时还下不了决心。
房玄龄于是又会同府属杜如晦一同去劝说秦王，让他下决心诛杀建成、元吉兄弟。
说到房、杜二人，在唐朝开国大业乃至贞观之治中，都是不可不表的重要人物。
房玄龄名乔，字玄龄，以字行，齐州临淄人。他的曾祖父房翼，是后魏的镇远将军、宋安郡郡守，袭壮武伯；祖父房熊，字子威，一字子彪，释褐州主簿，父亲房彦谦，好学不倦，通《五经》，仕隋为泾阳令。
当高祖李渊与秦王李世民高举义旗，入关至渭北时，房玄龄杖策谒拜于秦王军门，秦王与他一见如故，外加还有温彦博的推荐，所以立即让房玄龄署渭北道行军记室参军，彼此引为莫逆的知己。
从那时起，房玄龄始终罄竭心力地侍奉秦王，每当平定一寇一地之后，大家都竞相去争抢珍宝古玩，只有房玄龄却争着去网罗人才，并选上好的推荐到秦王的幕府来，碰到有谋臣猛将，则要与他们结为好友，敬之如宾，所以谋臣猛将们也无不愿为他竭尽死力。
房玄龄如此赤心忠良为秦王，秦王自然敬爱他，更甚于爱自己的眼睛。
再说这位杜如晦，他字克明，乃京兆杜睦人士。他的曾祖父杜皎，周朝时赠开府仪同大将军、遂州刺史，祖父杜徽，任周朝河内太守，父亲杜吒，仕隋为昌州长史。
当秦王李世民平定京师之后，即引杜如晦为王府兵曹参军，不久又迁任陕州总管府长史。
那时秦王府中英才俊杰辈出，有不少都被父皇补调另予任用，秦王还真怕手下人才被父皇调空了。
此时房玄龄也已看到秦王有这块“心病”，便对秦王说：
“府僚被大量调走，倒也并不足惜，而杜如晦此人特别聪明有见识，又谙达世事，是位王佐之才。要是大王只是守个藩镇什么的，那他倒也不一定有用；要是大王想经营四方，则此人可是不能或缺的。”
李世民听了房玄龄这番话，十分惊讶，便回说：
“你要是不说，我几乎就要失却此人啊！”
于是专门上奏父皇，任杜如晦为府属之官，这样父皇也就不能再调他去任别的什么职务了。
后来杜如晦一直跟着秦王，去征伐刘武周、王世充、窦建德等，他都与秦王一起，参谋于帷幄。这一段历史时期，国事频仍，往往必须做出正确的判断才能决胜，而只要听从杜如晦的意见，总可稳操胜券，他的判断与决策真是剖断如流，总是让人深深地心服口服。
正因为房、杜二人有如此之不凡与重要，所以太子建成与齐王元吉对秦王世民的嫉恨也往往转而把矛头对准他们俩。有一次太子建成就对齐王元吉说：
“秦王府中虽人才济济，但最让人担心的只有杜如晦和房玄龄两个。”
为此，兄弟俩又在父皇面前进谗言，专说他俩的坏话，结果一度还真被高祖李渊斥逐于秦王府之外。
太子建成与齐王元吉又嫉妒秦王府的骁勇良将，便想法子去挖秦王的墙脚。
他俩便把矛头头一个对准了尉迟敬德，为了买通他，秘密地派人送了一车金银器物到他的府第，还附去书信一封，想要招收他。信中说：
“愿迂长者之眷，以敦布衣之交。”
尉迟敬德丝毫不为这一整车的金银财宝所动，不但原车退回，还回书道：
“敬德乃蓬户瓮牖之人，遭隋末乱离，久沦逆地，罪不容诛。幸得秦王赐以更生之恩，今又策名藩邸，唯当杀身以为报。而于殿下无功，不敢谬当重赐，若私交殿下，乃是二心，徇利忘忠，殿下亦何所用！”
如此开诚布公而又斩钉截铁地顶住了皇太子的“厚赐”，自然大大激怒了皇太子，从此太子建成就与他绝了交。
而尉迟敬德则将此事原原本本地告诉了李世民，李世民便对他说：
“我公之心坚如山岳，虽积金至斗，我也深知绝动不了我公之心的，太子既然要‘厚赐’，我看只管收下好了，我是绝不会怀疑我公之心的。这样倒可与他有所交往，从而还可知道些他们的阴谋，岂非良策？要不然，大祸很快要降到我公头上了啊！”
尉迟敬德一向仗义疏财，哪会去要皇太子的那车贿赂。
结果还真未出秦王之所料，齐王编造了一套罪名，告到高祖那里，高祖李渊即把尉迟敬德抓进大狱，让有司去侦查治罪，有司又查找不到任何真凭实据，李世民又多次向父皇请求免他的罪，因为他也确实没什么罪，所以最后只好又放了他。
建成、元吉他俩又把第二个矛头指向了程知节，他们的状还总是一告一个准，高祖李渊即让程知节外放，到康州去当刺史。
程知节就是不愿意走，对秦王说：
“大王的股肱羽翼都被人一个个全掰尽了，光留下大王，还能维持多久呢？我程某死也不愿离大王他去，请大王早日下定决心，定好计策，与他们干吧！”
程知节就是不愿外放，高祖也拿他没办法。
建成、元吉的第三个矛头指向了右二护军段志玄，还是老一套，想拿金帛等财物去收买，结果又碰了一鼻子灰。
李世民的心腹一个个被调走，最后，只剩他的舅子长孙无忌尚留在府中，再加上舅子的舅子雍州治中高士廉、车骑将军三水候君集，以及尉迟敬德寥寥可数的几位了。他们个个心中比李世民本人更焦急，所以日以继夜地劝李世民早早下手，诛杀太子建成与齐王元吉，而此时李世民还是下不了最后的决心。
直到太子建成他们真要向秦王世民下毒手时，他才让长孙无忌悄悄去把房、杜二人找入秦王府作最后决策。李世民知道王府前后左右已被秘密监视，所以让他俩都改穿了道士服，略作化装，分头趁夜潜入王府。房、杜二人也一致劝秦王快下决心。
正巧这时突厥又来犯边，太子则在父皇面前推荐，让齐王督领诸军去北征，还向父皇说二弟不可信，更不可再派他出征一类的话。
高祖李渊当即答应了。齐王元吉便督领右武卫大将军李艺、天纪将军张瑾等去救援乌城。元吉趁派他上阵之机，又向父皇提出还需让他亲自挑选一些将领，父皇当然也同意。他便挑选了秦王府的尉迟敬德、程知节、段志玄，还加上一个秦王府的右三统军秦叔宝，都必须陪他一同北征，这还不算，又从秦王府调走了最精锐的将士一大批。
这时率更丞王晊向秦王李世民秘密地报告他所探知的情报，他说：“太子对齐王说：‘现在你既已得到了秦王的骁勇猛将，拥有几万兵众，我要与秦王一同在昆明池给你饯行，就乘此机，派壮士们把秦王拉杀于幕下，然后就启奏皇上说他是暴死，我想父皇是不会不相信的。到那时，我当派人去向父皇进说，让父皇授职掌军国之大权于我，而你则把已到手的尉迟敬德等辈统统活埋了，这一来，又有谁敢不服我们？’这情报可是千真万确的啊！”
李世民听到这些，心中没法不毛，便把这情报又告诉了长孙无忌等人，他们当然就更进一步劝说秦王要在他们行动之前把他们解决了。而李世民叹息道：
“骨肉间之相残杀，乃古今之大恶。我也已明知祸在旦夕了，但总还想等他们先发动了，然后我们再以义来讨伐之，那样不更好吗？”
尉迟敬德听秦王如此说，便头一个开了腔：
“人之常情，有谁不爱惜自己的死节呢？如今大家都愿意以死来侍奉吾王，这是天公之授意啊！现在祸机已一触即发，而吾王还是安然不动，不以为忧，大王纵然可以自轻，但怎么能轻忽社稷宗庙呢？大王今天要是不采用我说的去做，我只好则身于草泽之中，再不能留在大王身边，而束手让他们去捕杀啊！”
这话还真说动了秦王之心。长孙无忌怕秦王还会反复，马上补充说：
“今天要是不听敬德之言，那么大势去矣！无忌与大家也只好跟着敬德一同走了，再也没法继续侍奉大王了！”
李世民听到长孙无忌也要走，便说：
“我所说的也并非全无道理，还请公等好好想想！”
尉迟敬德进一步直言批评秦王，他义正辞严地说：
“大王今天处事狐疑，非智也；临难不决，非勇也。大王平素蓄养的这么多勇士都还在大王身边；在外的人，现在也已召入府第来了。只要我们穿起盔甲，带上兵卒，这已成了大事的一半，只要我们一发动，还怕大事不成吗？”
李世民又找了几位府僚来问问，看看他们又有什么看法，而他们都说：
“齐王是个凶残乖戾之辈，他终究是不肯侍奉秦王您这位兄长的。近日又听说，护军薛实对齐王说：‘大王之名，合起来，正好是一个唐字，大王一定会继皇位主政的。’而齐王听了后乐滋滋地说：‘只要把秦王除了，至于拿下东宫，还不是易如反掌的事？’这位齐王跟着太子谋乱还没成事呢，倒已萌发了谋取太子之心，真可谓谋乱之心永无厌足，他是什么都干得出来的。要是让这两个人得了志，恐怕这天下将不再归唐所有了啊！以大王之贤能，要取缔这两个人，还不就像在地上捡起一颗芥子那么容易？为什么大王偏要去徇匹夫之节，而忘却了社稷之计呢？”
李世民听后，觉得都在理，但还是难下最后的决心。于是大家又问他说：
“大王以为舜算是什么人呢？”
“是圣人。”
“要是舜去浚井，从此就不出来，岂不成了井中之泥？要是他去涂抹廪仓之墙，就此在墙上不下来，岂不成了墙上的灰？这样，他怎么能泽被天下，法施于后世呢？俗话说得好，‘小杖则受，大杖则走’，这话虽简单，却说出了大道理啊！”
李世民还是下不了决心，最后还让巫师来占卜一下，看看发动政变能不能得利。
他的幕僚张公谨正从外面进入帐中，看见巫师在为秦王用龟甲占卜，不问情由，上前一把抓起龟甲，把它扔在地下，说：
“占卜是为了解决犹疑，现在事已容不得犹疑，还占卜个什么劲儿！要是占卜的结果说是不吉利，难道大王就能不举事而解决问题了吗？”
这才总算为秦王李世民下定了杀戮建成、元吉的决心。
李世民下定决心后，即又派长孙无忌去敦请房玄龄等进府，房玄龄等不无讽刺意味地回答说：
“臣下不听从皇上的敕令，而去侍奉秦王，我要是去私下拜谒秦王，岂不必然坐死？真是不敢奉教！”
长孙无忌碰了一鼻子灰回到秦王府，一汇报，这下李世民倒急了，勃然大怒，对尉迟敬德说：
“玄龄、如晦岂敢反叛于我！”
说着说着，已把身上的佩刀解了下来，一面递给尉迟敬德，一面说：
“吾公速往观之，要是他们真已无意来侍奉我，协助我，吾公可当场斩了他们，把首级送到这里来！”
尉迟敬德接过秦王身佩的宝刀，与长孙无忌再次去寻他们，长孙无忌又一再好言相劝，并明白告诉他们：
“这回秦王可是真的下定决心了，公等宜速速入府，共谋大业，而我们四个人而今更不能一同入府了，还得改穿道袍，敬德公看来还得先走一步，绕个圈子，乘人不备才入府。”
于是长孙、房、杜、尉迟四人，再次乔装改扮了，一个一个地集合到了秦王府。
己未日，太白金星再次经天，傅奕这位深谙天文的人看到后，即向皇上启奏：
“臣见太白金星现于秦分，秦王应当拥有天下啊！”
高祖李渊即把傅奕的启状授予李世民。
这时李世民干脆地把建成、元吉如何一再陷害于他，一五一十，原原本本都密奏给了父皇，心中郁闷了如此长久的块垒为之一吐。还对父皇说：
“儿臣对这两位哥哥、弟弟可谓仁至义尽，从没有一丝一毫亏待他们的地方，而今天他俩想要杀儿臣，好像是要为王世充、窦建德等辈报仇似的。儿臣今天要是冤枉而死了，永违君亲还不说，魂归地下，还真耻于去见王世充、窦建德他们啊！”
皇上这才有所清醒，惊愕万状。但回答秦王的还只是：
“明天朕一定好好地去训斥他俩。今后再有类似的事情发生，你该及早告诉朕。”
到了庚申日，秦王李世民亲率长孙无忌等人入宫，埋伏精兵于玄武门。
张婕妤偷听到了李世民密表奏闻太子等丑事的消息，马上派人去报知了太子。太子知有变，又马上与齐王元吉商量，元吉说：
“应该收勒宫府之兵，托病不去上朝，以静观形势之发展。”
建成回答说：
“现在我们兵备已严密，应该一同入宫参政，并亲自去询问一下消息。”
齐王元吉听从了太子建成的意见，于是一同进宫，直往玄武门方向走去。
此时高祖李渊已把裴寂、萧瑀、陈叔达等人召进了宫，目的就是想要阻止兄弟残杀之事。
当建成、元吉兄弟走到临湖殿的时候，觉得不对头，马上想调转头返回他们的宫府去。正在调转马头之时，只听得李世民高呼一声，元吉马上又反身张弓，想射向李世民，可是这时他的手不知怎么颤抖起来，箭尾怎么也勾不住弓弦，连勾了3次也勾不上，而就在这时，李世民稳稳地张弓，一箭即把太子建成给射死了。
这时候尉迟敬德带领的70名精骑也已赶到了，他们左右包抄上去，围向元吉，箭从多方向他射去，把他从马上射了下来，他只好步行向林中逃窜。
而此时李世民的马正好亦奔进树林中，不巧被老树的枯枝蔓叉给挂住了，李世民被摔了出去，一时竟爬不起来。
偏巧被元吉看见了，他三步并两步地冲到李世民跟前，首先把他的弓给夺了，然后想一把扼住他的咽喉。
这千钧一发的全过程正好被尉迟敬德看得一清二楚，他跃马上前，大喝一声，吓得元吉没能扼住咽喉，放了李世民就逃。
尉迟敬德稳稳地张起弓，一箭射出，正中其背，元吉“啊”的一声，即应声倒地，一命呜呼了。
太子翊卫车骑将军冯立听到建成遇害的消息，不胜感慨地说：“哪有受了人再生的恩惠而人一死就逃难呢？”于是和护军薛万彻、帐内府左车骑谢叔方率领东宫、齐府2000精兵直驰玄武门，秦府骁将张公瑾凭他一人之力将宫门紧闭，冯立等进不去。这时驻玄武门掌握宿卫的六麾将军敬君弘和中郎将吕世衡挺身出战，被冯立等杀死。守门兵与薛万彻等战斗多时，万彻等大呼进攻秦府，世民所属将士十分恐慌，尉迟敬德拿出建成、元吉的头颅示众，东宫、齐府的士兵斗志终于瓦解。薛万彻带几十骑兵逃入终南山，冯立杀了敬君弘，对他的部下说：“也算稍为替太子报了一点仇了。”于是，将部队解散逃到长安远郊去了。
李渊一早就在太极宫中海池泛舟，他故作悠闲地选择这样一个非正式的办事地方想借此来缓和一下紧张气氛，以便化解世民与建成、元吉的矛盾。世民命尉迟敬德进宫宿卫，其实就是将李渊软禁。敬德戴甲执矛来到李渊跟前，李渊一下子明白了，御前执刀，就是死罪，现尉迟敬德居然敢全副武装来见他，事情当非同寻常。他非常震惊，但仍镇静沉着，厉声问道：“今日作乱的是谁？你来干什么？”敬德回答说：“秦王以太子、齐王作乱，发动军队将他们杀了，担心惊动陛下，特派我来宿卫。”李渊无可奈何对裴寂等说：“没想到今天竟见到这种事，该怎么办呢？”裴寂沉默不语，萧瑀、陈叔达则趁机说：“秦王功盖天下，全国人士心服，陛下若立他为太子，把国事交给他处理，就不会有事了。”李渊不得已只有同意，还违心地说：“好，我早有此心。”当时宿卫部队和秦府士兵与东宫、齐府的战斗还没结束，敬德请李渊亲下手令，让所有部队均由秦王处置，大家这才安定下来。世民下令将建成与元吉的儿子共10人全部处死。当天，以李渊名义下诏，赦免天下，建成、元吉党羽一律不予追究，国家大事全由秦王李世民处理，六月七日，正式立世民为皇太子，世民取得完全胜利。
这场由李世民发动的军事政变，就道德观念而言，无论新旧，都是不义的，旧史载世民将自己的行为说成是“周公诛管、蔡”，不过是掩耳盗铃罢了。周公杀兄放弟，是他们确实叛乱，而建成、元吉的谋反，是世民的栽赃，与周公杀兄放弟是完全不同的。周公只诛首恶更不及子嗣，而世民对兄弟及其子嗣统统斩尽杀绝，还将元吉的妃子据为己有，显然，李世民的行为与周公诛管、蔡根本是两回事，相类也只是形式。世民在内心似乎也感不安，有愧父皇及兄弟，四个月后，又追封建成、元吉，以礼改葬，还哭之甚哀，当然这是演戏。不过对历史人物的评价，也不当单纯从道德着眼，主要还是要看他给国家、民族带来的是灾难还是福利，对社会的发展是阻碍还是促进。就夺嫡而言，李世民和杨广的做法本质上没有什么不同，而人们对二人的评价却完全两样，正在于杨广掌权后把人民推向了苦难的深渊，阻碍了社会的前进，李世民则在掌权以后，关心人民疾苦，推动了社会前进。
建成被杀后，魏征事明王的理想再次破灭，他不胜遗憾，但内心坦然。“事君以忠”，尽了自己的力了。谋事在人，成事在天，作为一名僚属，他做了自己该做的、能做的事，而他无法左右局势。他预感到未来对他或许不妙，虽说有赦令不问党羽，但执行起来如何，谁又能保证呢？他既镇静而又焦急地等待着。
玄武门之变后，皇太子李世民首先把魏征召来，一见面就劈头责问：“汝何为离间我兄弟？”当时在场的文武大臣，以为世民宿怨未释，要报复魏征，不禁为他的安危担忧。可是，魏征举止自若，不卑不亢地回答：“先太子早从征言，必无今日之祸。”这话不避锋芒，实打实说，世民听他讲完之后，不仅没有再加斥责，反而“器其直”，又“素重其才”，遂“改客礼之”，当即任命他为太子詹事主簿，后又拜谏议大夫，封臣鹿县男。谏议大夫秩正五品，虽然并不掌握实权，但却是唐朝中枢机关——中书、门下两省的最重要的谏官。贞观年间，“中书门下及三品以上入内平章国计，必使谏官随入，得闻政事，有所开说，太宗必虚己纳之”。魏征拜此官后，已经得予闻政事，也取得了发言资格，后来他与王珪俱由此职升任宰相。
几天以前，还是壁垒分明、针锋相对的仇敌，顷刻间又化为盟友，这一从敌到友的猝变，并非史家们杜撰的戏剧情节，而是有着深刻的社会背景和多方面的历史原因。就李世民和魏征自身而言，也有促成这一转化的诸多主观因素。主要是：
第一，当时政局发展的客观要求。
六月四月，李世民先发制人，一举射杀了建成和元吉。然而他们多年经营的宫府集团势力，却不可能在一个早上化为乌有，其党羽和武装力量逃散到长安周围，潜伏起来，李建成在山东的亲信幽州部督庐江王李瑗和左诩卫大将军领天节将军镇守泾州的罗艺都握有重兵，蠢蠢欲动。宫府集团中的许多谋士，如魏征、王珪、韦挺等人，都是颇有威望和政治影响的有识之士。对于宫府集团的残余势力，李世民最初是进行残酷镇压的，建成的5个儿子、元吉的5个儿子，都被株连屠杀，绝其属籍。世民的僚属还纷纷要求将建成、元吉左右百余人皆尽诛杀，并籍没其家。这时曾在玄武门之变中立了首功的尉迟敬德头脑却最为清醒，他劝谏说：“罪在二凶，既伏其诛，若及支党，非所以求安也！”他极力反对采取高压政策，这是颇有见地的。
李世民采纳了敬德的主张，以李渊的名义“下诏赦天下”，“凶逆之罪，止于建成、元吉，自余党与，一无所同”。可是，一些地方并没有真正贯彻这一政策，宫府集团党羽虽有赦令，“犹不自安”。为了稳定政局，当务之急在于稳定人心，那么重用魏征等政治影响颇大的东宫臣佐，就成为顺理成章的事情了。
魏征当时也正确地分析了这种形势和李世民可能采取的明智态度。因此在他人为其担心的险情下，他却泰然自若。李世民和魏征虽然所处地位不同，着眼点不同，但是在对时局的认识上，基本观点却不谋而合。各自的举止，如一开始相见时的斥问与申辩，后来的器重和知恩，都是基于这一共同认识的生动表现。他们二人均堪称深识时务的俊杰。
第二，政治思想的一致性。
玄武门之变是世民和建成、元吉的权力之争的产物，而不是其政见的不同结果。虽然身处两个敌对的营垒，李世民和魏征各自对对方也是很了解的。
魏征承认，作为一国君主，作为一个政治家，世民是强于建成的。他曾对建成说过的“秦王功盖天下，中外归心。殿下但因年长位居东宫，无大功以镇服海内”，正是这种认识的自然流露。李世民的英武果决、雄心勃发、年轻有为以及虚心纳谏、用人不疑等不凡的气度与品格，早已为魏征所敬佩。如果当时允许选贤、立贤的话，他会毫不犹豫地赞成世民。只不过那时建成太子地位已经确立，魏征又被任命为太子臣佐，他不可能越出封建秩序的樊篱罢了。这时，李世民消灭了他的政敌，准备南面称孤、大展宏图，正与魏征建功立业、治国安邦的政治抱负不谋而合。
李世民对魏征的政见和抱负、品格和才干，也早有了解，此人阅历丰富、才识过人、性格耿直而又忠于职守，堪称匡辅社稷的理想人选，因“素重其才”而“改容礼之”。这便是从敌到友猝变背后深厚的政治基础。可以说，李世民和魏征的携手，是唐初两位杰出政治家实现其政治抱负的必然归宿。
第三，理想追求的共同点。
即将继位的李世民雄心勃勃，他要励精图治，开创一代盛世，为李唐王朝的千秋大业奠定基础。魏征对李世民的这一心理状态了如指掌。而且李世民所期望展现的蓝图，也正是魏征梦寐以求的理想目标。他虽然从青年时代就属意“纵横之说”，怀抱治国平天下的远大理想，但遭逢乱世，半生蹉跎，未能找到施展政治才能的天地。这时，他感到自己半生苦苦期盼的“明君”“英主”，已经出现在眼前，他与李世民在事业追求上的一致性，将会使他在大唐政治舞台大显身手，怎能不由衷地感佩世民的恩遇呢？这共同的理想追求，是从敌到友猝变的内在因素。严格地说，魏征作为一位真正政治家的生涯，是从玄武门事件之后开始的。
第四，杰出政治家的气魄和度量。
实现这一由敌到友的猝变，还在于李世民和魏征两人都有杰出政治家的气魄和度量。他们为了治国安民的千秋功业，不计恩怨，不避前嫌，很快重新组合到同一阵线之内，这对于开创“贞观之治”的崭新局面，显然具有关键性的影响。李世民是胜利者，在这一转化中，处于主导地位，他后来说；“魏征往者实我所仇，但其尽心所事，有足嘉者。朕能擢而用之，何惭古烈？”表现了弃怨用才的帝王气度。魏征也以事业为重，抛开狭隘的个人恩怨，尽心竭力协助李世民共创大业。因此，太宗后来曾经不无欣喜地对魏征说：“卿罪重于中钩，我任卿逾于管仲，近代君臣相得，宁有似我于卿者乎？”当时，如果他们之中任何一方不以大局为重，也就不会有李魏君臣携契治贞观的佳话流传于世了。
李世民以同魏征捐弃前嫌为契机，进而召回了流放于外的原东宫僚属王珪、韦挺，并授予谏议大夫的官职，起用了逃亡归来的薛万彻、冯立、谢叔方等骁将，这一切，均对流血事件之后迅速稳定政局，发挥了良好的作用。
