《中俄尼布楚条约》签订后，康熙帝决定对西北用兵，平定进犯漠南的准噶尔部。
那时候，蒙古族分为漠南蒙古、漠北蒙古和漠西蒙古三个部分。除了漠南蒙古早就归属清朝外，其他两部也都臣服了清朝。准噶尔部是漠西蒙古的一支，它的首领噶尔丹很有野心，他把漠西蒙古的其他部兼并的兼并，挤走的挤走，控制了阿尔泰山地区，又向东进兵，企图占领漠北。
漠北蒙古抵抗一阵后失败了，几十万的漠北蒙古人逃到漠南，请求清政府保护。噶尔丹以追击北征督运图册（局部）漠北蒙古为名，大举进攻漠南。
康熙帝见噶尔丹这样猖狂，非常气愤，觉得如果任噶尔丹得寸进尺，漠南的内地将不得安宁，便决定征讨噶尔丹。
公元1690年，康熙帝亲征噶尔丹。清军兵分两路，右路军队先接触噶尔丹军，打了败仗。左路清军反击，在乌兰布通将叛军杀得七零八落，狼狈而逃。
噶尔丹一看形势不利，就假意求和，带领剩余的兵士逃回漠北。但噶尔丹并不死心，他暗地里招兵买马，扩充势力，并扬言从俄国借来6万枪兵，要大举进攻内地。
公元1696年，康熙帝第二次亲征，分三路夹击噶尔丹。噶尔丹一见清军队伍整齐，军旗飘飘，知道无力对抗，就连夜下令拔营逃走。康熙帝一面指挥清军紧紧追击，一面命令东西两路清军火速行军，在半路上截住噶尔丹。两军在昭莫多相遇，清军前后夹击，大败噶尔丹。噶尔丹率十几名骑兵脱逃。
康熙帝两次亲征噶尔丹，消灭了噶尔丹的大部分力量。为了北方的安宁，康熙帝原想要噶尔丹归顺，但噶尔丹野心不死，还想找机会南侵。为了彻底解除威胁，公元1697年，康熙帝第三次西征。这时候，噶尔丹原来的根据地已经被他的侄子策妄阿拉布坦趁机占领，并向清政府表示忠顺，得到康熙帝的支持。噶尔丹的左右亲信听说清军来了，也纷纷投降。噶尔丹走投无路，只好服毒自杀了。
从此以后，清政府重新控制了漠北地区，赐给当地蒙古贵族各种封号和官职，又设立乌里雅苏台将军，统辖漠北蒙古。北方的边境安定下来了。
