荆棘花帝国历3000年，人族在第三次星际战争中节节败退，大量的星球被异虫和星灵占领，人民被迫从边缘星球像核心星球转移。但是无能的帝国军队却没有对这些手无寸铁的公民提供任何帮助，异虫，以及海盗，不断的在各条迁移路线上烧杀抢掠，每天，都有数以万计的帝国平民失去生命，一部堪称血泪史的大迁移就此上演。
于此同时在荆棘花帝国政府的高压统治下，数以百亿的中下层人族开始怨声载道，帝国不断增加的高税收，高劳役，无穷无尽的税收名目使很多星球上的劳动者面临着劳动之后却没有食物的结果。
而无能的荆棘花帝国贵族军官却在战场上不断下达错误命令，致使无数的帝国士兵死于错误的指挥，阵亡通知书像雪花一样不断的飞往帝国的各个角落。很多接到阵亡通知书的士兵家属，在家里唯一经济来源和劳动力失去以后，拿着阵亡通知书却无法领取一点微薄的抚恤金。
终于在荆棘花帝国历3002年，一场起义爆发了，手无寸铁的帝国平民们冲击了帝国车队，抢夺了帝国军火，夺取了一些边缘星球的政权，但紧随期后的就是帝国军队的残酷镇压，这些没有经历过任何训练的平民组成的军队在武器精良的帝国军面前遭到了一场屠杀。
尽管帝国军在异虫和星灵面前节节败退，但是却对这些平民造成了单方面的屠杀，除了少数的起义军逃跑以外，大部分起义军都被歼灭。因为前线战事吃紧，帝国军队已经无法追击这些逃跑的起义军，于是在帝国生活的平民开始面临着，贪官污吏横行，海盗和起义军也四处作孽的局面。
荆棘花帝国历3003年，在镇压起义军的行动中崭露头角的卡西欧。克斯码少尉跟随帝国最后一批援军抵达前线。
荆棘花帝国历3004年，屡立战功的卡西欧。克斯码破格提拔为帝国五星上将。
荆棘花帝国历3005年，卡西欧。克斯码上将被要求回到荆棘花星球向皇帝述职。
任谁也不会想到，当卡西欧。克斯码的舰队折越到荆棘花外围时，兵变发生了。忍无可忍的帝国士兵夺取了帝国近卫军舰队的控制。拥立卡西欧。克斯码推翻了荆棘花帝国统治，成立了联邦政府。
联邦历元年，第一任联邦总统卡西欧。克斯码在荆棘花星附近的宇宙中迎来了和保皇派舰队的大战。卡西欧总统运用自己伟大的军事才能一举击败了比联邦舰队多出数倍保皇派舰队，并且趁胜追击收复了叛乱星域。
同样在联邦历元年，卡西欧总统在荆棘花宣誓就职，宣布人类进入大一统的联邦时代，宣布联邦采用议会制度，并立即组建了联邦议会。
经过联邦议会的表决，联邦颁布了新的宪法，减免赋税，大力发展商业，同时改善农业劳动者底下的社会地位。
依然是联邦历元年，第一次联邦议会结束后，卡西欧总统发表就任以来的第一次讲话，提出帝国的罪孽已经过去，联邦的时代即将来临，号召漂泊与宇宙各个星域，星系，星球的人类都有权力以及义务加入人类联邦。并且，为了区分联邦和帝国的区别，重新命名了各个星域，星球，名且将联邦命名为紫荆花人类联邦共和国，简称紫荆花联邦。
紫荆花联邦历2年，大量改编后的军队重新开赴战场。
卡西欧总统提出，保卫自己的家园，保卫自己的星球是每个联邦公民的责任与义务，同时用“一人参军，全家光荣，不用纳税”的口号应征大量流民，贫民进入军队。联邦军队的热情达到了顶点。
紫荆花联邦历5年，联邦政府与星灵签订和平协议，并在对异虫的问题上达成统一。两个种族史无前例的抛开种族偏见，团结在一起对抗异虫大军。
紫荆花联邦历12年，联邦政府和星灵在经历了漫长的战争后，宣布收复了第三次星际战争以来沦陷的所有领域。
紫荆花联邦历6年，星灵与人类在刚刚收复的艾格玛星域展开谈判，双方同意以艾格玛星域作为双方缓冲区，联邦军队与星灵军队都不得进入这一区域。
同时对异虫问题的上双方作为同盟，在任何一方遭到异虫攻击时，拥有使用对方星港进行避难的权利，原则上双方平等交流，并且双方需要开放靠近艾格玛星域的星球作为通商口岸。
至此，第三次星系战争全部结束。人类从第一次星际战争发现异虫开始，到第二次星际战争发现星灵，前后历经了五千多年，人类在星际战争中第一次实现了胜利，尽管还有大量星域在第一，第二次星际战争中失去，但人类相信，距离收复那些星域已经不远了。
联邦历103年，120岁的第一任联邦总统卡西欧。克斯玛在首都紫荆花星的总统府与世长辞。
100年来，卡西欧。克斯玛总统励精图治，联邦已从战争中恢复了元气，并且如雨后春笋般蓬勃发展，这个时候总统的溘然长辞无疑是对人类的一件打击。新任总统尼基塔。赫鲁晓夫宣布联邦为总统默哀三天，为了表达对总统的伟大敬意，总统的雕像将永远矗立在总统府前的联邦广场上。
联邦历113年，联邦军队认为，人类已经有能力对异虫发动攻击。于是在军队请愿，议会表决通过后，总统尼基塔。赫鲁晓夫签署里《战争动员1号令》，《战争动员1号令》的目的是人类选择异虫星域外围的一颗卫星对异虫发起试探攻击，以衡量人类是否有能力单独与异虫作战的能力。
《战争动员1号令》签署后，人类对异虫发起试探性攻击，总计10万联邦军队对异虫占领的星域外围一颗代号“监视者”的卫星发起试探攻击。两个月后，战役宣告失败，8万联邦军队长眠与“监视者”卫星上。
战役结束后，尼基塔。赫鲁晓夫批评议会与军队盲目自大，对人类造成了严重的损失，经过全民公投表决，签订了以50年为基准的《50年条例》，根据《50年条例》规定，自联邦历113年起，每50年，人类对异虫外围任意一颗卫星发动试探性攻击，以衡量人类与异虫战斗力差异。
联邦历253年，在经过长达一百五年的试探与进攻后，人类终于成功夺取“监视者”卫星的地表区域，在异虫星域成功设立的落脚点与监视点，由此，联邦对异虫的了解突飞猛进。在此之前，人类对异虫的了解仅限于表面，并不能更加深入的了解异虫。并且在和帝国政权交替时损失了大量资料。“监视者”被占领后，人类通过“监视者”对异虫进行大量研究，并通过研究异虫提升自身科技。
联邦历255年，“监视者”上的异虫被基本肃清，大量联邦军队开始进入“监视者”卫星所在的星域，异虫与人类在“监视者”所在的“前进基地”星系展开争夺。
联邦历353年，人类在攻击“前进基地”星系最大最适合居住的“支点”星球时，遭到了大规模异虫抵抗，随后，人类与异虫在“前进基地”星系内爆发大规模太空战，人类舰队与虫族空军大规模厮杀，双方均损失惨重，人类短时间内无法阻止起对“支点”星球的进攻，而异虫同样无法在短时间内对“前进基地”星系的人类造成威胁，人类与异虫进入了相持阶段。
与此同时，人类科技飞速发展，引起了星灵的恐慌。
尤其是大量人类海盗盘踞的艾格玛星域，不断发生海盗打劫事件，星灵多次向联邦政府抗议无果后，在联邦历300年，星灵开始对艾格玛星域进行渗透。
大量触犯了星灵法律的星灵被流放到艾格玛星域，再加上不断从“前进基地”星系逃出的异虫溃军，曾经罕无人迹艾格玛星域开始变得混乱起来，整个星域充斥着走私，犯罪，谋杀，盗窃，抢劫。通往星灵与人类的商业航道成为名副其实的死亡之路，随着星灵海盗们越来越多，人类海盗开始在对抗中步入下风，于是缺乏先进武器的人类海盗开始打起了星灵和人类军队的主意。
一方面可以抢劫星灵军队转手走私给联邦换取自己需要的武器，飞船，机甲，钱。另一方面可以打劫人类商船直接获得食物，燃料，商品等东西，然后走私给星灵换取星灵的高科技武器。
星灵的等级制度导致了大部分星灵无法获得人类的商品，尽管星灵对打劫这种事情十分恼火，却也没有办法对人类海盗实质性的打击。
通过海盗走私的星灵武器，人类可以进行研究加强提升自己的科技。也可以因此寻找到星灵的弱点。
虽然联邦成立之处，整个联邦欣欣向荣，但是随着一批又一批的政府官员的离职，军队军官的退役导致的家族兴起。商人与农场主越来越富有，尽管联邦已经取消了等级制度，但贫富差距还是显现了出来，许多政府无法控制的地方，私人科学家的要求，人类对星灵物品也是需大于求。于是，海盗们的生意越做越大，艾格玛星域也越来越混乱，慢慢的人们开始称艾格玛星域为混乱之领。
