咸丰十年（1860）七月，英法联军1万多名在北塘登陆。塘沽、大沽炮台相继失陷。天津因无险可守，也很快陷落。清政府急派大学士桂良等人与敌议和。因侵略者所提条件过高，谈判破裂。八月，英法联军逼近通州，在八里桥一带展开激战。清军英勇阻击，鏖战三四小时后溃败。英法联军进至北京城下。英法侵略军到了北京城外，首先绕道到西北郊的圆明园，抢夺园内的金银财宝，并劫掠所有能搬得动的珍贵文物。其后，英使额尔金下令焚毁圆明园。八月二十二日至二十五日，英法联军火烧圆明三园。这个经过清100多年营建、凝聚了中国人民血汗、综合中西建筑艺术、聚集古今艺术品而成的壮丽宫殿和皇家园林，顿成废墟。
1860《北京条约》签订
咸丰九年（1859）五月，英、法、美公使拼凑联合舰队北上，武装换约。清政府因大沽设防，指定三国由北塘登陆，去京换约。英法公使蓄意挑衅，坚持从大沽登陆，并向大沽炮台发炮。清军在僧格林沁指挥下奋勇还击，英法舰队狼狈撤退。咸丰十年（1860），英法联军以更大兵力再次入侵。七月五日，大沽炮台失陷。七月八日，敌兵占领天津。接着，侵略军将矛头指向北京。八月八日，咸丰帝仓皇逃往热河。侵略军进入北京，八月二十二日至二十五日焚毁圆明园。恭亲王奕与英、法分别签订了中英、中法《北京条约》。事后俄使自称“调停有功”，迫使奕又与俄签订了中俄《北京条约》。
第二次鸦片战争使中国遭受巨大损失：英占九龙司地方一区；沙俄割去乌苏里江以东约40余万平方千米土地；公使进驻北京，加强了侵略者对清政府的影响和控制；增加口岸、内地游历通商、海关雇佣外国人、子口半税、内地传教、鸦片贸易合法化和准许华工出国等款，使外国侵略势力由沿海扩展到内地，中国的独立主权又一次受到严重损害。清朝统治阶级在侵略者打拉结合下，终于走向与外强勾结、共同镇压太平天国的道路。
1861同治帝即位
咸丰十一年（1861）七月，咸丰帝病死于热河避暑山庄，其子爱新觉罗i载淳即位。咸丰十年（1860）八月，英法侵略军逼至通州，协办大学士兼步军统领肃顺，与满族贵族怡亲王载垣、郑亲王端华，共同劝咸丰帝逃往热河，以避其锋。咸丰帝体弱多病，当出逃至泺阳时就病倒了，但坚持到了承德行宫。咸丰帝出逃时命恭亲王奕为钦差大臣，与英法联军议和。《北京条约》签定后，联军自北京撤退到天津回国。奕等留京大臣请咸丰帝回北京，以安人心。但咸丰帝怕英法联军再回来，于是决定当年暂不回京。咸丰十一年（1861）正月，咸丰帝又病了，回銮的事也就一拖再拖。七月十六日咸丰帝病重，次日召见御前诸臣，立皇长子载淳为皇太子，命载垣、端华、景寿、肃顺、穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛赞襄政务，称为“赞襄政务王大臣”。咸丰帝即病逝于行宫，年31岁。载淳即位，改明年为祺祥元年，十月，又改明年为同治元年。
1861辛酉政变
咸丰十一年（1861，农历辛酉年）九月三十日，叶赫那拉氏发动政变，掌握了朝廷大权。咸丰帝曾口授遗诏，立六岁的载淳为皇太子，继承皇位，并任命载垣、端华、肃顺等共八人为“赞襄政务王大臣”，以辅佐朝政。载淳即位后，尊咸丰帝的皇后为母后皇太后，上徽号为“慈安”；尊其生母懿贵妃为圣母皇太后，徽号为“慈禧”。因慈安居住在紫禁城东路的钟粹宫，俗称东太后；慈禧居住在西路的储秀宫，故称西太后。慈禧太后权力欲极强。她想取得最高统治权，便与肃顺等辅佐朝政的八大臣发生了冲突。慈禧太后于是勾结咸丰帝异母弟恭亲王奕，密谋政变。九月二十三日，咸丰帝灵柩自承德起运回京。三十日，那拉氏发动政变：十月初一，封奕为议政王；初五改祺祥年号为同治；初六命将载垣、端华赐自尽，肃顺斩首示众，景寿等五人或革职或遣戍。十一月初一日，两宫太后在养心殿正式垂帘听政。从此慈禧太后便掌握了政权，直到光绪三十四年（1908）去世，掌握清朝最高权力达40多年。
1864太平天国运动失败
同治三年（1 8 6 4）六月十六日，湘军攻陷天京。同治三年（1864）正月，李秀成率部进攻曾国荃大营失败。湘军攻陷天保城，进而逼向天京东北部太平门及神策门外，形成了对天京的合围。太平军粮源断绝。四月二十七日，洪秀全去世。五月初三日，洪秀全长子洪天贵福即位，为幼天王。月底，地保城也被湘军占领。
湘军借居高临下之势日夜炮击天京，同时挖掘地道准备用炸药轰城。六月十六日，天京城墙被炸药轰塌20多丈，湘军蜂拥而入，天京失陷。李秀成等人拥幼天王突围出城。曾国荃指挥湘军对城中百姓进行了一场野蛮的大屠杀，“哀号之声达于四远”。九月二十五日，幼天王洪天贵福在江西石城荒山之中被清军俘获，十月二十日在南昌被害。太平天国起于广西，发展到江南；太平军西征胜利时，达到鼎盛。天京事变后，太平天国由盛转衰，陷入战略防守的被动局面。太平天国运动历时14年，南北驰骋10多个省，最后在中外反动势力的联合绞杀下连连失利，终于败亡。
19世纪60年代～90年代洋务运动
19世纪60年代至90年代，清政府内部洋务派官僚以“自强”和“求富”为标榜，在军事、政治、经济、文教及外交等方面开展了一系列革新运动，史称“洋务运动”。它是中华文明与西方文明碰撞后的第一次大规模的反应。丧权辱国的《北京条约》签订后，国门再次被打开，恭亲王奕、大学士桂良、户部左侍郎文祥联名上奏，提出设立总理衙门，以适应列强对华外交的需要。咸丰十年（1860）十二月，清政府任命奕、桂良、文祥为总理衙门大臣。奕和文祥都是洋务运动的代表人物。
此后，清政府还设立了南、北洋通商大臣，管理南北各通商口岸的商务和处理各种对外事务。洋务派地方大臣以曾国藩、左宗棠、李鸿章及张之洞为代表。洋务运动在中国的军事、经济、科技、文化和教育等方面取得一定的发展成果，使中华文明开始具体地进入到一场学习西方的运动，改变了中华文明几千年来封闭的格局，并使之面向世界，汇入世界文明的大潮中。但它毕竟只涉及社会的皮毛，没触动中国社会的根本。随着中国在中日战争中的失败，洋务运动亦因国情等各方面与西方差距太大而告失败。
1874日军入侵台湾
同治十年（1871），琉球渔船遇到飓风漂流至台湾，高山族民众误杀船民54人，另外12人由清政府送回琉球。当时，琉球是中国属地，所以此事原与日本无关，但日本却以此作为侵台借口。同治十三年（1874）二月，日本政府设“台湾番地事务局”，任命大隈重信为长官，在长崎设立侵台军事基地，派陆军中将西乡从道率兵三千，进攻台湾。三月二十三日，日本侵略军在琅强行登陆，遭到高山族人民的英勇反击。日军在琅烧杀抢掠，并在龟山设立都督府，意图久踞。清政府派福建船政大臣沈葆桢到台湾部署防务，先后调集1万多军队到台湾。同治十三年（1874）八月，日本特使大久保利通等抵达北京，对清廷大肆恐吓威胁。清政府代表开始时据理力驳，后来在英国公使威妥玛的“调停”下妥协。九月，奕与大久保利通订立中日《台事专约三款》，中国赔银50万两；承认日本侵台为“保民义举”；日本从台湾撤兵。这样，给日本正式吞并琉球提供了口实。光绪五年（1879）三月，日本侵占琉球，改置冲绳县。
1874光绪帝即位
同治十三年（1874）十二月同治帝病逝，醇亲王奕之子、4岁的载湉即位，即为光绪帝。同治帝18岁时即行亲政，但这不过是掩人耳目罢了，一切军政大权仍掌握在慈禧太后的手中。当初两宫皇太后为同治帝择婚，东宫有意于户部尚书崇绮女阿鲁特氏，西宫得意凤秀之女富察氏，而同治帝最终挑选了东宫所拟定的，慈禧太后因此非常不高兴。同治十一年（1872）九月，同治帝册立阿鲁特氏为皇后，富察氏为慧妃。
慈禧太后告诫同治帝要少接近皇后，而移爱于慧妃，并派内监进行监视。同治帝不满慈禧太后的限制，独居乾清宫，成天与小太监游戏打闹，有时还在内侍的导引下逛酒馆妓院。这样天长日久，他不仅学业荒废，而且身体也越来越坏。同治十三年（1874）底，同治帝病逝于养心殿，时年19岁。关于同治帝之死，众说纷纭，一说为天花致死，一说为染梅毒不治而亡。同治帝皇后阿鲁特氏因慈禧太后待之甚虐，不久亦吞金而亡。
1881中国筹建第一条铁路
光绪七年（1 8 8 1）五月，唐胥铁路正式通车，这是中国自己筹建的第一条铁路。清政府拆毁淞沪铁路之后，自筑铁路的议论却日渐热烈起来。经过长期不休的争论，清政府终于网开一面，准许在开平煤矿修筑自唐山至胥各庄铁路，专事运输开平煤矿的煤炭。唐胥铁路全长约1 5千米，单轨辅设，轨距为143.5厘米，以后此轨距便成为中国铁路的标准。光绪十一年（1885）以后，唐胥铁路不断伸展，向东延伸至山海关，向西延伸到天津和北京。中国从此拥有正式的铁路。此后，修筑铁路的风气开始在中国盛行。
1883中法战争爆发
光绪九年（1883）七月，法军攻占顺化，以武力胁迫越南订立《法越新订和约》，欲控制越南内政外交，变越南为法国保护国。在该条约签订前后，驻扎在越南边境上的刘永福所部黑旗军历经纸桥之战、怀德之战、丹凤之战等，屡败法军。十一月十三日，法军将领孤拔率兵6 000人进犯越南山西，黑旗军与清云南防军约5 000人应战。血战3日后刘永福率部退守兴化，山西失陷。光绪十年（1884）七月，法海军突袭驻防马尾的清福建水师，这是法军直接对中国本土发动的战争。福建水师仓猝应战，伤亡惨重，几近覆灭。清廷下诏对法宣战。八月二十日，法舰又攻击沪尾（今台湾淡水）。清军守将孙开华在台湾人民的积极支援下重创法军，取得沪尾大捷。光绪十一年（1885）二月九日，清军取得镇南关大捷，法国茹费理内阁因此而垮台，可是清政府却同法国签订了《中法停战协定》。中法战争至此结束，中国打了胜仗竟屈辱求和，不败而败；法国在战场上未得到的东西却在谈判桌上得到了，不胜而胜。从此中国西南门户洞开，外国势力可由此入侵。
1887台湾建省
台湾孤悬海外，清廷曾设道员管辖，隶属于福建省。鸦片战争后，台湾屡遭外国窥伺、侵略。到日本侵台时，台湾的危机才逐渐引起清廷注意。其时，沈葆桢抚台，改添州县，设二府四厅八县，初步奠定了行省规模。中法战争，法军攻台湾，危机再度发生。光绪十三年（1887）九月十六日，闽浙总督杨昌浚与刘铭传会奏朝廷，力陈台湾建省的必要性。清廷采纳了这一建议，在台湾正式建省，下辖三府一州五厅十一县。新设首府为台湾府，辖台湾、彰化、云林、苗栗四县和埔里社厅；原台湾府改为台南府，辖安平（原台湾县）、嘉义（原诸罗县）、凤山、恒春四县和澎湖厅；台北府辖淡水、新竹、宜兰三县和基隆厅、南雅厅；添设台东直隶州，由原卑南厅升置，辖花莲港厅。这是中国历史上台湾的首次建省，首任巡抚为刘铭传。在清朝统一管辖下，台湾的经济、文化都得到一定的发展。
1888北洋海军建立
光绪元年（1875）李鸿章奉命督办北洋海防时，仅有4艘轮船。李鸿章上任后，采取了一系列强有力的措施。在经费方面，他极力游说，使清政府将发展海军的财力绝大部分投入北洋。在1885年10月组建的海军衙门，他独揽了实际的权柄。当海防经费由各省支付以后，北洋海军的8艘铁甲巡洋舰的经费却由海军衙门直接拨给。李鸿章还利用权势将各路海军中的先进舰船和装备调入北洋，更拉大了北洋与其他海军的距离。
为了避免分散发展，他还将原属直隶、奉天、山东三省的军舰统一于北洋，使力量相对集中。到1888年，北洋海军已拥有25艘各类舰船。北洋海军正式建军，成了一支具有自己独立的作战任务、作战能力和保障系统的舰队。经李鸿章20多年的苦心经营，到1894年甲午战争前，北洋水师在军事实力、基地建设制度、训练以及近海防御体系和后勤保障体系等方面已基本达到较高水平，成为清代唯一的一支具有近代规模的正式海军舰队。
1894中日甲午战争爆发
光绪二十年（1894）八月十三日，李鸿章派招商局五艘轮船运兵12营增援平壤清军，北洋海军提督丁汝昌率“定远号”等北洋舰艇16艘护航。十八日上午返航途中，“定远号”突遭由日本海军中将伊东亨率领的“松岛号”等12艘日舰袭击。丁汝昌下令迎战。日舰利用航速快、炮位多的优势，以新式战舰“吉野号”为首，避开北洋舰队“定远”、“镇远”两主力舰，绕向侧后猛轰两翼小舰，而以首炮狂轰“定远”、“镇远”两舰背面，致使北洋舰队队列混乱，陷于被动。丁汝昌负伤后仍坚持指挥旗舰“定远号”炮击敌船。“致远号”管带邓世昌在军舰受重创后，下令开足马力向“吉野号”撞去，以期与之同归于尽，不幸被鱼雷击沉，全舰官兵250多人壮烈牺牲。
