故事背景介绍：三百年前，来自鬼域的鬼族在鬼王的率领下，打开罗生之门，入侵人间，一时间大地之上生灵涂炭，这时候两名英雄勇敢的站了出来，打败鬼王之后，重新封印了罗生之门，大地重归和平。
两人在这之后又联手创建了和之国，其中一人成为了武士一族的最高统领，初代大名，也同样统治国家，另一人被后世尊称为忍神，在平定天下之后忍神退身黑暗之中，在和之国某一处，创建忍村，继续与那些残存的邪恶继续作战。
三百年后，作为统治国家的武士一族却越发的堕落，六大家族掌控着整个和之国的经济与土地，大肆敛财，不顾百姓的死活，而作为初代大名传人的现任大名却是一名昏庸的统治者，在其身边的阴阳师蛊惑之下终于对忍者出手。
大名借绞杀鬼族之名，将所有忍者引入暗之深林，另一边谎称忍者叛乱，派出大军在南蛮国的先进机械武器的帮助下，攻打忍村，危难之际，百年来忍村的邻居竹叶寨伸出援手，让忍者暂时撤入自己的寨子中，结果武士连竹叶寨一同摧毁，还将竹叶寨中，世代居住的熊猫人一族抓起大半逼迫忍者就范。
得知忍村被偷袭，小黑，苍牙，琳，小椒，还有竹叶寨的少主熊猫人阿力奋起反击。
而此时忍村的一番队队长天才忍者隼白，却是被阴阳师抓住，小黑为了救出自己的队长一路追击，还错将武士地牢中关押的犯人沙克放出。
等到小黑一直追到大名府之时，却发现此时的隼白队长手握忍刀架在了和之国最高统治者大名的脖子上，原来阴阳师是隼白安插在大名身边的一枚棋子，嫉恶如仇的隼白早就无法忍受武士的昏庸无能，腐败不堪，所以一直在秘密谋划推翻武士的统治，此时的隼白邀请小黑加入自己的队伍，却被小黑回绝，小黑认为武士与忍者大战必然要生灵涂炭，武士腐朽可以通过更温和的手段来改正。
听到小黑的话，隼白不以为然，认为此时的武士早已无可救药，与小黑一番激斗之后，隼白失去耐心，将一直封印在忍村禁地的神器，千夜尸炎取出，一刀之下将整个大名府斩为两半，并告诉小黑自己已经放出消息，一个月之后在忍神山之上，自己将召集不甘心在做武士走狗的忍者，一同举义，希望小黑能考虑一下加入自己的队伍。
几天之后小黑却无论如何也不能说服自己，然后又孤身一人去找隼白，在一次听到小黑的拒绝之后，隼白让自己四位手下的其中一名，也是小黑在牢中放出的沙克解决掉小黑，小黑被沙克打成重伤，沉入海底之中。
短短几天隼白就已经聚集了近万名忍者，而武士一族中的御庭三剑客，镇守边境的大将军皆是赶回武士城，准备与忍者决一死战。
人物介绍
小黑:经常穿一身黑色夜行衣，连面孔也包裹其中的十七岁忍者，最爱听流行音乐的乐天少年，几个月前刚刚通过下忍的考试，但是却因为体内某些神秘的力量进步神速，火系忍者忍术：火龙炎弹
苍牙：擅长风系力量的忍者，年龄二十二岁，沉默寡言，却是内心火热，来自天狗一族，为了纪念死去的战友，每次执行任务都带着战友留下的恶鬼面具，忍术：魔风鬼轮。
琳：身为玉狐一族的琳，面容姣好，性格温柔，水系忍者，可将空气中的水份凝结成寒冰，年龄二十一岁，忍术：冰天雪葬。
阿力：竹叶寨少主，身为熊猫人一族，曾在忍村之中修行多年，年龄二十一岁，跟大多数熊猫人一样，沉稳，守信，不善言辞，擅长雷霆之力忍术：烈雷爆丸
小椒：十六年前，被食神盛桂救起的女婴，被救的时候身边只有一只凤凰玉佩，据说身世也不简单，但是所有人都是不曾提起，一直生活在竹叶寨中，如今十六岁的元气少女，为了寻找自己身世的秘密加入了忍者部队，从小就与食神生活在一起的小椒，贪吃，但是对烹饪很是精通，忍术：百烈凤炎
铁甲教官：全身包裹在铁甲之中的男人，忍术不详，负责忍村中忍生的教导工作。
老板娘：在忍村之中经营商店的成熟女人，长着一对猫耳。
血影：御庭三剑客之一，速度极快，剑术高强，自诩为隼白的宿敌，多次阻击忍者。
四天王：沙克，阴阳师，伊鹤，半藏，追随在隼白身边的四位手下。
忍者等级下忍中忍上忍狂忍超忍影忍极忍
武者对应武士武者武师狂武超武影武极武
