为了巩固自己的势力，仇士良以追查参与甘露事变的人为名，大肆迫害异己，京城之内，人人提心吊胆，担惊受怕。大臣令狐楚认为王涯等人是冤枉的，并说参与李训事变的人已都被杀，连族人也被杀，如今横尸遍地，腐臭难闻，实在是惨不忍睹。文宗听后也不觉伤心，下令京兆尹把王涯等人的尸体埋葬。仇士良知道后，又暗中派人掘其坟墓，并把尸骨扔到渭河里。
甘露事变后，宰相都被处死。文宗想让令狐楚为相。令狐楚时任仆射，当宦官们把宰相抓到神策军严刑拷打时，令狐楚曾对文宗说王涯等实是含冤而死。国家有三司御史，是用来治理不法大臣的，不能由宦官审理大臣的案子。文宗表示同意。这件事被仇士良知道了，因而对令狐楚十分怨恨。于是他极力反对令狐楚为相。不久令狐楚被排挤出朝廷，任山南西道地方官。文宗任宗室李石为相。
宦官的势力虽然很嚣张，但他们并没有废除文宗，这在很大程度上得力于朝中大臣特别是宰相李石的抵制斗争。李石任宰相后，一心加强皇权，他敢于直言，在朝堂上常常驳得仇士良张口结舌。当文宗与宰相议事时，仇士良常常以李训、郑注的事例来警告文宗。新任宰相李石面对宦官对朝政的干预异常气愤，他反唇相讥说：“京师之乱，始自训、注，而训、注之后，始自何人？”对此仇士良无言以对，嚣张的气焰才有所收敛。甘露之变前，李训、郑注曾让文宗下令诛杀在外地监军的田全操等六名宦官。甘露之变失败后，他们在返回京城的路上公开叫嚷，要杀掉京城中所有的朝官。当他们杀气腾腾地进入长安城西金门时，宰相李石、郑章并没有被他们的嚣张气焰所吓倒，仍然在中书省处理政务，这就大大稳定了人心。同时，在军事上他们也作了准备。左金吾大将军陈君赏率领全副武装的士兵坚守于各处。面对这种情况，田全操等人想再次骚乱的目的没有达到。
李石任宰相后，任薛元赏为京兆尹。此人刚直不阿，嫉恶如仇。薛元赏认为，神策军将领之所以这样猖狂，是因为仇士良给他们撑腰。薛元赏决心要打击一下他们的嚣张气焰，有一次，他见一名神策军的将领在和李石争吵，他气愤地对李石说：“相公辅佐天子，纪纲四海，今近不能制一军将，何以镇服四夷。”说完便命手下人把这名军将带回府中审问。审讯还没开始，有一宦官前来，说奉仇中尉之命，要与薛元赏面谈、薛元赏知道仇士良的用意，就回答说因有公务在身，等过一会再去。在杖杀了这个军将之后，薛才来到了仇士良处。仇士良责问他说：“痴书生何敢杖杀禁军大将！”薛元赏回答说：“中尉，大臣也，宰相亦大臣也，宰相之人若无礼于中尉，如之何？中尉之人无礼于宰相，庸可恕乎！中尉与国同体，当为国惜法。元赏已囚服而来，惟中尉死生之！”就是说你仇中尉是国家的大臣，宰相也是国家的大臣，如果宰相的人侮辱了你仇中尉，应该怎么办呢？现在你的人侮辱了宰相就可以没事吗！中尉是国家的大臣更应该带头守法，我已经穿了囚犯的服装来，是生是死中尉来定夺吧。仇士良本是想救那军将，现在知道人已经杀死了，又见薛元赏理直气壮，因此对此事只得作罢。
仇士良虽有所收敛，但对敢于和他作对的李石怀恨在心，非常不甘心。开成元年（836年），文宗坐殿，宰相因事相奏，外面就风言风语说“天子欲令宰相掌禁兵”，搞得朝廷内外关系非常紧张。人们深知仇士良的残横，人心惶惶。李石不得不奏请皇帝召出仇士良，当面解释此事，才避免了一场可能发生的大屠杀。堂堂宰相，在宦官面前如此胆小，可见仇士良是何等的倨傲。开成三年（838年）正月的一天，李石在去宫廷的路上，突然遭人暗算，被射成重伤，又有人持刀追来，由于马受惊奔跑，追杀的人只将马尾砍掉，李石幸免一死。李石明白，这是仇士良指使的人所为。甘露事变之后，文宗完全受到宦官的控制，李石任职宰相阻碍了宦官们行使权力，仇士良必欲除之而后快。当时各部门都是仇士良的亲信，李石觉得他无法改变这种局面，为了保住性命，上书文宗请求辞去宰相一职。文宗知道其中的原因，也没有什么办法，只好让李石出任荆南节度使。
当时，地方上的一些将领对宦官的所作所为公开表示反对，这也打击了仇士良的嚣张气焰。如开成元年（836年），昭义节度使刘从谏上表诘问王涯等有什么罪名反被杀害，并指出“若宰相实有异图，当委之有司，正其刑典。岂有内臣擅领甲兵，恣行剽劫，延及士庶，横被杀伤，流血千门，僵尸万计，搜罗枝蔓，中外恫疑之事”。并要训练士兵，“如好臣难制，誓以死清君侧”。刘从谏的上书送到朝廷后，人人争相传阅，仇士良十分害怕，惟恐刘从谏举兵入朝。仇士良为了对刘从谏进行拉拢，就要求文宗给其加官，进爵司徒。刘从谏并不为所动，又一次上书说自己陈述的都是关系到国家命运的大问题，如果认为可以接受，就应该为王涯等人伸冤，一再表示不接受仇士良的授官。以后又多次上书，揭露仇士良的罪恶。面对这种情况，仇士良等宦官惊恐不安，从此稍稍有所收敛，这样朝官才多少能行使一些职权。
甘露之变后，文宗虽然没有被宦官杀掉，但日子也并不好过。他名为皇帝，实为傀儡，处处受制于宦官。但仇士良对文宗还是不放心，他曾和鱼弘志商议废除文宗，另立皇帝。有一天深夜，翰林学士崔慎由被一宦官急召入宫，崔慎由被引到一个宫殿，只有仇士良在那里。仇士良对崔慎由说“皇帝后有制，更立嗣君”，要崔慎由起草废立诏书。崔慎由表示虽死不奉命。仇士良见崔慎由态度坚决，只得作罢。接着他又领崔慎由来到一小殿，文宗正在殿中。当着崔慎由的面，“士良等历数帝过失，帝俯首而已”，作为一个皇帝，文宗还有什么威严和体面呢！由于一直受到宦官的欺凌，与宰相议定的事宦官并不当成一回事，文宗悲愤交加，但又无可奈何，只有借酒消愁。有一天，文宗勉强来到思政殿，问学士周墀自己可与前代何人相比，周墀说可以比古代的尧舜。文宗说：“赧、献受制于强诸侯，今朕受制于家奴，以此言之，朕殆不如。”话未说完早已是泪流满面，泣不成声。
文宗生有二子，长子李永，次子李宗俭早死，李永被立为太子。但李永生母王德妃失宠，受文宗宠爱的杨贤妃进谗言，诬陷太子。因此，文宗欲废太子李永，朝中大臣加谏力争，文宗才作罢。一个月后，太子暴死，五官流血，四肢发青，看症状似中毒而亡，但又无处寻找证据，只好埋葬了事。太子死后，杨贤妃请立穆宗子安王溶为皇太子。由于宰相的反对而立敬宗少子李成美为太子。太子李永的暴死对文宗的打击很大，他常常默然若思，愁容满面。此后，文宗的病情加重。
开成五年（840年），文宗病重，命太子监国。宦官仇士良等知道消息后，即闯入宫中，声称太子年尚幼，且有疾，请更议所立。宰相李珏说：“太子位已定，岂得中变。”到了夜间，仇士良等颁发伪诏，立文宗弟李瀍（后改名炎）为皇太弟，太子李成美别封为陈王。这件事过了两天，文宗就死了。文宗尸骨未寒，仇士良就开始清除文宗的人，凡是得到过文宗宠信的人，一个个先后被贬的贬，杀的杀。文宗死后，李瀍即位，是为武宗。
三
武宗即位后，仇士良因拥立之功封为楚国公。为了控制武宗，仇士良要求武宗将杨贤妃、安王及陈王等赐死。
八月十七日，朝廷安葬文宗。内枢密使刘弘逸、薛季棱率军护送文宗灵柩赴章陵。刘、薛二人本来就与仇士良不和，在确立皇位继承人时与仇士良也有不同意见。他们担心一旦武宗受制于仇士良，自己就会大祸临头。于是便谋划在护丧的时候发动兵变，诛杀仇士良等宦官。可惜由于走漏风声，被仇士良的亲信发觉，他率军先发制人，杀死了刘弘逸和薛季棱。
武宗对仇士良表面上十分尊崇，内心深处却极为不满。武宗想摆脱仇士良的控制，他任用淮南节度使李德裕为相，二人合谋诛除宦官。李德裕为相后，正值回纥向唐朝入侵，在李德裕的部署下，唐朝军队取得了战争的胜利。李德裕上书武宗说，以往朝廷出征所以失败，其原因主要是宦官军权太大，宰相不能参与决策，宦官监军，束缚了将帅的手脚。宦官做监军，往往挑选军中的精壮为卫士，只派老弱病残到前线作战。他建议削弱宦官的军权。武宗觉得有理，便逐步采取行动，限制宦官的权力。
宦官本是丧失生殖机能的阉人，但仇士良不但娶妻，而且还有很多养子，个个当官发财。他的妻子胡氏是故开府仪同三司、检校太子宾客兼御史大夫、赠户部尚书胡承恩之女，胡氏累封至鲁国夫人。仇士良的养子也多为高品宦官，都在内侍省供职。长子仇从广为宣徽使、银青光禄大夫行内侍省内给事；次子仇从宗为光禄大夫检校散骑常侍、持节曹州刺史兼御史中丞、上柱国、南安县开国公、食邑一千五百户；三子仇从源为阁门使、朝散大夫行内侍省内府局丞；四子仇从渭为监军使、中散大夫行内侍局丞。但仇士良并不满足，开成五年（840年）八月，仇士良奏请武宗用自己从一品的开府仪同三司的职务苗补他的另一养子千牛备身。千牛备身是中央禁军左右千牛卫的属官，官位并不高，武宗就没有准奏。仇士良十分恼火，但也无可奈何。
会昌二年（842年）四月，武宗上尊号，令中书省起草诏书，仇士良知道后就煽动神策军说，宰相正在起草诏书，准备削减神策军的粮饷，你们可到中书省找宰相论争。李德裕把这种情况告诉了武宗，武宗派使者到神策军说这是自己的决定，与宰相无干。仇士良的阴谋没有得逞，气焰再一次受到打击。
在以后的日子里，仇士良整日惶惶不安。他已经看出武宗对自己的厌恶，感到形势对自己越来越不利。会昌三年（843年），仇士良推脱有病，请求告老还乡，武宗顺水推舟，立即应允。仇士良还乡不久就病死了。次年有人告发他有不法行为，结果从他家搜出数千件兵器。武宗下诏削夺他的爵位，抄没他的财产。
