五月底，刘松山的大军已经陆续到达古城。那时金顺一军驻在古城西边九十里处的济木萨，刘松山轻骑赶了过去，与他会商攻取乌鲁木齐的事宜。金顺是新疆满人中能征战的，所以左宗棠特意奏请任命他为西征军务帮办，刘松山出关时左宗棠一再叮嘱，要他给金顺面子。
金顺对乌鲁木齐的情形比较清楚，此地只有数千人，并不是叛军据守的重点，他们都云集在乌鲁木齐东北的古牧地，由阿古柏的管家阿斯图统领。
临出关前，左宗棠把收留的当地人拨了十几个给刘松山，其中就有古牧地一带的。他们对当地情形十分熟悉，说从古城进攻古牧地，有两条路可走。大路便于大队人马行军，但水源奇缺；小路则水源丰富，但地势复杂，易守难攻。
刘松山派出的哨探回报，说叛军已在小路要地黄田筑卡布栅，防守十分严密，大路上却只有几十名游骑，目的是诱官军走大路。他和金顺商议之后，决定将计就计，从小路进军。
为了迷惑敌人，他们派出数路人马到大路上寻找水源，开挖水井。他还将作战计划报给左宗棠，左宗棠看了之后完全同意。
为了防止敌人四处窜逃，左宗棠令一支人马进驻敦煌、惠回堡、青山口，这一方面可以保护粮道，一方面可以防御敌军逃窜陕甘。他还奏请朝廷命塔尔巴哈台、科布多、乌里雅苏台的领兵大臣严加防守，防止敌军逃入漠北。
做好这些准备之后，他又叮嘱刘松山——凡山径小道可通行人者，亦应严密防守，务期滴水不漏。千里之堤，毁于蚁穴，万不可大意。并严禁滥杀，当地人在叛军的淫威下为其做事，也是迫不得已，只要他们弃暗投明，一律宽大处理。
一切准备就绪，大军兵分两路西进。一路由刘锦棠率军沿大路继续迷惑敌人，另一路由刘松山率精锐沿小路星夜疾行。他们半夜就到达了黄田，并抢先占领了城外的山岗，架起大炮，吹起了号角。
此路敌军以为官军已走大路，早就不以为意，防守十分松懈。没想到官军天降，因此惊惶失措，稍作抵抗后就抛弃辎重，狂奔而逃。
官军跟进追击，一直追到古牧地。在城外，他们正遇到阿古柏派来的两千增援骑兵。刘松山命令军队兵分两路，一路阻截援敌，他则亲率大军攻打古牧地城外的石垒。在炮轰枪击职下，敌军很快就抵挡不住了，弃垒入城。
阿斯图见状，便派人向刘松山求降，并把将士花名册都献了出来，表示只求一条生路，投降后他本人将回到浩罕，永不踏入新疆，而且还将劝说阿古柏也回浩罕。
将领们都认为此间有诈，劝刘松山不可轻信。刘松山一则有当年收复董福祥的先例，二则也是顾惜部卒的生命，所以决定接受阿斯图的投降。
到了约定日期，阿斯图所部移交马匹军械，刘松山亲自过来验看。马匹送过来千余匹，军械在堡外堆了一大堆，最后还有十几个人推着几门大炮出堡了。
哪来的炮呢？递交的降册上并没有载明。刘松山正在疑惑，这几门大炮同时轰响，炮弹就在刘松山的身边爆炸，亲兵把他抢出来时，他的大腿、胸腹都被炸伤了，没过多久就断了气。堡中又冲出几百敌军，人虽不多，但个个用的都是洋枪，火力也很猛，刘松山的部队只好仓惶撤退。
刘锦棠因为在大路诱敌，所以行军较慢，他得到叔叔阵亡的消息时，立即快马加鞭赶到古牧地。此时刘松山的部队群龙无首，全线撤退了二十余里。幸好刘锦棠赶到，从容布置一切，召集众将，宣布奉左宗棠帅令——刘松山如有不测，就由刘锦棠统率大军，人心一时稍定。
刘锦棠年纪虽不到三十，但已跟刘松山征战十余年，与营中诸将渊源颇深，又好学，又凶悍，威望直逼其叔，他接统大军，无人敢说二话。然后他再写信向左宗棠报丧，并请恕私统大军之罪。
危机暂时渡过了，但阵折大将，对全军士气影响极大，军中弥漫着沮丧的空气。再加上数月未发全饷，士兵们早已是怨气冲天。这时营中哥老会组织借机挑拨，鼓动兵勇叛乱求生。
哥老会源于两湖军中，入会者不论何营何哨，只要亮出身份，便亲如兄弟。他们不认营哨官，只讲兄弟情，这对军令破坏很大。因此，当两位哥老会首领向会众们发话后，两营中的哥老会成员三百多人纷纷响应，他们挟持了营哨官，只等天亮就出营。
刘锦棠在各营中都安插了眼线，他得到消息后，吩咐两个炮营一个骑营立即赶往叛乱的营地，他自己则只率了十几名亲兵先行。到达叛营时，有人前来阻拦，刘锦棠手起刀落，连斩数人，便把叛军镇住了。哥老会头目见他只带十几人，因此并不怕，道：“少统领，您总要给我们一条活路吧？”
“出路千条万条，唯独没有造反叛乱这条。老统领刚刚战死，你们不思报仇雪恨却如此糊涂，对得起谁？”刘锦棠怒斥道。
哥老会头目狡辩道：“少统领这话就错了，当兵首先是为了拿饷，八个月都不发饷了，谁又对得起我们？我们家中有老有小，难道让他们喝西北风去？朝廷拨了上万的银子，都哪里去了？怕是都入了私囊吧？统领们不顾弟兄们死活，我们自然要自己想办法。”
“各省协饷迟迟不到，大帅也是一催再催，大帅是何人？他绝不会贪墨了大家的饷银，这一点本将非常确信，你们心里也都有数，闹饷不过是你们的借口罢了。你们要是不愿上阵杀敌，就明白提出来，本将大可以放大家走。但你们要为匪甚至投敌，本将绝不答应。”
哥老会人多势众，领头的并不畏惧，又问道：“少统领十几个人能挡得住我们吗？”
刘锦棠虽然心里没有把握，但仍然面不改色道：“本将已派两个炮营和两个骑营将这里团团围住，现在是一只鸟也飞不出去。”随后，他让亲兵发信号，一支“二踢脚”随即蹿到空中。那时骑营刚刚赶到，立即点起火把，到处一片火光。他们又骑马飞奔，让营内看不清他们到底有多少人。
但刘锦棠知道炮营一时半会还赶不到，凭现在的人马也没有必胜的把握，因此又好言抚慰道：“你们愿走的尽管站出来，本将绝不为难，还要给你们发两月的满饷。欠饷也会在路上一站一站发给你们，到你们回家前，必定一分一厘不少。为什么呢？就是怕一次发给你们都挥霍了，然后空手回家，如何对得起老婆孩子？你们这帮王八蛋，打仗没得说，可花钱也是大手大脚，本将还不知道你们！”这一通骂下来，哥老会的人还真以为刘锦棠要送他们走。
刘锦棠又环视了他们一周，大声道：“你们要走的马上站出来，先在本将大帐中取银子，把两个月的满饷发了。”
话音刚落，哥老会的人就全站了出来，再加上个别不想打仗的士卒也站了出来，足有四百多人，刘锦棠立即命亲兵回营押六千两现银来，还对两位被叛军控制的营官道：“你们连自己的人都带不好，还当什么营官？带上你的人，都给本将滚！”
那两位营官带上自己的人撤走了，刘锦棠则围着火堆坐了下来，从容地与哥老会众们闲谈，也是大发牢骚，怪大帅，怪朝廷。哥老会的首领不解，问道：“少统领刚才还骂我们，这会儿怎么也发起牢骚来了？”
“此一时彼一时嘛，你们这些王八蛋马上就不是本将的人了，本将又何必再揣着，说几句掏心窝的话又为何不可？”刘锦棠故意不以为然道。
哥老会首领信以为真，就劝刘锦棠入会，说他们宁愿让出大哥的位置。
刘锦棠笑着推辞道：“征战这么多年，本将也疲倦了，真想跟你们去过无拘无束的日子。但老叔刚阵亡，这个仇本将总要先报了再说。将来要是入会，你们可不要食言就是。”
就这样聊了大半个晚上，这帮叛军不仅被刘锦棠稳住了，还真拿他当自家兄弟一般。
天亮了，刘锦棠叫来一名亲兵，让他出营传令，让开一条路，准备让弟兄们走，再催快些把饷银运过来。过了不到一个时辰，四匹马驮着饷银就运来了，白花花的银子在营地上堆着。刘锦棠让两位哥老会首领负责发下去，他们又找了十几个人，分头负责发饷，刘锦棠则趁乱出了营。等哥老会的人发现时，为时已晚。两个炮营同时开炮，营内校场上顿时血肉横飞，鬼哭狼嚎。有人想向外冲，也被乱枪打成了马蜂窝。
随后刘锦棠带人入营，指着横七竖八的尸体道：“老统领尸骨未寒，他们就兴兵作乱，本将岂能饶了他们？哥老会干挠军令，败坏军纪，不杀何以治军？大帅日夜为粮饷操劳，连自己的养廉银都捐出来了，他们却在这大放厥词，说大帅贪墨粮饷，如果本将放过这样的人，简直是天理难容。以后胆敢有人闹事作乱，这就是下场。”
“古牧地贼众诈降害死老统领，我大军概不受降！本将要用他们的血来祭老统领的亡魂！”他拿着马鞭把着古牧地方向，接着又命令亲兵把那些散落在尸体中沾满血腥的银子捡了起来，并吩咐这些银子要赏给那些上阵杀敌的真勇士。
刘锦棠和金顺的部队把古牧地团团围住，并在城外修起了十几座炮台，居高临下地轰击城墙。很快古牧地的城墙就被轰开了两个缺口，官军号角齐鸣，士气大振，攻了进去。阿斯图眼见无力抵抗，只好打白旗投降。刘锦棠让敌军互相指认，统兵五十人以上的头领全部押到刘松山阵亡之处，一声令下，这些人全部被当场斩首。阿斯图的脑袋也被挂在军旗上，在各营传看。
在阿斯图的房间内，刘锦棠搜到了一封信，从信中得知，古牧地驻扎的都是敌军的精锐，乌鲁木齐其实十分空虚。
刘锦棠和金顺决定一鼓作气，乘胜进军。次日半夜他们就率大军向乌鲁木齐进发，天亮时就兵临城下。据守乌鲁木齐的敌将早已闻风丧胆，于前一天带着随从、女人和珠宝南逃了，守军更没料到官军会来得这样快，立即弃城而逃。官军几乎兵不血刃，就收复了乌鲁木齐。
据守天山北路的昌吉、呼图壁和玛纳斯敌军，听到古牧地、乌鲁木齐被官军占领的消息，便知道大势已去，纷纷逃走了。
北疆基本肃清的捷报传到京师，慈禧十分高兴，道：“真没想到，仗打了不到三个月，北疆就基本收复了。当初俄国人说收复了乌鲁木齐、玛纳斯等城就交还伊犁，现在金顺已任伊犁将军，就让他去和俄国人交涉，刘锦棠继续南下，收复南疆。”
左宗棠收到上谕，立即回奏朝廷，说现在不是向俄国人索还伊犁的时候，也不是收复南疆之时。他指出现在官军还有后顾之忧，俄国人必然会提出苛刻的交还条件。如果我们答应，肯定吃亏不小。如果不答应，俄国人肯定要以武力相威胁。到时俄国与阿古柏相勾结，官军势必腹背受敌，不但南疆收复无望，就连刚收复的地方也有重新陷敌的可能。所以，必须等收复南疆后，大军一意向北，那时候再索还伊犁，不但理直，而且气壮。
至于南疆，现在也不是收复的时候。向南进军必然要翻越天山，而翻越天山必经达坂城。此城在准噶尔语叫阿喇巴尔葛顺，意思是黑虎城，形容地形极为险要。向达坂城东行二百里，就是吐鲁番，向西南行百余里就是托克逊。阿古柏必在三地屯驻重兵，以为犄角之势。
南下必有几场恶战，军粮储备至少要三个月。现在冬天即将来临，冰天雪地，运道已经不通，后勤不能保障，根本无法进军。最关键的是楚军入疆后不少人感染疫病，刘锦棠也病势严重，虽经医治幸免一死，但一时也不能恢复。
慈禧看到回奏后虽心有不甘，但左宗棠说得合情合理，就只好由他去了。
看到左宗棠在新疆又立战功，有人心里就不舒服了，鸡蛋里挑骨头，上奏指责刘锦棠在古牧地杀人太多，说阿斯图已经投降，就应该放一条生路，而且如此重要贼首，应该向朝廷献俘。慈禧不置可否，只让军机处把奏折转抄给左宗棠。
刘锦棠此时已经回到肃州行辕，一则是为了养病，二则是大帅要面授机宜，还有就是他在古牧地擅杀降将一事。左宗棠正为此事恼怒，一见刘锦棠就将他狠狠训斥了一顿。刘锦棠初生牛犊，并不服气：“难道大帅以为这些人不该杀吗？”
“他们既已求抚，你就不能滥杀，不然以后谁敢向官军投诚？”左宗棠瞪大眼睛怒斥道。
刘锦棠并不服气，又道：“不受抚就剿，这有什么好说的？”
左宗棠闻言拍案大怒：“是剿是抚本帅自有斟酌，就是你叔叔，像这样的大事也不敢自专。本帅不与你多费口舌，来呀！把刘锦棠送到刘松山的祠堂里，让他待参吧！”
左宗棠西征行辕里设有西征将士祠堂，凡总兵以上阵亡者，都立有牌位，日日香火不断。刘松山是左宗棠倚为臂膀的悍将，他的灵位摆在十分显眼的位置。
案上除了香炉之外，还摆着一摞信稿，全是刘松山写给左宗棠的，有报告大军行止的，有商讨战略战术的，更多的是对一些具体问题的请示。刘锦棠杀完仇人，只觉得痛快，现在天天看叔叔写的这些信，慢慢也就明白了，像一次斩杀数百人的大事，他岂能独断专行？左宗棠是何许人？他的权威是不容挑战的。
冷静下来后，刘锦棠就开始后悔了，如果左宗棠具折参奏，那一奏一个准，他恐怕只有回家扛锄头了。他统军不到半年，已在军中树立起了绝对威信，数万大军指挥自如，驱之如同犬马，正是踌躇满志、立功心切之时，他怎甘心被大帅一纸参奏打发回籍？但他又不甘低头向左宗棠认错，因此焦虑不安，备受煎熬。
其实左宗棠并没有上奏参刘锦棠，但早有人已上了密折，上谕令左宗棠详查回奏。有人向刘锦棠密报了这事，他如热锅上的蚂蚁，心想自己顶撞大帅在先，如今又有这份上谕，恐怕要与金戈铁马的日子无缘了。正在懊恼万分，戈什哈突然来请，说大帅要见他。
刘锦棠硬着头皮来到大帐，本以为左宗棠定是怒容满面，没想到进了大帐，左宗棠竟和颜悦色问道：“你想明白了吗？”
“属下想明白了，贼军已降，不该再杀，这是其一。不请大帅军令，擅自行事，这是其二。属下闭门思过，认为这第二个错比第一个更不可饶恕。如果全军上下人人不请军令各行其是，大军就是一盘散沙。”刘锦棠低垂着头道。
“好，你能这么想，就说明你真想明白了。大军在外群龙无首，我实在放心不下，军中事多，你明天就回去吧。”
刘锦棠闻言惊讶道：“大帅就这么放属下回去？”
“不这么放你回去还想怎样？难道你还让我敲锣打鼓送你回去不成？”左宗棠笑道。
“听说有人密参属下，大帅就这么放属下回去，如何向朝廷交代？”
“实话跟你说，正是这份密奏救了你。”左宗棠把上谕递给刘锦棠，“我的属下要赏要罚，要由我发话，别人饶舌，我偏不罚，绝不能让他们指手画脚。”
“大帅不处罚属下，那如何向朝廷交代？”
左宗棠不以为然道：“朝廷还不好打发？我就说你是遵我军令，斩杀悍匪，就把他们的嘴堵上了。朝廷总不能把我这个督办军务的钦差大臣撤了吧？”
刘锦棠没想到这事就这么过去了，跪倒在地道：“属下从此跟定大帅，赴汤蹈火，在所不辞。”
左宗棠连忙将他扶起道：“我不要听你这些话，只要你好好带兵，帮我尽快了结新疆战事就好了。你叔叔是我最倚重的大将，我为此参你，如何对得起他的在天之灵？虽然你行事鲁莽，但统军有方，治军有力，打仗有功，我怎能自断臂膀？身为大军统帅，出了事我自然应当担待，你的这点儿事就由我担当就是了。这事就算过去了，你好好带兵去吧。”听了这番话，刘锦棠又是佩服又是感激，眼睛都湿润了。
新疆的冬天来得早，虽是十月却早已冰天雪地。双方都知道明年必有大战，所以都在积极做准备。阿古柏收拢南逃的残兵，又从后路调来数千人马，充实天山防线。
正如左宗棠所料，位于天山的达坂城扼南北咽喉，阿古柏在这里又修筑了新城，并派大总管爱伊达尔呼里率重兵驻守。由达坂城越过天山，就是托克逊，阿古柏在这里新筑两城，由次子海古拉镇守。托克逊东就是吐鲁番，阿古柏命三子率兵驻守。
左宗棠也在调兵遣将，加紧准备。为了筹备明年大战的军粮，他将巴里坤、古城等地的存粮大部分运到乌鲁木齐，并向当地百姓购粮。部队越行越远，如果再靠关内运粮，费用将越来越高，运输也越来越难。所以他一再提醒刘锦棠，军粮要多从当地购买。
为了加强后路，他又奏请朝廷从蒙古抽调一支骑兵负责古城到乌鲁木齐的防务。随后又多次给刘锦棠写信，反复与他商讨如何打好吐鲁番战役。
依刘锦棠之意，应该把古城、巴里坤等地的官军调到乌鲁木齐，集中兵力南下，逐次攻克达坂城、托克逊和吐鲁番。左宗棠没同意这个意见，他要求兵分三路，分进合击。一路是刘锦棠的楚军，从乌鲁木齐南下，直攻达坂城。另两路分别从哈密和巴里坤出发，到吐鲁番东面会合，然后合力进攻吐鲁番。然后刘锦棠的部队南下，吐鲁番的官军西进，两军再会攻托克逊。
这样的部署让敌军之间不能相顾，犄角之势也就失去了作用，而且可防敌军向东向北回窜，逼着他们只能向南败逃。
左宗棠还特别叮嘱，官军一定要严明纪律，不可滥杀，不可抢掠，对投诚过来的民众一定要善待，每收复一地立即办好善后，给赈粮，给种子，给种羊。
阿古柏虐待民众，官军抚之以仁，阿古柏贪取于民，官军待之以宽大。当地民众如去虎口入慈母之怀，风声一树，则胜过千军万马，取南疆则易如反掌，而且也是长治久安之策。
一切准备就绪，光绪三年（公元1877年）四月十四日，刘锦棠率主力一万五千人从乌鲁木齐出发，星夜兼程，三天之后黎明前就兵临达坂城下。敌军事先引湖水灌注城外沼泽，泥水深及马腹。刘锦棠率大军下马涉过泥水，直逼城下。
天亮雾散，敌军才发现官军已经把达坂城团团围住，惊慌失措。刘锦棠骑马巡视阵地，还让士兵喊话道：“城上的人听清了，本将是新疆前敌营务处总办刘锦棠，已围住了达坂城。如果你们现在投降，除首恶外，官军概不追究。如果负隅顽抗，城破后一个不留！”
城上弹如雨下，亲兵多人受伤，刘锦棠的战马也受重创。众人都劝他快进战壕，他坚决不同意：“不，本将就是要让他们看看，我楚军男儿不是贪生之辈，个个都是久经沙场的英雄好汉。”
这一招果然十分厉害，城内敌军本来就缺乏斗志，如今见官军视死如归，更是胆战心惊，头领们找到大总管爱伊达尔呼里，要求突围西走。当天夜里就有民众逃出城来，报告城内情况。刘锦棠得知敌军已无斗志，命令士兵每人点起两支火把，稀疏列阵，城外亮如白昼。敌军登城而望，不知官军到底有多少人，更加心惊胆战。
第二天官军几十门大炮运到，立即开炮轰城，炸毁了数段城墙。有一炮还击中城内火药库，一声巨响，如山崩地裂，又加上正刮大风，风助火势，火借风威，大火迅速蔓延。经过半天的战斗，敌军被击毙两千余人，其余的人纷纷投降，阿古柏的大总管也成了俘虏，南疆第一门户重镇被官军攻克。按左宗棠的吩咐，刘锦棠将被胁迫附敌的维吾尔族和其他各族民众一千余人一律释放，并发给衣服粮食，让他们各归原籍。
官军未在达坂城停留，就分出三千人前去支援东路收复吐鲁番，而刘锦棠则亲率大军直赴托克逊。当大军逼近托克逊时，早有维族民众逃出城来，报告托克逊敌军的情况——前天阿古柏的三子刚从吐鲁番逃来，他的部众正在四处掳掠，准备继续西逃。
他本来是守吐鲁番的，可听说东路两支清军正在向吐鲁番进军，就留下部将守城，率亲信逃到了托克逊。他见托克逊也不可久守，就劝二哥海古拉也赶紧逃走。
刘锦棠赶到托克逊城下时，正遇敌军逃走，双方在城下激战了不到一个时辰，敌军早溃败远逃了。刘锦棠率军进城，出榜安民，从哈密、吐鲁番等地被裹胁而来的各族同胞两万余人，或回原籍或住留托克逊一任其便，百姓对官军更加畏服。
吐鲁番的战事也十分顺利，两军扫清了吐鲁番外围后，刘锦棠派去的三千援军恰好从北面赶到，敌军猝不及防，惊骇万分，纷纷溃逃。官军入城，获得了大量粮食弹药。
西征军收复达坂城、托克逊和吐鲁番，前后不到二十天，其进展大出所料。三地收复，南疆便门户洞开。而且在不到二十天的战斗中，阿古柏损失兵力达二万余人，几乎是他部队的一半。他深感绝望，日夜忧心。
从托克逊溃退过来的次子海古拉，见父汗再无从前雄风，就起了夺位之心。他在酒中下药毒死了阿古柏，并伪造遗命继承了哲德沙尔汗位。他任命三弟为大将军，驻守库尔勒，他则带着阿古柏的尸体一直西逃，打算逃到喀什噶尔，结果在半路就被大哥伯克胡里杀死。
伯克胡里占据了喀什噶尔，自立为哲德沙尔大汗，阿古柏的三子又率军将伯克胡里杀死，自立为汗。看到阿古柏势力穷图末路，原先归附他们的人便派信使北上，向官军求降。
就在这关键时刻，朝廷却有人建议停止西征。首先上奏的便是库伦领兵大臣，他的理由是官军已有立足之地，这时停止西征，册封酋首，让他们各领本族，新疆可安，兵费可省。而此观点竟也得到了不少人的赞同。
英国人此时也插足进来。那时俄国正与土耳其作战，英国担心俄国进一步在中亚扩张，威胁到它的殖民地印度，希望维护阿古柏政权，作为英俄之间的缓冲。刚归国的前英国驻华公使威妥玛受命多次找大清驻英公使郭嵩焘，劝他上奏朝廷，建议停止西征。
郭嵩焘任广东巡抚时，左宗棠曾参劾他去职。后来在李鸿章的举荐下他东山再起，出任了第一任驻英公使。他在英国多年，对西洋文明有着更多的认识，提出了兴修铁路、发展电报、开矿采煤、禁绝鸦片等建议。由于太了解西洋的强大，他因此不免少了些自信，接受了威妥玛的建议，果真上折建议停止西征。
中国总税务司英国人赫德也受政府训令，找到李鸿章传话：“喀什噶尔等地离安集延很近，而离中国却有数千里，即使勉强收复了，将来也难以久守。现在左宗棠西征一年军费近一千万两，这些银子足以买七八艘最先进的军舰，完全可以组建起一支舰队。大人日日为海防不安，何不建议朝廷停止西征，让阿古柏的部众自立为国，奉中国为上国，这样中国多了一个屏藩，省了西征及将来驻兵之费，这是多好的事啊！”
赫德的建议令李鸿章十分动心，但他已被倭仁骂过了一次卖国贼，赫德的话他也不好再传，于是便说道：“人人都知道我与左帅不睦，西征之事我不便多说，所以这些话我不好传。但你可以直接向总理衙门提议，恭亲王、宝尚书等人在西征上还是十分慎重的。”
赫德打听到宝鋆在总理衙门当值之时，便送去了他的建议，并与宝鋆长谈一个多时辰。宝鋆对赫德的意见深以为然，便以总理衙门的名义把赫德的意见上奏给朝廷。
文祥见西征又要生波折，连忙再找倭仁，倭仁上折极力反对，因此朝廷就是否停止西征的问题又争论起来。文祥一如既往地支持西征，他道：“当初西征之时，不少人都担心旷日持久，结果仗一开始，不到三个月就收复了北疆；南疆门户吐鲁番、达坂、托克逊不到二十天就全部克复，这是何等的顺利？现在西征情况只有左宗棠最有资格说话，为何不听听他的意见再下定论？”
慈禧点了点头：“是啊！我们应该先听听左宗棠的意见。”
左宗棠见郭嵩焘竟然提出停止西征，拍案大骂他简直给湖南人丢脸，絮絮叨叨了一上午，无论谁去他的大帐，无论所回何事，他都必然要先大骂郭嵩焘一番。他对赫德向来无好感，骂得更凶。他回奏朝廷道——
南疆尺土寸地都是大清版图，怎容阿古柏占据？官军正可乘此神威，恢复旧疆，何许英人饶舌？收复南疆必有恶战，但敌军分崩离析，正可乘胜进击，为何半途而废？赫德所言更是荒谬，中国离他国近地甚多，难道都要割让？
西征不可停，新疆不可不复，我朝定鼎燕都，蒙部环卫北方，百数十年无烽燧之警……是故重新疆者所以保蒙古，保蒙古者所以卫京师。……若新疆不固，则蒙部不安，匪特陕、甘、山西各边时虞侵轶，防不胜防，即直北关山，亦将无晏眠之日。而况今之与昔，事势攸殊。
俄人拓境日广，由西向东万余里，与我北境相连，仅中段有蒙部为之遮阂。徙薪宜远，曲突宜先，尤不可不豫为绸缪者也。若此时即拟停兵节饷，自撤藩篱，则我退寸，而寇进尺。为划久安长治之策，纾朝廷西顾之忧，则设行省、改郡县，事有不容己者。
朝廷见左宗棠态度如此坚决，而且新疆军事又是如此顺利，此时停止西征实在心有不甘，所以下旨给左宗棠——
关外军情顺利，吐鲁番收复后，南八城门户洞开，自当乘胜底定回疆，歼除丑类，以竟全功。该大臣亲总师干，自以灭此朝食为念。着左宗棠统筹全局，精心谋划，为朝廷抒西顾之忧。
光绪三年秋天，军粮到齐，天气凉爽，左宗棠命刘锦棠率部西进，开始了收复南疆八城的战役。
所谓南疆八城，是乾隆二十四年平定南路后，建立的八座城池，即天山脚下围绕塔克拉玛干沙漠的喀喇沙尔、库车、乌什、阿克苏，此为东四城，因为较穷而称“穷四城”，继续往西往南，则是喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌、和田，这里物产较为丰富，商业发达，被称为“富四城”。
刘锦棠自八月二十五日从托克逊出发，十月已逼近喀喇沙尔、库尔勒。敌军为了迟滞官军行动，引开都河水灌注，使这一带成为一片泽国，深的地方可以没顶。
当地百姓踊跃当向导，带领大军渡泽国，跨洪流，于十月七日到达喀喇沙尔。此时城内已水深数尺，一无所有。九日之后，大军又抵达库尔勒，这里本是阿古柏三子亲自驻守的地方，现在竟也变成一座空城。清军过沼泽时将粮食辎重大部分丢弃，此时军粮严重不足，一时陷于困境，急求后方抢运。
左宗棠焦急万分，一面督促从托克逊等地抢运，一面提醒刘锦棠向民众求援。官军因纪律严明，深得百姓拥戴，在当地百姓的帮助下，大军掘出窖藏粮食十余万斤，解决了燃眉之急。三天后军粮源源运到，大军无断粮之忧，继续西进，六天急行军九百余里，一路之上数次杀溃敌军，救出被胁迫民众十万余人，歼灭敌军数千，收复了库车。在库车城，大军又缴获大批军粮，羊一万二千只，西瓜近万斤。
左宗棠得到捷报，十分高兴，新疆是肥腴之地、不可轻弃，此就是最好证明。于是他将刘锦棠的南疆见闻上奏朝廷，慈禧看了也是十分高兴，感慨道：“当初有人说新疆是数千里之荒地，真是大谬不然。”
左宗棠又复信给刘锦棠，让他一定要做好善后，在各城设赈局，督促百姓耕种放牧。随后还要修筑道路，添造船只，修设驿站，便利军民客商。
西征军紧紧追敌不放，一路之上敌军虽数次摆阵接仗，但都是一打即溃，官军越战越勇，敌军胆气日寒。官军每到一城，都受到当地百姓的热烈欢迎。而阿古柏三子再施诱骗胁迫的伎俩已不管用，阿克苏等城维回民众已关闭城门，不许他进城，原先附敌的清军及地方武装也纷纷倒戈。这样到十一月中旬，官军就收复了喀什噶尔，继而又收复叶尔羌、英吉沙尔、和田。至此，南疆全境收复，阿古柏的三子仅率少数亲信逃到了俄国境内。
沦陷十三年之久，面积一百六十余万平方公里的新疆，除了伊犁外，大部被收复了。这样大的战役，从光绪二年六月初一到九月二十一日，收复北疆历时不到四个月；从光绪三年三月初一日到十三日，收复南疆门户，不到半个月；从七月十七日到十月二十九日，收复南疆，也只用了四个多月。在中国几千年的历史上，从敌军手中收复沦丧十几年的大片国土，用兵如此神速，史所罕见。
……
天还没亮，急促的马蹄声便打破了京师的安静。
养心殿内，早朝未散，两宫皇太后正在听政。李莲英擎着明黄的盒子走进大殿，跪倒在地道：“启禀太后，新疆六百里急报到。”
慈禧的心一下提到了嗓子眼上，慈安也紧张得脸色有些难看。这样的情形有过前例，那次是曾国荃有捷报进京，当时战事凶险，还以为是败报，把大家吓得胆战心惊。恭亲王估计十有八九是捷报，但又不能妄猜，只盼着慈禧快些拆开。
慈禧有意慢吞吞地拆开密折，看着看着眉头就渐渐舒展了，到了最后竟然爽朗地笑了起来，道：“姐姐，左宗棠收复新疆了！”
大家立即跪倒在地，齐声高呼道：“贺喜太后！”
李莲英把折子递给众人看，大家顾不得礼仪，凑在一堆争着传看。
慈禧一脸喜色笑道：“左宗棠从光绪元年六月钦差督办新疆军务，至今年彻底击败贼军匪众，不过两年半的时间。西征军好像是从去年六月份开始发动进攻吧？算起来真正征战不过一年半的时间，真是大出意外。姐姐，你说咱们该怎么赏赐左宗棠？”
“臣以为收复新疆，左宗棠功劳极大，可按照道光年间长龄平定叛匪张格尔封公的例子，封左宗棠为一等公爵。”文祥兴致勃勃提议。
恭亲王则不赞同，摇摇头道：“封公恐怕不合适。曾国藩克复金陵，只封了一等侯。左宗棠是曾国藩推荐的，他所率最得力的老湘营原是曾国藩的部队，将领刘松山也是曾国藩所举荐，如果左宗棠封公，那么从前赐封曾国藩未免就太薄了。”
“有道理，汉人封爵，不能超过曾国藩。”慈禧点了点头道。
一直保持沉默的慈安则问道：“左宗棠现在是什么爵位呀？”
“是一等伯。”恭亲王代为回答。
“那就升他为二等侯怎样？”慈禧以征求意见的口吻问道。
慈安自然不反对，于是朝廷当日明发谕旨：
新疆沦陷，十有余年，朝廷恭行天讨，特命左宗棠以钦差大臣督办新疆军务。该大臣剿抚兼筹，议定先规北路，首复乌鲁木齐以扼其总要，旋克玛纳斯，数道并进，规复吐鲁番等城，力争南路要隘，然后整旗西行，势如破竹。现在南疆八城一律收复，此皆仰赖昊天眷佑、列圣垂休，两宫皇太后宵旰焦劳，知人善任。又能内外一心，将士用命，成此大功，上慰穆宗毅皇帝在天之灵，下符海内臣民之望，实深欣幸。领兵大臣等栉风沐雨，艰苦备尝。钦差大臣大学士陕甘总督左宗棠筹兵筹饷，备历艰辛，卒能谋出万全，迅奏伟功，着加恩晋为二等侯。钦此。
此后又陆续下旨，对西征大军论功行赏。就是英俄等国人，对左宗棠收复新疆，也是大为惊奇。
驻英公使郭嵩焘从英国人的报纸上得到新疆收复的消息，英国人评论道：
中国人克复新疆，毫无异义，这是五十年来在中亚发生的最值得注意的事件。同时，这是自从一个多世纪以前，乾隆征服这个地区以来，一支由中国领导的军队所曾取得的最光辉的成就。中国人的所有军事行动都有他们的非凡的深谋远虑特点，这些行动表明中国将军和他的副手的非凡才干，也表明他的士兵有服从、勇敢和忍耐力。平时欧洲人轻视中国人不能用兵，今天看来，我们必须清醒过来……
西征如此顺利，实在出乎意料。郭嵩焘掩卷深思，从情感上讲，他憎恶左宗棠，但从国家大义上，则不能不佩服他。
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