义军的快速叛反，让陈奇瑜着实吓了一大跳。为了逃避罪责，他立刻上表朝廷，将义军的叛反都归责于李嘉彦与孙鹏等人。可这些人都是小角色，无足轻重。陈奇瑜就把眼光落在了陕西巡抚练国事的身上。陈奇瑜诬告练国事，说他不听自己的命令，没有阻挡住义军的逃窜。
崇祯皇帝也没调查，立刻下旨把练国事给捉拿起来。此时的练国事感觉比窦娥还冤。他上书朝廷进行申辩：“所有人都知道放走贼兵的是陈奇瑜。我多次阻拦，均被陈奇瑜给压下来了。关于阻拦义军，我整个陕西兵士不过两万人，贼兵四、五万，不是不想拦，是实在拦不住。在车厢峡的时候，我们把峡口一堵，贼兵插翅难逃。现在跑出来了，你让我怎么堵？”
崇祯皇帝问：“那陈奇瑜放走贼兵的时候，你身为陕西巡抚，为何知情不报？”
练国事一时语塞。崇祯皇帝虽然治国没有什么能力，但对人的小心眼还是很了解的。言下之意，你身为朝廷大员，坐看陈奇瑜放走贼兵而不顾，那就是想看陈奇瑜的哈哈笑，看朕的哈哈笑。
崇祯下旨，将练国事发配到广西去了。
练国事被处理了，高迎祥的部队继续在陕西一带肆虐。洛阳一带的百姓揭竿而起闯潼关，入陕西，与高迎祥的军队合并一处，将打一家。他们先后攻陷泾阳、醴泉、隆德、固原。杀了固原道陆梦龙。陈奇瑜命山西巡抚戴君恩、河南巡抚玄默赶紧派兵入河南剿贼。
远水难解近渴，陈奇瑜命贺人龙带兵八千追杀义军。这贺人龙心中也是有气，费了半天劲，好不容易把高迎祥的部队赶进了车厢峡，眼看就要全歼贼匪，陈奇瑜一句话，就把贼兵给全部放跑了。
但贺人龙只是个参将，官阶比陈奇瑜差远了，他只得听令在后面追赶高迎祥。贺人龙派探报查探义军的动向，探报来报，义军已经攻下陇州。贺人龙下令，进兵陇州。
当贺人龙的军队来到陇州的时候发现陇州是一座空城，义军不知跑哪里去了。贺人龙望着面前这座空城，思忖了好半天，这才下令军兵进城。这贺人龙虽然文化不高，却不是普通人，他久经战阵，立功无数。他命人严把城门，并吩咐手下，谁也不许喝酒，所有人都要做到人不卸甲，马不离鞍。
到了三更，只听城外一声炮响，紧接着喊杀声四起。贺人龙立刻上城头，查看动静。再看陇州城外，万千火把摇曳，仿佛要把天空映红。义军挥舞刀枪，竖起云梯正在猛力攻城。
这义军不是已经将兵刃给上交了吗？哪里又来的刀矛器械。自打义军在宝鸡受挫，便开始四处抢劫。这义军人太多了，就是赤手空拳也能将当地的地主豪绅抢劫一空。有了钱，他们开始炼铁、买马，打造兵刃。当然，时间太紧，兵刃打造得不多。他们就用现有的兵刃将树木、竹子削成棍棒、竹矛、弓箭。这些东西打普通老百姓可以，可真遇上正规军，就差远了。
贺人龙手下的军兵装备齐全，训练有素，加之已经做好了准备，所以义军攻了几天，都没有把陇州攻下。
九月初九，义军停止了进攻。陇州城内外显现出少有的宁静安详。
到了夜里，贺人龙正在睡觉，门外亲兵报告：“城门外有人求见？”
贺人龙闻言立刻惊醒：“是什么人？”
“来人自称高杰。”
贺人龙一听，就是一愣：“这大半夜的，怎么会有人来找我？”
亲兵问：“将军，咱见还是不见？”
贺人龙想了想：“把他带到客厅。”
贺人龙不识字，也不看书，但他所住的地方正是原陇州官衙所在地。客厅、书房一应俱全。
大概过了一盏茶的光景，亲兵将高杰带入客厅。贺人龙见高杰，身高九尺，细腰乍背，双肩抱拢，眉分八彩，目似朗星。一看就是个俊品人物。
贺人龙见高杰一表人才，气度不俗，便有了三份喜欢。贺人龙竟然站起身，问候道：“你就是高杰吗？”
高杰见到贺人龙，拱手施礼说道：“在下高杰，见过将军。”
贺人龙吩咐亲兵献茶：“但不知高将军来我这里所为何故？”
高杰从怀中取出一封信，双手递给贺人龙。贺人龙展信一观，不由得笑了。这封信是李自成写给贺人龙的。信中大意是贺人龙与李自成乃是老乡，作为老乡，李自成劝贺人龙，希望他能投降义军。贺人龙手下不过八千人，而城外的义军就有五六万人，是战是降，自己掂量着办。
高杰盯着贺人龙的脸，想从他的脸上看出点什么。贺人龙看完之后，将书信放在桌案上。高杰问道：“但不知贺将军如何打算？”
贺人龙一笑：“不急。来人，摆酒！”
不大会儿的功夫，侍卫端上来一壶酒和几碟小菜。
“请！”贺人龙端起酒杯冲着高杰说道。
高杰略一犹豫。贺人龙笑道：“高将军莫非怀疑我要加害你不成？既如此，贺某先干为敬！”说着，一饮而尽。
高杰见贺人龙先把酒干了，不好意思再推脱，端起酒杯也喝了起来。
二人酒过三巡，菜过五味，高杰再次问道：“敢问贺将军意下如何？”
贺人龙想了想说道：“你们虽然现在闹得很凶，但造反这个事情终究不是长久之计。将来必定会被朝廷所灭。高将军，我对于你可谓一见如故，如果你愿意现在帮我，将来随时投入我的麾下，我保证你高官得做，骏马得骑。不比你现在四处流亡强吗？”
高杰闻言默然不语。
贺人龙一笑：“我也不勉强你。实话告诉你，我是不会投降你们的。你回去后，如果能够帮我，我就会帮你。倘若你不帮我，日后天兵到处，恐怕后悔不及。”
二人一直聊了一夜，最后高杰告辞，贺人龙将他送到了陇州城外。
高杰回到自己的大营，将贺人龙不愿投降的消息告诉给了李自成。李自成闻言大怒，命手下军兵猛烈攻城。好几次，贺人龙还真得有些顶不住了。
就在此时，义军得到消息，湖广兵在副总兵杨正芳的带领下正在火速赶赴汉中。高迎祥留下一部分人困守陇州，率领大部队去阻击杨正芳而去。
围困陇州的正是高杰，他见大部队都跑了，便开始息兵罢战，贺人龙也不出兵，高杰也不攻城，两军就这样耗着。
再说高迎祥，带兵赶到汉中。他们悄悄在山谷之中埋伏了下来。这湖广兵远道而来，对于陕西、汉中一带的地理很不熟悉。而高迎祥等人都是土生土长的陕西坐地户，加之他们流窜多年，对于地形更加熟悉。
杨正芳很不幸，落入了义军的包围圈，他与张世达全部战死沙场。
湖广兵的失利让河南巡抚玄默与山西巡抚戴君恩、四川巡抚刘汉儒都开始观望。此时的陈奇瑜已经算是个光杆司令了。湖广兵几乎全军覆没，河南、四川与山西三省又隔岸观火，陕西的义军势如破竹，锐不可当。
无计可施的陈奇瑜写信给洪承畴，希望他能够帮助自己。洪承畴本不打算帮助陈奇瑜，但他的幕宾提醒洪承畴：“总督大人若是不救，陕西巡抚练国事就是前车之鉴。陈奇瑜咬人一口，必定入骨三分。”
洪承畴思量再三，派左光先率领五千人马救援贺人龙。当左光先的人马靠近陇州的时候，高杰便带兵撤了。
陇州解围，陈奇瑜立刻上表为自己邀功。可这次邀功却成为陈奇瑜最后一次上表的机会。由于陈奇瑜始终无法剿灭高迎祥的军队，朝廷里面的言官开始弹劾陈奇瑜。给事中顾国宝首先弹劾陈奇瑜在车厢峡擅自放走贼兵，导致本来陕西已定的大好局面被彻底破坏。
崇祯皇帝欣然采纳，立刻将陈奇瑜革职。御史傅永淳继续弹劾陈奇瑜虚报军功，连义军的影子都没有见到，居然虚报杀敌的数量。崇祯皇帝一听，更加干脆，命锦衣卫将陈奇瑜捉拿进了诏狱。
按说陈奇瑜进入诏狱，必死无疑。但他在官场多年，经验还是非常丰富的。临危之际，他让自己的老婆将自己所有家产变卖，打点首辅温体仁。
温体仁是个绝对贪财的主，他收了陈奇瑜的钱，自然会在崇祯皇帝面前给温体仁说好话。
“启禀陛下，陈奇瑜虽然有罪，但河南巡抚玄默、山西巡抚戴君恩、四川巡抚刘汉儒都坐岸观火，这才导致贼兵势盛。还请陛下明察！”
首辅的话还是有相当的分量的。崇祯觉得温体仁说得有道理：“既如此，那就把这三个省的巡抚给罢免了吧。”
一道诏旨，山西巡抚戴君恩被就地免职，巡按御史吴甡接任山西巡抚。四川巡抚刘汉儒被革职，由右副都御史王维章接任。至于河南巡抚玄默，崇祯皇帝一时没有找到合适的人选，就暂时把这件事给搁置了。
有了温体仁的庇护，陈奇瑜在诏狱之中没有受什么罪。不过，他的罪名实在太大，想回家是不可能的。崇祯九年六月，陈奇瑜被发配边疆，做了一名苦力。
处理了陈奇瑜，崇祯皇帝再次将兵部尚书张凤翼叫到自己的面前：“张爱卿，当初一日是你保举的陈奇瑜。这陈奇瑜不仅没有剿灭逆贼，反而让逆贼给跑了，你说该怎么办啊？”
张凤翼吓得立刻跪倒，磕头不止：“臣罪该万死！臣罪该万死！”
崇祯见张凤翼吓得如此作派，和缓了一下口吻说道：“算了，你说说，现在该由谁来剿灭乱贼呢？”
张凤翼心中腹诽：“除了洪承畴还能有谁？”
但张凤翼嘴上却说：“依臣之见，唯有三边总督洪承畴堪当此任！”
崇祯点了点头：“就依卿家。”
崇祯立刻下旨，命洪承畴接替陈奇瑜，总督陕西、山西、四川、河南、湖广五省军务。洪承畴先后派兵左光先、贺人龙等从陕西西北慢慢压制义军的活动范围。而曹文诏则在山西、陕西交界向西追剿高迎祥。
崇祯七年十二月，高迎祥见陕西的形势越来越严峻，便率军自终南山入河南。义军连克陈州，灵宝、汜水、荥阳等地，声威大震。
义军里面有一个叫扫地王的，他带兵趋江北攻打英山（现在的安徽英山）。义军出河南入安徽、江苏等地，洪承畴上表自己鞭长不及。崇祯与各位大臣一商议，命山东巡抚朱大典派兵剿杀扫地王等部的义军。
