且说禹赶跑了共工之后，这才认真开始工作。他比他的父亲果然要更聪明。他一方面用息壤来堙障洪水，叫一只大黑乌龟把息壤背在背上，跟随在他的后面行走。这样，他就把极深的洪泉填平了，把人类住居的土地加高了、那特别加高起来的，就成为我们今天四方的名山。一方面他又疏导川河，叫应龙走在前面，拿他的尾巴画地。应龙尾巴指引的地方，禹所开凿的河川的道路就跟着它走，让水流一直流向东方的汪洋大海，就成为我们今天的大江大河。
禹治水到黄河，正站在高崖上观察水势，忽然看见一个长人，白白的脸孔，鱼的身子，从翻腾的水波里跳跃出来，自说是河精，其实就是河伯，给了禹一块水淋淋的大青石头，又转身跳进水波里不见了。禹把那块石头仔细看了一看，上面天然长着一些弯弯曲曲的线条形的花纹，聪明的禹，用不着去请教别人，一看全都明白了：原来是一幅治水的地图。
从此他治水既有应龙拿尾巴开路，又有地图做全盘工程的参考，就更加有了信心和把握了。禹治水不但得到了“河图”——就是河伯送给他的那块记载着河川道路的大青石头，还得到了另外一样宝贵东西：玉简。
那是当禹开凿龙门山的时候，有一天，偶然到了一个大岩洞里，岩洞深得很，越走越黑暗，到后来简直寸步难行了，禹只得打了火把进去。却看见前面有一个东西闪闪发光，后来那发光的东西把整个岩洞都照亮了，仔细一看，原来是一条大黑蛇，约有十丈长，头上生有角，嘴里衔了一颗夜明珠，在前面给禹带路。禹就丢了火把，跟着大黑蛇走。走了好一会儿，到了一个开朗光明的地方，似乎是一座殿堂，有一些穿黑衣服的人簇拥着一个人脸蛇身的神坐在殿堂中央。禹一看这神的形状，心里就明白了八九分，禹便问他：
“你莫非是华胥氏的儿子伏羲吗？”
“对啊！”蛇身人脸的神说：“我就是那九河神女华胥氏的儿子伏羲啊！”他们两人一谈起来，都感觉很是亲切。伏羲幼年时候吃过洪水的亏，对于治水的禹所做的伟大工作，表示非常钦佩，愿意尽他的力量来帮一点忙。于是，便从怀里掏出一支玉简交给禹，这是一种形状像竹片的玉器，有一尺二寸长，说是拿了这东西去，就可以度量大地。禹后来果然将它带在身边，平定了水土
龙门山据说原是一座大山，它和吕梁山的山脉连接着，位置在今山西省和陕西省交界的地方，恰恰挡住黄河的去路，使黄河的水流到这里流不过去，只好倒回头往上流，水神乘势掀起巨浪，因此洪水泛滥，把上流的孟门山都淹没了。
禹从积石山（在青海）疏导黄河到这里，就用他的神力把龙门山开辟为两，使它分跨在黄河的东西两岸，像两扇门，让河水从悬崖峭壁间奔流而下，因此，禹就把这个地方取名叫龙门。据说，江海的大鱼到一定时间便都要集合在这山崖下面，举行跳高比赛，跳过去的便能成龙升天，跳不过的便只好碰一鼻子灰，咕嘟着腮帮子仍旧转来做鱼。
又有说在龙门的附近有一条涧，叫鲤鱼涧，涧里最多的是鲤鱼，这些鲤鱼从洞穴里跑出来三个月，就得逆流渡到龙门的上游去，有本领渡过去的就会变成龙，否则还是得碰个鼻青脸肿回转来
龙门的下游几百里的地方，是有名的三门峡，相传也是禹开凿的。禹把一座挡住河道的山破成几段，使河水分流，包绕着山经过，好像三道门，所以叫做三门。“三门”各有名字：“鬼门”、“神门”、“人门”。“站在黄河两岸的陡崖上俯瞰河谷，只见大河从上游浩浩荡荡地奔流过来，越往东，水势越急，刚刚流进三门峡，便被两座石岛迎面劈开，劈成惊心动魄的三股急流。
这三股急流又被两岸突出的岩石紧紧卡住，瞬时间三股急流又拧成一股，一起从一百二十公尺宽的小豁口硬冲出去，直震得满峡谷一片雷声，在三门峡，禹王治水的遗迹附近有七口石井，是禹王凿三门峡时挖的水井，所以三门峡又叫“七井三门”；鬼门岛的崖头上有两个圆坑，活像一对马蹄印，却比井口还大，叫做“马蹄窝”，据说是禹王开砥柱，跃马过三门时马的前蹄在这里打了一个滑溜踩下的足印。三门峡上游又有禹王庙，从前“放溜”过山峡的艄公们都先要在这里歇脚，给禹王烧香许愿，放鞭炮，饱吃饱喝一顿，然后才驾着木船在汹涌奔腾的急流里，从岩石中箭也似地穿花而过，是否能够侥幸渡过三门，或是在岩头上碰个稀烂，全在眨眼间的功夫。
禹治理洪水，曾经三次到桐柏山，可是那地方总是刮大风，打大雷，石头啸叫，树木哀号，使治水的工程简直无法施展。禹知道是妖物作怪，发了怒，便召集天下群神，叫他们想办法除妖。有一些神不大愿意出力，禹便把他们拘囚起来，其余的这才通同合力在淮水和涡水之间擒获了一个水怪叫无支祁的。
这怪善于应对言语，形状像猿猴，额头高，鼻梁低，白脑袋，青身子，牙齿雪亮，眼睛闪耀出金光，力量大过九只象，颈脖子伸出来有百尺长，但他的身躯却伶俐轻便，虽然被擒获了，他还在那里横蹦竖跳，没一刻安静。禹拿他没有办法，便叫天神童律去制服他，童律制服不住，又叫乌木由去，乌木由也还是不行，最后才被庚辰制服了。庚辰制服他的时候，各种山精水怪聚集起来奔走号叫的有好几千，庚辰拿一把大戟赶走他们，怪物失助，这才降休。于是用大铁锁锁在他的颈脖上，给他的鼻孔穿上了金铃，将他压在龟山脚下。禹的治水工作这才顺利地进行下去，淮水从此才能够平安地流入海中
禹治水到了巫山三峡，在导引水路的一群龙中，有一条龙错行了水路，民夫们就在那里错误地施工，开凿出一道峡谷。结果后来发现这道峡谷完全是不必要的，禹很生气，就把这条蠢龙在一座山崖上斩了，用来儆戒其他引水的龙。直到现在巫山县还有“错开峡”、“斩龙台”这样的古迹。
巫山、又叫云雨山，或叫灵山，天帝的神仙药一共有八橱，全都安放在这里。附近有一条可以吞吃大鹿的黑蛇，常想来偷吃神药。天帝特地派遣了一只凤凰属的黄鸟，在这里看守着神药，防止贪婪的黑蛇偷吃。有巫咸、巫即、巫朌、巫姑、巫真、巫礼、巫抵、巫谢、巫罗等十个巫师，从这里上天下地，做沟通神人间关系的工作。山上各种宝贵的药草都有，巫师们也顺便采取一些来制炼神药
禹治水到这里，正在叫人砍伐林木、疏通水道的时候，忽然发现在一处光禿秃的红色山崖上，不知是何方的精灵故弄玄虚，竟化生出一棵非常名贵的栾木树来。黄色的茎干，红色的枝条，青色的叶子，长得高高大大的，自有一种非凡的气概。最可宝贵的，是这树的花和果实，都是很好的药材，可以拿它来制炼神药。后来各方的天帝知道了，就派人来釆取这树的花果去制药，这也算是禹在巫山治水的一段小小的插曲。
治理洪水是一件破天荒的大事，人民群众和各方的天神都来帮助禹。有一个叫做伯益或伯翳的天神，在帮助禹治理洪水的工作中，功劳最大。他是天上的神鸟燕子的子孙后代，或者他本人就是一只燕子，他常带着人民，打着火把，把山林水泽中因洪水而长得过于繁茂的草木焚烧掉，使害人的禽兽无处藏身，只好远远地逃遁让人民能够安居乐业'。他又懂得各种鸟兽的性情和语言，治水成功以后，他便去帮助舜驯服鸟兽，许多野禽野兽都给他管教得服服帖帖的。
舜帝爷听说后很欢喜，就把姚姓（舜的宗族）的一个姑娘嫁给他，赐他姓嬴，据说，他后来就成了秦国王族的祖先。他生了两个儿子，一个儿子叫大廉，另外一个儿子叫若木。大廉又叫鸟俗氏，他的玄孙孟戏和仲衍，完全是鸟雀的形躯，却说人的话，可见他们确实是天神的子孙后代。
禹治洪水，直到三十岁，还没有结婚。当他走到涂山，在那里做治水工作的时候，他心里就想：“我的年龄已经很大了，将要有什么东西来昭示我吧？”果然，就有一只九条尾巴的白狐狸来到他的面前，摇摆着像扫帚般的毛莲蓬的尾巴。这种狐狸，生活在东方君子国附近的青丘国，和龙、凤、麒麟等同属于吉祥的生物
禹一见这九尾白狐，不禁就想起涂山当地流传的一首民间歌谣，大意说：“谁见了九条尾巴的白狐狸，谁就可以做国王；谁娶了涂山的女儿，谁就可以家道兴旺。”禹想.?“这狐狸的出现和民间歌谣的流传，或者就应验着我将要在涂山这里结婚吧？”
