龚自珍在批评时政、呼吁改革的活动中，找到了一位知心朋友，这就是与他齐名的另一名近代著名改革派思想家魏源。
魏源（1794-1857年），字墨深，湖南邵阳人，比龚自珍小两岁。他和龚自珍的友谊，有其与龚自珍大体相同的经历和思想作基础，直到1844年（鸦片战争后的两年，龚自珍已去世），才中进士，52岁在江苏东台、兴化任知县，59岁任江苏高邮州知州，64岁去世。他多年在大官僚手下作慕僚，受他们委托，对当时财政、盐务、漕运、水利、外交、军事等方面的问题，作了大量的调查研究并提出解决办法，致力于经世致用之学，这使他和龚自珍一样，对社会危机的严重有深入的了解，因而呼吁改革，认为“变古愈尽，便民愈甚”《治篇五》。
魏源的性格冷静沉着，在大庭广众之中往往持重寡言，不轻易发表见解；龚自珍则豪放爽朗，不管什么场合都慷慨陈词，言多讽刺。然而性格上的差异并没有影响二人终身的友谊。两家子弟，都彼此用伯叔兄弟相称，而不用姓。两人还约定，谁先过世，另一人就为他编定文集。后来龚自珍先过世，魏源就义不容辞地为他编定了文集，并作序。
二人最初相识是嘉庆二十四年（1819年）。当时魏源26岁，从湖南来到北京参加顺天乡试，恰好这时28岁的龚自珍也从上海来北京参加会试，更巧的是二人都在应试的同时向刘逢禄学习《春秋公羊传》，于是成为志趣相投的朋友，且常常彼此邀约聚会，或一起参加其他朋友的聚会。
道光三年（1823年），龚自珍和魏源都参加会试，也都未考取，魏源作《不遇风云终不成》一诗议论此事。在诗中，魏源把自己和龚自珍与刘备、曹操、诸葛亮、司马懿等三国时代叱咤风云的人物进行类比，用刘备虽“百战百败”而曹操赞许他为英雄、诸葛亮虽“六出六衄”而司马懿畏惧他如“卧虎”的历史传说，意味深长地和龚自珍互相激励。他还说，会试失败的原因并不是他们没有“才力”，而是由于条件不成熟，“以时势造英雄”自励，也鼓舞龚自珍不要气馁，等待时机。这年魏源去北口提督杨芳家生馆教学，他去后，龚自珍感到十分寂寞，又对他能有机会出塞一游表示羡慕，并希望他能早日返京，“一话塞上风景”。
道光六年（1826年），龚自珍和魏源都在京参加会试（龚是第五次，魏是第二次）。他们的老师刘逢禄是这次会试的主考官之一，发现其中有两份考卷是“经策奥博”，估计为他们二人所作，便极力推荐，但还是未能录取。为此，刘逢禄作《伤浙江、湖南二遗卷诗》为龚自珍、魏源鸣不平，可见其惋惜之情。因为这二人早就文章出众，呼吁改革，现在又有前辈推荐和赞誉，所以这次虽未考取，却出了名，人们并称“龚魏”就起于此时。
道光六年，魏源在江苏布政使贺长龄处做幕友，协编了一部文集——《皇朝经世文编》。这部书根据有“实用”，能“救时”的原则，选编了自清朝开国到道光初年的一千三百多篇文章，包括学术、治体、吏政、户政、礼政、兵政、刑工、工政八大类。魏源特别注意收集进步思想家的文章，把龚自珍的《平均篇》《乙丙之际箸议》等代表作，也收进了这部丛书，可见他是把龚自珍的作品当做研究社会问题的重要参考资料。
道光九年（1829年）年初，魏源作诗《客怀八首柬龚定庵舍人》，抒写自己和龚自珍的友谊及效力国家的共同抱负。这一年的春天，龚自珍和魏源都参加会试，龚自珍中进士，仍任内阁中书舍人，魏源未考取，但按例花钱捐了个“内阁中书舍人候补”。此后的两三年里，他们利用两人都在藏书丰富的内阁任职的机会，一起研究历代政治制度和西北历史地理。魏源还在道光十年（1830年）作《答友人问西北边域书》，是篇一万多字的长文，力陈开垦边疆、设置行省、经营国防的重要意义，基本精神和龚自珍的《西域置行省议》一致。
道光十一年（1831年）以后，魏源因筹办盐务经营票盐发财，就在扬州新里建筑有种种“竹木池亭之胜”的熄园。道光十九年（1839年），龚自珍辞官南归过扬州与魏源重逢，二人畅论鸦片战争前夕时政，无限悲愤。魏源以所辑《明代食兵二政录》求教，龚自珍为熄园书一楹联赞扬魏源：“读万卷书，行万里路；综一代典，成一家言。”自此，二人交往更密，龚在去世的当月，还曾赴熄园并给魏源的侄女题诗留念。
龚魏二人友谊很深，但看到对方有妨碍事业的缺点时，也会坦率提出，进行帮助。例如当魏源受到提倡文词雅洁的桐城派的不良影响时，龚自珍曾为此写信给魏源，极力规劝他不要为琐碎的考证所累，而要眼光远大，用综合百家的研究方法来做学问。又如魏源对龚自珍过于狂放不羁的个性也曾写信劝告，信间言辞恳切。
早在鸦片战争爆发前17年（1823年），龚自珍就洞见英国殖民主义者对中国怀有侵略意思，因此他赞许阮元在两广总督任上时为对付英国殖民主义者而事先做好准备。他尤其憎恶英国商人对中国进行鸦片贸易，称鸦片为“食妖”。在同一年写的《农家》，提出鸦片不但不准进口，内地也不准种植，种植者要斩首，并没其家族为奴，同平刑杜绝。鸦片战争前4年（1836年），他在《赠太子师兵部尚书两广总督溢敏肃涿州卢公神道碑铭》中说：“维海之西，有英吉利，隆鼻高眶。环伺澳门，以窥禹服，十五其樯”，对英国侵略一直保持高度的警惕。
道光十八年（1838年）十一月，林则徐被任命为钦差大臣，由北京前往广州禁烟，龚自珍知道后便前去拜访，因种种不便，不能畅谈禁烟之事，只好写成文章《送钦差大臣侯官林公序》送给林则徐。文章表达了龚自珍对关系到国家根本利益的禁烟大事的严重关切；从政治、经济和军事等方面为禁烟运动筹划了一套完整的方案，提出了一系列积极建设。包括“三种决定义（决定性的意见，必须办到的事），三种旁义（参考性的意见），三种答难义（驳斥性的意见），一种归墟义（归结性的意见）”。
在第一项“决定义”中，龚自珍认为中国自古以来“食货并重”，即农业和货币同样重要，而根据目前的情况更应重视货币问题。他说：“自明初开矿，四百余载，未尝增银一厘”，而每年由于人事和火患约耗银三四千两，何况现在白银外流严重，再不设法制止，国家财政就会因为货币不足而愈加困难。制止白银外流的办法就是严禁鸦片贸易。
在第二项“决定义”中，龚自珍论述了吸食鸦片的危害，应该严禁，对犯禁者处以极刑。
在第三项“决定义”中，龚自珍预计到要坚决禁烟，就须杜绝烟的来源，这必然会引起英国侵略者和中国“奸民”的破坏捣乱，因而要林则徐“此行宜以重兵自随”，准备武装斗争。
三项“旁义”的第一项是在外贸问题上，反对输入鸦片和无益国计民生的奢侈品，这样以保护中国的民族经济。“旁义”的第二项主张维持正当的外贸关系。“旁义”的第三项指出，为准备武装斗争，“火器宜讲求”，要林则徐“多带巧匠，以便修整军器”，巧匠可在京师、广州物色。
龚自珍明白，禁烟运动中一定会有“忌阻”者出来非议，于是他对这些可能有的非议一一驳斥。
有的“儒生”可能会非难说：中国自古以来的经济理论是“食急于货”，不必多考虑白银外流的货币问题。那么，可以这样驳斥他：“食固第一，货即第二”，并不是说“货”不重要，而是当务之急是禁银出海。
有的海关“关吏”可能会非难说：不进口呢羽钟表之类的贵重品，国家的税收就会减少。那么，可以这样驳斥：可“将关税定额，陆续清减”，而且杜绝奢侈品进口，对于国家是“所损细，所益大”。
有的“迂诞书生”可能会非难说：我们应办事“宽大”，“必毋用兵”。那么，可以这样驳斥：我们为禁烟而用兵，是把侵略者从我们边疆上赶走，根本不是什么“开边衅”，因而必须“取不逞夷人及奸民，就地正典刑”。
龚自珍在驳斥了投降派的论调，伸张了禁烟自卫战争的正义性之后，还忧心忡忡地提醒林则徐，要注意那些“黠猾游说，而貌为老成迂拙”的人出来阻挠禁烟。这种人一旦发现，千万不可手软。
赠序的最后是一项“归墟义”，他希望林则徐把禁烟运动坚持到底，衷心祝愿林则徐取得成绩，并以“两年”为期，期待林则徐完成使命后能出现一个“中国十八行省银价平，物力实，人心定”的大好局面。
禁烟，在当时是一项极为艰巨的任务，内外上下阻力都很大。这些阻力不仅来自牟取暴利的英国侵略者和中外鸦片贩子，也来自清朝从中央到地方借鸦片走私，营私舞弊受益的大小官吏。特别是满族亲贵和嫉妒林则徐声名的有权势人物的暗中破坏中伤，不易提防。当林则徐受命为钦差大臣时，投降派首领，首席军机大臣穆彰阿深为记恨，而林则徐表现出置生死于不顾的凛然气概。所以，在这样严重的历史关头，龚自珍写信给林则徐，是对林则徐精神上很大的支持，有胆识，有魄力。
龚自珍还打算追随林则徐南下，投身禁烟抗英斗争。林则徐对龚自珍的爱国热忱和深切激励十分感动，然而考虑到禁烟斗争的复杂性，他不忍心让龚自珍随自己去赴汤火之役，以“事势有难言者”为由，托别的友人婉言劝阻了龚自珍的广东之行。
林则徐在南下的车轿里仔细研究了龚自珍的意见，并写信答谢龚自珍，称龚自珍“责难陈义之高，非谋识宏远者不能言，而非关注深切者不肯言也”。并表明要毫不妥协地和外国侵略者作斗争。他感谢龚自珍的激励，表示龚自珍对他的鼓励“足坚我心，虽不才，曷敢不勉！”
不久，本来俸禄极微薄的龚自珍又因得罪穆彰阿而被罚俸，生计日益困窘，他为此“肺气横溢”，“呕血半升”。自忖在京师难有作为，遂决计南归。离京时仅雇车两辆，一辆载书一辆自乘。后又北上接还眷属，安置在昆山羽陵山馆。归途中感慨甚多，写下七言绝句315首，将平生身世经历、思想著述、师友交往、旅途见闻一一写入诗中。因这一年是夏历己亥年，便名为《己亥杂诗》。《己亥杂诗》因“九州生气恃风雷”一首而为世人熟知，再录三首，以供读者了解大概。
这首是表现自己真实心境的：
浩荡离愁白日斜，吟鞭东指即天涯。
落红不是无情物，化作春泥更护花。
这首揭露封建统治者对劳动人民的残酷剥削：
不论盐铁不筹河，独倚东南涕泪多。
国赋三升民一斗，屠牛哪不胜栽禾？
这首深情怀念林则徐，热望为禁烟斗争出谋划策：
故人横海拜将军，侧立南天未蒇勋。
我有阴符三百字，蜡丸难寄惜雄文。
