就在李世民与薛仁杲交战的同时，李渊又遣窦轨等人出散关，安抚陇右。从战略上对薛举构筑起了一道包围网。之后局势发展果如李渊所料，平凉等郡在李渊的感召下相继归降。此时薛举后有李轨虎视眈眈，周围都处在李渊所营造成的包围圈中，薛仁杲又大败，老巢秦州也岌岌可危，形势极为不妙。因此薛举开始打起了投降的主意。当时他就问手下，自古有没有投降的天子？当时他的部下便分成了两派，一派以黄门侍郎褚亮为代表，主张效仿汉代的南粤赵佗还有西晋时期的西蜀刘禅那样向李渊投降。另外一排则以卫尉卿郝瑗为代表，主张学习汉高祖和昭烈帝刘备那样屡战屡败屡败屡战，最后成功的精神，不能轻易投降。这个发表反对意见的郝瑗十分有趣，这个人本来是金城的县令，因为大业末年陇西盗贼蜂起，于是招募了数千兵员让薛举镇压。结果反而被薛举趁着这个机会给挟持着造了反。本来他对薛举应该是挺有仇恨的，现在却死心塌地地为薛举卖命，此人的心理倒也奇怪。
不过不得不说郝瑗此人是薛举最为重要的一个智囊，因为他的一番话，薛举这位已经几乎山穷水尽的一代枭雄居然又咸鱼翻身了。郝瑗当时给薛举策划了一个打破李渊包围网的计划，那就是联合梁师都，重金贿赂突厥，集中全部实力东进。这个策略对于薛举来说可以说是当时打破战略劣势的唯一出路，于是薛举全盘接纳了这个计划，积极地运作与梁师都和突厥的结盟事宜。当然计划虽好，真正实行起来仅仅成功了一半。薛举想拉拢突厥一同攻唐的图谋遭到了彻底的失败。其失败的原因很简单，一句话概括就是“卖国也不是什么人都能卖的。”想拉拢突厥的不单单是薛举一家，北方靠近边境的反王就没有一家跟突厥没关系的，李渊更是极为看重与突厥的关系，跟薛举比起来李渊毕竟是世代经营关中，有数的门阀之一，如今拥立代王掌控关中兼有巴蜀，儿子李世民还跟突厥大贵族突利结拜为兄弟，无论是身份、地位、财力还是关系都比薛举要强的太多，薛举拉拢突厥的企图失败可以说是理所当然。其实这样的例子历史上还有很多，最典型的就是孙中山当年闹革命，为了博得日本人的支持，大笔一挥就要把满洲（也就是东北）卖给日本。可是就算这样也没得到日本人的丝毫援助，其根本原因就是没实力。
而当薛举收拢残兵败将喘息之际，李世民却没有再接再厉进攻秦州，这个时候他有更重要的事情要干，那就是与太子李建成一起兵发洛阳，试图夺取这座天下雄城。可是此次的行动却失败了，仅仅最后设伏击败了追击的段达军，夺取了洛阳附近的两个郡而已。此次行动让李渊知道了夺取洛阳并非一朝一夕，还是要先解决薛举这个心腹大患才行。于是在武德元年（公元618年）李渊与薛举同时将战略的重点指向了对方，双方的第二次大战一触即发。
江都之变后，隋炀帝被杀，身处洛阳的隋皇泰主正式称帝，各路反王纷纷表示承认，一时间隐隐有天下共主的趋势。而李渊立的代王杨郁则无人问津，丝毫没有任何号召力。于是李渊在公元618年五月搞了一个“禅让”的仪式，自己赤膊上阵当了皇帝，因为他是唐国公，因此建国号为唐，年号武德。
李渊这边暂时放松了警惕，可是薛举却没闲着。他在这段时间整军经武，并且迅速同梁师都建立了联盟关系，并于武德元年（公元618年）六月先派遣大将宗罗睺攻取了刚刚向李渊投降的凉州郡。而七月梁师都也配合薛举的行动发兵攻打灵武，几乎同时向新成立的唐政权发起了攻击。李渊对此的反应便是派出了一支以李世民为西讨元帅，下辖刘文静、殷开山等八总管的大军，意图一举荡平薛举集团。
而薛举攻陷了凉州之后继续东进，这次薛举军没有走第一次走过的扶风一带，而是从平凉郡向东推，目标直指扶风更北面的唐军重镇高墌城，这显然是为了与北方的梁师都呼应而制订出的战略计划。当前锋宗罗睺推进到高墌城一线后与唐军丰州总管张长逊发生了激烈的交战，此时薛举率大军来援，张长逊战败，唐军的根据地高墌城被夺。打下高墌城之后薛举军由于给养不足，只能纵军掳掠，因粮于敌。从泾州（今甘肃泾川县北五里）一直抢到豳州（今陕西彬县）、岐州（今陕西凤翔）一带，造成了军力分散，被李世民的主力大军趁虚又夺回了高墌城，此时唐军上下开始对薛举军产生了轻敌的思想。
接下来的过程则是历史上一段有名的公案，虽然找不到任何证据，但是很多人喜欢以有罪推定认为此战是李世民一辈子打过的第一场败仗。具体的战争过程正史里面大体是这样描写的：当唐军上下都被胜利冲昏了头脑之时，李世民心中却依然很明白，他看到了薛举缺粮的窘境，于是打下高墌城他便深沟高垒坚守不战，要利用资源的优势将薛举打垮。这种招数可以说是李世民的惯用招数，我们在以后他指挥的战役中可以一而再再而三地看到。可以说李世民的战略非常正确，这样打下去薛举必败无疑。可是李世民运气不好，突然得了疟疾，一病不起。只能将兵权交付刘文静、殷开山等人，并且一再叮嘱他们不要出战，等他病好之后自然会率军破敌。
可没成想如此千叮咛万嘱咐还是让这帮人坏了事，此时唐军上下弥漫着一股轻敌的气氛，而刘文静又是一个胆子特别大的，被殷开山两句话一激就沉不住气，居然不听李世民的吩咐，悍然领兵于高墌城西南的浅水原列阵，要与薛举进行决战。当然李世民毕竟还是领导，因此刘文静出发之后派了个人让李世民来检阅他们胜利的场面。李世民得到消息之后知道不好，赶紧修书一封责问刘文静，让他立刻回军。但是此时为时已晚，唐军由于骄傲大意未派多少斥候，结果被薛举事先埋伏的精锐铁骑自后突袭，唐军大败，八总管中的李安远、慕容罗睺等人战死，刘弘基被俘，唐军精锐死伤大半。李世民见势不可为，只能收拢败兵撤向长安，薛举军又一次攻陷了高墌城。
浅水原之战争论的焦点便是在李世民到底有没有生病上面，按照阴谋论的看法，李世民现在是王子，以后是皇帝，打败仗找几个替罪羊那还不方便？又况且薛举一来他就生病，薛举死了他病就好了，世界上哪有如此凑巧的事情呢？其实具体计算时间，李世民病得时间还真不短，他从武德元年七月初开始生病，一直到八月中下旬才能说病愈，前后一个月左右的时间，对于一个才十九岁的青年人已经算是相当严重的疾病了，如果一个月的时间李世民都好不了，那后世对李世民可能只有四个字的评价，那就是“英年早逝”。当李世民病愈之后李渊依旧非常信任李世民，立刻派他率军继续对抗薛仁杲，完全不曾有对李世民能力上的不信任感。这与之后李元吉丢掉太原，李渊立马换将形成了鲜明的对比。如果真的是李世民打了败仗，李渊完全可以把李建成顶替上去。就在这年的四月，李建成还作为主帅攻过东都洛阳，有资格也有能力作为主帅与薛举对垒，再不济也还有李渊本人可以披挂上阵，让一个因为能力不足而打败仗的儿子继续统兵作战实在不是李渊的风格。因此以个人的观点来看，正史的记载问题并不大，基本是可以相信的。
浅水原之战唐军之所以战败，其实并不是如表面那样简单，还有着隐藏在深处的原因。很多人对于李世民刚与薛举对阵就采取守势不能理解，因为在此之前李世民作战都是一马当先、勇猛无比。对上薛举为何就如此慎重呢？其实这个原因很好解释，那就是李世民很清楚地看出了双方军队构成上的差别，进而才作出了坚守不战的决策。李世民是中国历史上最顶尖的骑兵战大师之一，骑兵的威力没人比他更清楚。而唐军此时恰恰就极其缺乏马匹。历史上记载唐朝建国之时，号称搜刮了整个国家也仅收到三千匹马，其窘境和汉初刘邦凑不起四匹白马拉车，大臣们只能坐牛车的境况相差仿佛了。当然实际唐军的战马数肯定要比这个数字高一点，但是也能看出唐军的马匹实在是稀缺资源。
但是薛举方面却不一样，薛举起家不久便把隋朝在陇右设的大牧场给抢了。前面的章节我们知道屈突通这个人是有名的刚正严明，而最体现他性格的一件事就是那次隋炀帝让他去陇右查牧场，结果被他查出当地养马的官员光是瞒报就多达两万匹马。可见当地牧场的规模。薛举有了如此多的马匹，自然能组织起大规模的骑兵，因此以李世民之强也不得不暂避风头，采取以守代攻的战术，慢慢与薛举拼消耗。可是当时唐军上下也只有李世民意识到了这样不利的实力对比，结果唐军的失败过程就是典型的被骑兵击溃的战例，唐军第一时间战阵就被击溃，据记载仅有八总管之一的刘弘基一军还能保持阵形，最后也因箭矢射完而溃败，如果不是薛举军强大的骑兵，显然不会有这样的战斗过程出现。因此唐军此次战败除了心理和战术上的原因之外，更有的便是实力上的差距。
