故事的开篇，是很久远的过去。
上古有二神，名分阴阳；后续有三帝：青帝神农，百草治天下；人帝轩辕，剑法掌乾坤；兽帝蚩尤，金身破万军。
自阴阳二神开辟这片天地后，玄荒大陆灵气纵横，万人封神，万兽成尊。众多高手异兽层出不尽，各领风骚。
但是，久经岁月，大浪淘沙过后，最为耀眼的，当属“三帝”。
青帝神农，原本只是出生在游医世家的一个小剑客，却有着超乎常人的识药与寻药的本事。
他八岁时误食一种自己偶然寻得的药草，却导致自己所修的本源木性剑气发生了一些变异，能以剑气为炉，将所寻药物精炼成粉，若加以妖兽的精血共同炼制，甚至能够强化修为。
由于其纵横天下的炼药奇术，自身寿命比一般的剑圣强者还要长出不少，自此神农一氏一飞冲天，神农本人的修为也逐渐达到了剑圣巅峰的级别。
此后百余年，神农一氏由于高手众多，寿元倍增，还被神农又发现了不少炼药的后辈，整个氏族几乎被人们神化。
后有一载，其为了守护人族，与生性贪婪的上古恶兽饕餮（tāotiè）大战不敌，受到重创，垂死边缘靠自己炼制的一味神药起死回生，手执青神剑力斩饕餮，终是守护住了人族的百万生灵。
由于其剑气颜色淡青，兵刃名为青神剑，人们尊其为青帝。
人帝轩辕，生地不详。
青帝神农虽借神药之力绝地反击，斩杀了饕餮，亦被饕餮所重创，隐居起来闭关疗伤。
正值此时，另一凶兽梼杌(táowù)出现。梼杌此兽人面虎爪，较饕餮比起来更为凶恶，凭自身的修为为祸已久，见此良机，公然召集众凶兽残害人族。
神农一族与之抗衡数年，损失惨重，只得倾族隐退，待青帝归来。
正当人族绝望之时，轩辕出现了。
汹涌兽潮之间，人们只见得漫天黄光闪烁，惊天剑气撕裂长空，一柄虚光显现的巨大神兵顶天立地，一面是日月星辰，一面是山川草木，执剑之人似有无尽威能，退兽潮，斩梼杌。
一战成名，轩辕似乎已经超越了剑圣的范畴，因其拯救了人族苍生，人们尊其人帝轩辕，贵为人族之首。
而神农一族似乎觉得避世没什么坏处，除了青帝伤势恢复偶尔出现在人间，就只剩一个神农门在人族中缓缓开枝散叶，原氏族中人就这样隐于世间。
兽帝蚩尤最后出现，却是最负“盛名”的一个。
此后数十年间，饕餮梼杌已除，但天地之大，万物无常。
兽族好斗成性，且兽族的肉身天赋和威能都非常人可及，所以各地异兽为祸的事情常有发生。非但如此，还有些人类依靠着独特的剑道和法门，一直在驱使驯养着众多异兽。更有些各种因素下产生的人族与兽族跨种族融合，导致了一些畸形产物，其中大部分兽人先天夭折，有些兽人却得以存活，在人族和兽族中间活动着。
但终因人帝轩辕剑法纵横天下，加上伤势恢复重新出山的青帝神农，使得人类与异兽间虽然彼此时有摩擦，两大种群还是始终可以相互制约。
这种平静，直到蚩尤出现的一天，彻底打破了。
蚩尤降生于兽族群山之中，山名九黎。欲出生时天空骤现一暗紫色云团，围绕九黎山三日不散。紫云压顶下，九黎山众多草木成灰，鱼虫鸟兽化为尸骸。
蚩尤坠地之时，一声啼哭，引得百万异兽噤声，惊起深海三条蛟龙。
人帝轩辕及青帝神农作为大陆上的两位最强王者，感知到此异象，同时动身前往。
但是，二人飞到了九黎山巅，驻足相议之时，却是起了些分歧。
轩辕感知到，此子必给苍生带来祸患，纵使他为人仁善，但为了自己庇护的子民，也不得不欲斩杀之以绝后患。
而神农觉得，这毕竟是一条活生生的人命。自己医术举世无双，想要尝试以医术镇压此子。
就在两人争论不下之时，一道巨大紫色旋风闪过，飞快地冲向山底，直接掀翻了茅草屋顶，露出了下面的情形。
这似是一处会铸造兵器的异兽居所，屋中有一座铸铁火炉。
另外一边的木床上躺着一个人族女人。在其腹下，有一婴儿在微微蠕动，而女人已经昏死过去。
旁边战立着一牛状异兽，异兽赤裸着青色的健壮上身，似牛却几乎看不到角，似是夔牛（kuí niú）的后代。但是明显也是血脉不纯，此刻正扶着床边在哀号着什么。
木床对面，紫色旋风消失之处，另一异兽出现。
只见这只异兽生得凶猛。体型虽是如牛大小，但是形状似虎，浑身都是闪着精光的钢刺，一对紫翼紧贴身后，竟是凶兽穷奇。
轩辕和神农不敢怠慢，各自执剑在手，紧盯着下面的两人两兽。
只见穷奇尖锐的目光扫向两人，突然露出了尖锐的牙齿，紫翼突展，作势欲冲。
二人剑气催动，一青一黄两道光芒冲天而起。刚需动手，穷奇突然动身，目标却是站立的牛。
片刻间，穷奇将牛头啃食下来，这牛连一点声响都未发出，便倒地身亡。
二人反应过来，恐再生异端，便是不再留手，铺天剑气冲向了穷奇，穷奇却是紫翼一闪，用嘴吊起了刚出生的孩子，回身化为一道旋风，闪电遁走。
二人见状，轩辕剑气外放，化为一道黄光追向了穷奇，而神农冲向了女人，却发现她早已气绝，自己也已是无力回天。
轩辕上天入地，狂追了几日，终究还是被狡诈的穷奇逃了去。
二人回到人族，下令全部人族提高警惕并勤加修炼，并设立了一套各区域部族之间互相传讯的方法，来防止穷奇出世为祸，这一等就是十五年。
就在轩辕及神农不再执着于此事，开始相继闭关修炼，世人也都逐渐淡忘了此事并放松警惕的时候，兽族变天了。
