这个时期，取消了南门的设计，改在东或西侧开设出入口。不过，实际上并没有严格禁止开设南门；但除了宫城以外，这已成为社会上的一种共识。而取消南门与在南庭开辟大面积园林以及当时的婚姻形态都有著密切的关系。平安中期较为著名的贵族宅邸有源融的流条河原院，藤原道长的土御门京极殿，其子赖道的高阳院，以及藤原实资的小野宫邸等。
到了平安后期以及进入镰仓初期后，寝殿造就变得更加“实在化”了。
首先，对代和对代廊出现并取代了对殿；也有使用「缺失」建筑法（即只建东、西对殿中的一个）建筑对殿的情况。
此外，宅邸规模的缩小和建筑形式的朴素化也反映了对现实使用性的重视。对殿的缩小和简省伴随著「小寝殿」的出现，左右非对称的建筑模式也快速地普及开来。
「小寝殿」集中出现于平安后期（11世纪末！12世纪初），为了体现主人的个性，寝殿渐渐与主要殿舍群分离并改建他处。由於小寝殿充分提供了私人空间，因而后来大内禁中也出现了「小御所」。
再有，随著对殿的消失，代替其机能、位於寝殿北侧东西走向的二栋廊（渡廊）便显得重要起来。另外，渡廊本是女房们的住所，后来渐渐成为公卿们的御所及举行各类礼仪的场所。原来，为了安置新出生的子孙，贵族们经常扩大渡廊的面积；后来，二栋廊和中门廊则渐渐成为举行各种礼仪祭祀活动的场所。
侍廊是仆从及身份较低者的出入口和休息室，此外也是家政机关的中枢办公地点。
最后，原先连接寝殿和对殿的透渡殿则渐渐被简省。
如此，这样的寝殿造便一直延续到室町时代。
在平安时代，按照官位的不同，所得到的职分田面积也有所差异。按当时的官制，三位以上的官员，给予1町（约14400㎡）的土地；四、五位官员则授予1/2町（约7200㎡）；六位以下官则给予1/4町（约3600㎡）。[1町约为纵横各40丈的正方形；按1丈=3尺推算，则一边约长120m]
但是，实际上像东三条殿、闲院、崛川院、土御门京极殿等大型宫室群都是2町左右的面积；高阳院和流条河原院更广达4町。
殿舍构成首先寝殿位於南面中央位置。在它的两侧建有东西向的东对殿和西对殿--这也是东西两侧的正殿。
按照宫室面积的规模，有的宅邸在寝殿北侧还建有北对殿以及东北对殿和西北对殿。其次，用渡殿和廊将寝殿和对殿连接起来。其中，连接寝殿与对殿的通路南、北侧各有一处，南侧的通路因为采用回廊的式样修筑，所以又称「透渡殿」或「透廊」，宽度（按横梁长度计算）约为一间[按现在的换算方法，1间=6尺（1。8m)；在平安时代，1间则约合10尺（3m）]。庭院中如果有水池，还要修建反桥--这些都是构成初期寝殿造的重要因素。北侧的二栋廊宽度约为两间，南侧则为一间。此外，北侧的二栋廊从中间隔开，以其中宽为一间的空间作为女房们的房间。
