飞船附近的人类越来越多，机器人有条不紊地组织着人类活动，大部分人乖乖地上了飞船。陈星很清楚人类的特点，开始并不告诉人类此行的目的，那样反而引起恐慌。但是，渐渐地，人群中开始有了谣言：“这像当年南京大屠杀，就像日本人屠杀中国人一样，机器人要把最后的人类灭族。”陈星已经发现了这些谣言，他一方面将传播谣言者隔离，一方面开始传播正能量对抗谣言：地球将面临灭顶之灾，人类可能在劫难逃，而多年前拯救过人类的那个神——陈星，又回来了，这是人类最后的宇宙飞船，如同诺亚方舟一样，带领人类脱离苦海，寻找希望……
有了神的指引，人类那焦躁的心情渐渐平复，在神的光芒指引下，人类顺从地活动着。从懵懂到怀疑再到焦躁，又到平和，这群人的变化，就像加快版的人类发展史，很快，人类到了坚定不移信仰阶段。接下来，有人又开始以神的名义，乱发号施令，满足私欲，然而，这很快被陈星制止了，没有让人类朝思想自由阶段发展，陈星的智慧远超人类，他始终让这些人类相信，那个曾经拯救过他们的陈星就是神。
但是，人类对机器人仍然极度不信任。为消除人类的恐惧，陈星一方面散播消息，让人类清楚这些机器人已经被改造过了，他故意让已经进了飞船的人“跑”出来，告诉剩下的那些人飞船内有多好，引导人类进入飞船；一方面，他设计一些场景让机器人舍己救人：一个小女孩，被拥挤的人类“一不小心”挤到高崖旁边，眼看就要掉下去，一个“大白”模样的机器人即使飞过了，救了她，小女孩对这个机器人非常感激，这段画面反复在大屏幕上播放着给人类大脑洗去机器人带来的伤痕，人类渐渐对机器人的感情也开始转变。
就这样，只用了7天时间，机器人就把人类从世界各地运送到了飞船，但是，飞船载荷有限，机器人无法像人类那样都登上这艘飞船，飞船上最后一个位置都留给了人类，只有很少的维修和医疗机器人留在了飞船，剩下的那些机器人，包括救小女孩的机器人，只能伫立在飞船外面，对着飞船里的人类挥手，作最后的告别，他们将和这个星球一起毁灭。看到此景，不少人哭了，被救的小女孩挣脱了人类的手，要去拥抱就她的那个“大白”机器人，飞船的门却关上了，留下的只有小女孩的哭声，和人类的感动。
相比之下，机器人却很平静，他们不像人类那样，生物电忽高忽低，高的时候感动得稀里哗啦，低的时候又精神抑郁，机器人永远像高铁一样平稳地、按部就班地运行着。
当宇宙飞船的最后一扇门关闭，人类的心情是复杂的，脚下是他们世代生存的土地和舍身救己的机器人，远方，尽管有神的指引，他们仍不确定那是什么。而此时的陈星，心情更为复杂，经过计算，他发现，满载物资和人员的宇宙飞船，速度大为下降，已经没有时间逃离小行星撞击了，小行星撞击地球后的碎片会波及到飞船行使的路线。此时，如果陈星撇下人类，乘宇宙飞船的救生艇出去，还有逃生的希望，然而，他却下不了手，他不能像其他能量豆同类那样，只带自己和寄主走，他要带着整个人类。时间不等人，他将和人类、地球一起毁灭。
千钧一发之际，他想起了时空穿梭，飞船达到光速后可以去到未来。上一次的时空穿梭，让他和冰冰错过了100年，成立千古恨；这一次他要用时空穿梭，让人类错过小行星撞击地球的时间。他把能量推向最大……
在人类的惊叹声中，穿过一道道头晕目眩的时间隧道，陈星的飞船躲过了小行星撞击地球的时间，来到了撞击地球后10年的未来，位置坐标仍是地球。
10年后的地球坐标，四周一片黑暗，那美丽的蓝色星球消失了，带着地球的碎片，远处小行星带的尾巴又长了一些。小行星带上，有大量地球上没有被“改良人”带走的能量豆，这些能量豆就像蛔虫卵，随着小行星带在宇宙中飘散传播，当小行星带随着引力的变化而解散时，这些能量豆就会在宇宙中弥漫开来，像幽灵一样飘荡。当这些携带寄生虫卵的小行星像流星一样划过另一个星球的天空时，那个星球上的生物就会被感染，就像当初，能量豆感染了地球人陈星一样。
陈星的飞船，在几乎耗尽最后一点能量时，终于重新在太阳系找到了合适的轨道，那是当年地球的轨道，距离恒星的距离刚好。
陈星要以飞船为基地，重新建立一个类似地球的新家园，这需要几代人的努力，需要更多的劳动力，而飞船的极限是50万“原生人”人口，这样人口规模对陈星是巨大的挑战。
从此，人类在狭小的飞船里，过着极度物质匮乏的生活，资源从未像现在这样紧张过，也从未像现在这样高度利用，陈星把物质的循环使用效率做到了极限，精确到每个氧气分子、每个碳水化合物、每个蛋白质基团、每寸光、每滴水、每份能量、每个劳动力，每个新生儿，每份灵感……他还时刻监视着社会矛盾，及时消除；让每个人都在精神世界货币系统的管理下，和谐地生活着。
于是，飞船里的人类就像实验室里栽种的无土番茄一样，精确地培养着自己，这个飞船生态系统如此复杂，也如此脆弱，稍有闪失，人类就会前功尽弃。
人类这样小心翼翼地生活着，是因为有陈星这样的超级大脑的指引，也因为他们还有希望，这希望就是不远处那颗红色星球，火星。虽然那颗星球有很多不足，是“改良人”看不上的，但是有了这样的希望，压抑在飞船里生活的人类就会保存人类火种，慢慢发展，在火星逐渐建造更多的宇宙飞船，制造更复杂的探测器，去寻找真正适合人类的下一个星球。
那之后，人类又平稳地过了50年，完成了第一批移民火星的计划，并在那里建立了基地，生产食品和宇宙飞船的零件，人口规模也从增长到了150万。
陈星老了，这个地球上唯一的被高阶文明寄生虫感染的人类，将要走到生命的尽头。看到自己长期监控、经营的人类社会，真正实现了和平友爱、人人平等、资源高度平等地分配、每个人的潜能被最大激发，这是世世代代人类的哲学家梦寐以求却无法实现的事情。他相信：人类终于完成了从猴到人的进化，他渐渐把社会运行的计算技术交给人类，把社会管理的责任还给人类。
然而，不久，有了管理权的人类，又开始了混乱和情绪化的时代，飞船里的人类抱怨吃不到肉、喝不到牛奶、住不了好房子，整天住在狭小的空间里，而火星移民的那些人，吃得好住得好，飞船上的人都想去火星上过好日子。然而，陈星制定的规则却不允许这样做，他只让一小部分人去火星，大部分人留在飞船，靠养殖真菌获得营养。渐渐地，人类又把陈星描述成了魔鬼。
从神到魔鬼的转变，冰与火的刺激，让老朽的陈星渐渐精神分裂了，他已经分不清是自己在思考还是能量豆在思考，能量豆也分不清是自己在运算还是陈星的大脑在运算。
垂垂老矣的陈星问自己：“这一切的乱象，是必然？还是巧合？是因为我没有计算准确吗？我从遥远的宇宙中来，像神一样地占领了这个星球，耗尽这个星球的资源，前往下一个星球，再去耗尽那个星球的资源，难道这就是我的使命吗？我用人类最后的诺亚方舟救了他们，希望在我走后他们可以自救，但是他们却始终是扶不起的阿斗，难道这就是人类这道数学运算题最后的答案吗？我以为我让这些地球上的猴子最终在思想上进化成了人，掌握了科技，他们曾经把我当做神，当我把权利还给他们，他们又把我当做魔鬼。如果没有我，如果没有小行星撞击地球，地球上这群猴子是否也会缓慢进化，最终耗尽地球的资源？”
这些问题困扰着垂垂老矣的陈星，他躺在生命维持系统里，看着窗外一艘艘往返于火星和宇宙飞船的飞行器，一派忙碌的情形：飞行器正把人类大量迁往火星，人类已经倾其所有在火星上建成了一座巨大的人类城市，这成了人类新领袖最大的政治资本，为他争取了巨量的选票。广播里不断播放着：“在我们伟大领袖朱头领的带领下，我们的经济飞速发展，人类的生活水平飞速提高，人均住房面积从不足2平米到10平米……下一步，我们将在伟大的朱头领带领下，逐步扩大城市规模，制造更多的宇宙飞船，飞向X星系，和伟大的先民们汇合，实现人类的伟大复兴……”
残破的宇宙飞船里冷冷清清，只剩下不足10万人，都是与当红政治家们唱反调的人，以及人类主政后出现的新穷人。尽管陈星极力反对大量移民火星的计划，因为火星的沙尘暴预报减灾技术远没有达到人类专家吹嘘的水平，就像星际天气预报无法准确预测一样一样。但是，人类的游戏规则已经不由得他控制，汹涌的选票让冒险者更加疯狂，就像看一群猴子盖高楼一样摇摇欲坠，灾难随时可能发生。
不久，一场突如其来的火星沙尘暴，瞬间淹没了人类辛苦建立的火星城市，就像一场洪水冲垮了蚂蚁们建立的巢穴。沙尘暴过后，一切都被埋在地下，只剩下那曾经高举的竞选标语：来火星，让你重新过上地球的生活！
当陈星在飞船上看到火星上的这一切时，他想起了那首诗：
未来
我可以去到更远的未来
却再也回不到过去
那些曾经伟大的梦想
在未来一一变了样
当前脚下的花朵
你不要去碰伤
要让它们成为
你过去快乐的时光
陈星的身体越来越虚弱了，他感到来日无多，一天，他的家人都来看他。他躺在生命维持机里，妻子老了，儿子长大了，和当年被机器人救出来的那个女孩结婚了，也有了孩子。陈星嘱咐他们：要让飞船上幸存的人继续沿着能量豆设定好的路线慢慢发展。等他死后，把脑中的能量豆取出，保存到事先准备的盒子里，藏在一个最高机密的地方。他剩下的肉体器官全部捐献，不能捐的，进入物质回收系统，让每一个元素都各得其所。
他的子孙们哽咽了，都立志于陈星的嘱托，留在宇宙飞船上，循序渐进地发展人类的复兴事业。
此时，陈星脑海突然呈现了年轻时他在深圳的美好回忆。那时的深圳那么年轻，就像那时的自己，朝气蓬勃，后来，那些当年朝气蓬勃的城市和人们都消失了，按部就班没有痛苦地消失在历史了，只有自己，经历了这么多起起伏伏，最终也要画上句号，这一切究竟是一场梦还是生物蛋白活性的终结？或许一觉醒来，又会像开头那样，发现自己的与众不同？他闭上了眼睛，只剩下了微弱的脑电波，就像将要熄灭的昏黄灯光，那脑电波翻译成以下文字：
TA带走了你的灵魂
TA走了，带走了你的心
从此你的生命里
再无爱情
TA走了，带走了你的魂
从此你的生活里
只剩呼吸
TA走了，你们再无纠缠
可是你的梦中
为何总有TA的笑容？
带走你灵魂的TA
是传说中的妖？
还是天上的仙？
亦或只是那转瞬即逝的能量波
给你单调的人生曲线
有了美丽的波纹？
让你平淡的人生
有了彩色的回忆
