太宗贞观十七年，即公元643年的四月初一，纥干承基向太宗告发太子李承乾打算谋反。
太宗接到密告后，立刻下令，让长孙无忌、房玄龄、萧瑀、李世■协同大理寺、中书省、门下省审查此事。太子谋反的事实非常清楚明白。太宗问大臣们：“以众位爱卿的意思，朕该如何处置太子？”无人敢应答。这时，通事舍人来济说：“陛下，太子论罪当斩。您留太子一条性命，也就算不失为慈父了。”太宗采纳了他的意见。
五天后，太宗下诏，废黜太子李承乾，贬为庶民，终生幽禁在右领军府。侯君集、李安俨、赵节、杜荷等人罪名证实，全部被斩首示众。左庶子张玄素、右庶子赵弘智、令狐德等人，因未能及时督导、劝谏太子，被免去官职，贬为平民。本应连坐的一千人等，被全部赦免。
本来，太宗打算留下汉王李元昌的性命。但是，很多大臣坚持认为不可。于是，太宗只得下令，安抚厚待他的家人，让他在家中自尽。詹事于志宁尽职尽责，曾数次规劝太子。太宗对他特别嘉奖。纥干承基因告发有功，被封为平棘县公，任命为川府折冲都尉。
侯君集被收监后，贺兰楚石带着他的罪证，到太宗面前详述侯君集参与谋反的事。太宗把侯君集叫道自己的面前，对他说：“你跟随朕多年，朕不想让刑部的那些人去羞辱你。朕打算亲自审问。”刚开始，侯君集抵死不承认参与太子谋反。太宗便让贺兰楚石和他对质，还拿出了太子和他之间往来的书信。侯君集看到这些证据，哑口无言，承认了自己的罪行。
太宗和大臣们商量说：“侯君集是开国功臣，曾经对大唐有功。朕想饶他一命，你们觉得怎么样？”大臣们都不同意。太宗流着泪对侯君集说：“朕就此与你永别了！”侯君集向太宗磕头，表示愿意伏法。太宗随后下令，将他带到集市上，斩首示众。
行刑前，侯君集对监斩的将军说：“请将军转告陛下，罪臣一时糊涂，办了错事，才走到今天这步田地！想当年，罪臣也曾跟随陛下，攻取过吐谷浑、高昌二国。恳请陛下看在往日的情分上，给罪臣留一个儿子，维系香火！”最后，太宗饶恕了侯君集的妻子和孩子，把他们流放到了岭南。在侯君集被没收的家产中，还有两个从小只喝人奶的美女。
很早以前，太宗曾让侯君集跟随李靖学习兵法。有一天，侯君集向太宗上奏：“陛下，李靖有谋逆之心。”太宗问他有什么根据，侯君集说：“李靖教我兵法时，有所保留，只肯教我一些浅显的东西。所以，臣认为他有反叛之心。”随后，太宗就此事询问李靖。李靖辩解道：“陛下，这正是侯君集想谋反的证据啊！现在，中原已定，朝廷最大的威胁是周边的蛮夷。臣所教授的兵法，足以应对此事。现在，侯君集坚持让臣倾尽所有教授他，这难道不是存有反叛心思的证明吗？
江夏王李道宗也曾婉言提醒过太宗：“陛下，侯君集此人心高气傲，但才疏学浅，又自以为功劳很高。对于自己的职位低于房玄龄和李靖，他一直认为这是一种耻辱。吏部尚书的职位，肯定无法满足他的要求。以臣看来，他迟早会背叛您。”
太宗说：“凭侯君集的才能，做什么都是可以的！朕又不是吝惜高官不给他，实在是按照排序，还轮不到他而已。您千万不能胡思乱想，随便猜疑啊！”
后来，侯君集果然因谋反而获罪被杀。太宗找来李道宗，向他当面道歉：“当初您对侯君集的评价是对的，果然如您所料。”
太子李承乾被幽禁后，魏王李泰每天都要进宫，到太宗跟前服侍。太宗非常感动，当面答应要把他立为太子。岑文本、刘洎也向太宗提议，把李泰立为太子。但是，长孙无忌则提议让晋王李治做太子。
有一次，太宗对群臣说：“昨天，李泰趴在朕的怀里，对朕说，‘如今，能成为父皇最亲近的儿子，儿臣非常开心，这是儿臣的重生。儿臣有一个儿子，儿臣死的时候，定会杀了他，把皇位传给晋王李治。’世人都疼爱自己的子女，朕听到李泰的想法，觉得非常心疼。”
谏议大夫褚遂良站出来说：“臣以为陛下这样说，非常不妥。臣恳请陛下在立储的事情上，要慎重考虑，不能再出现失误了。陛下离世后，魏王继承大统，他绝不会舍得杀死自己的儿子，然后把皇位传给晋王。以前，陛下就是因为过分宠爱魏王，致使他的待遇超过了太子。这才引发了太子的谋逆之心，酿成了灾祸。陛下要引以为戒啊！如果您打算要把魏王立做太子，请先安排好晋王。否则政局不稳啊！”
太宗听罢，伤心地流下眼泪。他说：“朕没办法这么做。”说完，便起身返回宫中。
魏王担心太宗会立晋王李治为太子，就找到李治，对他说：“你以前和汉王李元昌很亲近。现在他因为参与太子谋逆，已经被赐死。你就不担心自己被怀疑吗？” 李治自从听了这番话，整日惶恐不安，满脸忧愁。太宗对此觉得很奇怪，数次追问他原因。李治就把李泰的话，告诉了太宗。太宗听后，对李泰很失望，后悔曾经许诺要立李泰为太子的话。
当初, 太宗曾就造反一事，当面质问李承乾。李承乾说：“我已身为太子，哪还有更多的要求！正是因为李泰对我图谋不轨，我才时常需要和大臣们商量自保的方法。又有一些心怀叵测的人在身边趁机唆使，我才做错事，造成今天的局面。父皇如果让李泰做太子，那刚好让他的阴谋得逞。”
一天，退朝后，太宗在两仪殿，单独召见长孙无忌、房玄龄、李世■、褚遂良四人。太宗说：“朕的一个弟弟、三个儿子，做出这样让人伤心的事。让朕觉得非常苦闷，觉得活着没什么意思。”说罢就要往床头上撞去。四人见状，赶忙上前阻拦。太宗又拔出佩刀，想要自尽，褚遂良一把夺下配刀，交给了站在身边的晋王。长孙无忌等人询问太宗的想法。
太宗说：“朕打算把晋王立为太子。”
长孙无忌上前说：“臣等一定谨遵陛下的旨意。如果有人反对，臣恳请陛下将其处斩。”
太宗对晋王说：“你还不赶快拜谢你的舅舅！他已经答应支持你做太子了。” 李治赶忙向长孙无忌行礼，表示感谢。
太宗又说：“现在，你们已经同意支持朕的决定。但是，不知道宫外对此事有何反应？”
众人答道：“晋王宅心仁厚，孝敬父母，天下皆知。陛下可以就此事，询问百官。如果有人不同意这个观点，那就是臣等欺君罔上，罪该万死。”
随后，太宗召集六品以上官员到太极殿觐见。太宗问群臣：“李承乾犯上作乱，李泰为人阴险，都不是太子的合适人选。朕打算从众皇子中挑选一人，立为太子。众爱卿认为谁可以继承大统？请各位明确的说出来。”
大臣们齐声说：“晋王有仁义之心，当为太子。”太宗看到众臣的反应，非常开心。
这天，太宗召见李泰。李泰带着一百多名骑兵护卫，刚到永安门，就被拦了下来。太宗下旨，让城门守卫就地解散李泰的随行护卫，押着李泰走肃章门，幽禁于北苑。
贞观十七年，四月初七。太宗颁布诏书，册立晋王李治为太子。太宗登上承天门楼，亲自宣布大赦天下，全国宴饮三天。
