陈星带领着勤劳的人类制造大型的宇宙飞船，就像一个人类在猴子的星球上带领猴子们制造拖拉机一样。这项复杂的世纪工程，人类坚定不移地相信是源自于人类移民外星的梦想。在陈星大脑里能量豆从宏观到微观的严密计算下，这项伟大工程平稳进展着。
但是，陈星对人类的计算并非没有偏差，随着时间的流逝，人类针对陈星领袖地位的拷问开始蔓延，人类的精英们渐渐忘记了陈星带领人类度过困难、在地球上继续活下去的事实，转而怀疑陈星的动机，质疑他这样一个其貌不扬的人，何以成为众人膜拜的神？这质疑声的主要来源，就是郑非人和乔帮主，为他们打头阵的，就是Jimmy，他在与陈星的对决中并没有死，多亏了中为公司的技术，他成了半个机器人，他对陈星恨之入骨。郑非人和乔帮主这两个狡猾的人类“猴精”和他们凶狠的打手，正对陈星的人头虎视眈眈。
陈星的门徒们发现了他们的动静，于是，陈星一方面加强了机器人保镖的力量，一方面开始准备将自己最后的科技释放出来：复制能量豆。复制能量豆是最危险的一步，一旦这些技术释放，意味着猴子变成了人，变得与自己一样了，自己也不再是他们的神，也将无法控制他们。陈星自私的人类肉体想要停下来，让自己永远在神的位置上俯瞰人类金字塔，但这种想法很快被压制了，他的肉身已经四十多岁了，他已经感觉自己开始不可避免地像花儿一样凋谢。此时能量豆强大的生物电控制着陈星，能量豆的高超运算，计算着释放复制能量豆技术的最佳时机。
金字塔中层和底层的人类对陈星的崇拜在不断发酵，他们把陈星尊奉为神，给他修雕像、写语录，陈星却很冷静，他让妻子儿子隐姓埋名，给他们优越的生活，妻子也不再抱怨什么，她知道，陈星是爱这个家的，他曾经多次讲过，被浪花推得越高，摔得越惨，所以，还是过平稳的生活好。
陈星巧妙地利用着人类的狂热，要求人类节俭，不去浪费任何形式的物质和能量，他也以身作则，把物质和能量运用到极致，地球上没有了垃圾，物质全部循环利用，用于支持宇宙飞船计划和能量豆复制计划中去。
陈星的饭量越来越多，吃的东西也越来越古怪，需要的英语元素在地球上很难找到，要耗费大量人力物力，实际上，他吃这些东西都是因为他体内的能量豆需要，而复制能量豆也需要大量的稀有物质，人类的物质生活开始捉襟见肘。陈星发动狂热的人类，勒紧裤腰带，为了伟大理想努力奋斗。不久，他已经生产了50万个能量豆。
能量豆和将和人类结合形成“改良人”，陈星精确计算着，这个星球的生态承载力只能承受100万个这样的“改良人”，而这个星球的人类是100亿，一旦能量豆的神奇被人类知晓，每个人都会想要得到能量豆，那会把这个星球挤爆。陈星小心地控制着能量豆的生产，他逐渐看到，自己精确打造的理想的人类社会模型，仍然是一个金字塔，自己一边在吸金字塔底人的血，一边在为金字塔底的人生产希望。
随着宇宙飞船工程的顺利推进，矛盾也在日益积累，每一艘巨型宇宙飞船都要大量物质能量，资源的矛盾越来越凸显。
陈星认真计算着，当这100艘宇宙飞船造好之际，他将会把能量豆全部用于“改良人”，随飞船一起移民外星。然而，事情并不总是如陈星所计算得那样发展，陈星并没有预料到，人类对于进化的欲望和恐惧是并存的。
陈星超乎常人的能力除了被疯狂地崇拜外，也吸引了一部分人的怀疑。他们以郑非人和乔帮主这些旧势力为核心，对陈星恨之入骨，因为陈星“夺走”了他们的地位。他们开始研究，为什么这样一个不起眼的小职员，能比爱因斯坦还要一鸣惊人，解决人类面临的几大难题，难道他是一个外星人？他们偷偷地获取了陈星的头发，进行了DNA测序，显示结果就是一个普通人类。他们开始转而研究陈星的大脑，在陈星体检的时候，偷偷地获取了陈星大脑核磁扫描的数据，他们惊奇地发现，陈星大脑里一颗黄豆粒大小的物体，原来，经过多年的融合，那颗绿豆大小的物体已经长成黄豆大小了。这项发现震惊了世界，人们对陈星是超人类的论断早有说服，此时更是一发不可收拾。人类对陈星那不可控制的崇拜也逐渐转变为不可控制的恐惧，要求对陈星进行更深层次的检查。
在人类的逼宫下，不得已，陈星召开了记者招待会，向全世界宣布：他只是一个普通人，因为小时候被寄生虫感染了，没想到这种“寄生虫”却造就了自己智商的进化。
世界一片哗然。再之后，是人人都想成为陈星这样进化的人，而这个星球的生态承载力只能承受100万个改良人。
此时，陈星宣布，之前作为生产宇宙飞船零件生产的能量豆，如果植入人的大脑，可以使得人类变得聪明。世界又是一片哗然，人类批评者痛骂，这是灭绝人类的技术，这些“改良人”会把依靠自然进化的原生人远远甩在身后，陈星就是灭绝人类原生人的撒旦。
陈星神的形象开始倒塌。
人类内部的思想开始乱了，甚至开始出现破坏宇宙飞船建设的行为，工程进度开始受影响，眼看就要完工的宇宙飞船计划岌岌可危。人类第一次对前往外星移民产生了疑惑，移民外星究竟是人类自己的愿望还是外星寄生虫的愿望？人类是否只是外星寄生虫控制下的奴隶？
乱的不只是人类思想，物质的紧缺更加重了人类的危机。由于制造宇宙飞船几乎耗尽了人类所有的财富和物质，当人类被伟大梦想所吸引时，物质匮乏都不是事，但是这些理想信念发生动摇时，人类社会稳定的金字塔就开始摇摇欲坠。
郑非人和乔帮主看到了乱世中机会，不失事宜地反对陈星给人类植入能量豆，他们声称要保住人类的优良原生态基因，要让自然选择进行下去。而实际，是他们老朽的身体已经无法承受这最新的科技了，他们只是利用人类的情绪谋取私利。他们扶植Jimmy去推翻陈星，Jimmy也看到这乱世中的机会，他早已摩拳擦掌，他以人类守卫者的形象出现在世人面前，展示着曾经和陈星的机器人大军战斗留下的伤疤，他否定陈星给人类的“宗教”式信仰，开始给人类新的信仰：人类不需要去那么远的外星球，家门口就能解决人类的问题。他提出了新的土地改革政策，让人人有房子，过上更好的物质生活；他要在喜马拉雅修建一个对外太空发射飞船的梯子，去占领月球……
在陈星看来，这些愚蠢可笑的想法，竟然得到了人类的拥护，人类觉得这个原生态的人类比那个进化得过于聪明的人类更值得信赖。Jimmy抓住时机，发起暴动，他要勇夺人类金字塔的顶端。
