1988年1月13日，蒋经国病逝，前共产党员、意识形态上有“社会主义”倾向的李登辉继任总统，1月27日被推举为国民党代主席，7月8日当选为党主席。
李登辉在台湾全面执掌党政权力后，在两岸关系上，摈弃了蒋经国不接触、不谈判、不妥协的“三不政策”，打破两岸关系长达40年的坚冰，致力于改善两岸关系。可以说，1989年至1994年，是两岸关系最好的一个时期。
1989年4月，李登辉派财政部长郭婉容到北京参加亚银会议，打破两岸官员“不接触”的政策。
1990年10月7日，李登辉成立“国家统一委员会”，亲任主任委员。
1991年2月23日，台湾制订了《国家统一纲领》，3月9日，率先成立“海基会”，推动两岸谈判。
1991年华东水灾以后，台湾海基会和红十字会发动大规模的社会援助运动，援助款物折合人民币2.5亿多元。
1991年11月4日，台湾海基会派秘书长陈长文访问北京，促成大陆成立“海峡会”。
1992年3月23日，两会协商正式开始，此后在北京、厦门、香港、台北举行多轮两岸协商；台湾接受“一个中国”原则，认为台湾是中国的一部分，大陆也是中国的一部分。
1993年4月27日，第一次“汪辜会谈”在新加坡正式举行。5月6日下午，江泽民总书记在中南海会见台湾金融考察团。
1993年8月31日，大陆国务院新闻办公室名义，发表《台海两岸关系说明书》白皮书，表达对国家统一的强硬立场，为“一个中国”插上“中华人民共和国”的标签。重申“一国两制”，强调中华人民共和国政府作为中国的唯一合法政府，在国际组织中行使国家主权，代表整个中国。
1994年7月，台湾方面以“行政院大陆委员会”名义，发表《台海两岸关系说明书》予以回应，重申不接受“一国两制”的主张，指出“制度之争是中国分裂分治的本质”，“两岸分裂分治是中华民族的不幸”，强调“只有和平地统一在民主、自由、均富的制度之下，中国人才有幸福”，同时呼吁中共加速推动经济改革、从事全盘政治改革。唯有如此，才能使大陆同胞早日脱离贫穷匮乏，过着具有人性尊严的生活。
1990年至1994年这五年，面对国际的封锁和制裁，大陆一直都希望能够改善两岸关系，加强经济、技术合作，引进台湾资金、技术、产业，发展经济；老牌“社会主义者”李登辉，则挥舞“自由、民主、均富的中国”的旗帜，坚持“民主统一”。双方各有所求、各有所忌，所以倒也相安无事，海基会和海协会多次协商，还达成了不少的协议和共识。两岸秘密谈判也发展到由台湾总统府秘书室主任苏志诚与大陆国家主席办公室主任曾庆红直接沟通的层次。
期间，虽偶有磨擦，但双方均能克制，倒也甜甜蜜蜜。1994年3月，李登辉以“个人度假”方式访问东南亚三国，大陆也没有特别的反对，相反，顺手推舟，还提出欢迎李登辉以“个人身份”访问大陆。
双方反目成仇于1995年。那么1995年，到底发生了什么事，让大陆翻脸，在对李登辉口诛笔伐的同时，发动大规模军事演习和打导弹威胁，从而将台湾推得远远的？
标准的说法是李登辉1995年6月以“个人身份”访问美国康乃尔大学，鼓吹“台独”，进行分裂祖国的活动。
首先，李登辉1994年3月，就曾以“个人身份”访问东南亚三国，大陆没有特别反对，还公开表示欢迎李登辉以“个人身份”访问大陆。所以，李登辉以“个人身份”访问美国康乃尔大学，绝不是大陆与李登辉翻脸的原因。但是李登辉在访问中鼓吹“台独”，进行分裂活动，这则是大陆乃至全国人民都无法容忍的。1995年8月24日，美国副国务卿塔诺夫访问北京，表达了美国对李登辉访美的立场。中国接受美方对台湾领导人访问美国的立场和解释，但同时也指出：首先，访问必须是私人的、非官方的、只能为个人目的，不能具有任何政治目的；其次，这类访问不仅要避免实质性的官方性质，也要避免可能被人认为具有政治象征意义的礼节性和标志性；第三，这类访问将是很少的，只有在特定情况下才能被允许，并且是“个案处理。”
1995年8月24、25、26连续三天，大陆以“人民日报评论员/新华社评论员”名义，发表了《三评李登辉在康奈尔大学的演讲》文章。
《三评李登辉在康奈尔大学的演讲》三篇文章，分别批判了李登辉鼓吹“分裂祖国”的言论，共有三点：一、多次使用“中华民国在台湾”和“在台湾的中华民国”；二、用不少篇幅谈了拓展台湾的“国际生存空间”问题；三、这次，他避开过去声称的“主权是个危险的单词”一类话，把“主权在民”落实到岛内，并且还要“帮助海峡这边实现政治民主化”，使“中国统一在民主自由和均富制度下”。
《三评李登辉在康奈尔大学的演讲》发表后，很多国内外的媒体和专家学者纷纷撰文、发言，批判李登辉“分裂祖国”，鼓吹“中华民国在台湾”和“在台湾的中华民国”。
从当时李登辉的这篇演讲中，他共四次使用“中华民国在台湾”和“在台湾的中华民国”，摘录如下：
1、此次来美参加康奈尔大学校友返校盛会，不仅是登辉个人的殊荣，更重要的，这也是中华民国在台湾2100万同胞共同的荣幸。2、在一般政治转变的过程中，暴力和动乱是很普遍的现象。然而，在台湾的中华民国，可说是一个明显的例外。3、虽然在台湾的中华民国并非联合国的会员国，但却已经迅速建构起一个以经济关系为中心的国际网络。最近我们更推动建立亚太营运中心的计划，以促使我们的经济更进一步的自由化及国际化。4、我们很诚恳地希望世界各国以公平合理的态度对我，不要忽视我们所代表的意义、价值与功能。有人说我们不可能打破外交上的孤立，但是我们会尽全力向“不可能的事物挑战”！本人确信，这个世界终将了解，在台湾的中华民国是一个友善且具实力的发展伙伴。
可以这样讲，中共与李登辉反目成仇，李登辉以“个人身份”访问美国康乃尔大学并不是原因，李登辉在康奈尔大学的演讲也仅仅是导火线，而真正的原因则是从1995年元月开始，李登辉以一系列的演讲，论述了李登辉始终如一的思想，那就是要经营大台湾，建立新中原。这才是真正的李登辉思想和李登辉路线。
李登辉是在1995年1月14日第一次提出“经营大台湾，建立新中原”的构思，他说：“几百年来，台湾曾经先后遭受东西洋帝国的殖民统治，也曾经遭受祖国大陆的无情遗弃。在台湾的中国人，始终被历史的命运所摆布，始终没有机会和权利决定自己的命运，长期以来潜藏着一股深沉的悲情意识。光复后的半个世纪以来，这块土地上汇聚着来自大陆各地、海外以及本土的众多菁英人才，历经共同生活与共同命运的融合，已经逐渐蕴育一种崭新的文化生机；加上台湾地理位置的特点，更成为大陆文化与海洋文化交汇贯通的枢纽。在多元文化长期而充分的辐臻整合下，使台湾在整个中国文明的总体发展趋势中，跃居为最先进的新生力量，成为中国文化的‘新中原’。”
4月13日，李登辉接受工商协进会理事长辜濂松专访，辜濂松问道：“您提到台湾汇集大陆及海洋文化之交流，希望发展成‘新中原文化’，显然要以中华文化新正统自居；最近江八点特别提到中国文化是两岸统一的基础，对方似乎也以中国文化正统自称。我们知道您一直强调文化针对一个国家发展之重要，因此，请问您‘新中原文化’将来会有那些独特的发展呢？”
李登辉答道：“台湾光复后的半个世纪以来，这块土地上汇聚着来自大陆各地、海外以及本土的众多菁英人才，历经共同生活与共同命运的融合，已经逐渐孕育出一种崭新的文化生机；加上台湾地理位置的特点，更成为大陆文化与海洋文化交会激荡最佳场所。在多元文化长期而充分的辐臻整合下，使台湾在整个中国文明的总体发展趋势中，跃居为最先进的新生力量，成为中国文化的‘新中原’。我们希望中共能超越意识形态之争，透过两岸和平的交流与互惠，增进双方人民的了解与友爱，让台湾地区的新生文化，对中国大陆正面临的文明更新困境，注入新的激素与活力，重建二十一世纪中国文化的新内涵。”
实际上，这一切真的如同李登辉说的这般美好吗？那什么又是“经营大台湾、建立新中原”的李登辉路线呢？
在李登辉看来，发端于中原的中国文化，经历了几千年中央集权统治，大一统根深蒂固，变成一种封闭、僵化、自大、霸道的大中华文化。大中华文化，己远远脱离、落后于现化西方文明。近百年来，中国历经重重苦难，始终未能建立自由富裕的现代化社会。儒家文化主张天下为公，提倡民本思想，与西方民主法治精神在本质上有其相互贯通之处，台湾地处海洋文化与大陆文化交汇的枢纽，接受西方现代化文明影响甚早，终于能够在传统儒家文化中，顺利完成创造性转化，从民本思想发展为民主思想，实现主权在民，建立了民主宪政制度。比之中原文化的停滞，台湾文化具有现代的先进性，复兴中华文化的希望和途径之所在。在这一过程中，在大陆人民不能当家作主，专制主义仍坚守“旧中原”文化，推行大中华霸权主义之时，所以保护台湾的自主自立，维护台湾主体政权的存在，本土优先，就要从政治经济文化上做大台湾，这才是台湾的安全和中华文化复兴的保障。
如何使中国大陆摆脱大中华的束缚呢？李登辉认为关键在于削弱中央集权体制，让文化与发展程度各不相同的地区享有充分的自主权，如台湾、西藏、新疆、蒙古、东北等，大约分成七个区域。若干享有充分的自主权的大区域，相互竞争、相互学习、相互促进，台湾作为其中的一个区域，一个经济文化领先的地区，能够起楷模作用，引领中华的复兴。
由此便可得知，李登辉所谓的建立“新中原”，实际上就是要把中国分裂成七个享有自主权的区域，他不但想要使台湾独立，还幻想着将祖国分裂开来。只可惜，阴谋就是阴谋，即便是伪装的如何美其名曰，也仍旧逃不过人民群众的眼睛。
面对着怀揣豺狼野心的李登辉，大陆人民自然是不会让他的阴谋得逞。而李登辉这个名字，也将永远的被钉在“台独”的耻辱柱上。
