当元顺帝浸沉于歌舞享乐的时候，元朝的“叛逆”们力量越来越大。刘福通于1355年（至正十五年）在亳州立韩林儿为帝建“宋”后，先是打败元朝的河南行省平章政事答失不都鲁，并生俘其子孛罗帖木儿。但不久元军发动突袭，又抢回了孛罗帖木儿（此人日后还有“大故事”可说）。同时，元廷调察罕帖木儿等军进攻“宋”军。
刘福通才略不凡，他以进为退，以攻为守，在1356年秋发动三路北伐：李武、崔德率西路军出潼关，直奔晋南；赵均用、毛贵统东路军，由海道攻山东；关铎和潘诚领中路军跨越太行山进攻山西。刘福通本人则率大军转战冀南、豫北地区，大败答失八都鲁。这位元将有勇能战，刘福通又使计，四处派人放出风声，说答失八都鲁与自己暗中讲和。元廷侦之愤怒，下诏严责答失八都鲁，这位骁将竟“忧愤而死”，其子孛罗帖木儿接替他的职位。
刘福通趁元军内部混乱之际，于1358年攻克汴梁。这是一座政治含义极浓的城市，刘福通终于可以以之为都城，想以昔日北宋的首都当招牌，重开“大宋之天”。
三路北伐军方面，西路军在攻凤翔时失利，一战溃散，诸将散走；东路军开始连连得胜，几乎占据整个山东，并挥师北上，直逼大都。当时，山西的两部元军察罕帖木儿与孛罗帖木儿正因争地盘窝里斗，打得不可开交。毛贵、赵均用二人如果抓住有利时机，稳扎稳打，很可能一举攻下大都。由于内部不和加上轻敌，红巾军在柳林大败，溃退回济南。不久，内讧发生，赵均用杀毛贵；又过一阵子，赵均用又被毛贵手下杀掉。如此一来，本来是统一部队的山东红巾军分裂成数股散贼；中路军本想进入山西后驰援毛贵进攻大都，中途被元军阻挡，在河北南部战斗一阵，就忽然转攻晋北。
1357年，这支行踪飘忽的中路红巾军竟然一举攻破元朝两都之一的上都，把宫阙尽数焚毁。然后，他们又进攻辽阳。至正十九年，关铎等人又率大军攻入高丽，并攻占高丽都城，高丽王本人使出他祖辈以来最擅长的功夫：“跑”，一溜烟跑到耽罗躲避。这一支红巾军虽然神勇，可他们的首领就知道四处指挥兵士辗转征杀，没有任何坚定的政治理念和终极目标。
高丽王逃跑，其手下大臣很贼，重演“装孙子”的好戏，一大帮人跪迎红巾军，纷纷献出自己的女儿、姐妹，分配给红巾军各级将领为妻。上行下效，“军士遂与高丽如姻娅，恣情往来”。转战多年的红巾军乍入温柔乡，天天偎红倚翠吃泡菜，一下子丧失了革命斗志和警惕性，数万人挤在高丽王城中，成日醉了睡，睡了醉。
见时机差不多，一天晚上，在京的高丽大臣和平民忽然接到高丽王命令：立刻进攻，王京内只要是不讲高丽话的，立刻攻杀，一个不留！事起仓猝，红巾军上下本来都把这些天天把他们伺候周到的高丽男女当成亲人，不时还亲热地“前辘轱不转后辘轱转”跟倒茶递水的阿妈妮来几句，忽然之间，石头代替了泡菜缸，大刀片子代替了高丽参，惊愕之余，“革命”战士们脑袋纷纷搬家，主将关铎等人及数万兵士皆一夕被杀，惟独悼号“破头潘”的潘诚手下一名偏将左李命大，驻守城外，最终率一万不到的兵马逃回鸭绿江，向元军投降。
乱哄哄自己人杀自己人
正当元朝南方乱起一锅粥时，镇守北藩的蒙古宗王阳翟王阿鲁辉帖木儿不帮忙反添乱，忽然带兵杀向大都。这位阳翟王，乃窝阔台大汗第七子灭里大王之后。由于红军乱起，元廷向北方诸王下诏，让他们起兵南来帮助朝廷灭寇。结果，阳翟王“知国事已不可为，乃乘间拥众数万”，裹胁当地几个宗王一起造反，并派使臣入大都呵斥元顺帝：“祖宗以天下付汝，汝何故失其太半？何不以传国玺授我，我来坐帝位！”元顺帝对宗族王爷很有帝王架子和派头，他神色自若，不恼不愠，对来使说：“天命有在，汝欲为则为之。”并降诏旨谕劝，希望这位“黄金家族”的血亲不要再添乱。
阳翟王当然不听。元廷乃任命知枢密院事秃坚帖木儿率军去迎击。这位秃坚帖木儿身知自己所统率的大都元兵战斗力不强，行至称海之地，强征当地哈剌赤部落万余人为军，并让这些看上去人高马大的当地人打头阵。这些哈剌赤人从未打过仗，被迫上阵后，双方刚刚站定，哈剌赤人忽然脱去兵服，扔下武器，一直跑向对方的阳翟王营中投降。元军扭头也跑，一万多人全部被杀，秃坚帖木儿“单骑还上都”。
元顺帝这次不敢怠慢，派能战知兵的少保、知枢密事老章调集十万精兵再往击阳翟王，并下令居于京师的阳翟王之弟忽都帖木儿从军，告诉他只要打败他哥，以其爵位和土地转授于他。
老章和忽都帖木儿甫出发时就派出多人为密使，携带大量奇珍异宝买通阳翟王的手下和被裹胁的宗王，谕以血肉亲情。结果，老章元军还未与阳翟王军队交锋，他的部将脱欢（蒙元许多人也叫这名字）深知大势不妙，与其他几个心怀鬼胎的宗王私下一商量，忽然发难，把“事主”阳翟王阿鲁辉帖木儿绑上，捆成一团，迎前送与前来征战的老章。
老章大喜，本来心中没底，不知道自己手下十万精兵打不打得过数万北方亲戚。这下省事，擒贼先擒王，老章把阳翟王全须全尾押送大都。元顺帝大喜过望，加老章为太傅，封和宁王；封脱欢为知辽阳行枢密院事；诏令忽都帖木儿袭封阳翟王，全盘接收他哥哥的土地、爵位、军队以及妻妾；加封重赐诱捕阳翟王有功的几个北边小宗王。其实一切做的还不赖，但元顺帝在处置被俘的阳翟王一事上却犯了错误：依据旧制，宗王谋叛，一般是裹在毛毡中摇死、用马踩死或者用大弓弦绞死，名曰“赐死”，即不使黄金家族“神圣”血液沾污于泥土。元顺帝恨这个添乱的宗王入骨，又听说他到京师后一直骂不绝口，于是就下诏像处死平常囚犯那样把阳翟王押至闹市砍头。此举，一下子“冷了弟兄们的心”，北边诸王闻知后心生隔阂，极不满意顺帝朝廷对阿鲁辉帖木儿的处决方式，开始离心离德，日后基本上是对大都元廷不援手。
再说大都内政。脱脱被贬死后，汪家奴任右丞相，此人多病，两个月后即由康里定住接任。他当了两年多，元顺定任搠思监为右丞相，以汉人贺惟一（蒙古太平）为左丞相。此前，太不花当过几十天的“右丞相”，但只是虚衔，因为当时太不花在山东统兵正与红巾军干仗。
太不花本人出身弘吉剌氏，“世为外戚，官最贵显”，以世胄入官。他最早入京大用，还多亏汉人贺惟一推荐。后来，由于脱脱误会贺惟一，太不花党附脱脱，一直想谋害贺惟一。脱脱被贬后，元廷把山东、河北两地的军政大权均交予太不花。
统军在外，太不花感觉上来，“骄傲不遵朝廷命旨”，纵兵剽掠。不久，元廷调他去湖广行省，节制当地诸军捕讨各地水贼。听说贺惟一再任中书左丞相的消息，太不花意不能平，对属下说：“我不负朝廷，朝廷负我矣。太平（贺惟一）乃汉人，今复居中用事，安受逸乐，我反而在外辗转受累捱辛苦！”由此，元兵数次有全歼当地红巾军的机会，太不花均在关键时刻以“养锐”为名下令退兵，其实是“养寇”自重。
刘福通进攻汴梁，太不花仍旧逗留不救，元顺帝深恶之。待红巾军全占山东，顺帝无奈，下诏任太不花为右丞相，让他统兵进攻山东。渡黄河以后，太不花借口粮饷不继，上书朝廷要元廷派贺惟一亲自督粮送至军中，实则想趁机杀掉贺惟一。
贺惟一获悉其内情，先向顺帝告状，下诏削夺了太不花一切官爵，流于盖州安置。刚当了两个月右丞相，忽然接到流放通知，太不花如雷贯顶，跑到保定去见昔日手下刘哈剌不花。刘哈剌不花武人，大张宴饮，慷慨言道：“丞相您乃国家柱石，我要亲自入京为您辩冤。”
老刘说到做到，转天就入京，先见到了左丞相贺惟一，把自己来意相告。贺惟一吓唬他说：“太不花大逆不道，圣上震怒，你要敢妄言，小心自己脑袋！”听此言，老刘大惧。贺惟一忖度太不花藏在老刘军营里，便低声说：“你能把太不花押来大都，我马上让你面君，必得大功。”于是，贺惟一引老刘入见顺帝，“赐赉良渥”。老刘又见皇帝又得赏，恨不能管贺惟一叫亲爹，早把前日对老上司太不花的“忠勇”抛到九霄云外。
他回到保定，立命兵士把太不花父子捆上押送大都。不久，接到贺惟一的秘信，老刘又派一名校官快马赶上，大铁骨朵一抡一个，把太不花父子活活砸死。
贺惟一杀太不花，朝廷政治斗争而已，说不上谁好谁坏。贺惟一本人，其实还真是一个很正派的人，其祖父贺仁杰、其父贺胜皆是元朝有功之人，他少年时代还曾从师于大名鼎鼎的赵孟。脱脱修三史（《辽史》、《金史》、《宋史》），真正的总裁官实际上就是贺惟一。至正六年，元廷拜其为御史大夫。元朝有祖制：台臣这样的显赫官职“非国姓不以授”，必须由蒙古人才能做。为此，顺帝下诏，赐其名为“蒙古太平”，所以，翻阅元朝史书，凡是顺帝时期涉及政事的有“太平”二字的，讲的其实就是汉人贺惟一。朵而只当右丞相时，贺惟一就当过左丞相，那是至正六年的事情。后来，脱脱得而复相，贺惟一居功很多。但脱脱听信人言，以为贺惟一与自己不一心，乘间把他搞下台，贬还于家。至正十五年，贺惟一被元廷复起为江浙左丞相，不久改派江淮南行省，驻军汝宁，后又除辽阳行省左丞相。贺惟一在地方任上处置得法，政绩颇多。两年后，他又被调入大都为中书左丞相。时为右丞相的是大奸臣搠思监，其家人印制伪钞被抓，刑部本想连同主谋搠思监一起抓了，还是贺惟一厚道，说：“堂堂宰相怎能干这种事，四海闻之，大损国体！”即使搠思监因伪钞事被劾罢相，贺惟一还分自己的俸禄给他，可谓仁至义尽。
后来，奇氏皇后想与儿子迫使元顺帝“内禅”，很想找贺惟一帮手，就遣亲信太监朴不花（也是高丽人）去告知贺惟一。贺惟一“不答”。奇氏又把贺惟一请入宫中，亲自请他喝酒言及此事，贺惟一“依违而已”，不明确表态。加上别的一些小事，皇太子与奇氏皇后怀疑贺惟一泄密，便开始有意害他，数次在顺帝前说贺惟一。
老贺深知宫廷凶险，就称疾辞官，顺帝拜其为太傅，让他归居奉元（今西安）。行至半路，顺帝又想让他重返京师为官，皇太子怕事泄，派御史弹劾他“违上命”，下诏贬往陕西之西。先前得过贺惟一恩典的搠思监落井下石，诬奏罪名，把贺惟一贬往西藏安置，不久又派人逼其自杀。所以，大都元廷内为数不多的“正人”至此就差不多没有了。劣币驱逐良币，这一理论在宫廷政治中也很适用。
贺惟一的儿子也先忽都，“少好学，有俊才”，曾任“知枢密院事”，受老父牵连，也被外贬。日后，搠思监希皇太子意旨，构成大狱，把也先忽都牵连入老的沙谋反案之中，把他杖死在贬所。
这位干尽坏事的中书右丞相搠思监，乃蒙古功臣野先不花之孙，“早岁，性宽厚，简言语，人皆以远大之器期之”。他青年时代在地方任官时，“通达政治，威惠甚著”。至正四年，搠思监得拜为中书参知政事，不久就升右丞，开始在中央机关任事。在管理宗人府时，“宗王国人咸称其明果”。脱脱平徐州，他也随行立有战功。至正十四年，奉命进讨淮南红巾军，搠思监身先士卒，指挥战斗中，“面中流矢不为动”。拜见顺帝，“帝见其面有箭疾，深叹悯焉”，很快就下诏拜其为中书左丞相，一年后，又进中书右丞相。
搠思监当了首相之后，“是时天下多故，日已甚，外则军旅繁兴，疆宇日蹙；内则帑藏空虚，用度不给”，如此危急情势下，这位爷一改昔日忠勇为国之态，“公受贿赂，贪声著闻”，还暗中派人私印钞票。可见，权力对人的腐蚀有多么巨大。
由于元顺帝厌政，天天造楼纵欲，政事皆为搠思监和太监朴不花所把持。朴不花是高丽人，是奇氏皇后的老乡，“皇后爱幸之，情意甚胶固”，累廷官至资正院使，主管皇后的财赋大事。他与搠思监相为表里，“四方警报、将臣功状，皆抑而不闻，内外解体。然根株盘固，气焰熏灼，内外百官趋附者十之有九”。元朝一直没有宦官擅权者，此时倒出了这么一位高丽公公，“为国大蠹”。
在这种情况下，元顺帝的母舅、十“倚纳”之一的老的沙就想趁机排挤朴不花。老的沙本人当然不是什么好人，他排挤朴不花不过是想遏制皇后、皇太子一系在朝中的势力。老的沙当时的官职是御史大夫，他不出面，撺掇两个汉人陈祖仁和李国凤上书弹劾。这两个汉官也是出于义愤，不停劾奏朴不花。陈祖仁上书说：
