虽然目前国内将道教只分为正一派和全真派，由于历史的发展，很多支派被合流消失，但是其内部还有诸多的流派。
《吕祖全书》有云：“大道之传，始於太上老君，而盛於吕祖。溯其源，少阳帝君得老君之传也。两传而得吕祖云。盖少阳帝君王玄甫，传正阳帝君钟离云房。钟离祖传孚佑帝君吕纯阳。吕祖传海蟾帝君刘成宗；又传重阳帝君王德威”。
北五祖指的是全真派尊奉的五位祖师，分别是王玄甫、钟离权、吕洞宾、刘海蟾和王重阳，他们属于从上至下的师承关系。而后人分别以这五位祖师为尊，创立了五祖派，即：
少阳派，尊东华帝君王玄甫为祖师；
正阳派，尊正阳帝君钟离权为祖师；
纯阳派，尊纯阳子吕洞宾为祖师；
海蟾刘祖派，尊纯佑帝君刘海蟾为祖师；
重阳派，尊重阳子王喆为祖师。
北七真即全真派祖师在创立全真道时收的七位弟子，他们分别是马钰、谭处端、刘处玄、邱处机、王处一、孙不二、郝大通七大弟子，号称全真七子，这七位道长后来分别又各自发展了门派，被称为北七真派，分别如下：
遇仙派：马丹阳所创，承袭了王重阳的“性命双修”内炼思想，“遇仙”的寓意为通过道法的修炼而得羽化成仙。
南无派：谭处端所创，王重阳仙逝之后，谭处端云游到关东，洛阳一带传道，并创立南无派。马钰羽化后他正式掌管全真派。
华山派：郝大通所创，王重阳仙逝后，郝大通根据三教合一的思想，吸收禅宗及理学等，创立了华山派，其特点是“涤荡邪心、透悟本心，磨尽尘心。”
嵛山派：王处一所创，在王重阳仙逝之后，王处一继承了王重阳的三教合一思想，并在性命双修的理论上主张先性后命，创立了全真道嵛山派。
清净派：孙不二所创，孙不二继承了王重阳的内丹思想，并且重视女丹的修炼，创立全真道清净派，这对后世的道教丹道修行有很大贡献。
随山派：刘处玄所创，王重阳仙逝后，刘处玄独自隐遁于京洛，静心炼性，创立随山派。
龙门派：丘处机所创，丘处机开创了全真道教的龙门派，在全真派性命双修的理论基础上，对全真派进行创新，并吸收了儒家的处世方式与禅宗的修养理论，在遵循“三教合一”时以道教思想为主导。
净明派，又称净明道，是宋元间在南昌西山兴起的一个道教派别，由灵宝派分衍而成，全称“净明忠孝道”。
该派尊奉许逊为祖师，称其法箓出于许逊之传。净明道教义以融合儒释道为特点，以“忠孝廉谨，宽裕容忍”为修行教义。许真君在西山广传道法，并形成以西山万寿宫为祖坛的净明宗坛。
灵宝派由东晋末年葛巢甫所创，葛巢甫是东晋著名道士葛洪的从孙，灵宝派以《灵宝经》为主要传习经典，奉元始天尊为最高神，假托葛玄为开派祖师。
其修行法术重视诵经存神，与上清派近似，但更为重视斋直功德，劝善度人，有较为完备的宗教活动仪式，因此较之侧重个人修炼的上清派有更多的信徒。
东晋之时，南岳魏夫人创立上清派，其弟子杨羲和许谧在茅山建立了“上清宗坛”，所以茅山派又被称为上清派。上清派以晋代女道士魏华存为第一代宗师，杨羲为第二代宗师。
杨羲以下依经法传授次序，第三代至第九代上清派宗师是许穆、许翔、马朗、马罕、陆修静、孙游岳、陶弘景。陶弘景齐梁时居茅山传上清经法，开创茅山宗，上清派遂为茅山派所承袭。
神霄派为符箓三宗（即天师道、上清派和灵宝派）分衍的支派之一，产生于北宋末，由北宋道士王文卿所创。
神霄派以传习五雷法为事，谓行此法可役鬼神，致雷雨，除害免灾，其理论基础是天人感应与内外合一说。神霄派道士都非常重视内丹修炼，以之作为行法的基础。
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