在神奥传说中，整个宇宙，包括精灵宝可梦世界，是由一位名为阿尔宙斯的宝可梦创造的。阿尔宙斯从虚无之地的蛋中诞生，是第一只存在于世界的精灵宝可梦。接着阿尔宙斯创造出帝牙卢卡，帕路奇亚，还可能包括骑拉帝纳。阿尔宙斯分别给了帝牙卢卡与帕路奇亚掌控时间与空间的能力，而骑拉帝纳则掌控反物质的能力，它存在于另一个次元之中。接着，在世界诞生之初，阿尔宙斯创造了亚克诺姆，由克希，和艾姆利多，分别代表共存于现代的人类和精灵宝可梦之中的意志、知识与感情。它们生存于今天被称为立志湖，睿智湖，心齐湖的湖泊的异空间里，被称为湖中的传说的宝可梦。在此期间，梦幻在精灵宝可梦世界诞生，并包含了当时及未来存在的全部宝可梦的遗传基因。
很久很久之后，固拉多从地底的岩浆中诞生，盖欧卡在深海的海沟中出现，烈空坐则形成于臭氧层的物质中。烈空坐在臭氧层中盘旋，偶尔也会来到天空之柱休憩。固拉多和盖欧卡分别扩张着大陆与海洋。两只超古代宝可梦终于碰面，带来了为争夺在宝可梦世界之初的优势而进行的激烈战斗。烈空坐最终平息了这场战斗，并使得固拉多与盖欧卡回到各自长眠的洞窟中。为了防止两只超古代宝可梦再度醒来，朱红色宝珠与靛蓝色宝珠被制造，并保管于送神山。当时，梦幻在世界各地出现，有相当多的分布数量。除此之外，精灵宝可梦世界中出现了天冠山一类的地块，随着雷吉奇卡斯在陆地间的移动，形成了各个地区，在天冠山周围形成的是神奥地区。在这场造山运动中，神奥地区的东北部出现了严酷山，在其中的岩浆中诞生出席多蓝恩。阿尔宙斯创造了金刚宝珠、白玉宝珠和白金宝珠，之后进入了长眠之中。
同时，阿罗拉进入初始形成时期，但没有光明，天边三只传说中的宝可梦出现，索尔迦雷欧，露奈雅拉与奈克洛兹玛给阿罗拉带来了光明，随后奈克洛兹玛渐渐消失了光，进入沉睡之中，索尔迦雷欧与露奈雅拉也消失在了天边。
许多年之后进入了史前时代，并出现了多种存在于那个时期的精灵宝可梦。考古学家已证实这些精灵宝可梦分布于各个陆地，在今天形成了化石并包含着精灵宝可梦的遗传基因。这一时期可能梦幻的数量开始减少，世界上更多地存在其它种类的精灵宝可梦。除了精灵宝可梦之外，精灵宝可梦世界上还出现了人类。
在石器时代、冰河时代和铁器时代，分别出现了雷吉洛克、雷吉艾斯和雷吉斯奇鲁，它们藏于丰缘地区，并作为打开在切锋神殿雷吉奇卡斯封印的钥匙
约3000年前，卡洛斯地区发生战争。当时的国王ＡＺ的宝可梦朋友花叶蒂死亡。ＡＺ因而开发出了最终兵器。
1500年前，最早的文字书写方式在阿露福遗迹、阿斯卡纳遗迹和随意遗迹出现。考古学家尚不能确定未知图腾和这种书写方式究竟哪个最先出现，但显然它们之间有某种关联。在此时期，鲤鱼王的种群发生突变，成为了最脆弱的宝可梦。
约800年前，在临死之际，哲尔尼亚斯释放X/伊裴尔塔尔吸取Y了卡洛斯地区的生命能量，之后在森林X/山脉Y陷入沉睡。
在700年前的近代，在圆朱市相继建造了9层高的铃铛塔和钟之塔。两座塔象征着宝可梦与人类之间的友谊和共同生活的希望。从塔顶一览的情景十分壮丽。西边的是唤醒宝可梦的钟之塔，而东边的塔是宝可梦的休憩之处。据说在当时，一只巨大的银色宝可梦栖息于钟之塔顶，相对的铃铛塔则住着彩虹色的凤王。然而，在150年前，一场闪电击中了钟之塔，剧烈的大火燃烧了整整三天，在一场倾盆大雨之后才被熄灭。洛奇亚和凤王逃离了这场灾难，之后洛奇亚到漩涡列岛栖息。在那时起，第一届宝可梦联盟比赛开始举办。在现代时期，秋叶原博士创造了第一只人造宝可梦多边兽。
在数年前，人类从梦幻的基因中克隆出超梦，超梦逃脱了人类的控制并破坏了红莲镇上的宝可梦屋。不久之后，红莲镇的火山喷发破坏了岛上的许多区域。另外熔岩队和海洋队的老大唤醒了固拉多与盖欧卡并使它们再度交战，又再度被烈空坐平息。
在现代，由于环境的异常变化，神奥地区开始变得寒冷。邪恶组织银河队使用红色锁链使湖之众神召唤出了帝牙卢卡，帕路奇亚和骑拉帝纳。由于主角的干涉，银河队的计划没有得逞。那时在天冠山顶出现了一个时空裂缝，也是毁坏的世界的入口。骑拉帝纳和银河队老大赤日进入了毁坏的世界，之后这个入口的关闭让神奥地区恢复了平和。
在近年，以Ｎ为首的等离子队在合众地区活动。魁奇思以合众的建国传说四处游说，表面上是想解放宝可梦，实际上在酝酿更大的阴谋。而N则为他的理想收服了捷克罗姆或莱希拉姆，当击败冠军阿戴克后，主角在合众八位道馆馆主的帮助下，唤醒了另一条龙宝可梦在Ｎ的城堡及时阻止了N，但N幕后的魁奇思露出了他的真面目。由于主角的活跃，逮捕了魁奇思，N乘着捷克罗姆或莱希拉姆飞走。国际刑警官员帅哥在主角的帮助，逮捕了等离子队余党，合众地区的风波被平定。
2年后，等离子队分裂成两派。魁奇思带领等离子队企图用酋雷姆的力量把合众地区冰冻，后来被主角及N阻止。魁奇思却让酋雷姆和捷克罗姆B2／莱希拉姆W2 合体。最后，酋雷姆被主角制服，合众地区免于受到危机。
就在这段时间里，卡洛斯地区的闪焰队打算使用“最终兵器”改变这个世界。因而唤醒了哲尔尼亚斯X／伊裴尔塔尔Y。主角制服了它们以后，卡洛斯地区3000年前的国王ＡＺ的后代，闪焰队老大弗拉达利使用能进行超级进化的宝可梦打算阻止主角离开闪焰队秘密基地。最后，主角成为冠军，回到密阿雷市接受表扬。ＡＺ与花叶蒂再次相遇。卡洛斯地区脱离了危险。
近年，以太基金会理事长露莎米奈为收集究极异兽，她通过一系列手段打开了究极空间，但是她的女儿莉莉艾和儿子格拉吉欧都离她而去。之后以太基金会分部长扎奥博邀请了主角和哈乌来到以太乐园，在他们与露莎米奈一同见到了ＵＢ０１：寄生物，之后乘势绑架了莉莉艾。在主角和哈乌解救出莉莉艾后，主角和莉莉艾前往到波尼岛，让小星云进化为索尔迦雷欧S／露奈雅拉M，并进入究极空间让露莎米奈迷途知返。在打败了露莎米奈后，露莎米奈理解了莉莉艾的感受。主角一行人乘坐索尔迦雷欧S／露奈雅拉M返回到阿罗拉地区。（介绍一下，我个人还是喜欢为了我们宝可梦迷慢慢普及一下我们不知道的宝可梦知识。比如说皮卡丘这么分辨男女……把我知道的都告诉你们。）
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地点：新手岛
我叫筱杜，我是一名普普通通的高三学生，突然有这么一天，我从学校学完功课回家，因为在一天的课而感到困意就在在床上睡着了！
当我醒来就来到了这！
“我丢，这是哪啊！我怎么在这……”伴随着筱杜的疑问，环顾四周，自己躺在地上，四周花草茂盛，树木丛生，不远处还听到了溪流声，筱杜刚站起来，突然一只熟悉而已陌生的宝可梦从筱杜身旁的草丛中钻了出来，筱杜吓的又坐在了地上。
“波波，波波，”波波在那一边叫着一边跳着来到刚摔倒在地上的筱杜身旁。
“我，我不是在做梦吧！波波是你吗？”筱杜惊讶到，抬头纹都皱出了4道了，试图着用手去抚摸身旁的波波。
“波波！”波波锐利的眼神感受到了筱杜的动作，将它误认为是筱杜要对他攻击，扇动着翅膀飞到了一边。
筱杜想知道这是不是真的，就再一次尝试伸出了罪恶的双手，去抚摸波波。
波波看破了筱杜的意图很生气，煽动翅膀飞在天空中，疯狂琢击着筱杜。
“疼疼疼疼！？住手住手，不对住嘴住嘴，我错了，我错了还不行吗？”筱杜痛快的惨叫道。很快，波波就飞走了，筱杜站了起来。
眺望着远处的山峰，呼吸着森林的气息，温暖的阳光透过云层穿透的下来。
筱杜因为十分兴奋，又没有文化，所以大喊了一下。
“我竟然真的来到了，我梦寐以求的地方了吗？”
无论是天空盘旋的波波。还是树上吐丝挂着的绿毛虫。还是四处蹦跑的小拉达群……都在向筱杜诉说着一个事实。
那就是筱杜真的来到了。宠物小精灵世界。
筱杜仔细的观察四周，发现自己怎么变小了。
筱杜兴奋又开心的手舞足蹈道：“先不管了，他来了，他来了，他带着系统走来了，他来了，他来了，他脚踏祥云进来了，诶嘿。”
[叮，宠物系统绑定完成]
[叮，宠物系统的功能分别是商城系统，任务系统，抽奖系统，成就系统……]
[宠物系统功能有商城系统为出售道具等等，在此不做过多解释。任务系统为系统发布任务，宿主完成后可获得丰富奖励。抽奖系统为每100积分抽取，可以叠加积分提高品质，抽取各种物品，精灵等，在此不做过多解释。成就系统为宿主完成各种成就，获得丰富奖励。再次也不多解释。]
筱杜插着腰长天仰笑的说到：“哈哈哈，哈哈哈，跟系统流小说里写的一模一样，我很快就要迎娶白富美，走上人生巅峰了。”
[如果宿主有什么需求，在心中对着系统说就行了，系统会全心全意的为宿主服务。提醒宿主，因宿主初次绑定系统，您有一份新手礼包未领取，是否领取？]
筱杜经过系统介绍，已经初步了解了这个系统，听到了新手大礼包四个字的时候，毫不犹豫的说了一声领取。
[恭喜宿主领取新手大礼包，获得系统积分×10，精灵球×10，小世界，×1，精灵宝可梦图鉴×1，属性面板×1，自定义精灵×1]
“东西倒是挺多的，就是，小世界，是什么？”
[小世界：当宿主收服宠物小精灵时，会自动续存在小世界中，宿主可应随时进入与小精灵们玩耍。]
[属性面板：可以让精灵所有的数据显示在上面，方便宿主对战，培育精灵等等。]
[精灵宝可梦图鉴：完成宿主收集梦。]
系统缓缓的解释筱杜提出的所以问题。
“好的，大致了解了，系统，人物属性”
[姓名：筱杜]
[年龄：10]
[等级：初级训练家]
[技能：属性面板]
[物品：小世界，精灵球×10，精灵宝可梦图鉴×1]
[精灵：自定义精灵（未使用）]
[积分：10]
[抽奖：0]
“系统，为什么我从22岁变成了10岁。我可是有180的人，现在连160都没有。”
[叮，聪明伶俐，玉树临风的系统我也不能回答这个问题，可能是穿越时空隧道时，受到时空乱流吧，但也算因祸得福，你难道想拿你18岁的体格去欺负，10岁的小智？]
听了系统的回答，筱杜惊奇发现，系统说的也对，但这个系统在前面bb啥？
“准备大干一场了吗！精灵宝可梦大师的称号我来了。”
筱杜开始给自己激励一下。
[叮，系统提示，在不使用自定义精灵，系统直接没收。]
筱杜惊讶到“卧槽，无情”
[叮，辱骂系统，扣10积分]
“系统我没有骂你啊！这个在我们世界时感叹，是赞美你的的意思！”
筱杜为了那10积分也是No Face 了，
[叮，宿主请不要把这么聪明伶俐的系统当成智障。]
筱杜想着心里有一万个mmp，不知当讲不当讲。
Ps：训练家等级为初级训练家，中级训练家，高级训练家，精英训练家，准天王训练家，天王训练家，冠军训练家，掌门训练家。训练家等级主要体现在能够指挥强大精灵的等机而分，假如有一些低级训练家指挥高级精灵和高级训练家指挥高级精灵发挥的实力，就是完全不一样。
资质从低到高分为平凡，普通，出众，精英，领袖，准天王，天王，冠军，掌门。资质决定了神奇宝贝的战斗能力，成长速度以及实力上限等等。
