早上朱由检刚用完早膳，东厂提督曹化淳就匆匆来汇报派发单刀和白银给虎字营事宜。曹化淳说天津巡抚马运泰将天津马头营调拨给虎字营作为驻扎训练之地，黑云虎已经率领虎字营将士进行训练。
朱由检听了之后，让曹化淳继续派遣东厂暗哨，暗中监督虎字营训练情况，并每日汇报。
曹化淳答应后，又问：“陛下，魏忠贤和崔呈秀尸体已经停放几天。现在天气开始回暖，尸体停放太久也不是很好。不知道陛下是否有了处置方案。”
朱由检没有当场给他答案，而是表示明天派人告诉曹化淳如何处置。
魏忠贤，这个在明代史书受到严厉鞭笞的人，一度成为明朝灭亡的最大责任人。阉党一度成为黑恶势力的代名词。
但朱由检在历代史书中，对比了历代权臣，发现魏忠贤并没有《明史》所说的那么恶劣。抛开个人感情因素，客观去看待魏忠贤，如今成为朱由检要面对的问题。
魏忠贤作为阉党首领，如何处置成为朝廷官员观望风向的标签。是东林党重新掌控朝廷，阉党倒台；还是阉党安然度过这次危机，保持目前朝廷两党斗而不破的形势？这是目前朱由检面临的最大政治问题。需要非常谨慎的处理。
朱由检不得不检阅魏忠贤的一生，评判其是否罪大恶极。
魏忠贤，因为少年经常被欺负，愤怒之下而入宫为太监，改名字为李进忠。天启皇帝即位、李选侍移宫当日时，魏忠贤曾因为涉嫌乾清宫珠宝盗窃案而被下狱。当时天启帝和王安一心要把魏忠贤等8人乾清宫盗窃案嫌犯处死，只是因为刑部尚书黄克瓒以没有足够证据为由不同意，加上宫内太监、宫女恐惧之下，散播天启帝恶毒对待养母李选侍、李选侍因此几次自杀、李选侍女儿跳井自杀等谣言，引发御史贾继春上书要求天启帝善待养母李选侍，引发外界对移宫案的压力。最后时间长了，事情淡忘了，魏忠贤才得以死里逃生，从牢里出来。
党争问题，不是魏忠贤引起的，最早要追溯到明神宗的国本之争。明末三大案，梃击案、红丸案、移宫案都是东林党党争胜利的表现。阉党，也并非魏忠贤主动去组建，而是反对东林党的其他朝廷官员为自保而以魏忠贤为中心自发形成的。
可以说，在明朝历代掌权太监中，魏忠贤是最没有野心、最不积极的权臣。相比王振积极以明英宗老师的身份发挥作用，发动麓川之战和土木堡之战；提督内厂的汪直，一心要在边境作战立功；刘瑾更牛，联合部分文官，主动发起改革，以太监作为监督之手，解决文官系统行政效率低下问题，顺便为明朝增加罚没收入。
魏忠贤他做了什么呢？魏忠贤自己一毫无政治野心，更没有政治头脑。相比读书的王振，魏忠贤不识字；相比一心要建立军功的汪直，魏忠贤虽然支持边将，但并没有表现出积极收复辽东的进取心，更多的是调度支援的行为；相比一心要推动改革的刘瑾，魏忠贤自己并没有提出过什么新政，很多建议都是阉党的文官提出的，魏忠贤要做的就是采纳而已。
魏忠贤个人真正做的事情是：
1、在后宫挑选壮健太监，训练他们练习火铳，即内操；
2、派遣太监作为边镇监军。这在明成祖朱棣时是普遍现象，并非魏忠贤首创，不过是恢复而已。
至于其他事情。如熊廷弼被杀一案，熊廷弼被三法司判出死刑时，是东林党执政而非阉党。魏忠贤只是用熊廷弼一案作为打击东林党的工具，以东林党救护熊廷弼作为罢免东林党官员的理由。
杨涟、左光斗之死，是双方党争的结果。杨涟不顾一心要调和东林党和阉党党争矛盾的叶向高劝告，以24条大罪弹劾魏忠贤，魏忠贤因此对杨涟、左光斗下重手。当时的情况就是，要么魏忠贤被以24条大罪被处死，要么杨涟、左光斗被处死，没有第三条道路。拿杨涟、左光斗之死来说明魏忠贤罪大恶极是不恰当的。
朱由检静静想着魏忠贤的一生。既非大奸大恶之人，更非有野心有进取心的能臣。这就是朱由检对魏忠贤的评价。若非东林党打击不认同东林党观念的官员太过，这些官员也不会为了自保而以魏忠贤为中心组成阉党，反击东林党。
因此，朱由检决定党争必须随着魏忠贤的死而结束。要结束党争，就必须既用东林党，也用阉党，让双方保持平衡的良性竞争，对意图挑拨党争的官员进行严肃处理。平反东林党的冤案，但不处理非直接相关的阉党成员，避免扩大化。这是结束党争的办法，避让一党当权，进而报复打击另一党造成政局不稳。
要平复东林党冤案，首先必须平复熊廷弼案——很多东林党官员都是因党护熊廷弼为罪名而被罢免。
那么以什么理由平复熊廷弼案呢？朱由检陷入新的烦恼——熊廷弼是经过三法司会审判决死罪的。没有合理的理由不能平复熊廷弼案。况且，如果说熊廷弼无罪，那么还在牢狱中的王化贞是否无罪呢？是否要释放呢？
于是朱由检让王承恩拿来熊廷弼案卷宗。研究半天后，朱由检发现了熊廷弼案的一些关键点：
1、广宁失守，主因是王化贞主战且不懂军事。在西平堡被围攻时，派遣广宁全军救援，并没有留下部分军队留守广宁，导致西平堡陷落后，明军士气跌落而军溃，不得不弃守广宁。熊廷弼作为上级是负有责任，但三法司会审判处熊廷弼死罪是基于熊廷弼和王化贞同罪基础，混肴主次之分，判刑并非基于事实。
2、天启帝对王化贞、熊廷弼早期处理不同：王化贞被逮捕、熊廷弼罢职回籍听勘。这个处理就显示出了广宁失陷熊廷弼和王化贞二人责任主次问题。
3、三法司会审时顾大章认为熊廷弼受到掣肘且朝廷忽略熊廷弼先见之言，因此熊廷弼不应和王化贞同罪，建议判处王化贞死罪、熊廷弼戍守边疆。
4、熊廷弼案并没有以明朝刑法规定的三覆奏程序。
于是朱由检找到了平复熊廷弼一案的理由。
第二天，曹化淳接到了朱由检的旨意：“魏忠贤尸身，就按老死宫里惯例悄悄埋葬；崔呈秀尸体，给回其家人安葬。”
同时内阁也接到朱由检的旨意，要求以三法司判决熊廷弼一案不分主次、事实不清晰且熊廷弼处死并未完成三覆奏持续为由，平反熊廷弼案。
这道旨意让朝臣们很是吃惊：魏忠贤一死，不是应该首先平反东林党吗？何以先平反熊廷弼？
但朝臣们也不好说什么。原因很简单：防守广宁的王化贞还在牢里好好的活着，而熊廷弼连枯骨都没有得到收葬。不公平显而易见。东林党成员因为很多东林党人因为熊廷弼一案而被罢免，自然支持平反熊廷弼一案。阉党成员则因为活生生存在的王化贞，难以找到反对平反熊廷弼的理由。
于是平反熊廷弼一案就在朝臣的震惊和尴尬中进行了。没有公开的赞成，也没有公开的反对。
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