一方面，世袭伊玛目掌教制，本身就潜藏着许多弊端，世袭制随着时间的推移，长期的家传世袭养成掌教子弟的依赖性，不认真学习经典教律，自恃世袭掌教乃法定传统，即使缺乏宗教知识和宗教修持，依旧可以继承父业，担任伊玛目。这种现象的发展，使得掌教者素质越来越低，丧失在教坊穆斯林中的权威，世袭制失去了群众基础。各地寺坊穆斯林相继起来要求废除世袭制，前面讲到北京牛街礼拜寺世袭掌教明弘治和万历年间所立铭记世袭的两块碑刻，后来教坊穆斯林便将其击毁，要求废除世袭制。
另一方面，明中叶陕西着名伊斯兰教经师胡登洲倡办经堂教育，经过几十年的努力，经堂教育在全国穆斯林地区发展起来，为回族伊斯兰教培养出大批宗教人才。这种经过经堂教育培训出来的阿訇，成为传教中的新兴和中坚力量，这就从根本上动摇了伊玛目掌教体制，并使其逐渐解体。
阿訇掌教制由阿訇担任穆斯林寺坊的掌教，标志回族伊斯兰教进入了一个新的历史发展阶段，它是进入近、现代以来，回族伊斯兰教最重要的宗教组织形式，对回族伊斯兰教的复兴和发展具有重大意义和作用，同时，它使回族伊斯兰教更具有鲜明的特色。现在，我们在论述阿訇掌教制以前，还需对“阿訇”的含义及起源作一些必要的探讨。
阿訇这种教职人员，在明代以前，都不曾见于经传，直至明末清初，回族穆斯林经学家的汉文译着，也极少记述。清康熙末年，回族经师赵灿所撰的《经学系传谱》中，只有两位经师称为阿訇(系译写为“阿轰”)，其余所传经师一律称之为“先生”，连经堂教育的先驱者、倡始人胡登洲太师，也以先生称之。这两位被称为阿訇的经师，一为“西宁阿轰李老师”；一为“益蛮阿轰”。西宁阿轰，即胡登洲太师的四传弟子李定寰，是当时西北最着名最有权威的大阿訇，后来人尊称为“李太巴巴”。“益蛮阿轰”是“益蛮”地方人，“益蛮”可能是阿拉伯的也门，也可能是指中亚或我国新疆某地。精通“费格海”教律之经，于明末清初来我国传教，至“长安花区巷之敕建清真寺(今化觉巷清真大寺)中挂衲，从游学者数十辈”，教授教律经。《经学系传谱》在“阿轰”下注谓“大人也”，视为“达官贵人”，似乎只有最着名最有权威的经师，才能以“阿轰”称之。
到了乾隆四十六年、四十九年，哲赫忍耶穆斯林两次反清起义时，官书文献中才有了关于领导和参加这两次起义的阿訇的大量记述，并多歧贬译写为“阿浑”。《钦定兰州纪略》(以下简称《兰略》)卷六，丁丑年(1781年5月27日)阿桂、和坤奏：“臣等现将拿获贼党马复才严切究讯，据供……自三十六年，马明心会各处阿浑传经，有河州旧教阿浑马来迟说是邪教，不肯遵从，故与他们相仇杀。”又说：“臣等查马复才供内称：三十六年马明心会各处阿浑在撒拉尔地方传经。”《兰略》中对两次起义领袖苏四十三和田五都称为“阿浑”，谓为“撒拉尔番回苏阿訇”、“韩阿訇”、“田五阿訇”。《兰略》卷十一，癸巳(1781年8月11日)阿桂、李侍尧奏：“此次官兵杀贼匪阿浑五人，内周阿浑系河州新教回民……马德明亦系新教，在洪济桥、唐家川等处掌教……张怀德，陕西回民，系马明心表侄……张汉安定回民，系马明心表婿……海朝宗兰州城外海家滩新教回民……”又十三卷，己巳(1781年9月16日)阿桂、李侍尧奏言：“……其伏羌县所获马得建等十六名，内马建业八名俱系新教阿浑……”穆斯林起义军的领袖和骨干都是“阿浑”，可见回族伊斯兰教中，阿訇这种教职人员，到清乾隆年间，就已很普遍了。甘宁青各地穆斯林中都有阿訇，连当时着名谢赫花寺门宦的创始人马来迟也被称为阿訇。
阿訇，又常常被写作“阿衡”、“阿宏”、“阿洪”、“阿轰”等等，清政府的官吏则把它写作“阿浑”，它的来源和含义，说法很多，据回族学者杨志玖教授考证，认为它源于波斯文"Aykhun"一词，释意为王子，首领，雅典城长官，长老。也是《元史》称为“也里可温”的东方基督教徒的称呼，有主教或教长的意思。而也里可温与波斯文的Arkhun音相近，是波斯文Arkhun的译音。所以，Arkhun就是元代也里可温一词的原字。在《元史》中，也里可温常常与和尚、先生、答失蛮并举，元亡后，一些皈依了伊斯兰教的基督教徒，便把这个词输入回族伊斯兰教，作为对回族伊斯兰教学者、教师的称呼。
近年来宁夏的金占祥先生认为阿訇是波斯语阿尔浑(Arkhun)一词的译音，原意为长官。
1980年上海辞书出版社《辞海》中，阿訇条谓：“阿訇，波斯文Akhund的译音，一译阿洪、阿衡，原意为教师，在通用波斯语的穆斯林中，是对伊斯兰教师的尊称，在中国是伊斯兰宗教职业者的通称。”我们认为此说为是。
阿訇是波斯语(Akhund)的音译，它的复数是Akhunmad(即阿訇曼德)。阿訇本来是在通用波斯语的穆斯林中，对伊斯兰教师的称呼，在中亚突厥语各民族穆斯林中，也多以阿訇称伊斯兰教教师，并且对一般熟悉经文和教典的穆斯林也常常冠以阿訇的尊称，正像我国先生的称呼一样。我国新疆维吾尔族穆斯林也是如此，对教授经文的教师，就被尊称为阿訇。清同治年间随左宗棠入疆的一个官员肖雄，写有《西域杂述诗》四卷，叙述新疆宗教、文化、风情、习俗。其中有《风化》一首，专叙新疆阿訇，诗云：
诗下注云：“欲亦重识字，以识字诵经为出众，皆童时习肄之。传教者曰"阿浑"，师傅之谓也。其人不受官职，通经讲理，立品端方，不饮酒，不吸烟，恪守遗规，其为表率；常劝人行善事，学好样，老幼男妇莫不亲敬，伯克、台吉不敢以势加之。分与王同坐，亦重道隆师之意也，讲舍必傍树荫，室中无椅案，师徒席地而坐，旁设短桌一二，夏日则环坐树根，捧书诵读。凡入学者，各执木简或牛羊板骨一片，趋谒阿浑，阿浑为之书写之上，即读本也。小儿不率教者，则以红柳木条笞其脚，乃圣人遗留责人者，能使人开心思，善记忆，且脚心击之无伤也。束修极薄，据云，往年南八城一带，生徒一人，每至七日，送普儿一文，遇节馈面馍、油馓而已。”
诗和注中所描述的阿訇及其教学情况，是新疆穆斯林普遍的传统教育形式。作为这种教育的教师，称之为阿訇。明中叶以来，回族伊斯兰教兴起的经堂教育中，教育形式也大体如此，特别是甘宁青的经堂教学与之非常相似。
又据，清陕甘总督那彦成道光八年(1828年)十月五日奏稿，曾对新疆阿訇说：“伏查回子最重阿浑，以其熟悉回经，堪为众人表率，愚回惟阿訇之言是从，是阿浑乃众回纲领，收罗益人心，……”此外，还提到新疆的几位着名阿訇，如“阿浑奈玛特”、“大阿浑毛拉萨迪克”、“阿浑赛依特作拉黑顶”等。由是观之，往昔在新疆阿訇就是一种较高级教职人员。
《回疆通志》也说：“奉教传法者曰阿浑，不受职战阵，不饮酒吸烟，惟诵经讲礼，劝人行善，回人咸尊之，虽伯克亦不敢以势相加。”可见阿訇社会地位相当高了。
据撒拉族穆斯林传说，其先人，元时率领撒拉穆斯林到青海的尕勒莽，本是撒马尔罕一带的一位着名的大阿訇。尕勒莽定居今青海循化县以后，被元朝廷任命为积石山州达鲁花赤。这也可以说明，中亚一带也早就有阿訇这种教职人员。
所以，阿訇并非回族伊斯兰教特有的教职人员，更不能认为它是回族伊斯兰教中产生的一种新的教职人员。元时，大批东来我国的回回人，以中亚突厥语族各族穆斯林以及波斯穆斯林为主要成分，随着他们的东迁，故在元时，已把他们故乡流行的这种教职人员及其称呼直接传入我国内地，并且，在被东迁的波斯和中亚一带的穆斯林中，恐怕就有一些阿訇也相随东迁来华。上述尕勒莽就是一个例证。《元史》中提到的“答失蛮”(即达尼士曼德)可能就包括有阿訇这种教职人员。
