当时的明清两朝在东亚都处于绝对的强势地位，对于这个偏僻的弹丸岛国，只要名义上奉中国正朔，不在朝贡体系中捣蛋，就是天朝大家庭的好成员。至于它与日本的暧昧关系，倒不妨睁一眼闭一眼。反之，日本同样很重视与中国的贸易，所以日本也不愿捅破这层灯笼纸，甚至支持琉球向中国每两年进贡一次。于是就出现了有趣的一幕：事实上决定琉球王室继承权的是日本萨摩藩，但给予合法地位（即册封权）的却是中国的明清。每当大清使节前来时，日本人就藏起来，并将日本的痕迹想方设法地加以掩盖。大清官员虽然偶尔也会觉察到几分诡异，但终于没有看穿或故意不去看穿其中的奥妙。琉球则“以中国为父，以日本为母，当与中国交涉时使用中国历法，与日本交涉时则使用日本历法”。可是，日本越来越不满足于这种一女两嫁的安排，而急于独霸琉球。只是忌惮于中日实力差距太大，日本才暂时忍耐，静待时局的变化。
这一等就是四个世纪。
1840年，在中国爆发了鸦片战争。十四年后，日本遭遇了“黑船事件”。两国相继被迫卷入现代世界体系之中，命运可谓坎坷，但坎坷中透出的却是不同的际遇。
中国市场广大，资源丰富。在强势时固是无限宝藏，但弱势时却不免成为灾祸之源。就像一个破落贵族，已沦入社会下层，无钱无权又无势，偏偏破屋中堆满名贵古董，能不吸引强盗的眼球吗？果不其然，自国门被坚船利炮撞开后，西洋列强为了倾销商品，也为了获取廉价劳力与原材料，像豺狼一样围住弱势的天朝蚕食不已，这是不争的历史事实。
反之，日本市场狭小，资源匮乏，反而救了自己。西洋列强在撞开日本大门后，满足于从彼处获取煤炭、淡水、食物与安全的避风港。这样一来，日本等于是客观上发挥了侵华中转站的作用。借力打力中，维新日本开始悄悄磨剑。
长远目标针对所有强者。
短期目标针对所有弱者。
具体讲，北要控制朝鲜，南要占据琉球、台湾。前者可以让日本制霸东亚大陆，后者则可以延展日本的海权优势。两条战线交相前进，就可以使日本成为一个独特的“海洋-大陆复合体”国家，突破自身的地缘局限性，获得战略纵深，占据资源地带，从而牢牢控制东亚主导权，再以“琉球-台湾”和小笠原群岛两个弧阵为基地，一面向南洋扩张，一面东向挑战西太平洋的霸权。
既然靠外交不能获得满意的利益，那就要出奇制胜。
大清国的麻烦从此开始。
离奇的牡丹社事件
当时台湾存在着一个很严重的问题，这就是生番问题。这个问题最复杂之处在于原住民独特的生活方式与文化传统。
当时大陆移民采取农垦的方式逐步开发台湾，这就与依靠游猎的原住民发生摩擦。出于对原住民的保护，清廷一方面对大陆移民进行严格限制，另一方面则对双方进行严格的划界管理。农耕区以大陆地区的统一行政组织管理，番区则保持原有文化与生态样式。农耕民不许擅自向番区拓殖，番民也不许越界到平原农耕区游猎，更不许杀掠行为的发生。同时对番民的招抚与教化工作同步进行，行政组织伴随着这个工作逐步扩展，双方的分界线也在这个过程中逐渐变化、消弭。接受招抚与教化的为熟番，不接受者为生番。其指导思想则为“番民即吾民也”。事实上是一种效率虽低但却极具人文精神和对弱势群体关怀的做法。
但是，伴随着西力东渐，尤其是第二次鸦片战争后台湾的开港，商业地区的吸引力大增，形成新的移民潮，对内地番区的开发工作遂陷入停滞。但失事船只的出事地点却往往发生在番区，相应的，难民遭遇生番劫杀的问题就成为清王朝的一个头疼的涉外问题。从而形成了问题的焦点所在。
根据日方及日方保存的琉球官方记录，在1871年的11月30日（日纪明治四年十月十八日），琉球宫古岛民的两艘进贡船，从那霸出发驶往中国。不幸中途遇上台风，一艘幸还，一艘吹到台湾西南海岸高山族牡丹社的八遥湾。难民69人上岸时3人溺水身亡，实际上岸人数是66人。当时众人完全不知道该怎么走，很快他们遇到了两个显然不是原住民的中国人，这两个人打着手势告诉众人，在西面有大耳朵的生番，“会砍人头”，只能向南走。起初，众人相信了这两个人，一起南行，可是因为途中这两个人抢夺众人的财物，又说路途遥远，今晚只能在洞窟中过夜，众人产生怀疑，推托洞窟太小，不能入内。两人大怒曰：“如果不听我们的，就什么都不管。”（见日本驻琉球官员报告书）众人遂认定这两个人是匪人，决定改向西走。这一走就很不幸的在明治四年十一月七日早晨误入了高士猾社地盘。当他们看见前方果然出现“大耳朵”生藩时，再想跑已经来不及了。
很快他们就被该社的生藩劫掠一空，衣服也被剥光，人则被拘禁并被问讯是哪国人，以便于藩民以之与所属国或台湾官府做个交换买卖。不料因为语言不通，也可能是其他原因，反正问了半天也没问出头绪，于是藩民便认为这帮人是无国之人，恐怕没什么价值，就让他们原地呆着哪儿也不许去，以等待进一步发落。但受难者听不懂意思，加之心理恐惧，便在十一月八日早晨逃跑至双溪口，旋即遭到追杀，一场屠戮之后仅12人幸存。其中11人被保力庄杨友旺父子所救，次日另一人也被杨以酒肉换回。
这些幸存者在杨家居住了四十余日，受到相当礼遇。据前引《琉球官员报告书》所称：停留期间，每日三餐，有蔬菜、咸菜、酱油等。有时也将山芋放在米中一起烧饭。经常有近邻设宴请吃鸡猪酒肴，酒为支那老酒或烧酒之类。
最后，幸存者们在杨的长子杨阿才（一说女婿）的陪同下，于十二月二十二日出发，陆行三里登舟，行五六里水路，又陆行，夜半三更投宿到送行者的熟人家中，停留两日。二十五日，改由投宿处主人作向导，继续前进，途中每人得到棉衣一件——当然，又是不要钱的。最终，幸存者在二十九日被送到台湾府，再转送福州的琉球馆。根据清廷的官方记录，这些难民在居住期间按照“每人日给米一升，盐菜、银六厘”的标准款待，“回国之日，别给行粮一个月，照例加赏物件，折价给领于存公银内动支，一并造册报销”。如此这般之后，这些难民于明治五年六月二日回到琉球，继而前往那霸。在交通非常不便的当时，他们回到那霸的时间已经是日纪明治五年的六月七日了。
这次惹祸的生藩是高士猾社，但何以后来历史书中却以“牡丹社事件”流传至今呢？原因就出在当时牡丹社最强，而漂流民的登陆地点正好位于该社的势力范围内，故而很易于被当成事件主角。而事发当时，有一位叫刘天保的汉人在场，正好当时有一位他所认识的牡丹社藩民前来贸易，刘到台不久，还不能熟练辨别各社藩民，便误以为杀人的藩民也是牡丹社成员，并据此告诉了杨友旺。后来救助漂流民的杨氏父子又看到现地有很多牡丹社成员出没（其实是闻讯赶来搜寻残余物品的），于是便进一步被误记成牡丹生藩杀人。更有意思的是，杨将交换人质的酒肉给了这些牡丹社生蕃，而这些生藩也果然带来了杨要救助的人，于是更加深了杨的认识。再后来，日军登陆，很多藩社望风而降，唯有牡丹社、高士猾社与尔奈社顽强抵抗，由于其中牡丹社实力最强，所以承担了主要作战任务，这就使日军愈发认定：如果不是杀人心虚，何至如此？也才有了历史中众口一词的所谓“牡丹社事件”，其实应该称为“高士猾社事件”才对。
此外，同样是在1871年12月11日，琉球八重山岛民的两艘进贡船，同样从那霸出发驶往中国。同样中途不幸遇暴风。一艘下落不明，一艘于12月28日漂到台湾，这次45名幸存者及时受到了凤山县衙的保护，但这次事件在日本人当时的记录中却被“忽略”了。更有意思的是，到了1873年的3月8日，又有备中小田县（今冈山县小田郡笠冈町）的船员佐藤利八等四人遭遇海难，漂流到台东厅新港支厅成广粤沿岸番地。这次日本人的遭遇比琉球人幸运得多，虽被劫掠，但被一名路过的汉人救助，保住了性命。随后被送到台湾府，并于7月20日抵达上海日本领事馆，随后平安回到家中。
可是，在后来很多日本人写的历史中，却把这4个活人都算成了烈士。更主要的，日本政府不仅要控制台湾，而且要在台湾问题上连带解决琉球的归属问题，虽说琉球长期双向进贡，变成了一块“两属”之地，但仍很难说是日本的一部分。可日本却坚持称琉球在其主权范围之内，再进一步将两次海难混淆，声称被害者是“日本国民”，如明治天皇在任命征台总指挥的诏书中就使用了“向暴杀我国人者问罪”的文字。于是，高士猾生番社误杀琉球漂流民事件，就变成了牡丹社生番残杀日本国民事件了！
不过在当初，由于交通、通讯的不便捷，日本人是直到对台湾发起远征前夕，才获知第二次海难事件的。关于这一点的猫腻，后文还会提到。而最初，日本人是只知道琉球漂流民事件。但是，这已经足以让一些早已枕戈待旦的日本武士兴奋不已了。
