(实在写不下去了，对不起诸位啊。以下大纲。）
公孙树和猎户前往除虎，进入虎谷之后，见到了虎妖，在这里他们看到了樵夫一家的鬼魂，这个时候猎户忽然变白了什么，他也变成了鬼——原来他们早就被虎妖吃了，只是自己还不知道，以为自己是活的，到了这里才明白过来。
因为是被虎妖所杀，他们变成了伥鬼为虎妖所制，一起进攻公孙树。
公孙树本来就不敌虎妖，这会儿它有伥鬼相助，公孙树更是不敌，一时间情况岌岌可危。
就在玄九忍不住要出身救公孙树的时候，公孙树竟然领会了天之剑意的龙象变化，以龙之象运天之道，反制了虎妖。
但是面对阿鲤的鬼魂，他并不能下手，这个时候，他心里升起慈悲之心，领会《如来神掌》第一掌，我佛慈悲。
在度化了众人的鬼魂之后，他除掉了虎妖，带着他的内丹回到了城中。
杵臼要他做的第二件事是去芮姬的娘家取土灵珠。
杵臼因为伤势必须要用土灵珠疗伤，而土灵珠就在芮姬的娘家，千乘己姓之中。
事实上，己姓即姬姓，只是芮姬跟杵臼私奔，家里人不认同，于是芮姬在外只称姬姓。
到了千乘，公孙树上门取了土灵珠，芮姬作为己姓这一代的族长，却和外人私奔，自然是惹怒了自己的母亲，所以她不愿回来。但是她的母亲还是在乎她，听说她需要土灵珠，二话没说，就给了公孙树。
千乘这个地方还有个说法，千乘是杵臼改的名，之前的名字是青丘，芮姬和她的族人事实上就是青丘狐。
但是这些公孙树都不知道。
他把土灵珠带回来交给了杵臼。
最后一件要公孙树做的事是再教导公子荼十五天。
到了十五天准备回去的时候，陈乞告诉了他杵臼准备做的事——运用土灵珠，通过献祭他从姜国带回来的所有奴隶，不仅修复自己的身体，还要长生不老。
公孙树因为自己刚刚觉醒的慈悲之心，虽然犹豫了许久，还是决定去阻止杵臼。
于是陈乞动用他在宫中安排的内应，喜蔡，带着公孙树连夜入宫。
在入宫途中，喜蔡杀掉了竺乙。
因为公孙树的犹豫，他到了的时候杵臼已经把众人都献祭了。
公孙树生出的禅心因此有隙。
杵臼和芮姬为了这一次的仪式准备了许多，见到公孙树来阻止，芮姬变成狐身和他想斗。
芮姬的实力不是虎妖能比的，公孙树打得很艰难。
他在战斗中领会了《如来神掌》第二式，象征本性清净的花开见我。
但是他仍旧打不过芮姬。
就在仪式快要成功的时候，玄九现身，破坏了阵势，杵臼身死，芮姬殉情。
公孙树为了保护公子荼，把他送到了千乘，他在和芮姬打斗中知道了他们的身份。
然后公孙树回到国中，王后见到公孙树就死了。
公孙树在姜国头两年积蓄实力，准备变法。
这两年中，他在姜国、杨国之中，发展地下势力，收拢人做间谍。
同时，他在银杏树下悟道，领会了《洗髓经》，每天不停地用慧剑斩灭神髓中的恶念，让自己的心念变得清净。（公孙树姬银杏树，主角名字的由来，银杏树被称为中国的菩提树。）
而玄九早就在不知不觉中对公孙树暗生情愫，见到公孙树和龙葵之间的互动，离开。
为了提高声望，让自己有变法的大势，他带着自己的人，来到了杨国，准备毁掉赤凤剑。
杨国也早就变了天，公子和回国之后，杨国国主便准备灭掉他，只是他棋高一着，反手灭了国主，自己当了国主。
不过因为国中还有对前国主忠心耿耿的人，因此这两年他都在和这些势力斗法，无力发动对外战争。
公孙树带来的人，联合杨国反对公子和的人，在公子和女儿的帮助下，偷入了王宫，毁掉了赤凤剑，并度赤凤剑剑魂入轮回。
然后公子和的女儿殉情。
赤凤剑的剑魂和公子和的女儿分别是玄霄和夙玉的前世。
公子和发现这件事，怒不可遏，和他招来的方士，翁梦与公孙树相斗，不敌，公子和身死，翁梦逃走。
翁梦最后建立回梦仙境之后身死。
杨国大乱，公孙树趁机回国，带着大军灭了杨国。
携如此声望，公孙树回到姜国着手改革。
因为他要解放奴隶，同时收回封邑，推行郡县制，因此他仍旧遭到了巨大的阻力。
而且因为他有感时局紧张，因此和龙阳商量准备铸魔剑。
但是龙阳觉得杨国已灭，姜国除了鲁国之外已经没有别的威胁，而鲁国、姜国此时具皆是齐国盟友，且铸魔剑有伤天和，不许。
于是公孙树暗中铸剑。
鲁国叛齐归吴，艾陵之战发生，齐国战败，国书、高无丕战死，陈逆逃往姜国，为公诉树收留。
公孙树向龙葵表露心迹，龙葵不知如何是好，向龙阳诉说，龙阳、公孙树之间出现嫌隙。
公孙树暗中铸剑被发现，在国内反对势力的攻讦下，公孙树被龙阳发配到原本杨国最南方，防御吴国。
公孙树把《人剑合一》传给陈逆。
吴鲁联合攻姜。
公孙树在南方艰难打败吴国军队，但是北方鲁国已经包围了莒城。
公孙树回身救援，就在他要抵达的时候，龙阳战死，龙葵来到公孙树之前的府邸，跳入了没有被毁坏的铸剑池，魔剑成。
公孙树感应到龙葵、龙阳的死亡，禅心的裂痕加重，被慧剑从心念之中斩出的恶念爆发，让公孙树入魔。
他飞到莒城，拔出魔剑，在莒城屠灭鲁国三万军队。
玄九，也就是九天玄女感受到万人死亡的怨念，降临到凡间，发现公孙树入魔，想要把他劝回来，公孙树不应。
因为不想下死手，九天玄女出现疏忽，被公孙树逃到了魔界。
陈逆因为公孙树的离开，觉得留在人间无益，到昆仑山建立了琼华派。
公孙树带着魔剑进入魔界之后，通过魔剑屠杀普通魔族恢复伤势。
红葵在他的杀戮中诞生。
他的野心爆发，准备统一魔界，攻入天界，把九天玄女抢到魔界。
在魔界的征伐中，他终于惹到了他惹不起的人，杀了两个天魔族之后，葵羽天魔女降临，二人想斗许久，终究葵羽天魔女更加强横，把他一掌劈回人间，同时，他的魔念被从身体里劈出，落入了琼华派之中。
魔念在琼华派之中，蛊惑琼华派第二十代掌门人道胤真人，使他产生了炼制羲和剑和望舒剑的念头。
在三代之后，两剑练成，公孙树的魔念趁机附着在羲和剑上。
同时，他依靠在羲和剑斩杀妖类时吸收妖类的灵气和精血准备恢复实力。
在第一次登天之战中，因为望舒剑主的背叛离开，他虽然吸收了不少灵气，但是仍旧不够他重新塑造肉身。
在第二次登天之战即仙剑四大剧情。
有一点不同的事，韩菱纱在来到青鸾山之前，她听闻了如今闻名天下的黄叶大师的名号，因此先去找他祈求破除自家的诅咒，而黄叶大师则赐给了她一串佛珠，同时指引她来到了青鸾山。
黄叶大师便是公孙树落入人间的善念。
公孙树的肉身带着他的善念落入人间之后，遇见了来华夏的达摩祖师，拜入他的门下。
因为知道自己的魔念也落入了人间，知道他一定会掀起腥风血雨，因此他在梁武帝的支持下，在蜀山上建立镇妖塔。
在第二次登天之战，魔念终于吸收了足够的血肉之后，他终于感应到了魔念，于是立刻前往昆仑准备阻止。
天界也感受到了人界传来的魔气，于是九天玄女再次下凡。
这一次魔念因为吸收了足够的灵气和血肉，不仅重塑了肉身，实力比在魔界时更上一层楼，已经超越了葵羽天魔女，也超越了九天玄女。
这时，公孙树到来，通过舍身，毁灭了魔念的肉身，也超度了因为琼华升天造成的灾难中逝世的人。
他将琼华造成的冤孽一力承担，让琼华重归人间，同时为韩菱纱破除了诅咒，最后变轮回去了。
最后便是仙剑三的时间。
公孙树的恶念，在镇妖塔之中，吞噬了五长老的恶念，破开镇妖塔，掀起腥风血雨。
总之，最后的剧情便是，公孙树终于从“身似菩提树，心如明镜台，时时勤拂拭，莫使惹尘埃。”这个境界之中，跳入了“菩提本无树，明镜亦非台，本来无一物，何处惹尘埃。”的境界，接受了自己的恶念，不在排斥，消解了灾难，达到了了空而不空的境界。
他用自己的舍利子重修了镇妖塔，最后以涅槃寂静之法，涅槃归来。
他一掌把来约战的重楼拍回魔界，同时改变了世界的命运线，让女娲一族的悲惨命运不复存在。
最后，他和红葵还有玄女愉快地生活在一起了。
