《史记》是一部可信的著作，是历史的实录。作者根据的史书有《左传》《国语》《世本》《战国策》《楚汉春秋》等。由于能进入皇家图书馆，他手头的资料十分丰富，他还根据儒家的《六经》来校正这些资料，判别其真伪。
东汉末年以后，王允和魏明帝曹睿等说《史记》是一部“谤书”，即诽谤汉朝皇帝的作品。根据这个理由，王允还杀了正在续写汉史的文学家蔡邕，免得蔡邕今后写书诽谤汉室。司马迁虽然因替李陵辩护，被处以残酷的肉刑，这次事件反而赋予他的生命另一种原动力，使他能够以冷静的眼光观察汉武帝，不再盲目崇拜这个专制帝王，于是，司马迁便据实书写汉武帝的错误和过失。他揭露武帝任用酷吏，严刑峻法；征伐四方的少数民族，穷兵黩武；封禅求神，愚昧迷信；以致国家由盛转衰；司马迁的这种写法是“直书其事”，还历史以本来面貌，不是诽谤。正是因为司马迁在写《史记》时不掩饰君王的过失，所以他才能被称为良史之才。
司马迁虽然推崇孔子，但是他在评价各种事物时，不受儒学的桎梏；在写《史记》时，许多地方采用道家的观点。如在《酷吏列传》中他引用老子的话：“法令太多太繁杂，盗贼反而多起来。”这是用老子的思想批判现实。
司马迁遭李陵之祸，面临重罚，因家贫，无钱赎罪，他平日交游的朋友虽多，可临到关键时候，谁也不救他，最后他只好承受腐刑。他在临刑之际，多想有个侠义之士前来救他啊，可是大侠始终未出现，于是，在写《史记》时，他为游侠作传，歌颂那些“其言必信，其行必果”的好汉，推崇他们对已作出的承诺必定履行实现的高贵风尚。
司马迁受到腐刑的时候，发出“千金之子，不死于市”的感叹。意思是说，如果家中积蓄了千万的财富，即使自己被判死刑，也可用钱赎罪，免于斩首于街市的结局。在写《史记》时，他为从事商业活动的人士作传（《货殖列传》），意在表彰经济领域的成功者。他从社会的观点看，认为农、渔、工、商都不可缺少，所以轻视商业活动是毫无道理的。他在《货殖列传》中，既讽刺鞭挞了金钱万能的社会，又强调了物资生产、商品流通的重要性。在《平准书》中他也讲到武帝时经济制度、政策等。史家着眼于经济，司马迁开其端。
司马迁在《报任安书》中，说明他写作《史记》在史学上要达到的高度：“究天人之际，通古今之变，成一家之言。”就是说，要探讨自然现象与社会政治的关系，通晓古今的历史变革，使之成为有创见有体系的著作。
在探讨自然现象与社会政治的关系方面，董仲舒主张“天人感应”，认为自然与人事互相关联，互相影响。司马迁的看法与董仲舒的思想有很大的距离。他坚持实事求是的精神。实录历史事实，因此对一些虚妄迷信的说法，往往持怀疑以至批判的态度。他说，讲述占星学和气功的书，多半杂有臆测的成分，荒诞不经。他还说，有关荆轲的事迹，世间流行一些怪异的说法，例如说燕太子丹（荆轲的主子）被扣留在秦国，秦王说只有天降粟米、马头生角，才放他返回燕国。太子丹听了，仰天长叹，天受到感应，果然降下粟米，马的头上也生出角来，秦王见此异象，心存畏惧，只好放他回国。司马迁认为，这种传说，和史实出入太远了。在《伯夷列传》中，司马迁问道：“倘所谓天道，是邪？非邪？”明显地表达了他对“天道”的怀疑。
“通古今之变”的目的着眼于现世和未来，以古为鉴，所谓“前事不忘，后事之师也。”这句话是说，从前的错事不忘记，即是以后行事的老师。司马迁所说的“从前的错事”，主要指汉朝以前的秦朝。他在《秦始皇本纪》《李斯列传》《蒙恬列传》中，详细记述了秦王朝从建立到崩溃的过程。令人信服地表明，极端的皇权专制主义既可以威声显赫盛极一时，也可以因君主的驾崩而顷刻瓦解。秦朝灭亡后，刘邦没有吸取历史教训，依照秦朝的制度，建立起汉朝的专制统治，司马迁在《史记》中用可靠的史实证明，汉朝是在陈涉、项羽、韩信、彭越、英布建立的功业的基础上建立起来的，刘邦使用手段，取得政权后，提出“非刘姓不王”，将天下变成刘姓一家的天下，先后把非刘姓的诸王，如韩信、彭越、英布等逐个加以消灭。司马迁对此颇为反感。专制统治不会永存，汉朝建立几百年后，在农民起义中瓦解，司马迁似乎预感到这一点。
如上所述，《史记》是一部思想超前、空前绝后、登峰造极的历史著作，时至今日，没有哪本历史书能超过它，所以鲁迅称赞它为“史家之绝唱”，不无道理。
司马迁不但是史学家，而且是文学家。《史记》是在实录史实的基础上刻画典型形象的传记文学。在司马迁笔下，人物个性鲜明，一个个呼之欲出。像项羽的叱咤风云、刘邦的豁达大度、樊哙的勇猛粗犷、周勃的木讷厚重、张良的谋略、陈平的奇计、李广的善射、张汤的残酷等，以及古代人物如信陵君的谦恭、蔺相如的智勇、廉颇的忠诚、屈原的志洁、荆轲的悲壮，等等，各色人物都有极成功的刻画，给人留下深刻的印象。
司马迁为文章大家，古今同论。唐宋八大家掀起古文运动，把《史记》树立为追慕学习的典范。中国古典小说，人物传记性、故事性特别强，正是受《史记》影响所致。
清朝才子金圣叹曾经将中国自古以来的文学作品，排列名次。据他的见解，第一名是屈原的《离骚》，第二名是战国哲学著作《庄子》，第三名就是司马迁的《史记》，第四名是《杜甫诗集》，第五名是《水浒》，第六名是《西厢记》。这六种文学作品都被他称为“才子书”。这是一家之言，但很有趣，流传甚广。按金圣叹的看法，自古以来，惟有这六位作者，才能称为才子。司马迁本是历史学者，其在历史界的创始作用，自不待言，而就文学才气而言，也被金圣叹列为古今第三位大才子。这种评价也反映出司马迁在中华文化中的地位。
《史记》的讽刺艺术也是有目共睹的。在司马迁的笔下，汉高祖刘邦和汉武帝刘彻都是十分精彩的讽刺对象。刘邦是汉朝的开国皇帝，确有才干。可是他出身亭长，又缺乏文化教养，故而身上沾染了种种恶习。司马迁不为尊者讳，他尊重史实，将所搜集的材料都组织了起来。于是刘邦如何好酒色，欠人酒账不还，如何大话骗吃喝，种种无赖行为都活灵活现地展现在人们面前。
司马迁在著述中，提出了作家为什么要写作这个问题。他有一段著名的文字：
“从前周文王被商朝的纣王囚禁在羑里，写作《周易》；孔子有被围困在陈国和蔡国之间的痛苦经历，回家后才提笔写作《春秋》一书；屈原遭到放逐，才写作长诗《离骚》；左丘失明后，才写作《国语》；孙子受到膑脚（去掉膝盖骨）之肉刑，才著作《兵法》；吕不韦被贬流放，才整理好《吕览》一书，使其流传天下；韩非被囚禁在秦国后，才将他的作品《说难》《孤愤》修订成不朽的文章；《诗经》三百篇，大多数是圣贤们发泄自己愤慨的作品。这都是当一个人有种种痛苦的感觉郁结在心头，无法发泄的时候，他便讲述往事，以使后来的人们深思。”
根据这一段话，我们可以推知，在司马迁看来，一个有成就的作家，他的作品都产生在他政治上被排斥、被打击、被迫害、被摧残的时期。由于政治上的被迫害，便使他对迫害者产生强烈的不满，因此借著述来抒发他的愤懑和不平，即借著述来控诉迫害者。所以一个作家受迫害越深，他的愤慨、不平就越强烈，他作品的内容也就越幽愤深广。诗三百篇、《春秋》如此，屈原、韩非等人也是如此！司马迁所受的刑罚是最下等的最见不得人的腐刑，为了完成自己不朽的著作，他承受这种极端残忍的刑罚而不表露出愤懑来，隐忍苟活。他发愤所写的《史记》，可以说是一部对汉武帝统治的控诉书！
《离骚》是屈原对楚怀王的控诉诗，《史记》是司马迁对汉武帝的控诉书，所以鲁迅把《史记》比作“无韵之离骚”，恰如其分。
