整个宇宙，包括宝可梦世界，是由一位名为阿尔宙斯的宝可梦创造的。阿尔宙斯从虚无之地的蛋中诞生，是第一只存在于世界的宝可梦。接着阿尔宙斯创造出帝牙卢卡，帕路奇亚，还可能包括骑拉帝纳。阿尔宙斯分别给了帝牙卢卡与帕路奇亚掌控时间与空间的能力，而骑拉帝纳则掌控反物质的能力，它存在于另一个次元之中。接着，在世界诞生之初，阿尔宙斯创造了亚克诺姆，由克希，和艾姆利多，分别代表共存于现代的人类和宝可梦之中的意志、知识与感情。它们生存于今天被称为立志湖，睿智湖，心齐湖的湖泊的异空间里，被称为湖中的传说的宝可梦。在此期间，梦幻在宝可梦世界诞生，并包含了当时及未来存在的全部宝可梦的遗传基因。
很久很久之后，固拉多从地底的岩浆中诞生，盖欧卡在深海的海沟中出现，烈空坐则形成于臭氧层的物质中。烈空坐在臭氧层中盘旋，偶尔也会来到天空之柱休憩。固拉多和盖欧卡分别扩张着大陆与海洋。两只超古代宝可梦终于碰面，带来了为争夺在宝可梦世界之初的优势而进行的激烈战斗。烈空坐最终平息了这场战斗，并使得固拉多与盖欧卡回到各自长眠的洞窟中。为了防止两只超古代宝可梦再度醒来，朱红色宝珠与靛蓝色宝珠被制造，并保管于送神山。当时，梦幻在世界各地出现，有相当多的分布数量。除此之外，宝可梦世界中出现了天冠山一类的地块，随着雷吉奇卡斯在陆地间的移动，形成了各个地区，在天冠山周围形成的是神奥地区。在这场造山运动中，神奥地区的东北部出现了严酷山，在其中的岩浆中诞生出席多蓝恩。阿尔宙斯创造了金刚宝珠、白玉宝珠和白金宝珠，之后进入了长眠之中。
同时，阿罗拉进入初始形成时期，但没有光明，天边三只传说中的宝可梦出现，索尔迦雷欧，露奈雅拉与奈克洛兹玛给阿罗拉带来了光明，随后奈克洛兹玛渐渐消失了光，进入沉睡之中，索尔迦雷欧与露奈雅拉也消失在了天边。许多年之后进入了史前时代，并出现了多种存在于那个时期的宝可梦。考古学家已证实这些宝可梦分布于各个陆地，在今天形成了化石并包含着宝可梦的遗传基因。这一时期可能梦幻的数量开始减少，世界上更多地存在其它种类的宝可梦。除了宝可梦之外，宝可梦世界上还出现了人类。在石器时代、冰河时代和铁器时代，分别出现了雷吉洛克、雷吉艾斯和雷吉斯奇鲁，它们藏于丰缘地区，并作为打开在切锋神殿雷吉奇卡斯封印的钥匙。
烧焦塔在被烧毁150年之后约20000年前，无极汰那伴随陨石降落到伽勒尔地区，扭曲着周围时空，散发的能量令那里宝可梦出现极巨化。无极汰那和代欧奇希斯等宇宙宝可梦一样来自地球以外，侧面证明了地球以外存在宝可梦生命迹象。约3000年前，卡洛斯地区发生战争。当时的国王ＡＺ的宝可梦朋友花叶蒂死亡。ＡＺ因而开发出了最终兵器。1500年前，最早的文字书写方式在阿露福遗迹、阿斯卡纳遗迹和随意遗迹出现。考古学家尚不能确定未知图腾和这种书写方式究竟哪个最先出现，但显然它们之间有某种关联。在此时期，鲤鱼王的种群发生突变，成为了最脆弱的宝可梦。约800年前，在临死之际，哲尔尼亚斯释放/伊裴尔塔尔吸取了卡洛斯地区的生命能量，之後在森林/山脉陷入沉睡。在700年前的近代，在缘朱市相继建造了9层高的铃铛塔和钟之塔。两座塔象征着宝可梦与人类之间的友谊和共同生活的希望。从塔顶一览的情景十分壮丽。西边的是唤醒宝可梦的钟之塔，而东边的塔是宝可梦的休憩之处。据说在当时，一只巨大的银色宝可梦栖息于钟之塔顶，相对的铃铛塔则住着彩虹色的凤王。然而，在150年前，一场闪电击中了钟之塔，剧烈的大火燃烧了整整三天，在一场倾盆大雨之后才被熄灭。洛奇亚和凤王逃离了这场灾难，之后洛奇亚到漩涡岛栖息。在那时起，第一届宝可梦联盟比赛开始举办。在现代时期，秋叶原博士创造了第一只人造宝可梦多边兽。
在数年前，人类从梦幻的基因中克隆出超梦，超梦逃脱了人类的控制并破坏了红莲镇上的宝可梦屋。不久之后，红莲镇的火山喷发破坏了岛上的许多区域。另外熔岩队和海洋队的老大唤醒了固拉多与盖欧卡并使它们再度交战，又再度被烈空坐平息。在现代，由于环境的异常变化，神奥地区开始变得寒冷。邪恶组织银河队使用红色锁链使湖之众神召唤出了帝牙卢卡，帕路奇亚和骑拉帝纳。由于光辉，小光，阿驯的干涉，银河队的计划没有得逞。那时在天冠山顶出现了一个时空裂缝，也是毁坏的世界的入口。骑拉帝纳和银河队老大赤日进入了毁坏的世界，之后这个入口的关闭让神奥地区恢复了平和。在近年，以Ｎ为首的等离子队在合众地区活动。魁奇思以合众的建国传说四处游说，表面上是想解放宝可梦，实际上在酝酿更大的阴谋。而N则为他的理想收服了莱希拉姆，当击败冠军阿戴克后，斗也和斗子在合众八位道馆馆主的帮助下，唤醒了另一条龙宝可梦在Ｎ的城堡及时阻止了N，但N幕后的魁奇思露出了他的真面目。由于斗也和斗子的活跃，逮捕了魁奇思，N乘着莱希拉姆飞走。国际刑警官员帅哥在斗也和斗子两位的帮助，逮捕了等离子队余党，合众地区的风波被平定。2年後，等離子隊分裂成兩派。魁奇思帶領等離子隊企圖用酋雷姆的力量把合眾地區冰凍，後來被恭平芽衣以及N阻止。魁奇思卻讓酋雷姆和捷克羅姆莱希拉姆合體。最後，酋雷姆被恭平制服，合眾地區免於受到危機。就在这段时间里，卡洛斯地区的閃焰隊打算使用「最終兵器」改變這個世界。因而喚醒了哲尔尼亚斯和伊裴尔塔尔。卡鲁姆和莎莉娜制服了牠們以後，卡洛斯地区3000年前的國王ＡＺ的後代，閃焰隊老大弗拉达利使用能進行超級進化的宝可梦打算阻止卡鲁姆和莎莉娜離開閃焰隊秘密基地。最後，卡鲁姆成為冠軍，回到密阿雷市接受表揚。ＡＺ與花叶蒂再次相遇。卡洛斯地区脫離了危險。近年，以太基金会理事长露莎米奈为收集究极异兽，她通过一系列手段打开了究极空间，但是她的女儿莉莉艾和儿子格拉吉欧都离她而去。之后以太基金会分部长扎奥博邀请了朗日，美月和哈乌来到以太乐园，在他们与露莎米奈一同见到了ＵＢ０１：寄生物，之后乘势绑架了莉莉艾。在朗日，美月和哈乌解救出莉莉艾后，朗日，美月和莉莉艾前往到波尼岛，通过岛神的力量，让两只小星云分别进化为索尔迦雷欧和露奈雅拉，并进入究极空间让露莎米奈迷途知返。在打败了露莎米奈后，露莎米奈理解了莉莉艾的感受。朗日一行人乘坐索尔迦雷欧和露奈雅拉返回到阿罗拉地区。若干年后，伽勒尔联盟的会长洛兹使用一系列手段唤醒了无极汰那，并称要“保护伽勒尔地区的未来”而获取无尽能源。后来，小胜一行人来到了微寐森林并找到了腐朽的剑和盾。小胜与赫普随即赶往拳关竞技场并来到了地下工厂中。小胜遇到了洛兹并与他对战，洛兹在战败后阐述了他的理由。在洛兹大厦楼顶，丹帝试图使用精灵球收服无极汰那，可惜并未成功。这时，与赫普挺身而出，但他们的攻击对无极巨化后的无极汰那没有效果。此时，他们想起了腐朽的剑和盾，并拿出了它们，苍响和藏玛然特出现并与三人共同作战，最后赫普成功收复了无极汰那。最后，小胜与小优在微寐森林再次与苍响和藏玛然特相见，并让伽勒尔也恢复了和平。
