吴三桂起兵反叛初期在军事上占有优势，但他并未乘胜前进，反而贻误战机，给了清政府组织反击力量的机会。在康熙帝的指挥下，图海、赖塔、杰书、岳乐、赵良栋、蔡毓荣等满汉将帅，统领四十余万官兵，奋勇厮杀，连败敌军，收复失地。康熙十五年（1676）十月耿精忠率部投降，十六年四月尚之信投降。十七年（1678）八月，称帝半年的吴三桂忧病而死。十九年（1680）正月，除云贵外，川、陕、湘、赣、粤、桂、闽、浙已全部平定。康熙帝命贝子彰泰为定远平寇大将军，统军取贵州，入云南；赖塔为征南大将军，由广西进滇；赵良栋以勇略将军兼云贵总督统率川军，自蜀入滇。满汉大军40余万，兵分三路，直抵昆明城下。清军随即猛攻，于康熙二十年（1681）十一月克城。吴三桂发动的“三藩之乱”，至此彻底平定，滇、黔、闽、粤严重割据分裂的局面结束了。
1685清军收复雅克萨
康熙二十四年（1685）正月，康熙帝决定派兵收复被俄国人长期占领的雅克萨城。雅克萨是从尼布楚方向和从雅库茨克方向进入黑龙江地区的水陆咽喉，是俄军的一个重要据点。六月二十二日，清军抵达雅克萨城下，康熙帝要求俄国方面撤出雅克萨，归还逃犯，以雅库（今雅库茨克）为中俄边界，但遭到了俄方拒绝。二十四日，俄方援军赶到，清军将“神威无敌大将军”炮列在阵前，做好攻城准备。
二十五日黎明，清军向雅克萨发动进攻。俄军势绌兵败。这天夜里，清军水陆并进，经过一昼夜激烈战斗，俄军伤亡惨重，只好出城乞降，并发誓不再回到雅克萨城。都统彭春、黑龙江将军萨布素遵照康熙帝旨意，将侵略军头子托尔布津及部属、妇女、儿童免去死罪，全部放回俄国，并放出被掳掠的清朝边民。这样，由满、汉、蒙、达斡尔等民族组成的清军，在边疆各少数民族人民的支持下，攻克了被俄军侵略占据了20年之久的雅克萨城。
1689中俄签订《尼布楚条约》
康熙二十八年（1689）七月二十四日，中俄双方经过屡次协商，并在中国方面做出重要让步的情况下，中俄双方经过历时14天的谈判，正式签署了《尼布楚条约》。条约明确规定：中俄两国以外兴安岭至海、格尔必齐河和额尔古纳河为国界。这就从法律上肯定了黑龙江和乌苏里江流域的广大土地为中国领土。条约规定，从签订之日起，两国的一切边界争执永远给予废除，两国永远友好相处。条约文本为拉丁文，两国使臣交换了经过双方签名盖章的满文本、俄文本和拉丁文本。条约还以汉、俄、拉丁诸文刻在石上，置于两国边界，以作永久界碑。《尼布楚条约》是在双方平等基础上，并在中方做出重要让步的情况下签订的平等条约，为中俄两国关系正常化奠定了基础。
1690乌兰布通之战
康熙二十九年（1690），蒙古准噶尔部首领噶尔丹野心勃勃地入侵喀尔喀蒙古，并将矛头指向清政府。康熙帝决定亲征。七月二十九日，噶尔丹率领一股强劲骑兵2万人，长驱直入，屯兵距京师仅700里的乌兰布通（今内蒙古克什克腾旗内），京师戒严。抚远大将军、裕亲王福全也在这一天率清兵到达此地，设营盘40座，连营60里，以火器为前列，遥攻噶尔丹中坚部分。八月二日晨，清军分左右两翼，设鹿角枪炮，徐徐前进。右翼内大臣佟国纲指挥军队，冲向敌军，进击山下。噶尔丹军队隔河拒挡清军。佟国纲一马当先，冲向敌阵，不幸中弹身亡。而这时，清军也已摧毁了噶尔丹军筑建的“驼城”，左翼内大臣佟国维率兵攻破噶尔丹营垒。噶尔丹见大势已去，便率领剩余部队逃走。十五日，济隆等人带噶尔丹的誓书晋见，表示不敢再犯喀尔喀。
1693重修孔庙
康熙三十二年（1693）十月六日，孔庙重修工程完成，康熙帝派皇子允、胤前往致祭。早在康熙二十三年（1684），康熙帝巡省东方，曾到曲阜祭祀孔子。他看到孔庙年久失修，榱桷渐圮，于是决定动用内帑，派专人前往主持修缮工作。重修工程从康熙三十年（1691）夏天开始，康熙三十一年（1692）秋天基本完成。重修后的孔庙平面是长方形，总面积约327亩，周环以高墙，配以角楼，前后九进院落，殿堂楼阁460余间，门坊54座，2 000多块碑碣。主体建筑大成殿，取“集古圣先贤之大成”意。殿高24.8米，阔45.78米，深24.89米，重檐九脊，斗拱交错，金碧辉煌。殿内供奉孔子及其弟子和儒家历代先贤塑像。为纪念这一重修工程，庙内还立有《御制重修阙里孔子庙碑》一座。
1697噶尔丹败亡
康熙二十九年（1690）和康熙三十五年（1696），康熙帝二次亲征噶尔丹后，噶尔丹已元气大伤，陷于绝境，但仍试图作垂死挣扎。为此，康熙三十六年（1697）二月，康熙帝又一次亲征噶尔丹，率军西渡黄河进至宁夏。康熙帝亲自部署军事，命马思哈、费扬古出贺兰山，萨布素往克鲁伦河，两路进兵。
而此时，噶尔丹的倒行逆施和残酷搜刮，早已激起各族人民的愤慨。噶尔丹的部属也分崩离析，纷纷向清政府投诚，并积极担任向导，带领清军深入平叛。噶尔丹的侄子策妄阿拉布坦配合清政府的进攻，在阿尔泰山设伏，准备捉住噶尔丹献给朝廷立功。闰三月九日，康熙帝命孙思克和李林隆各率2 000精兵分路搜剿噶尔丹。十三日，噶尔丹在绝望中服毒自杀。四月七日，康熙帝班师回朝，途中作《凯旋言怀》诗，诗中写道：“六载不止息，三度勤征轮。边坼自此静，亭堠无烟尘。”这几句诗确是他对自己三次亲征噶尔丹的总结。噶尔丹叛乱平定后，清政府即遣送喀尔喀各部重返自己原来的牧场休养生息，蒙古高原恢复了宁静。
1708避暑山庄建成
康熙四十二年（1703），避暑山庄在承德开始兴建，至四十七年（1708），初步建成。初称热河行宫，五十年（1711），康熙帝亲笔题名为避暑山庄，也称承德离宫。康熙帝在避暑山庄处理朝政，举行大典，接见臣子、各少数民族领袖。避暑山庄成为清廷又一政治中心。它包括宫殿区和苑景区两大部分，总面积为564万平方米。宫殿区在整个山庄的南部，是皇帝处理政务和居住的地方，包括正宫、松鹤斋、万壑松风、东宫四组建筑。苑景区，又可分为湖区、平原区、山区三部分。康熙帝在其统治的中晚期兴建避暑山庄，是北方民族固有习俗的体现。因为秋冬避寒，春夏避暑，两地移住，是中国北方游牧、狩猎民族向来的生活习俗。满族是中国的北方民族，避暑山庄建成以后，康熙帝几乎每年中都有半年的时间住在这里，这正是满族习俗的体现。
1722康熙帝去世
康熙六十一年（1722）十一月十三日，康熙帝因病去世，享年69岁。康熙帝在位61年，其间殚精竭虑，勤于政事；用兵临戎，无所畏惧，平定三藩，统一台湾，亲征噶尔丹，进军西藏，业绩可嘉。他平日力戒骄奢，节用爱民，不尚虚文，力行实政。康熙帝在位期间，社会经济相对发展，文化政策以怀柔为主，提倡程朱理学，兼容西方科技，整理文化遗产，对清代文化影响卓著。康熙帝自康熙四十七年（1708）始，疾病缠身，年衰体弱，五十六年（1717）十一月起，大病70余日。六十一年十一月十三日他病危时，面谕胤继承皇位。康熙帝于戌时驾崩，次日被追尊为合天弘运文武睿哲恭俭宽裕孝敬诚信功德大成仁皇帝，庙号圣祖。第二年（1723）九月一日，康熙帝葬于景陵。
1722正帝夺嫡
康熙六十一年（1722）十一月二十日，康熙帝第四子胤在太和殿即皇帝位，历史上称雍正帝。随后，他祭告天地、宗庙、社稷，公告天下，以明年为雍正元年。在康熙晚年争夺储位的斗争中，胤已暗结党羽，形成一派势力。其中，有十三皇子允祥，康熙帝内弟、近臣隆科多，大学士马齐，川陕总督年羹尧等人。这一派力量很强，活动诡秘，未曾受到康熙帝的怀疑和指责。此外，胤即位的优势还在于他自幼由康熙帝抚育，在康熙帝身边长大成人，而不是像其他皇子那样远离圣驾。所以，胤更能够善体圣意，嘘寒问暖，殷勤有加，深得康熙帝好感。胤虽然私下里与诸皇子对立，在康熙帝面前却从不表露，相反，还常对诸皇子誉以美言。由于胤工于心计、手腕高明，因此深得康熙帝赏识。康熙帝称赞他性量过人，深明大义，居心行事有伟人气魄，并多次委以重任。由于胤和康熙帝感情笃深，未曾发生过裂痕；且在委以重任时亦表现出办事才干和忠孝品质，这样，康熙帝很早便对他深怀信任。在病危时刻，康熙帝召集诸皇子到御榻前，面谕皇四子胤继承皇位，史称雍正帝。
1723秘密立储制度建立
雍正元年（1723）八月十七日，雍正帝召见总理事务大臣、满汉文武大臣和九卿于乾清宫西暖阁，宣布秘密立储方法。他将选定的继承人之名亲笔书写后密封，藏于匣内，然后置于乾清宫正中由顺治帝亲笔所写的“正大光明”匾额之后，以备不测。群臣对此没有异议，秘密立储制度遂正式确立。雍正帝于乾清宫密诏之外，另书内容相同的传位诏书放于圆明园内。雍正帝秘密册立太子，收到了立国本以固人心的政治效果，避免了历代皇子为争储位、储君与皇帝争权，以致储君骄纵、皇帝身心忧瘁等弊端。该制度减少了政治混乱，有利于政局稳定。乾隆帝登基后，认为此法甚好，于是继续实行。后来诸帝都相继采用这个方法。从雍正帝创立秘密立储制度到乾隆、嘉庆、道光、咸丰诸帝的继承来看，这一制度是成功的。
1724始发养廉银
雍正二年（1724）七月，雍正帝在下令推行“耗羡归公”的同时，还实行了“养廉银”制度。“耗羡”是指征收赋税、交纳钱粮时对损耗部分的补贴。“耗羡”在归公之前，均由地方官私征私用。实行耗羡归公后，耗羡的征收完全合法，但收入不归州县官，而属布政司，这就使地方官失去了一条生财之路。为了防止官吏再对百姓征收额外费用，以致出现新的贪赃枉法行为，雍正帝决定实行“养廉银”制度，即在正俸之外，从耗羡归公部分提取一些给州县官作为生活补贴及办公费用。一般来说，养廉银通常为正俸的10倍～100倍。例如，台湾巡抚刘铭传的年俸为155两，养廉银则高达一万两。实行养廉银制度之后，官吏们的收入大大增加，对减少贪污起到了一定作用。
1732军机处设立
雍正十年（1 7 3 2），军机房改为军机处，完全取代了议政王大臣会议，成为清廷最高决策机构，皇权统治进一步加强。清初，清廷设置“议政王大臣会议”，居于内阁之上，作为最高的中枢决策机构，互相牵制。议政王大臣会议是维护满族贵族特权地位的机构，也称国议。其成员由满族贵族诸王及总理旗务大臣组成。
后来历代皇帝为提高皇权，不断对王公、旗主势力加以削弱，再加上后来议政王大臣“半皆贵胄世爵，不谙世务”，议政制度慢慢衰落下来。雍正帝即位后，对诸王的权势作了进一步限制。首先他收回诸王的军权，接着在雍正七年（1729）设立军机房，命怡亲王允祥、大学士蒋廷锡、张廷玉等密办军需事宜，赞襄军务。雍正十年（1732）军机房正式改称为军机处，秉承皇帝谕旨办理各种机要事务，取代议政王大臣会议，成为处理军国大事的常设核心机构。军机处的设立，标志着清代皇权进一步提高，封建专制已达到了登峰造极的地步。
1732军机处设立
雍正十年（1 7 3 2），军机房改为军机处，完全取代了议政王大臣会议，成为清廷最高决策机构，皇权统治进一步加强。清初，清廷设置“议政王大臣会议”，居于内阁之上，作为最高的中枢决策机构，互相牵制。议政王大臣会议是维护满族贵族特权地位的机构，也称国议。其成员由满族贵族诸王及总理旗务大臣组成。后来历代皇帝为提高皇权，不断对王公、旗主势力加以削弱，再加上后来议政王大臣“半皆贵胄世爵，不谙世务”，议政制度慢慢衰落下来。雍正帝即位后，对诸王的权势作了进一步限制。首先他收回诸王的军权，接着在雍正七年（1729）设立军机房，命怡亲王允祥、大学士蒋廷锡、张廷玉等密办军需事宜，赞襄军务。雍正十年（1732）军机房正式改称为军机处，秉承皇帝谕旨办理各种机要事务，取代议政王大臣会议，成为处理军国大事的常设核心机构。军机处的设立，标志着清代皇权进一步提高，封建专制已达到了登峰造极的地步。在阿尔泰山以西游牧，喀尔喀部在阿尔泰山以东游牧。清政府与准噶尔部割据势力之间的矛盾暂时得到缓和，以后维持了20年的和平局面。
1735雍正帝去世
